genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30117022--30117137	45	2.6	44	79	5	126	32	12	21	32	1.91
30117237--30117524	89	3.2	89	83	2	357	33	15	20	29	1.94
30117237--30117534	44	6.7	44	77	6	269	34	15	20	29	1.94
30119775--30119816	17	2.5	17	92	0	66	40	2	7	50	1.43
30131288--30131312	13	1.9	13	100	0	50	32	32	12	24	1.91
30136810--30136862	12	4.6	11	75	15	54	64	1	1	32	1.15
30138757--30138810	9	5.7	9	79	12	63	64	1	1	31	1.14
30138757--30138810	20	2.8	19	83	8	65	64	1	1	31	1.14
30138757--30138823	20	3.5	20	80	15	63	62	2	1	32	1.19
30145598--30145644	22	2.1	23	84	11	62	40	6	0	53	1.27
30145965--30146013	22	2.2	22	96	0	89	28	10	24	36	1.88
30146881--30146923	20	2.3	18	81	14	52	41	0	20	37	1.53
30147559--30147835	49	5.8	47	76	7	195	28	17	28	26	1.97
30147608--30147829	49	4.6	49	79	5	202	28	18	27	25	1.98
30147597--30147781	98	1.9	98	86	5	268	28	18	28	23	1.98
30155622--30155693	32	2.2	32	85	4	101	18	29	36	16	1.93
30158651--30158732	42	2.0	42	82	0	101	32	26	14	25	1.95
30161403--30161471	28	2.5	28	85	0	84	31	14	17	36	1.90
30161430--30161477	14	3.4	14	76	0	51	35	14	14	35	1.87
30169429--30169562	52	2.6	52	88	6	211	27	29	14	27	1.96
30170789--30170827	18	2.3	18	86	8	55	35	25	0	38	1.56
30170850--30170902	13	4.1	13	80	7	63	50	3	0	45	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30170852--30170892	9	4.7	9	84	3	57	51	2	0	46	1.14
30178523--30178581	30	2.0	30	89	0	91	25	25	8	40	1.83
30187798--30187848	10	5.0	10	85	4	66	41	19	25	13	1.88
30187799--30187851	21	2.6	21	88	5	74	43	20	22	13	1.86
30187798--30187860	20	3.1	21	84	4	76	39	19	26	14	1.90
30195879--30196135	40	6.5	40	90	2	360	24	28	23	22	2.00
30203994--30204250	40	6.5	40	90	2	360	24	28	23	22	2.00
30210114--30210191	31	2.5	31	95	2	140	25	28	17	28	1.98
30210384--30210455	25	2.9	24	85	4	81	26	20	22	30	1.98
30210411--30210480	25	2.8	25	91	0	104	24	21	27	27	1.99
30211279--30211343	27	2.4	27	79	5	69	24	24	15	35	1.94
30211377--30211821	27	16.5	27	75	9	241	31	8	20	39	1.83
30211415--30211776	81	4.5	79	72	6	271	31	9	19	39	1.83
30211415--30211821	81	5.0	80	72	7	266	31	9	20	39	1.83
30220203--30220297	40	2.4	41	83	3	113	23	14	28	33	1.94
30223473--30223776	47	6.4	47	91	1	437	34	8	29	27	1.86
30226205--30226279	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
30226333--30226639	40	7.7	40	92	1	483	24	22	28	25	1.99
30230004--30230307	47	6.4	47	91	1	437	34	8	29	27	1.86
30234644--30234670	8	3.4	8	100	0	54	37	25	0	37	1.57
30241888--30242059	93	1.8	93	91	0	281	29	28	20	21	1.98
30241889--30242056	46	3.6	46	77	10	171	29	27	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30249436--30249604	91	1.9	91	94	2	304	28	29	20	21	1.98
30249437--30249600	45	3.6	44	80	11	206	28	29	20	21	1.98
30255419--30255450	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
30255650--30255889	50	4.8	50	77	3	248	27	25	20	27	1.99
30255711--30255892	101	1.8	101	86	2	267	29	24	19	27	1.98
30261235--30261304	29	2.5	29	81	4	81	27	21	18	32	1.97
30261259--30261318	29	2.1	29	90	6	95	21	20	16	41	1.90
30261259--30261327	29	2.4	29	85	9	79	24	20	17	37	1.93
30261451--30261558	53	2.1	52	84	5	137	29	25	9	36	1.87
30266552--30266608	28	2.0	28	93	0	96	33	19	12	35	1.89
30267374--30267598	46	4.9	47	91	2	307	21	24	14	40	1.90
30276578--30276609	3	10.7	3	100	0	64	0	0	31	68	0.90
30277997--30278116	51	2.4	51	85	2	161	25	21	11	40	1.87
30278954--30279003	16	3.1	16	79	2	55	58	0	0	42	0.98
30284291--30284319	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
30285705--30285823	51	2.3	50	88	2	166	27	21	10	40	1.85
30297227--30297294	33	2.1	33	97	0	127	30	5	23	39	1.78
