genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10336784--10336824	12	3.4	12	89	0	55	80	0	7	12	0.90
10336786--10336845	17	3.5	17	79	6	59	76	1	8	13	1.08
10336784--10336824	18	2.3	18	86	0	64	80	0	7	12	0.90
10349435--10349467	15	2.3	14	94	5	57	84	0	9	6	0.76
10352791--10352852	24	2.7	23	80	16	65	69	4	3	22	1.22
10355620--10355669	20	2.5	20	80	3	55	28	12	20	40	1.87
10369615--10369766	27	5.6	27	74	9	112	23	27	14	34	1.93
10369615--10369761	54	2.7	54	75	12	140	23	27	13	35	1.92
10371944--10371976	14	2.4	14	94	0	57	27	0	0	72	0.85
10376429--10376462	17	2.0	17	94	0	59	47	8	11	32	1.71
10385451--10385497	21	2.2	22	81	7	53	21	10	6	61	1.50
10392658--10392690	9	3.7	9	91	0	57	33	3	42	21	1.68
10392834--10392977	11	12.9	11	72	13	80	6	6	25	61	1.47
10392840--10393013	22	7.8	24	75	7	88	5	7	27	59	1.47
10392834--10393014	33	5.4	34	76	7	167	5	7	26	60	1.45
10392834--10393014	67	2.7	67	86	5	226	5	7	26	60	1.45
10392860--10393014	44	3.5	44	79	7	147	5	7	26	60	1.47
10392873--10393017	55	2.6	54	80	5	175	5	7	26	60	1.46
10392879--10393014	66	2.0	67	92	1	229	5	7	26	61	1.44
10392863--10393014	11	13.8	11	79	5	128	5	7	26	60	1.46
10393665--10393700	11	3.3	11	92	0	54	2	0	33	63	1.08
10411236--10411268	16	2.2	15	89	10	50	42	18	6	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10415440--10415492	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
10419305--10419429	47	2.7	45	83	11	155	29	19	29	21	1.97
10419306--10419478	46	3.8	44	78	10	152	30	19	27	23	1.98
10425296--10425421	64	2.0	64	93	0	216	34	7	24	33	1.83
10427095--10427225	46	2.8	46	82	15	155	28	18	30	22	1.97
10427093--10427242	46	3.2	45	77	17	139	30	17	29	22	1.97
10427043--10427304	140	1.9	140	80	4	314	29	19	28	22	1.98
10438908--10438955	19	2.7	17	87	9	69	41	2	0	56	1.11
10438908--10438955	17	2.7	18	83	6	62	41	2	0	56	1.11
10439240--10439288	23	2.1	23	85	7	64	63	0	34	2	1.06
10439387--10439915	199	2.6	203	84	6	631	27	0	14	57	1.41
10439387--10439954	103	5.6	101	83	8	657	27	0	14	57	1.42
10440190--10440214	12	2.1	12	100	0	50	8	0	16	76	1.02
10444616--10444879	101	2.6	101	95	0	474	29	23	15	31	1.95
10444619--10444879	51	5.2	51	89	1	391	29	22	15	31	1.95
10449854--10450611	47	15.5	49	90	5	1139	33	8	28	30	1.86
10449854--10450611	296	2.6	294	93	3	1257	33	8	28	30	1.86
10450730--10450831	37	2.8	37	95	0	177	24	18	30	26	1.98
10455684--10455947	51	5.2	50	90	1	393	29	22	15	32	1.94
10455684--10455947	101	2.6	101	95	0	465	29	22	15	32	1.94
10462851--10463119	46	5.7	47	77	10	237	23	30	19	26	1.98
10462863--10463119	138	1.8	144	85	6	366	23	30	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10469122--10469177	22	2.5	22	100	0	112	39	14	10	35	1.81
10469806--10469840	12	2.7	13	86	13	54	0	31	0	68	0.90
10469806--10469861	26	2.1	27	83	9	71	0	35	0	64	0.94
10473139--10473208	22	3.3	21	71	11	63	24	21	38	15	1.92
10473954--10474006	13	4.0	12	77	18	52	77	1	16	3	1.01
10479302--10479337	19	1.9	19	88	5	56	44	5	5	44	1.50
10479949--10480003	4	13.8	4	100	0	110	50	0	23	25	1.49
10481798--10481925	44	3.0	41	82	11	150	21	14	28	35	1.93
10501283--10501495	93	2.3	95	81	7	238	27	26	20	25	1.99
10511276--10511313	20	1.9	20	94	0	67	15	5	2	76	1.08
10514249--10514389	31	4.5	31	95	0	255	29	26	15	28	1.96
10514413--10514504	42	2.2	42	96	0	166	36	21	11	29	1.89
10514652--10514721	25	2.8	25	89	4	97	22	22	28	25	1.99
10515532--10515595	27	2.4	27	84	5	85	23	25	15	35	1.94
10515649--10515747	27	3.6	27	76	15	94	35	10	16	38	1.82
10515724--10515809	27	3.2	26	77	9	84	27	8	20	43	1.80
10515845--10516310	27	17.3	27	90	0	682	39	6	22	31	1.80
