genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72606649--72606674	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
72606663--72606749	39	2.2	38	84	10	104	34	17	21	26	1.95
72606832--72606979	76	1.9	76	81	0	179	31	18	19	31	1.96
72607193--72607237	22	2.0	22	82	0	54	22	0	33	44	1.53
72607198--72607232	15	2.4	15	90	4	54	20	0	34	45	1.51
72607252--72607360	7	15.0	7	76	11	67	22	0	35	41	1.60
72607454--72607498	14	3.2	14	83	0	63	24	0	26	48	1.51
72608052--72608095	13	3.3	13	87	6	61	81	0	0	18	0.68
72608064--72608095	7	4.6	7	100	0	64	87	0	0	12	0.54
72608052--72608108	14	4.1	14	77	11	55	75	1	0	22	0.90
72612418--72613033	23	26.9	23	76	8	416	32	5	22	38	1.78
72612530--72613036	183	2.8	184	85	6	649	33	6	22	38	1.79
72614441--72614479	20	2.0	20	100	0	78	28	20	20	30	1.98
72617009--72617084	37	2.1	36	83	11	93	40	2	2	53	1.28
72627039--72627180	40	3.6	40	88	2	207	23	23	27	26	2.00
72630775--72630819	20	2.2	20	84	7	56	35	15	31	17	1.92
72630788--72630849	20	3.1	20	86	6	81	43	16	27	12	1.84
72633467--72633611	61	2.3	60	82	8	159	27	26	19	26	1.99
72633632--72633671	20	2.0	20	90	0	62	27	22	20	30	1.98
72649770--72649839	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
72652540--72652928	39	10.0	39	92	0	634	22	25	28	23	1.99
72664068--72664191	47	2.7	45	81	12	135	31	18	25	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72664118--72664237	46	2.6	46	84	5	143	30	19	26	23	1.98
72665420--72665461	22	2.0	22	95	4	77	9	35	28	26	1.88
72672124--72672290	58	2.9	58	79	10	166	41	1	3	53	1.29
72672455--72672509	16	3.4	16	85	9	76	30	25	5	38	1.79
72674345--72674426	41	2.0	40	88	2	119	24	18	10	46	1.81
72678780--72678840	30	2.0	30	83	0	77	34	22	9	32	1.87
72679600--72679674	33	2.3	33	80	0	96	32	4	53	10	1.54
72679744--72679811	30	2.3	30	82	5	84	35	13	20	30	1.91
72687455--72687480	12	2.2	12	100	0	52	57	26	7	7	1.54
72691478--72691521	21	2.1	21	100	0	88	22	27	11	38	1.88
72693526--72693618	43	2.2	43	86	0	123	35	18	21	24	1.95
72695839--72695946	43	2.5	42	88	7	155	25	12	25	36	1.91
72703145--72703252	43	2.5	43	89	0	162	25	12	25	35	1.92
72703145--72703271	43	3.0	43	85	2	148	25	13	26	34	1.93
72706681--72707000	46	7.0	46	91	0	426	39	15	24	20	1.91
72707286--72707318	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
72725441--72725613	49	3.6	49	78	9	180	26	18	31	24	1.98
72744131--72744179	25	2.0	24	92	4	80	18	2	14	65	1.37
72747057--72747141	40	2.2	40	95	2	154	34	22	16	27	1.95
72749239--72749280	19	2.3	19	88	12	61	69	0	21	9	1.17
72757855--72757993	69	2.0	69	98	0	269	28	32	12	26	1.93
72772891--72772974	22	3.8	22	85	0	105	34	22	28	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72781744--72781966	109	2.0	109	90	0	347	22	21	32	23	1.98
72783372--72783703	70	4.7	70	81	2	371	31	20	18	29	1.96
72783950--72784001	19	2.7	19	75	16	54	25	11	15	48	1.78
72788034--72788145	43	2.6	40	80	10	100	28	18	23	29	1.98
72789914--72789956	20	2.2	20	91	0	68	32	13	30	23	1.93
72796304--72796445	57	2.5	57	86	2	187	40	9	18	31	1.83
72796465--72796796	69	4.8	68	78	8	294	20	19	23	36	1.95
72801289--72801464	46	3.8	45	77	10	176	21	19	28	30	1.97
72801285--72801456	93	1.8	93	92	0	290	21	19	29	29	1.98
72803463--72803492	15	1.9	16	93	6	53	23	3	0	73	0.98
72806216--72806264	19	2.5	19	76	6	53	4	22	4	69	1.23
72820439--72820511	36	2.0	36	100	0	146	36	10	10	41	1.76
72823469--72823531	32	2.0	32	96	0	117	30	20	25	23	1.99
72831719--72831936	79	2.7	82	80	10	229	25	26	22	26	2.00
72831733--72831936	40	5.1	40	83	8	229	25	26	22	25	2.00
72839679--72839862	40	4.7	40	84	7	225	25	27	22	24	2.00
72839679--72839862	79	2.3	82	83	8	229	25	27	22	24	2.00
