genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14637302--14637979	166	4.1	166	86	5	922	30	22	22	24	1.99
14637302--14637979	334	2.0	334	91	2	1112	30	22	22	24	1.99
14638156--14638655	87	5.7	87	68	16	332	32	19	20	27	1.97
14638109--14638624	175	2.9	175	87	4	743	32	19	20	27	1.97
14639060--14639116	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
14639060--14639138	36	2.1	38	90	9	126	37	10	16	35	1.82
14639060--14639138	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
14641213--14641247	18	1.9	18	94	0	61	42	25	0	31	1.55
14641361--14641396	14	2.6	14	95	0	63	0	16	2	80	0.83
14641361--14641397	18	2.1	18	89	0	56	0	18	2	78	0.87
14641468--14641529	5	12.4	5	77	6	63	51	1	3	43	1.27
14644313--14644404	46	2.0	46	89	0	139	31	27	9	31	1.89
14647423--14647472	19	2.6	19	87	6	75	50	2	14	34	1.54
14650821--14650868	21	2.3	20	89	3	69	35	0	4	60	1.16
14650821--14650897	18	4.2	19	75	21	67	32	0	6	61	1.22
14651695--14651750	28	2.0	28	100	0	112	17	10	25	46	1.80
14653118--14653254	40	3.2	40	66	23	98	43	38	4	13	1.63
14654770--14654834	25	2.5	26	78	14	80	35	1	10	52	1.46
14655141--14655221	22	3.8	22	71	19	57	35	4	4	54	1.44
14655380--14655404	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
14655823--14655892	31	2.3	31	80	11	81	64	7	2	25	1.33
14657765--14658189	46	9.2	46	83	4	500	37	23	5	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14657765--14658211	23	19.4	23	77	9	387	37	23	5	33	1.79
14658572--14658598	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
14658600--14658649	12	4.2	12	73	14	50	42	24	0	34	1.55
14659862--14659892	15	2.1	15	100	0	62	51	12	29	6	1.65
14661177--14661278	7	14.3	7	69	11	55	37	41	0	21	1.54
14661177--14661278	36	2.8	36	82	8	102	37	41	0	21	1.54
14661341--14661425	21	3.9	21	75	11	89	44	25	1	28	1.61
14661325--14661414	46	2.0	46	97	0	171	42	25	2	30	1.67
14661380--14661433	7	7.7	7	78	0	54	50	25	0	24	1.50
14661580--14661730	39	3.8	39	90	3	171	18	20	25	35	1.95
14661598--14661729	39	3.3	40	91	4	189	18	20	25	34	1.96
14664740--14664795	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
14670021--14670058	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
14670035--14670059	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
14670084--14670136	6	8.5	6	87	8	79	79	3	0	16	0.88
14670154--14670194	9	4.6	9	81	0	55	24	9	21	43	1.83
14673567--14673606	20	2.1	18	86	13	53	32	2	2	62	1.22
14673567--14673612	19	2.5	19	85	3	58	32	2	4	60	1.28
14673616--14673699	22	3.9	21	80	10	71	34	2	3	59	1.28
14673584--14673666	34	2.5	32	85	11	114	31	1	7	60	1.32
14673576--14673678	55	1.9	53	82	7	127	33	1	5	58	1.33
14673651--14673699	13	4.2	12	75	21	50	38	2	0	59	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14673629--14673699	22	3.2	22	88	6	99	36	1	2	59	1.21
14673654--14673755	26	4.1	25	75	14	79	35	5	3	54	1.43
14673713--14673805	23	4.0	23	72	15	66	31	10	6	51	1.62
14674120--14674167	21	2.2	22	85	3	62	31	6	2	60	1.33
14675496--14675546	19	2.5	20	76	17	61	39	3	15	41	1.66
14675711--14675753	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
14678073--14678136	29	2.1	31	86	13	89	53	7	4	34	1.51
14677987--14678318	126	2.6	128	86	5	431	51	4	4	39	1.44
14680332--14680427	21	4.5	21	89	2	129	13	22	27	36	1.92
14680319--14680427	42	2.5	42	85	2	137	15	22	25	35	1.94
14685519--14685561	15	2.9	15	89	10	70	86	0	13	0	0.58
14685519--14685548	13	2.3	13	94	0	51	90	0	10	0	0.47
14685528--14685552	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
14685526--14685561	17	2.1	17	89	0	54	88	0	11	0	0.50
14702018--14702063	23	2.0	23	100	0	92	47	21	13	17	1.81
