genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.129.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42025819--42026076	126	2.0	127	88	3	387	27	20	17	34	1.95
42026384--42026454	20	3.7	20	66	21	60	45	23	0	30	1.54
42027521--42027901	126	3.0	125	85	3	523	27	19	17	35	1.94
42028210--42028282	20	3.8	20	66	20	64	45	21	0	32	1.53
42029342--42029721	126	3.0	125	86	2	521	27	20	18	34	1.96
42030036--42030104	20	3.5	20	70	20	65	46	21	0	31	1.52
42032635--42032700	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
42032652--42032730	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
42032674--42032730	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
42032652--42032730	36	2.1	39	90	9	128	35	16	10	37	1.82
42033120--42033861	206	3.6	206	93	0	1218	29	22	17	30	1.97
42033866--42034089	44	5.1	43	75	11	186	28	23	16	31	1.96
42033828--42034157	44	7.5	43	72	13	167	27	23	18	31	1.97
42035021--42035049	14	2.0	15	93	6	51	6	17	0	75	1.01
42035023--42035090	15	4.3	15	74	17	57	4	13	1	80	0.92
42035023--42035092	9	8.6	8	79	13	65	4	12	1	81	0.90
42035023--42035090	25	2.8	23	85	12	84	4	13	1	80	0.92
42035023--42035092	16	4.3	15	77	18	70	4	12	1	81	0.90
42040659--42040843	40	4.7	40	77	9	175	25	21	26	25	2.00
42040712--42040866	79	2.0	79	81	7	181	27	20	26	26	1.99
42043349--42043406	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
42043376--42043423	19	2.5	19	75	25	55	33	16	8	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42043385--42043438	17	2.9	19	89	10	94	35	14	11	38	1.82
42045110--42045166	21	2.5	21	81	16	53	64	3	3	28	1.26
42045102--42045207	54	2.1	52	84	8	137	61	5	4	28	1.39
42045110--42045174	24	2.8	22	80	15	69	66	3	4	26	1.26
42047284--42047357	36	2.1	36	97	0	139	41	14	12	31	1.83
42049516--42049591	35	2.2	35	97	0	143	13	13	21	52	1.73
42052490--42052529	20	2.0	20	85	0	53	60	2	5	32	1.32
42053866--42053928	31	2.0	31	100	0	126	41	15	0	42	1.47
42058744--42058796	26	2.0	26	100	0	106	26	22	13	37	1.91
42061388--42061499	39	2.9	39	93	0	188	21	22	30	25	1.99
42064246--42064478	116	2.0	117	90	0	369	24	27	22	25	2.00
42069954--42070121	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
42069977--42070121	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
42077348--42077489	40	3.5	40	83	4	178	23	26	24	25	2.00
42079956--42080088	61	2.2	59	82	6	162	38	3	6	52	1.41
42079973--42080106	58	2.3	57	78	12	130	39	2	6	50	1.44
42084373--42084417	23	2.0	23	86	8	65	37	8	11	42	1.72
42095905--42095956	26	2.0	26	100	0	104	38	19	15	26	1.91
42096806--42096870	6	11.5	6	73	18	59	50	1	1	46	1.20
42097312--42097336	13	1.9	13	100	0	50	32	16	8	44	1.76
42099752--42099802	20	2.6	20	84	9	61	23	27	0	49	1.51
42100843--42101058	45	4.8	45	88	0	297	24	18	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42102660--42102689	15	2.0	15	93	0	51	73	10	6	10	1.25
42106381--42106411	16	1.9	16	93	0	53	61	6	3	29	1.37
42113568--42113598	15	2.1	15	100	0	62	70	0	0	29	0.87
42113872--42113919	14	3.5	14	78	10	55	64	6	0	29	1.18
42117600--42117672	27	2.9	25	76	9	85	30	31	17	20	1.96
42123195--42123318	39	3.2	39	88	1	158	24	27	21	26	1.99
42131592--42131631	21	2.0	19	90	9	62	60	2	10	27	1.42
42131762--42131816	19	3.0	19	71	17	53	30	10	0	58	1.33
42131747--42131847	51	1.9	53	84	7	136	29	9	0	59	1.36
42131808--42132060	18	14.2	19	70	20	65	31	7	2	58	1.40
42131760--42132137	70	5.4	70	86	6	505	32	8	1	57	1.39
42131914--42131953	14	2.7	15	88	7	55	30	5	2	62	1.29
42131767--42132137	142	2.6	139	85	5	498	32	8	1	57	1.39
42133080--42133186	40	2.7	40	79	1	115	28	29	14	26	1.95
42133158--42133321	43	3.9	43	85	3	217	25	32	18	23	1.97
42133158--42133312	85	1.8	83	90	2	247	23	32	19	24	1.98
42135351--42135379	13	2.1	14	93	6	51	51	27	0	20	1.47
