genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12735871--12735919	16	2.8	19	73	20	61	55	2	0	42	1.11
12735874--12735923	11	4.5	11	72	22	50	54	2	0	44	1.11
12748676--12748719	21	2.1	21	87	8	63	4	34	25	36	1.76
12748709--12748972	44	6.2	45	71	14	141	25	23	20	30	1.98
12748711--12748848	46	3.0	46	73	12	117	23	25	21	29	1.99
12748914--12749298	86	4.5	85	85	6	300	23	22	22	30	1.99
12748986--12749121	43	3.2	43	64	21	104	22	19	25	32	1.98
12749115--12749251	44	3.2	43	66	10	118	27	24	21	27	1.99
12748976--12749309	86	3.9	88	87	4	421	23	22	22	30	1.99
12748976--12749309	174	1.9	173	83	5	433	23	22	22	30	1.99
12763557--12763592	16	2.2	17	90	9	58	61	0	22	16	1.35
12775328--12775690	180	2.0	179	87	6	520	16	17	14	51	1.77
12778928--12778957	15	2.0	15	100	0	60	20	20	13	46	1.83
12792203--12792251	24	2.0	24	100	0	98	46	8	0	44	1.33
12796889--12796929	21	2.0	21	90	4	66	58	2	7	31	1.38
12798495--12798760	93	2.9	93	90	0	424	28	28	20	22	1.98
12798542--12798760	47	4.7	46	73	14	182	29	27	19	23	1.98
12798488--12798756	46	5.8	46	73	13	237	29	28	20	22	1.98
12804671--12804853	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
12804672--12804855	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
12804724--12804878	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
12811413--12811457	23	1.9	24	86	4	65	73	2	17	6	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12812697--12812879	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
12812698--12812881	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
12812750--12812914	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
12815458--12815526	33	2.1	33	94	0	120	57	7	10	24	1.56
12815826--12815882	15	3.7	15	72	4	51	64	8	0	26	1.22
12815967--12816100	5	27.2	5	67	21	52	61	1	4	32	1.25
12815949--12816000	27	1.9	27	84	7	70	59	0	7	32	1.26
12817983--12818562	206	2.8	204	91	2	921	28	22	18	30	1.97
12826548--12826597	15	3.5	15	79	15	52	42	12	24	22	1.87
12826561--12826597	15	2.5	16	87	12	53	43	10	24	21	1.84
12827432--12827529	33	2.9	33	84	7	108	36	22	10	30	1.87
12827744--12827940	41	4.8	41	91	5	308	27	22	21	28	1.99
12831233--12831348	58	2.0	58	100	0	232	31	22	22	24	1.99
12833096--12833164	33	2.1	33	97	0	129	59	7	8	24	1.52
12833453--12833513	31	1.9	32	87	9	90	60	6	0	32	1.22
12833578--12833641	27	2.5	26	82	10	69	60	0	7	31	1.25
12833666--12833734	29	2.5	28	81	13	72	60	1	5	31	1.29
12833742--12833793	19	2.8	19	83	13	72	65	0	0	34	0.93
12833751--12833853	3	33.7	3	68	21	54	62	0	3	33	1.14
12833746--12833853	11	9.8	11	69	22	68	62	0	3	34	1.13
12833758--12833850	33	3.0	30	71	19	91	62	0	4	33	1.15
12833743--12833810	13	5.3	13	71	18	54	63	0	2	33	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12837877--12837922	21	2.3	20	78	14	51	41	17	10	30	1.84
12838893--12838928	18	2.0	18	100	0	72	27	16	5	50	1.68
12840016--12840049	18	1.9	17	88	5	50	23	0	8	67	1.18
12840898--12840953	17	3.5	17	79	13	57	44	7	0	48	1.30
12846141--12846195	28	2.0	28	100	0	110	40	29	9	21	1.84
12846391--12846458	34	2.0	34	91	0	109	27	8	20	42	1.82
12849922--12849948	14	1.9	14	100	0	54	29	18	14	37	1.91
12855123--12855191	9	7.7	9	85	0	75	49	18	5	26	1.70
12855124--12855191	18	3.8	18	88	0	100	48	19	5	26	1.71
12855123--12855191	27	2.6	27	85	0	84	49	18	5	26	1.70
12855211--12855237	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
12855262--12855286	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
12855263--12855300	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
12859634--12859664	16	2.0	15	93	6	53	58	0	0	41	0.98
12871621--12871675	21	2.6	21	82	0	74	1	49	18	30	1.58
12874356--12874411	27	2.1	27	86	0	76	57	12	1	28	1.46
