genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23483345--23483529	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
23483345--23483529	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
23485467--23485533	32	2.1	32	100	0	134	17	8	13	59	1.59
23493382--23493427	8	5.8	8	89	0	74	43	26	26	4	1.73
23493384--23493427	16	2.8	16	100	0	88	40	27	27	4	1.75
23493816--23493957	27	5.3	27	80	11	175	19	23	21	35	1.96
23493817--23493957	54	2.6	54	94	2	239	19	24	21	34	1.96
23493816--23493975	81	2.0	80	81	8	191	20	24	20	35	1.96
23496052--23496077	13	2.0	13	100	0	52	15	30	30	23	1.95
23498046--23498076	16	1.9	16	93	0	53	80	0	3	16	0.83
23498042--23498077	11	3.3	11	88	0	54	80	0	2	16	0.83
23498085--23498130	20	2.2	21	88	3	67	76	2	2	19	1.00
23517301--23517450	41	3.7	41	83	1	212	21	22	27	28	1.99
23528836--23528951	61	1.9	58	89	8	180	50	5	3	40	1.41
23529657--23529721	32	2.0	32	96	0	121	40	24	16	18	1.91
23536592--23536767	46	3.8	45	79	10	212	20	20	30	28	1.98
23536589--23536759	93	1.8	93	96	0	315	20	21	30	28	1.98
23539708--23539766	32	1.9	30	89	6	91	10	16	15	57	1.64
23542146--23542322	46	3.9	44	77	11	185	21	20	28	29	1.98
23542144--23542314	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
23545865--23545920	13	4.5	13	76	13	64	46	14	0	39	1.44
23546859--23546892	4	8.5	4	93	0	50	20	0	5	73	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23551212--23551253	13	3.5	13	75	18	54	50	11	0	38	1.40
23551212--23551263	23	2.3	23	96	0	95	51	11	0	36	1.38
23554388--23554449	26	2.4	26	91	0	97	45	9	11	33	1.73
23563437--23563496	18	3.3	18	79	9	68	31	15	10	43	1.79
23572608--23572655	18	2.7	18	86	0	69	31	14	10	43	1.79
23573886--23573925	19	2.0	20	86	13	57	5	17	2	75	1.10
23573886--23573937	18	2.8	19	83	13	56	5	15	3	75	1.14
23579730--23579996	47	5.7	46	76	9	229	29	21	28	20	1.98
23579730--23579997	94	2.9	91	80	9	301	29	21	28	20	1.98
23586977--23587040	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
23587002--23587060	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
23596980--23597047	26	2.7	26	86	2	84	35	13	20	30	1.91
23598469--23598512	20	2.2	20	95	0	79	40	0	0	59	0.98
23604376--23604421	21	2.3	19	85	11	56	28	19	8	43	1.80
23613687--23613861	40	4.4	38	78	9	147	23	28	22	25	1.99
23613707--23613865	40	4.0	40	85	4	196	24	28	22	24	1.99
23613713--23613868	80	2.0	80	85	5	217	24	28	21	25	1.99
23621802--23621960	40	4.0	39	86	5	212	23	29	22	23	1.99
23621808--23621963	80	2.0	80	88	5	235	23	29	22	24	1.99
23624678--23624716	20	2.1	19	85	9	53	53	12	25	7	1.65
23628260--23628292	14	2.3	15	89	5	50	54	6	15	24	1.63
23629494--23629541	21	2.2	21	85	10	62	14	33	33	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23635503--23635543	16	2.6	16	96	0	73	51	0	0	48	1.00
23635624--23635661	19	2.0	19	100	0	76	52	15	5	26	1.64
23638875--23638902	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
23639564--23639765	92	2.2	91	81	8	223	46	10	17	26	1.80
23641774--23641819	14	3.1	15	76	20	51	41	8	21	28	1.83
23642158--23642304	43	3.4	43	74	5	111	25	19	26	27	1.99
23642203--23642304	42	2.4	43	80	4	109	26	17	26	29	1.98
23644091--23644237	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
23644137--23644317	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
23644134--23644317	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
23667991--23668196	27	7.6	27	86	3	261	27	15	27	30	1.96
23667992--23668196	109	1.9	108	89	3	322	26	15	27	30	1.96
23676002--23676206	27	7.6	27	84	3	241	27	15	26	30	1.96
23682554--23682633	26	3.1	26	100	0	160	42	26	11	20	1.85
23691691--23691729	18	2.2	18	95	0	69	56	30	0	12	1.37
23698831--23698933	38	2.7	38	89	0	143	29	26	22	22	1.99
