genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76617244--76617489	40	6.2	40	77	7	225	25	27	21	25	2.00
76621734--76621805	29	2.5	29	84	6	94	27	29	16	26	1.97
76629701--76629770	29	2.4	29	86	6	90	30	24	17	28	1.97
76634000--76634051	26	2.0	26	96	0	95	50	17	3	28	1.64
76637817--76637858	20	2.1	20	86	8	59	38	0	0	61	0.96
76638261--76638425	82	2.0	82	96	0	303	31	23	15	29	1.96
76645598--76645646	16	2.9	17	72	27	50	20	8	0	71	1.11
76645622--76645677	18	3.1	19	79	7	62	16	7	0	76	0.99
76646430--76646718	96	3.0	95	87	3	391	30	12	24	32	1.92
76647306--76647341	13	2.7	13	91	4	54	36	0	13	50	1.43
76647382--76647428	23	2.0	23	100	0	94	34	8	25	31	1.86
76649159--76649201	19	2.3	19	84	11	61	60	11	4	23	1.50
76652378--76652482	41	2.6	41	83	3	122	23	28	17	30	1.97
76667289--76667337	13	3.8	13	77	0	53	46	4	4	44	1.41
76667531--76667593	24	2.7	23	78	7	65	49	0	1	49	1.10
76668856--76668902	22	2.0	23	84	12	60	38	0	0	61	0.96
76675264--76675312	11	4.5	11	81	0	62	18	14	8	59	1.59
76675264--76675311	22	2.2	22	88	0	69	18	14	6	60	1.55
76678582--76678612	12	2.6	12	89	0	53	9	22	51	16	1.73
76681998--76682028	12	2.6	12	100	0	62	9	25	51	12	1.70
76686306--76686334	12	2.3	13	94	5	51	62	0	0	37	0.96
76686430--76686496	25	2.6	25	85	2	89	62	2	1	32	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76688386--76688789	187	2.2	187	94	0	700	26	19	20	32	1.97
76692702--76692783	40	2.0	40	100	0	164	21	32	12	32	1.91
76693895--76693940	17	2.7	17	96	0	83	21	36	15	26	1.93
76697128--76697171	19	2.2	20	88	4	63	47	4	18	29	1.68
76703503--76703552	26	1.9	26	87	0	73	20	4	16	60	1.52
76707492--76707520	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
76707999--76708028	15	1.9	16	93	6	53	53	3	3	40	1.34
76708104--76708137	14	2.5	13	86	9	50	52	0	0	47	1.00
76712348--76712393	7	6.6	7	81	18	60	28	2	26	43	1.66
76712348--76712393	21	2.2	21	88	7	67	28	2	26	43	1.66
76718130--76718171	12	3.5	12	90	6	59	30	7	0	61	1.22
76719652--76719734	21	3.8	22	79	6	80	38	25	21	14	1.91
76720105--76720162	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
76721472--76721500	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
76733161--76733239	40	2.0	41	85	5	108	55	13	18	11	1.68
76734071--76734362	73	4.0	73	83	10	362	28	17	22	31	1.97
76734067--76734370	72	4.1	73	83	7	382	28	17	21	32	1.96
76736720--76736761	12	3.5	12	90	6	59	30	7	0	61	1.22
76736902--76736954	8	6.5	8	78	18	56	32	1	1	64	1.15
76736903--76736967	23	3.0	22	76	19	73	32	1	3	63	1.19
76741415--76741492	26	3.0	25	76	12	68	75	3	19	1	1.02
76741410--76741494	22	3.9	22	76	14	79	76	3	17	2	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76741414--76741493	5	15.8	5	71	23	53	76	3	18	1	1.01
76742438--76742527	40	2.4	37	79	9	101	17	21	30	31	1.96
76745530--76745637	26	4.2	26	97	0	198	37	26	5	30	1.79
76748135--76748179	23	2.0	23	82	8	56	28	2	4	64	1.25
76748159--76748201	18	2.3	19	84	4	61	27	0	4	67	1.10
76748151--76748199	18	2.9	16	77	14	53	28	0	4	67	1.09
76748143--76748205	26	2.3	28	81	13	78	28	0	3	68	1.05
76748543--76748605	30	2.1	30	85	2	83	34	1	9	53	1.43
76751289--76751357	26	2.7	26	84	4	95	23	28	24	23	1.99
76751620--76751660	20	2.0	20	95	0	73	39	12	14	34	1.84
76754567--76754628	31	2.0	31	93	0	106	43	8	27	20	1.80
76755439--76755494	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
76759621--76759667	22	2.1	22	84	7	60	23	2	4	70	1.16
76759768--76759871	31	3.3	31	82	12	122	35	6	0	56	1.32
76759990--76760046	23	2.5	23	71	18	57	35	12	0	52	1.39
76762800--76762878	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
76762996--76763153	49	3.2	48	95	2	273	30	31	7	31	1.85