10527240--10527444	29	7.1	29	76	5	173	23	26	13	35	1.93
10527242--10527444	87	2.3	88	82	12	251	24	27	13	35	1.92
10528750--10529015	46	5.8	46	81	4	268	21	14	23	40	1.89
10528750--10528948	23	8.7	23	67	7	109	20	15	23	41	1.90
10529045--10529115	23	3.1	23	87	4	90	16	14	23	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10536037--10536069	17	1.9	17	93	0	57	51	21	21	6	1.69
10539933--10539979	6	8.0	6	79	11	53	0	17	0	82	0.66
10539928--10539978	15	3.5	15	81	13	54	0	15	0	84	0.63
10539930--10539972	19	2.3	18	92	8	68	0	13	0	86	0.58
10539940--10539978	11	3.2	12	82	10	53	0	12	0	87	0.55
10542958--10543004	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
10543265--10543576	46	7.0	46	88	6	435	22	24	15	38	1.92
10543491--10543565	38	2.0	38	100	0	150	25	24	18	32	1.97
10546391--10546433	8	5.4	8	86	8	61	58	0	0	41	0.98
10546439--10546541	10	9.4	10	69	20	55	70	0	23	4	1.12
10547410--10547444	6	5.8	6	86	0	52	20	14	14	51	1.76
10548706--10548738	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
10558932--10558964	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
10565264--10565302	20	2.0	20	85	10	53	51	0	2	46	1.14
10566269--10566303	6	5.8	6	93	0	52	22	17	11	48	1.79
10567866--10567998	42	3.1	42	74	7	126	25	18	24	31	1.97
10567830--10567990	85	1.9	85	83	5	209	26	19	26	28	1.99
10576474--10576612	43	3.3	42	77	11	131	26	19	26	27	1.99
10576474--10576630	85	1.8	85	81	5	192	26	19	27	26	1.99
10587415--10587554	37	3.7	38	88	5	214	25	29	18	26	1.98
10587673--10588402	47	15.3	47	95	1	1244	29	30	8	31	1.87
10587673--10588402	239	3.1	237	95	1	1316	29	30	8	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10587673--10588402	286	2.6	286	95	1	1288	29	30	8	31	1.87
10591457--10591507	17	2.9	17	85	2	57	80	7	11	0	0.90
10591453--10591497	23	1.9	24	86	4	65	82	8	8	0	0.85
10613254--10613550	68	4.4	68	82	2	319	25	23	17	32	1.97
10616251--10616308	23	2.5	23	91	0	89	36	1	18	43	1.61
10617376--10617412	20	1.9	18	89	10	56	54	8	0	37	1.30
10620572--10620637	21	3.2	21	82	4	73	51	21	15	12	1.75
10620610--10620659	21	2.4	21	93	0	82	54	18	16	12	1.72
10629010--10629108	28	3.5	29	86	9	125	27	15	28	29	1.96
10636319--10636380	21	2.9	22	79	11	67	46	3	3	46	1.35
10638262--10638362	39	2.6	39	87	0	148	37	20	25	15	1.93
10644218--10644276	25	2.4	25	83	11	68	30	23	23	22	1.99
10644242--10644348	24	4.4	25	67	16	64	36	23	21	18	1.95
10644255--10644391	73	1.9	74	80	10	165	37	21	21	18	1.94
10645929--10646098	47	3.6	48	81	7	174	22	28	18	29	1.98
10655321--10655457	40	3.4	40	86	0	184	29	11	21	37	1.89
10655423--10655650	79	2.9	78	90	1	357	31	14	22	32	1.93
10657190--10657357	30	5.8	30	76	2	130	37	22	13	27	1.91
10671093--10671155	31	2.0	32	84	6	83	61	3	3	31	1.27
10671981--10672043	30	2.1	30	91	5	101	58	11	4	25	1.51
10675865--10675939	31	2.5	31	79	14	84	62	0	1	36	1.04
10679318--10679347	15	2.0	15	100	0	60	40	6	26	26	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10684807--10684833	14	1.9	14	100	0	54	51	7	18	22	1.70
10686066--10686099	18	1.9	18	88	5	52	47	5	2	44	1.42
10701718--10701879	80	2.0	80	98	0	315	32	2	23	41	1.68
10703226--10703260	18	1.9	18	88	11	54	65	5	25	2	1.28
10707482--10707511	15	2.0	15	93	0	51	30	0	3	66	1.07
10711993--10712043	26	2.0	26	84	7	68	11	19	45	23	1.83
10729605--10729686	26	3.2	25	87	6	110	41	20	20	17	1.90
10729735--10729799	26	2.5	26	85	2	78	38	18	20	23	1.93
10732971--10733016	15	2.9	17	78	12	53	47	0	19	32	1.50
10735380--10735603	40	5.6	39	81	10	231	25	27	21	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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