genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9142218--9142434	39	5.6	38	77	8	170	25	27	20	26	1.99
9142366--9142443	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
9153671--9153893	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
9153751--9153928	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
9156846--9157026	40	4.5	41	85	6	239	26	26	22	24	2.00
9156846--9157026	80	2.3	80	91	2	285	26	26	22	24	2.00
9158891--9159019	46	2.8	44	75	9	132	25	20	30	23	1.99
9170186--9170219	16	2.1	17	94	5	61	32	0	8	58	1.29
9176523--9176569	23	2.0	23	100	0	94	36	17	17	29	1.92
9185326--9185399	14	5.3	14	70	23	66	24	17	41	16	1.89
9185324--9185412	28	3.2	28	93	0	151	22	17	42	16	1.89
9187276--9187336	30	2.0	30	100	0	122	16	3	22	57	1.54
9187311--9187429	45	2.6	45	89	0	175	15	2	24	57	1.51
9187311--9187444	45	3.0	45	86	0	151	17	2	21	57	1.53
9208865--9208911	5	9.4	5	100	0	94	59	0	0	40	0.97
9210685--9210745	21	2.8	21	82	5	77	34	24	24	16	1.95
9210671--9210755	21	3.9	23	74	10	61	36	23	22	17	1.95
9211996--9212068	25	3.0	24	86	6	92	35	20	23	20	1.96
9214121--9214216	46	2.1	46	100	0	192	35	4	8	52	1.51
9217390--9217442	16	3.3	16	81	0	52	52	3	15	28	1.59
9217619--9217716	26	3.8	26	67	20	64	53	4	1	41	1.27
9223501--9224019	132	4.0	131	80	4	546	27	18	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9223503--9224100	261	2.3	261	82	7	716	28	18	18	35	1.94
9225552--9225586	16	2.1	17	94	5	63	34	0	5	60	1.21
9227288--9227438	3	51.0	3	75	7	114	31	6	1	60	1.31
9227600--9227982	3	127.7	3	70	11	157	27	7	2	62	1.35
9227749--9227849	41	2.5	41	82	7	134	27	5	1	64	1.28
9229875--9229936	25	2.5	25	79	7	65	54	14	19	11	1.69
9236372--9236405	16	2.1	17	88	5	52	64	0	0	35	0.94
9241501--9241527	14	1.9	14	100	0	54	85	0	0	14	0.61
9243749--9243798	17	2.9	17	87	0	64	66	4	0	30	1.10
9248618--9248702	44	1.9	45	87	2	127	28	9	14	48	1.74
9250242--9250278	18	2.0	19	89	5	58	51	10	0	37	1.37
9252807--9252860	25	2.2	25	80	12	58	14	9	11	64	1.48
9253440--9253470	12	2.7	12	95	5	55	32	0	9	58	1.31
9257831--9257943	46	2.5	46	88	0	172	30	21	26	22	1.99
9258007--9258130	49	2.5	49	86	3	160	26	19	29	24	1.98
9263548--9263585	19	2.0	19	90	10	60	13	21	0	65	1.26
9267999--9268025	6	4.5	6	100	0	54	14	51	0	33	1.43
9270962--9271014	12	4.4	12	80	0	61	30	26	3	39	1.74
9270962--9271014	18	2.9	18	82	0	70	30	26	3	39	1.74
9272894--9272922	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
9276826--9276855	12	2.4	13	94	5	53	80	0	20	0	0.72
9290499--9290528	15	2.0	15	93	0	51	20	3	46	30	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9320966--9321063	24	4.0	24	69	10	56	37	16	20	25	1.93
9322299--9322341	21	2.0	21	100	0	86	30	23	4	41	1.74
9324248--9324313	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
9324265--9324362	19	5.2	19	90	7	155	35	17	10	36	1.84
9324285--9324353	36	1.9	36	100	0	138	37	15	10	36	1.82
9324265--9324372	36	2.9	35	75	20	103	36	16	10	37	1.83
9324717--9324828	45	2.5	45	86	1	154	25	27	13	33	1.93
9324902--9325616	205	3.5	205	94	0	1250	27	21	19	31	1.97
9325588--9325697	44	2.5	44	87	3	157	28	28	15	28	1.96
9325626--9326082	44	10.4	44	73	10	308	27	24	17	30	1.97
9325675--9326082	132	3.1	132	94	0	692	27	24	17	30	1.97
9326972--9327032	8	7.4	8	81	15	54	4	9	0	85	0.74
9326988--9327031	19	2.3	19	84	7	54	6	6	0	86	0.71
9326972--9327018	18	2.6	18	77	9	51	6	8	0	85	0.75
9326972--9327032	15	3.9	16	75	14	56	4	9	0	85	0.74
9333779--9333876	19	5.2	19	90	7	155	35	17	10	36	1.84
9333799--9333867	36	1.9	36	100	0	138	37	15	10	36	1.82