76766995--76767131	69	2.0	69	85	2	186	22	14	24	38	1.92
76767442--76767480	6	6.2	6	96	3	60	15	20	0	64	1.30
76771003--76771572	46	12.4	46	90	1	822	40	14	23	21	1.90
76771876--76771908	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
76776698--76776751	22	2.5	22	88	8	76	50	24	0	25	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76777225--76777338	14	8.1	14	71	13	72	17	1	35	44	1.59
76777203--76777330	42	3.0	42	81	5	159	20	1	33	44	1.61
76777194--76777269	35	2.2	35	80	4	82	22	1	32	43	1.62
76777308--76777338	15	2.1	15	93	0	53	12	0	45	41	1.42
76777558--76777711	83	1.8	83	80	4	184	28	15	26	29	1.96
76777579--76777819	84	2.9	84	82	6	251	32	14	23	29	1.94
76777669--76777850	84	2.2	84	89	4	269	33	14	21	30	1.93
76778226--76778258	16	2.1	16	94	0	57	15	12	15	57	1.65
76781135--76781164	13	2.3	13	94	0	51	50	10	3	36	1.53
76781166--76781247	9	9.1	9	75	10	60	42	19	3	34	1.69
76781148--76781238	45	2.0	45	85	4	121	43	17	4	34	1.69
76786102--76786148	21	2.2	22	88	7	71	31	19	46	2	1.61
76786382--76786461	31	2.5	33	79	8	101	13	5	20	61	1.51
76786538--76786661	43	2.9	43	85	7	164	24	21	15	38	1.92
76787283--76787335	6	8.7	6	93	2	88	67	1	0	30	1.01
76787280--76787340	18	3.4	18	86	4	79	67	1	3	27	1.16
76789080--76789109	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
76793094--76793138	22	2.1	22	83	4	56	46	20	4	28	1.69
76797162--76797210	24	2.0	24	100	0	98	24	20	16	38	1.92
76814841--76814890	19	2.5	21	87	9	70	40	6	0	54	1.25
76815160--76815208	16	3.1	16	82	11	64	30	24	4	40	1.74
76819063--76819090	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76819068--76819093	12	2.2	12	100	0	52	42	0	0	57	0.98
76828198--76828254	25	2.3	25	96	0	105	29	12	22	35	1.91
76836039--76836223	79	2.3	81	82	7	218	24	22	27	25	2.00
76836039--76836223	40	4.7	40	82	6	216	24	22	27	25	2.00
76836092--76836255	79	2.1	78	80	7	181	26	20	27	25	1.99
76843966--76844148	78	2.3	81	82	6	223	25	22	27	24	2.00
76843965--76844148	40	4.7	40	82	8	216	25	22	27	25	2.00
76844018--76844181	79	2.1	77	82	5	195	26	20	27	25	1.99
76846916--76847004	40	2.2	40	100	0	178	17	23	42	15	1.88
76849285--76849396	23	4.8	23	78	9	102	36	20	22	20	1.95
76849285--76849396	24	4.7	23	77	15	104	36	20	22	20	1.95
76855463--76855583	48	2.5	48	86	0	152	26	21	31	20	1.98
76856882--76856921	21	2.0	20	85	5	53	10	37	27	25	1.88
76862265--76862318	27	2.0	27	100	0	108	14	25	3	55	1.56
76863136--76863310	48	3.6	48	78	1	181	28	21	28	21	1.99
76864846--76864953	54	2.0	54	98	0	207	25	24	12	38	1.89
76866514--76866538	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
76867020--76867085	13	5.1	13	85	7	98	36	25	7	30	1.84
76869093--76869313	40	5.6	40	81	9	249	25	21	26	26	2.00
76869541--76869582	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
76877359--76877579	40	5.6	41	83	8	280	24	22	25	26	2.00
76877807--76877848	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76880504--76880606	43	2.4	43	86	3	127	35	27	11	25	1.90
76883252--76883309	25	2.3	26	88	5	84	27	22	25	24	2.00
76883331--76883403	24	3.0	24	76	9	76	38	19	20	21	1.94
76891529--76891604	22	3.3	22	67	22	66	32	13	28	25	1.93
76891504--76891697	47	4.1	47	91	0	298	32	10	29	27	1.90
76891578--76891653	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
76891526--76891739	94	2.3	91	82	8	257	33	11	28	27	1.91
76891902--76892083	37	4.9	37	94	0	301	22	19	34	24	1.97
76895212--76895863	338	1.9	338	98	0	1268	39	10	17	32	1.84
76903121--76903225	53	2.0	53	94	0	183	40	16	5	37	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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