30307715--30307788	32	2.3	32	81	4	87	40	18	14	25	1.89
30309128--30309352	40	5.6	39	84	7	272	25	28	23	23	2.00
30309128--30309352	83	2.8	80	87	4	326	25	28	23	23	2.00
30311550--30311665	27	4.3	27	82	4	110	29	10	19	40	1.85
30311591--30311673	27	3.1	27	87	0	112	28	8	24	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30315669--30315728	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
30317837--30317944	43	2.5	42	81	8	137	32	15	23	28	1.95
30331013--30331344	47	7.1	47	92	0	495	34	10	29	26	1.89
30331180--30331301	22	5.3	22	65	24	63	33	11	28	26	1.91
30331318--30331500	46	4.0	46	92	1	287	34	8	31	25	1.85
30341686--30341731	23	2.0	23	100	0	92	43	4	17	34	1.69
30347383--30348062	348	2.0	348	98	0	1306	33	30	12	23	1.92
30350561--30350638	31	2.5	31	91	0	129	24	38	21	15	1.92
30356781--30356852	36	2.0	36	94	0	126	44	2	19	33	1.65
30361411--30361679	84	3.1	88	93	5	474	29	23	5	40	1.78
30361736--30361924	43	4.4	42	87	4	252	31	21	13	33	1.92
30367340--30367468	46	2.8	46	80	15	160	20	29	20	29	1.98
30373289--30373351	22	2.9	22	95	0	117	20	36	31	11	1.88
30374309--30374380	28	2.5	29	77	6	67	30	9	27	31	1.89
30382649--30382693	10	5.0	10	79	20	55	48	0	0	51	1.00
30382728--30382812	27	2.8	31	70	22	83	43	1	1	54	1.15
30389566--30389641	25	3.0	25	86	1	107	23	17	18	40	1.91
30394278--30395745	489	3.0	489	98	0	2848	28	18	23	28	1.98
30406591--30406639	24	2.1	24	84	3	64	69	6	4	20	1.27
30408327--30408474	51	2.9	51	92	2	244	31	13	25	29	1.94
30413526--30413571	22	2.1	22	83	0	56	50	2	2	45	1.26
30419661--30419714	27	2.0	27	96	0	99	59	5	3	31	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30425754--30425802	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
30426198--30426326	43	3.0	43	91	2	197	52	0	22	24	1.52
30426203--30426267	15	4.4	16	66	25	52	55	0	24	20	1.43
30431172--30431293	43	2.9	42	77	2	145	31	13	24	30	1.94
30433891--30433935	21	2.1	22	91	4	74	26	31	11	31	1.91
30433915--30433980	27	2.4	27	87	0	87	31	27	12	28	1.92
30442007--30442104	51	1.9	51	89	4	153	34	3	5	57	1.36
30442256--30442453	82	2.5	80	80	4	245	28	14	12	44	1.80
30447475--30447504	6	4.8	6	95	4	51	33	0	0	66	0.92
30452439--30452483	21	2.1	21	84	8	56	44	15	6	33	1.73
30460872--30460938	25	2.7	25	88	0	98	20	23	20	34	1.97
30460871--30460955	25	3.4	24	79	6	80	20	25	21	32	1.97
30463313--30463436	57	2.2	58	82	4	144	25	17	20	36	1.94
30475076--30475127	24	2.2	24	89	6	79	36	3	3	55	1.36
30475083--30475139	24	2.4	25	85	11	75	36	5	7	50	1.52
30476108--30476171	32	2.0	32	100	0	128	31	15	25	28	1.96
30478109--30478200	40	2.3	40	81	3	116	36	35	14	13	1.84
30478560--30478600	17	2.4	18	84	12	59	17	43	24	14	1.86
30483843--30484022	43	4.0	43	76	13	164	22	28	21	26	1.99
30483873--30483975	52	2.0	52	90	0	161	22	31	24	22	1.99
30484795--30484929	70	1.9	70	90	0	216	37	18	12	31	1.88
30492232--30492278	23	2.0	23	100	0	94	40	4	12	42	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30492232--30492296	23	2.8	23	88	2	67	35	6	13	44	1.69
30496328--30496379	24	2.2	24	92	0	86	36	3	7	51	1.49
30496328--30496391	24	2.7	24	87	4	76	35	4	10	48	1.59
30497325--30497390	28	2.4	27	87	7	96	63	3	1	31	1.19
30505446--30505470	12	2.1	12	100	0	50	52	24	16	8	1.70
30510154--30510194	19	2.1	20	95	4	75	0	21	7	70	1.11
30515034--30515325	39	7.7	39	82	4	190	30	16	20	33	1.94
30515036--30516538	109	13.7	109	83	3	1694	30	16	19	33	1.94
30515105--30516538	545	2.6	545	90	1	2138	30	16	19	33	1.94
30518282--30518320	20	2.0	20	85	5	53	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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