genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66445476--66445513	20	1.9	20	89	10	60	7	15	0	76	1.01
66445476--66445514	21	1.9	21	89	5	62	7	15	0	76	0.99
66446368--66446411	21	2.0	21	83	12	54	75	0	11	13	1.06
66446491--66446544	6	9.0	6	81	0	54	72	7	3	16	1.22
66446473--66446528	24	2.5	22	83	16	78	73	8	3	14	1.21
66446491--66446544	24	2.2	24	83	6	65	72	7	3	16	1.22
66448821--66448864	21	2.1	21	100	0	88	22	11	29	36	1.89
66450633--66450790	50	3.1	50	77	11	137	39	12	13	34	1.82
66453319--66454019	47	14.7	47	94	2	1177	32	8	29	29	1.87
66454138--66454216	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
66455349--66455391	20	2.2	19	87	4	59	74	2	0	23	0.93
66456172--66456216	14	3.2	14	87	0	72	31	2	20	46	1.62
66456282--66456328	21	2.2	21	92	0	76	17	6	31	44	1.73
66456412--66456443	15	2.1	15	94	0	55	62	3	0	34	1.11
66460977--66461376	116	3.5	114	80	10	395	32	6	24	37	1.80
66460875--66461382	23	22.1	23	76	9	392	31	6	24	37	1.80
66461484--66461765	94	3.0	94	100	0	564	21	17	22	39	1.92
66462373--66462520	42	3.6	43	75	14	125	30	21	16	31	1.96
66463207--66463288	43	1.9	42	97	2	155	51	14	12	21	1.75
66463894--66463970	38	2.0	38	97	0	145	42	5	6	45	1.52
66464331--66464418	41	2.1	41	97	0	167	53	14	4	27	1.60
66464820--66464889	28	2.4	29	81	9	90	45	10	10	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66465575--66465617	23	1.9	23	90	4	70	37	2	13	46	1.57
66475388--66475444	28	2.0	29	82	3	71	40	3	24	31	1.72
66485123--66485151	14	2.0	15	93	6	51	17	0	27	55	1.42
66490542--66490593	18	2.9	18	79	0	59	23	7	32	36	1.83
66502849--66502891	18	2.4	18	80	7	52	27	39	0	32	1.57
66505675--66505747	26	2.7	27	79	6	78	26	20	15	38	1.92
66508875--66509083	46	4.5	46	76	8	176	24	29	17	28	1.97
66508768--66509038	138	1.9	143	82	10	344	24	30	18	26	1.98
66508825--66509083	140	1.8	140	82	8	330	24	30	16	28	1.97
66511113--66511322	47	4.5	48	79	12	197	24	28	18	28	1.98
66511113--66511280	45	3.6	46	82	8	171	24	29	17	27	1.97
66515170--66515403	47	4.9	47	97	1	423	31	7	30	30	1.85
66515520--66515598	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
66517464--66517609	43	3.4	43	100	0	292	22	15	35	26	1.94
66517591--66517664	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
66517975--66518197	40	5.6	40	80	2	218	24	23	27	24	2.00
66522031--66522263	47	4.9	47	97	1	423	31	7	30	30	1.85
66537290--66537407	45	2.6	47	82	5	134	27	29	16	27	1.97
66538679--66538753	26	2.9	26	84	4	89	38	20	13	28	1.90
66546267--66546374	26	4.2	26	85	0	126	39	22	15	22	1.91
66546895--66546950	22	2.6	21	88	8	60	32	25	0	42	1.55
66546904--66546950	22	2.1	22	100	0	94	29	23	0	46	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66561105--66561510	203	2.0	203	82	4	489	30	6	7	55	1.52
66567661--66567757	48	2.0	48	93	0	167	36	19	22	21	1.95
66574387--66574876	177	2.8	177	83	4	576	31	16	24	27	1.97
66574853--66574900	24	2.0	24	100	0	96	41	12	29	16	1.85
66574677--66575038	200	1.8	200	88	3	559	31	16	25	26	1.96
66574899--66575141	132	1.8	132	82	5	312	29	20	22	27	1.98
66575152--66575232	42	1.9	42	92	0	135	34	16	18	30	1.93
66575300--66575346	22	2.0	23	88	12	69	78	0	2	19	0.85
66576498--66576901	203	2.0	201	83	4	510	29	5	7	57	1.48
66580533--66580600	29	2.4	29	85	7	86	26	14	27	30	1.95
66582919--66583024	28	3.7	28	68	19	74	27	17	27	27	1.98
66585578--66585827	41	6.1	42	80	2	215	34	19	20	26	1.96
66586107--66586178	14	5.0	14	71	6	54	50	27	0	22	1.50
66586284--66586354	7	10.0	7	80	3	61	22	1	28	47	1.59
66586598--66586656	7	8.4	7	84	0	64	20	0	32	47	1.50
66586597--66586656	21	2.9	21	84	0	75	21	0	31	46	1.52
66586832--66586939	40	2.7	40	88	0	144	32	18	20	28	1.96