42146016--42146199	40	4.6	40	88	5	248	23	22	27	26	2.00
42149326--42149549	40	5.6	40	87	3	306	24	23	26	25	2.00
42149330--42149549	83	2.7	80	88	5	302	23	24	27	25	2.00
42157453--42157716	40	6.6	40	88	3	368	24	23	26	26	2.00
42157457--42157716	123	2.2	120	89	2	387	23	23	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42159411--42159484	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
42167460--42167498	21	1.9	20	89	5	60	12	38	30	17	1.88
42167600--42167635	11	3.4	10	92	7	54	47	0	19	33	1.50
42169725--42169979	55	4.8	53	79	7	234	36	16	25	21	1.94
42169732--42169932	108	1.8	110	86	4	291	34	15	25	23	1.95
42170048--42170092	23	1.9	24	86	4	65	44	11	22	22	1.84
42177807--42177928	50	2.4	51	89	4	176	35	18	21	24	1.96
42177906--42178074	61	2.8	61	87	0	212	27	18	26	27	1.98
42177904--42178082	31	5.8	31	83	6	220	27	18	26	27	1.98
42177904--42178072	92	1.8	93	85	3	243	28	17	27	26	1.98
42178194--42178291	42	2.3	42	87	0	133	32	13	27	26	1.93
42178194--42178306	42	2.7	42	81	2	129	31	14	26	27	1.94
42180835--42181033	108	1.8	110	85	4	287	35	15	25	24	1.94
42181278--42181308	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
42181774--42181871	48	2.0	48	100	0	196	48	4	18	28	1.66
42196380--42196545	42	3.9	42	78	6	183	27	13	27	31	1.94
42196390--42196545	86	1.8	83	84	4	213	27	14	27	30	1.95
42202427--42202501	35	2.1	35	85	0	105	42	20	8	29	1.80
42204946--42205067	43	2.9	42	75	11	131	28	24	18	28	1.98
42211500--42211549	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
42211638--42211873	27	8.7	27	89	0	328	38	16	13	31	1.88
42218965--42219166	29	7.0	29	83	4	221	40	11	26	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42218970--42219176	58	3.6	58	84	2	256	40	13	25	21	1.89
42222555--42222594	21	2.0	21	85	5	55	25	27	37	10	1.88
42222837--42222929	42	2.2	42	100	0	186	17	36	30	16	1.91
42227497--42227761	46	5.7	45	80	10	236	24	27	18	28	1.98
42227495--42227762	92	2.9	91	79	8	292	24	27	18	28	1.98
42229068--42229343	141	2.0	142	80	2	313	39	15	16	29	1.89
42233945--42234150	54	3.8	54	79	3	218	20	23	17	38	1.93
42248495--42248664	92	1.8	93	92	1	288	28	28	20	21	1.98
42248490--42248661	46	3.7	46	78	11	199	29	27	20	22	1.98
42256021--42256191	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
42256016--42256188	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
42260877--42260944	34	2.0	34	100	0	136	32	29	5	32	1.81
42263616--42263759	43	3.3	43	71	12	116	33	24	16	25	1.96
42265085--42265196	19	5.7	19	71	24	90	11	24	23	41	1.87
42265097--42265242	78	1.9	78	90	5	233	11	23	23	40	1.88
42265097--42265223	39	3.3	39	93	0	218	11	23	24	40	1.87
42271680--42271942	40	6.6	40	88	3	334	26	27	20	25	1.99
42271874--42271951	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
42274574--42274670	42	2.3	42	83	3	133	28	12	23	35	1.91
42282770--42282941	45	3.9	44	85	6	224	26	27	22	23	1.99
42283738--42283931	47	4.1	47	93	0	316	42	14	12	29	1.83
42290464--42290593	45	2.9	45	83	0	170	30	27	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42302614--42302730	43	2.8	42	76	7	137	29	17	23	28	1.97
42303350--42303385	13	2.8	13	91	0	63	25	5	22	47	1.73
42306444--42306674	39	5.9	39	88	0	336	23	29	24	21	1.99
42312086--42312316	39	5.9	39	92	0	354	25	30	23	20	1.98
42320734--42321040	48	6.6	48	89	8	483	35	8	26	30	1.85
42320926--42321007	37	2.2	37	97	0	155	35	8	25	30	1.86
42320878--42321040	85	1.9	85	96	0	299	34	8	26	30	1.86
42321213--42321314	37	2.8	37	93	1	170	22	19	31	26	1.98
42322595--42322745	40	3.8	40	92	2	243	19	23	31	25	1.98
42322786--42322883	29	3.4	29	85	4	110	22	14	29	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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