9333779--9333886	36	2.9	35	75	20	103	36	16	10	37	1.83
9335772--9335889	54	2.2	54	83	6	141	25	27	29	17	1.98
9336532--9336647	58	2.0	58	84	3	153	44	6	19	28	1.76
9338126--9338216	35	2.6	35	78	0	101	26	12	16	45	1.82
9340142--9340204	28	2.2	28	81	13	76	55	3	3	38	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9341353--9341399	21	2.3	20	85	7	67	38	10	12	38	1.78
9341361--9341401	21	2.0	21	100	0	82	39	9	9	41	1.71
9341613--9341656	22	1.9	24	86	9	65	40	13	2	43	1.57
9346115--9346149	17	2.1	17	94	0	61	51	0	2	45	1.16
9346141--9346170	10	2.9	10	95	5	51	33	0	0	66	0.92
9357044--9357214	38	4.4	38	85	4	218	19	22	25	32	1.97
9357037--9357214	76	2.3	78	86	2	243	20	21	25	32	1.98
9360217--9360292	37	2.1	37	100	0	152	38	27	13	21	1.90
9361515--9361689	47	3.7	48	78	12	209	22	30	18	27	1.98
9361523--9361741	94	2.3	94	83	4	280	23	29	18	28	1.98
9364013--9364079	23	3.0	23	75	16	70	47	0	1	50	1.10
9366795--9366835	18	2.3	19	79	12	50	48	2	4	43	1.37
9369573--9369613	20	2.0	20	86	9	57	65	4	7	21	1.37
9369711--9370087	183	2.1	183	88	1	549	23	24	23	28	2.00
9376775--9376888	43	2.7	42	74	9	113	30	22	16	29	1.96
9383019--9383115	43	2.3	43	87	0	131	34	24	13	27	1.93
9385752--9385799	19	2.6	19	83	3	62	35	4	14	45	1.64
9390431--9390478	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
9390492--9390582	42	2.1	43	81	4	112	30	7	12	49	1.68
9390502--9390585	42	2.0	42	90	0	132	30	11	13	44	1.79
9394707--9394756	17	2.6	19	87	12	68	40	0	2	58	1.10
9394707--9394755	20	2.5	21	87	12	77	40	0	2	57	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9394793--9394839	20	2.3	20	79	13	51	34	0	2	63	1.06
9394853--9394960	51	2.1	51	83	6	130	37	2	14	44	1.60
9396620--9396667	23	2.1	23	100	0	96	22	16	27	33	1.96
9411157--9411278	58	2.1	58	100	0	244	26	27	16	29	1.97
9418795--9418873	39	2.0	39	100	0	158	41	22	10	25	1.85
9420769--9420842	24	2.8	27	74	14	73	43	9	16	31	1.79
9420808--9420862	28	1.9	29	88	3	85	47	9	16	27	1.76
9421343--9421378	16	2.1	18	90	10	58	36	0	2	61	1.11
9425524--9425556	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
9428708--9428772	29	2.2	29	97	0	121	36	15	12	35	1.85
9434036--9434089	27	2.0	27	96	0	99	29	5	11	53	1.59
9434493--9434591	21	4.7	21	89	0	126	13	18	19	49	1.79
9441384--9441758	188	2.0	187	96	0	696	42	18	6	33	1.75
9442736--9442769	16	2.1	16	88	5	50	64	8	5	20	1.43
9450151--9450335	40	4.6	39	81	5	167	24	21	28	26	1.99
9450152--9450368	79	2.7	79	73	11	203	26	20	27	25	1.99
9456848--9457032	40	4.7	40	80	7	191	24	22	27	25	2.00
9456900--9457065	79	2.1	79	81	6	194	26	21	26	25	1.99
9458683--9458724	17	2.3	18	88	8	59	54	2	2	40	1.26
9470778--9470928	27	5.6	27	81	7	171	29	28	15	26	1.96
9476910--9476961	26	2.0	26	92	0	86	48	9	13	28	1.74
9482589--9482649	18	3.4	18	77	8	61	34	16	16	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9484770--9484852	23	3.5	23	70	20	80	30	8	15	45	1.76
9484761--9484860	49	2.0	49	100	0	200	31	10	17	42	1.82
9486022--9486064	21	2.0	21	82	8	52	46	6	0	46	1.30
9489367--9489494	48	2.7	48	80	2	132	25	25	21	27	2.00
9491160--9491320	84	1.9	83	82	6	200	27	16	16	39	1.89
9491262--9491603	54	6.3	53	76	8	278	29	17	12	40	1.87
9491232--9491603	108	3.4	106	80	7	374	28	18	13	39	1.88
9491239--9491603	162	2.3	161	80	4	421	29	18	13	39	1.88
9492527--9492663	67	2.0	67	94	2	240	43	11	28	16	1.83
9492957--9493031	20	3.8	20	76	11	68	32	0	4	64	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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