genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.135.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44033790--44033820	16	1.9	16	93	0	53	45	25	3	25	1.69
44036716--44036747	7	4.4	7	96	4	55	53	0	28	18	1.45
44036720--44036762	18	2.4	18	84	7	52	48	0	32	18	1.48
44052829--44053086	68	3.9	64	77	11	184	24	29	16	29	1.97
44055389--44055454	5	12.6	5	81	12	71	78	0	3	18	0.87
44070267--44070325	26	2.3	26	96	0	109	30	0	27	42	1.56
44070479--44070600	22	5.3	22	63	27	65	31	13	29	25	1.93
44070363--44070692	47	7.0	47	93	0	534	32	11	29	26	1.91
44070388--44070740	141	2.5	141	90	1	503	32	11	29	26	1.91
44072255--44072533	40	7.0	40	96	0	477	20	22	31	26	1.98
44072697--44072747	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
44076324--44076380	26	2.3	25	93	6	98	31	0	28	40	1.57
44076418--44076745	47	7.0	47	93	1	525	32	10	29	26	1.91
44076418--44076792	141	2.7	141	89	2	535	32	10	29	26	1.90
44078293--44078571	40	7.0	40	96	0	468	20	22	30	26	1.98
44078735--44078785	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
44082368--44082426	26	2.3	26	100	0	118	32	0	27	40	1.56
44082464--44082795	47	7.1	47	92	0	511	32	11	28	27	1.91
44082579--44082654	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
44082464--44082841	141	2.7	141	87	2	483	33	11	29	26	1.91
44089647--44089762	42	2.7	43	82	2	137	30	25	17	27	1.97
44091591--44091624	13	2.7	13	95	4	61	61	17	5	14	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44102091--44102314	40	5.6	40	85	6	301	25	26	23	24	2.00
44102091--44102314	83	2.8	80	86	4	308	25	26	23	24	2.00
44108202--44108277	23	3.3	23	83	9	102	25	25	18	31	1.97
44116530--44116707	40	4.5	40	89	3	236	24	29	24	22	1.99
44124545--44124799	40	6.4	40	91	2	372	26	28	22	22	1.99
44128044--44128083	21	1.9	21	85	10	55	17	52	10	20	1.72
44133922--44133988	35	1.9	35	84	6	91	22	8	28	40	1.84
44147220--44147338	29	4.1	29	85	1	159	30	28	16	24	1.97
44150098--44150189	47	2.0	47	86	0	130	31	9	30	28	1.89
44150355--44150460	37	2.9	37	91	0	158	23	17	33	25	1.97
44151489--44151526	16	2.4	16	90	0	58	10	23	21	44	1.83
44153840--44153920	27	3.0	27	79	0	90	30	13	19	35	1.91
44153846--44154166	54	6.0	53	83	4	313	32	8	19	39	1.81
44153900--44154239	27	12.6	27	80	1	270	31	7	20	40	1.81
44154556--44154647	28	3.3	28	90	0	139	28	35	16	19	1.93
44155647--44155674	10	2.8	10	100	0	56	53	0	7	39	1.28
44164022--44164238	40	5.5	39	88	6	271	25	27	22	23	2.00
44164048--44164239	40	4.8	40	89	5	282	25	28	23	22	2.00
44172454--44172491	19	2.0	20	84	5	51	57	18	0	23	1.40
44173203--44173309	27	4.0	27	82	0	142	42	17	14	25	1.88
44173203--44173309	54	2.0	54	88	0	160	42	17	14	25	1.88
44176925--44177095	27	6.3	27	86	2	209	38	15	16	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44176924--44177095	54	3.2	54	85	3	238	38	15	16	29	1.90
44176882--44177095	81	2.6	81	83	1	250	37	15	17	28	1.91
44185790--44185895	52	2.0	52	94	0	185	19	16	13	50	1.77
44194519--44194559	20	2.0	20	95	0	73	21	24	12	41	1.87
44201399--44201715	49	6.7	46	74	9	219	29	19	28	22	1.98
44201399--44201617	95	2.3	95	81	4	250	29	20	28	22	1.98
44206443--44206484	15	2.9	15	86	13	61	73	0	9	16	1.08
44207971--44208065	48	2.0	48	93	0	163	29	17	11	41	1.85
44211931--44212162	40	5.6	40	81	11	259	25	22	26	25	2.00
44215362--44215409	23	2.1	23	84	3	62	45	6	0	47	1.27
44218129--44218175	14	3.4	14	70	5	51	59	6	6	27	1.46
44218124--44218176	27	2.0	27	100	0	106	56	7	5	30	1.50
44220091--44220143	25	2.1	25	96	0	97	26	11	15	47	1.79
44228017--44228041	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
44233449--44233616	57	2.9	58	89	2	259	27	28	19	24	1.98
44233517--44233613	29	3.4	29	70	8	99	29	25	19	24	1.98