23709053--23709077	13	1.9	13	100	0	50	12	16	16	56	1.68
23712541--23712590	25	2.0	26	84	11	68	52	8	4	36	1.50
23721581--23721755	27	6.6	27	84	5	185	28	28	15	27	1.96
23721581--23721755	53	3.3	53	83	5	201	28	28	15	27	1.96
23729262--23729438	27	6.6	27	83	5	178	29	28	15	27	1.96
23729262--23729438	55	3.3	54	82	4	205	29	28	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23732946--23733101	27	5.8	27	82	10	185	33	21	26	18	1.97
23732961--23733104	54	2.7	54	94	2	245	34	23	25	16	1.96
23745002--23745059	24	2.4	24	80	8	64	46	3	32	17	1.65
23749418--23749575	54	2.9	53	86	2	217	37	22	10	29	1.87
23749418--23749547	27	4.9	27	90	0	199	39	23	8	29	1.84
23760760--23760858	40	2.5	40	83	3	110	24	15	26	34	1.94
23770779--23770900	42	2.9	41	76	4	127	30	24	13	31	1.93
23770876--23770989	48	2.4	48	83	1	149	32	24	14	28	1.95
23773735--23773890	43	3.7	43	77	13	144	30	28	16	24	1.97
23774500--23774565	32	2.1	32	97	0	123	40	19	0	39	1.52
23780463--23780633	43	4.0	42	75	10	166	29	28	17	24	1.97
23782372--23782418	21	2.2	21	84	0	58	46	10	17	25	1.79
23782380--23782421	21	2.0	21	95	0	75	38	11	14	35	1.83
23785893--23785927	15	2.2	16	90	5	54	57	40	0	2	1.14
23787179--23787302	43	2.9	41	79	10	124	29	28	17	24	1.97
23788188--23788223	18	2.1	18	90	10	58	38	5	0	55	1.23
23790144--23790248	53	2.0	53	98	0	201	19	25	14	40	1.89
23792161--23792380	40	5.5	40	89	1	316	28	26	20	24	1.99
23796227--23796397	79	2.2	79	89	2	254	25	21	28	25	1.99
23796174--23796397	40	5.7	40	84	6	269	25	21	28	25	1.99
23796227--23796403	39	4.5	40	88	4	202	25	20	28	24	1.99
23796213--23796430	79	2.8	79	83	6	221	27	20	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23797960--23798023	32	2.0	32	100	0	128	25	25	21	28	1.99
23803669--23803933	40	6.7	40	85	1	311	26	26	21	24	2.00
23814331--23814430	27	3.7	27	91	2	166	34	15	15	36	1.88
23814331--23814522	27	7.1	27	81	11	105	36	16	16	30	1.90
23814331--23814444	54	2.1	53	85	9	151	34	15	14	35	1.88
23814341--23814511	54	3.2	54	78	9	129	38	15	16	29	1.89
23814422--23814538	27	4.3	26	84	6	144	42	15	17	23	1.88
23817831--23817929	27	3.7	27	82	5	128	37	13	14	35	1.84
23817884--23817968	27	3.1	27	84	5	91	37	17	15	29	1.91
23817922--23818019	27	3.6	27	83	6	126	40	17	18	23	1.91
23817922--23818039	54	2.2	55	80	6	132	39	16	19	23	1.92
23818079--23818123	23	2.0	22	87	12	65	24	13	17	44	1.85
23821851--23822250	209	1.9	209	95	0	728	35	21	6	37	1.80
23822358--23822396	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
23829091--23829382	143	2.0	143	98	0	568	30	18	10	41	1.83
23829629--23829679	19	2.9	17	83	11	66	37	9	17	35	1.83
23829651--23829708	22	2.7	21	86	7	80	34	3	18	43	1.68
23834724--23834776	19	3.0	17	79	15	63	39	9	15	35	1.79
23834748--23834805	22	2.7	21	84	7	71	36	1	18	43	1.61
23843638--23843851	40	5.4	39	89	5	272	25	23	27	23	2.00
23843632--23843851	119	1.8	119	85	5	311	26	23	26	24	2.00
23845931--23845974	14	3.1	14	81	15	54	72	6	20	0	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23847698--23847741	21	2.1	21	83	8	54	54	20	22	2	1.56
23853205--23854240	47	21.9	47	96	2	1857	32	8	29	29	1.87
23854359--23854437	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
23855651--23855839	40	4.8	40	86	3	256	24	21	28	26	1.99
23856018--23856067	24	2.0	25	84	3	66	34	8	28	30	1.86
23866577--23866761	39	4.7	40	87	5	268	25	23	27	23	2.00
23866577--23866762	79	2.4	78	87	3	266	25	23	27	23	2.00
23868848--23868891	14	3.1	14	81	15	54	72	6	20	0	1.07
23876088--23877124	47	21.9	47	92	4	1655	33	8	28	30	1.86
23876088--23877124	285	3.7	283	92	4	1711	33	8	28	30	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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