66586989--66587338	165	2.1	165	83	3	427	36	18	20	24	1.95
66591334--66591372	19	2.1	18	85	9	51	58	7	0	33	1.26
66591447--66591549	49	2.1	49	92	0	170	38	9	6	44	1.64
66591569--66591618	9	5.6	9	85	0	55	46	26	0	28	1.53
66591569--66591618	18	2.8	18	87	0	73	46	26	0	28	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66591630--66591667	5	7.6	5	100	0	76	42	18	0	39	1.50
66596717--66596745	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
66597648--66597756	42	2.6	42	85	1	137	23	22	23	29	1.99
66598522--66598560	20	2.0	20	95	5	71	15	0	5	79	0.90
66598529--66598569	20	2.1	20	86	4	57	17	0	7	75	1.02
66605960--66605986	12	2.2	12	100	0	54	29	7	7	55	1.55
66608719--66608760	21	2.0	21	85	0	57	47	7	26	19	1.74
66614150--66614326	41	4.3	40	76	5	131	27	15	18	38	1.91
66614189--66614326	41	3.4	40	79	4	141	26	16	18	37	1.92
66620525--66620602	38	2.1	38	97	0	147	34	14	15	35	1.87
66620930--66621128	27	7.4	27	85	3	249	25	17	17	40	1.90
66620930--66621155	81	2.8	81	82	4	276	26	16	16	39	1.90
66620930--66621155	27	8.4	27	84	6	244	26	16	16	39	1.90
66620930--66621291	54	6.7	54	77	8	206	28	13	17	40	1.88
66621112--66621291	27	6.7	27	81	11	210	32	8	17	41	1.81
66621087--66621291	54	3.8	53	83	4	225	31	9	17	41	1.82
66622960--66623015	24	2.4	24	72	3	60	28	5	30	35	1.80
66623346--66623493	44	3.4	44	91	0	233	27	26	14	31	1.95
66623480--66623903	220	1.9	220	91	0	686	27	21	17	32	1.96
66630440--66630617	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
66630461--66630616	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
66640793--66640825	10	3.3	10	100	0	66	51	0	9	39	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66641028--66641058	14	2.2	14	100	0	62	45	6	12	35	1.68
66642395--66642450	24	2.4	24	75	3	60	26	7	32	33	1.84
66643015--66643059	18	2.4	18	85	10	56	64	6	0	28	1.19
66653178--66653308	65	2.0	65	100	0	262	34	13	19	32	1.91
66662886--66662935	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
66662971--66663086	27	4.3	27	78	4	92	22	19	15	42	1.89
66668135--66668193	18	3.3	18	76	9	66	38	15	20	25	1.91
66668566--66668679	27	4.2	27	87	4	167	21	20	18	40	1.92
66671377--66671443	23	2.8	25	76	17	63	44	19	11	23	1.84
66671489--66671629	27	5.2	26	85	0	129	21	17	19	41	1.90
66671489--66671629	54	2.6	54	77	2	158	21	17	19	41	1.90
66671490--66671644	81	1.9	81	79	7	172	23	17	20	39	1.92
66671624--66672019	27	14.7	27	87	0	524	39	15	14	30	1.87
66672123--66672164	18	2.3	18	80	8	50	21	38	26	14	1.91
66675564--66675631	23	2.9	24	79	16	63	45	20	10	23	1.81
66675692--66675816	27	4.6	27	79	10	130	20	17	21	40	1.92
66675829--66675872	22	2.0	22	90	0	70	38	20	6	34	1.79
66675823--66675960	54	2.6	54	85	5	178	39	14	13	32	1.85
66675810--66675959	27	5.7	27	81	7	157	39	14	13	32	1.85
66677373--66677424	12	4.3	12	77	0	50	21	50	0	28	1.49
66683216--66683379	46	3.5	46	75	9	161	23	28	19	28	1.98
66683723--66683762	21	1.9	21	94	0	71	30	17	15	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66690673--66690970	47	6.4	45	69	15	160	23	28	20	27	1.99
66692435--66692554	43	2.9	42	81	8	154	30	15	26	27	1.96
66696703--66696858	43	3.6	44	86	3	210	29	16	22	32	1.95
66701097--66701285	40	4.7	40	88	2	281	24	26	22	25	2.00
66701062--66701285	80	2.8	79	84	7	283	24	25	22	27	2.00
66709045--66709193	40	3.7	40	92	0	244	26	28	20	25	1.99
66714290--66714318	12	2.3	13	94	5	51	58	13	6	20	1.58
66715140--66715242	43	2.4	41	84	7	127	29	17	25	28	1.97
66724881--66724910	14	2.1	14	100	0	60	33	40	10	16	1.82
66728927--66728980	24	2.2	24	100	0	108	7	33	29	29	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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