44233782--44233870	43	2.1	43	93	0	151	33	32	23	10	1.88
44233836--44233897	27	2.3	27	94	0	106	37	35	20	6	1.79
44233793--44233940	70	2.1	70	93	0	251	34	33	22	10	1.88
44233863--44234018	43	3.6	43	91	0	249	32	33	23	11	1.90
44233770--44233980	113	1.9	113	89	0	332	32	33	22	11	1.90
44239227--44239274	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44239317--44239357	20	2.0	20	95	0	73	34	9	21	34	1.87
44239406--44239577	24	7.2	24	89	2	240	32	22	19	26	1.97
44239406--44239575	47	3.6	47	90	1	277	32	22	18	26	1.97
44239790--44239853	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
44241235--44241271	14	2.7	14	80	19	51	56	10	0	32	1.34
44249250--44249275	9	2.9	9	100	0	52	11	0	23	65	1.25
44249975--44250157	42	4.2	42	78	5	152	30	14	25	29	1.95
44255861--44255940	38	2.1	38	88	0	115	21	22	27	28	1.99
44255933--44256087	43	3.6	43	90	0	229	13	24	30	31	1.94
44259602--44259784	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
44259581--44259784	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
44263342--44263370	13	2.2	13	100	0	58	20	17	37	24	1.93
44267758--44267942	40	4.7	40	80	6	198	24	26	22	25	2.00
44281923--44281989	5	12.8	5	83	12	66	77	0	2	19	0.89
44281943--44281999	6	9.8	6	92	5	75	78	0	1	19	0.83
44281923--44281993	12	6.2	11	82	9	81	77	0	2	19	0.89
44299441--44299592	67	2.2	68	79	10	168	32	15	29	22	1.95
44304392--44304530	40	3.5	40	94	2	226	25	29	24	20	1.99
44305773--44305897	53	2.4	52	93	2	205	16	22	9	52	1.72
44327656--44327716	5	12.4	5	73	16	56	40	1	1	55	1.19
44327656--44327720	8	7.3	9	75	19	57	41	1	1	55	1.18
44328692--44328768	22	3.5	22	92	1	129	18	31	44	6	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44337490--44337651	46	3.5	46	80	9	134	23	30	18	27	1.98
44340256--44340634	27	14.0	27	72	13	70	37	20	8	32	1.84
44340268--44340386	54	2.2	54	86	3	159	31	23	6	38	1.81
44340385--44340568	54	3.4	54	79	3	165	40	20	9	28	1.84
44340418--44340569	54	2.8	56	80	5	179	42	21	7	28	1.80
44340676--44340727	27	1.9	27	84	7	70	38	19	21	21	1.94
44341559--44341628	25	2.8	24	86	4	86	27	25	22	24	2.00
44341848--44341930	31	2.7	31	92	3	134	28	14	26	30	1.95
44346994--44347027	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
44348345--44348477	24	5.5	24	86	10	164	21	15	31	31	1.94
44350519--44350548	14	2.1	14	93	0	51	56	20	3	20	1.56
44355318--44355502	40	4.6	40	90	1	282	23	22	27	25	2.00
44356901--44357046	40	3.7	40	84	7	181	26	27	22	23	2.00
44374248--44374293	24	1.9	24	81	0	56	45	21	10	21	1.82
44376327--44376397	24	3.0	24	77	8	92	33	16	23	25	1.96
44380623--44380805	29	6.3	29	87	1	253	24	12	30	32	1.92
44384962--44385057	29	3.4	28	89	4	147	26	13	31	29	1.94
44389771--44389876	37	2.9	37	92	0	167	27	31	16	24	1.97
44390026--44390217	48	4.0	48	89	5	305	31	26	6	35	1.83
44390029--44390217	98	1.9	98	93	2	326	31	26	6	35	1.83
44395773--44395845	23	3.2	23	67	9	60	28	20	26	24	1.99
44397377--44397545	93	1.8	93	94	0	302	28	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44397372--44397544	46	3.7	46	77	13	201	29	27	20	21	1.98
44400560--44400741	40	4.6	40	90	2	269	24	26	21	26	2.00
44406519--44406570	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
44406531--44406680	70	2.1	71	92	1	248	30	30	16	23	1.96
44406600--44406822	104	2.2	103	90	2	349	31	31	18	18	1.95
44407151--44407213	29	2.2	29	81	13	76	30	26	6	36	1.81
44407158--44407213	29	1.9	30	85	7	80	30	23	7	39	1.81
44409785--44410049	40	6.6	40	87	6	338	26	26	23	24	2.00
44409785--44410049	123	2.2	121	87	3	381	26	26	23	24	2.00
44413477--44413602	46	2.7	46	93	0	189	30	27	22	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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