12875986--12876058	28	2.5	30	79	14	82	39	31	0	28	1.57
12876025--12876069	21	2.1	21	87	0	63	37	31	0	31	1.58
12876207--12876252	14	3.4	14	71	17	51	39	32	2	26	1.68
12876271--12876351	22	3.7	22	80	1	74	39	40	1	18	1.59
12876270--12876356	29	3.0	28	81	3	93	39	40	1	19	1.59
12876269--12876393	7	17.6	7	74	12	85	42	36	1	19	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12876284--12876395	14	7.8	15	75	16	96	43	37	0	17	1.56
12876234--12876395	29	5.7	28	73	5	56	44	35	1	19	1.58
12879519--12879567	23	2.1	23	100	0	98	48	0	8	42	1.32
12881045--12881073	14	2.1	14	100	0	58	24	0	34	41	1.55
12883523--12883560	14	2.6	15	91	4	60	0	13	13	73	1.09
12884789--12884854	33	2.0	33	96	0	123	42	16	22	18	1.89
12888461--12888518	30	1.9	30	89	6	91	17	27	34	20	1.95
12892358--12892407	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
12893901--12893940	5	7.6	5	83	10	53	80	2	0	17	0.83
12893901--12893940	11	3.7	11	90	6	64	80	2	0	17	0.83
12893901--12893940	16	2.5	17	84	12	57	80	2	0	17	0.83
12900174--12900246	9	8.6	9	81	17	93	31	1	0	67	1.00
12900175--12900251	14	5.4	14	68	26	54	29	1	0	68	0.97
12900765--12900795	12	2.6	12	94	0	53	0	54	3	41	1.16
12902839--12903020	96	1.9	97	87	5	271	26	15	25	31	1.96
12903648--12903703	10	5.6	10	85	8	53	26	5	1	66	1.23
12903839--12903867	14	2.1	14	100	0	58	27	20	0	51	1.47
12904810--12904900	41	2.2	42	82	5	114	37	5	6	50	1.52
12906385--12906425	21	1.9	22	85	14	59	56	4	7	31	1.48
12907000--12907052	21	2.5	22	84	3	72	54	11	5	28	1.58
12914922--12914962	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
12919356--12919448	43	2.2	44	90	3	145	51	12	6	29	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12919470--12919509	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
12924089--12924180	42	2.2	43	92	2	150	53	13	4	29	1.58
12924202--12924241	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
12933032--12933088	30	1.9	30	88	0	87	47	0	1	50	1.11
12938924--12939010	43	2.0	43	100	0	174	25	9	22	42	1.83
12954659--12954721	33	1.9	33	96	0	117	41	15	0	42	1.47
12954732--12954782	12	4.4	11	82	9	57	29	11	0	58	1.33
12954732--12954782	23	2.2	24	82	10	61	29	11	0	58	1.33
12955162--12955244	19	4.2	18	73	19	67	1	19	4	74	1.06
12955166--12955228	20	3.0	20	82	13	65	1	20	4	73	1.11
12959348--12959389	22	1.9	22	85	0	57	47	4	16	30	1.67
12959671--12959718	25	1.9	25	86	0	69	31	16	27	25	1.97
12959838--12959889	25	2.1	24	89	3	77	40	19	23	17	1.91
12962514--12962736	111	2.0	112	87	7	326	47	6	11	34	1.65
12964575--12964629	16	3.1	18	80	17	62	29	0	0	70	0.87
12965977--12966087	47	2.4	47	76	8	118	36	20	15	27	1.93
12967905--12967935	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
12968993--12969036	22	2.0	22	90	0	70	59	4	2	34	1.30
12968995--12969043	22	2.2	22	81	3	53	63	8	2	26	1.34
12981432--12981456	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
12984389--12984459	29	2.5	27	82	17	90	39	18	12	29	1.88
12984385--12984506	30	4.1	30	85	9	146	40	20	12	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12984489--12984636	29	5.2	28	79	7	163	41	22	12	22	1.88
12984467--12984636	57	2.9	57	80	5	173	41	22	12	22	1.88
12984589--12984664	28	2.7	29	85	8	102	38	23	14	23	1.92
12984429--12984653	86	2.6	87	78	6	249	41	20	13	24	1.88
12995283--12995447	72	2.3	71	81	4	170	43	21	5	29	1.75
13001430--13001516	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
13001889--13001945	15	3.9	15	90	2	89	50	12	0	36	1.40
13003217--13003277	5	12.4	5	96	3	115	59	0	0	40	0.98
13003299--13003327	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
13007844--13007893	23	2.2	23	92	0	82	40	16	4	40	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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