14714241--14714302	30	2.1	30	93	0	106	25	3	12	58	1.50
14715149--14715209	30	2.0	30	96	0	113	57	11	3	27	1.49
14715251--14715300	22	2.3	22	79	6	57	58	6	16	20	1.59
14716636--14716694	10	5.9	10	84	7	84	20	10	1	67	1.28
14720383--14720416	5	6.4	5	87	12	50	20	2	0	76	0.92
14720365--14720423	17	3.5	17	72	25	54	22	3	0	74	0.96
14721319--14721381	3	21.0	3	100	0	126	66	33	0	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14721383--14721424	13	3.1	14	80	12	52	83	0	16	0	0.65
14721384--14721421	18	2.2	18	95	4	69	81	0	18	0	0.69
14722025--14722075	22	2.3	22	89	3	75	21	7	3	66	1.34
14722062--14722119	30	1.9	30	82	6	73	20	10	1	67	1.29
14732785--14732840	17	3.2	17	89	2	67	16	41	26	16	1.88
14734738--14734863	62	2.0	62	93	3	218	39	26	15	17	1.90
14744063--14744108	22	2.1	22	95	0	83	41	4	28	26	1.74
14746097--14746124	13	2.2	13	100	0	56	53	25	0	21	1.46
14749660--14749708	8	7.0	7	76	23	50	73	2	2	22	1.04
14749637--14749694	14	4.1	14	80	6	64	74	1	3	20	1.06
14749641--14749698	18	3.2	18	80	7	64	72	1	3	22	1.09
14753238--14753262	10	2.5	10	100	0	50	28	0	0	72	0.86
14753323--14753349	14	1.9	14	100	0	54	0	14	0	85	0.61
14753765--14753790	13	2.0	13	100	0	52	15	46	30	7	1.74
14756382--14756657	68	4.1	68	79	4	299	24	23	15	35	1.94
14756399--14756652	133	1.9	134	86	4	368	25	23	15	35	1.94
14757895--14757931	5	7.4	5	96	0	65	83	0	16	0	0.64
14758812--14758903	48	1.9	48	95	0	166	25	21	26	27	2.00
14761691--14761715	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
14762504--14762542	5	7.6	5	82	5	51	66	2	0	30	1.05
14763856--14763897	20	2.0	21	86	13	61	33	9	4	52	1.55
14766145--14766181	17	2.2	17	90	0	56	54	5	0	40	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14766912--14767085	87	2.0	87	97	0	330	33	12	21	32	1.91
14774907--14775018	27	4.1	27	79	7	120	16	25	22	36	1.94
14774907--14775018	54	2.1	54	84	3	145	16	25	22	36	1.94
14782231--14782287	20	2.9	20	87	10	82	33	21	5	40	1.75
14783105--14783170	32	2.1	32	97	0	123	59	27	1	12	1.42
14784103--14784168	20	3.4	19	74	4	60	37	22	33	6	1.79
14784110--14784158	19	2.5	19	80	3	53	42	20	30	6	1.76
14785772--14785815	23	1.9	23	81	9	54	61	11	0	27	1.30
14796391--14796439	19	2.6	18	75	9	53	63	2	4	30	1.24
14796388--14796487	38	2.6	36	80	16	105	64	1	3	32	1.16
14796333--14796438	45	2.4	43	74	12	99	60	1	6	31	1.33
14796434--14796475	16	2.5	17	88	7	59	64	0	2	33	1.07
14796429--14796497	13	4.8	15	73	20	67	63	0	2	33	1.09
14799595--14799632	15	2.6	15	83	4	51	31	5	0	63	1.17
14799858--14799910	26	2.0	26	100	0	106	43	11	7	37	1.69
14803497--14803560	26	2.4	26	94	5	110	20	17	18	43	1.88
14804845--14804896	27	1.9	27	96	0	95	44	7	19	28	1.78
14806337--14806417	31	2.5	31	80	4	81	61	18	3	16	1.48
14806651--14806708	21	2.8	20	74	10	53	0	43	22	34	1.54
14812269--14812328	15	4.0	15	75	16	61	50	0	1	48	1.11
14812505--14812572	24	2.8	24	86	8	102	45	7	19	27	1.76
14812651--14813936	372	3.5	373	98	0	2468	38	10	14	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14817364--14817393	14	2.1	15	93	6	53	36	0	13	50	1.42
14819320--14819412	28	3.2	28	76	11	84	24	0	26	48	1.51
14819702--14819959	41	6.6	40	74	15	209	25	18	24	32	1.97
14819737--14819877	72	2.0	71	85	4	194	26	17	24	31	1.97
14839192--14839233	21	2.0	21	90	0	66	42	14	7	35	1.73
14840602--14840654	27	1.9	28	85	11	74	20	11	15	52	1.72
14840728--14840759	13	2.5	13	94	0	55	46	0	0	53	1.00
14845124--14845200	38	2.0	38	87	5	111	29	12	20	36	1.90
14847661--14847721	32	1.9	32	100	0	122	31	6	24	37	1.81
14854749--14854797	24	2.0	24	100	0	98	42	4	0	53	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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