72843568--72843806	42	5.6	42	70	5	185	28	20	24	26	1.99
72843555--72843839	85	3.4	85	92	0	453	29	19	23	27	1.98
72844360--72844391	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
72845190--72845305	49	2.4	49	79	2	135	20	27	20	31	1.98
72845180--72845407	98	2.4	94	80	7	228	21	26	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72850192--72850265	29	2.6	29	80	4	78	29	16	29	24	1.96
72852060--72852154	27	3.4	28	88	5	122	26	12	27	33	1.92
72852088--72852172	27	3.0	27	86	5	80	31	11	23	32	1.91
72864375--72864462	32	2.7	31	81	6	95	28	19	25	27	1.99
72866290--72866347	15	3.9	14	84	4	62	55	15	12	17	1.70
72878855--72878914	30	2.0	29	87	3	84	41	3	25	30	1.71
72882936--72882993	28	2.1	28	93	0	98	43	17	17	22	1.88
72885148--72885173	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
72893769--72893850	40	2.0	40	100	0	164	30	24	9	35	1.88
72895494--72895545	25	2.1	25	92	3	88	26	19	21	32	1.97
72897634--72897709	37	2.1	37	97	0	143	36	5	18	39	1.73
72903807--72904019	46	4.5	46	77	6	169	30	18	27	23	1.97
72903804--72904116	49	6.6	48	74	7	210	30	17	26	25	1.97
72903855--72904118	98	2.7	97	81	6	288	30	17	26	25	1.97
72911113--72911275	43	3.8	43	76	11	154	31	25	18	24	1.97
72913362--72913398	13	2.8	13	91	0	56	5	29	43	21	1.75
72915148--72915178	7	4.4	7	100	0	62	25	12	12	48	1.77
72916720--72916895	50	3.5	49	78	7	167	28	28	18	24	1.98
72916720--72916906	101	1.9	99	84	4	250	28	29	18	24	1.98
72919315--72919371	27	2.1	27	93	0	96	28	15	21	35	1.94
72923767--72923909	40	3.5	40	83	4	171	25	25	27	22	2.00
72926586--72926703	55	2.1	55	80	6	132	25	27	28	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72928913--72928943	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
72928910--72928949	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
72929199--72929394	55	3.6	53	80	6	198	20	25	17	36	1.94
72935263--72935289	13	2.1	13	100	0	54	37	18	14	29	1.91
72943362--72943448	30	3.0	29	80	14	92	10	16	16	57	1.65
72943371--72943449	15	5.4	15	77	10	83	10	16	13	59	1.60
72945825--72946000	46	3.8	46	76	4	183	21	21	28	28	1.98
72945821--72945993	93	1.9	93	91	0	283	21	21	29	27	1.99
72950698--72950726	14	2.0	15	93	6	51	17	0	20	62	1.33
72958923--72958973	22	2.3	22	90	6	77	39	19	27	13	1.90
72958936--72958983	22	2.2	22	81	7	53	39	25	22	12	1.89
72959177--72959241	22	3.0	22	82	8	78	32	21	24	21	1.98
72959383--72959505	41	3.0	41	91	0	192	29	30	20	20	1.97
72959507--72959544	18	2.1	18	95	0	67	18	34	2	44	1.64
72959761--72960182	27	15.7	27	80	1	317	30	9	19	40	1.83
72959761--72960174	81	5.1	81	78	2	366	30	9	19	40	1.83
72960171--72960247	27	2.9	27	86	0	100	27	24	18	29	1.98
72962939--72962985	22	2.1	22	92	0	76	40	25	23	10	1.87
72962945--72962993	22	2.2	22	85	0	71	40	28	18	12	1.86
72963189--72963249	22	2.7	23	82	7	72	32	24	24	18	1.97
72963396--72963516	41	3.0	41	86	0	161	28	27	22	22	1.99
72963754--72963818	27	2.4	27	86	0	85	30	12	21	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72963776--72963828	27	2.0	27	85	7	72	32	13	15	39	1.85
72965303--72965366	33	2.0	32	87	3	92	34	18	25	21	1.96
72970405--72970525	43	2.9	42	82	7	172	31	16	24	27	1.96
72972033--72972082	20	2.5	20	86	0	73	16	38	36	10	1.82
72975463--72975578	31	3.7	31	78	10	130	43	1	1	52	1.21
72975457--72975580	11	12.1	11	63	20	54	43	1	1	53	1.20
72976176--72976201	11	2.4	11	100	0	52	34	0	7	57	1.27
72977498--72977524	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
72978760--72978838	27	2.9	27	76	0	86	22	22	24	30	1.99
72992891--72993015	43	2.9	44	85	2	146	34	24	17	23	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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