genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.310.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101873615--101873664	25	2.0	25	100	0	100	28	36	4	32	1.76
101874654--101874716	33	1.9	33	86	0	90	49	11	15	23	1.77
101878165--101878216	18	2.8	19	79	5	61	42	9	13	34	1.77
101878934--101878972	7	5.6	7	100	0	78	0	15	12	71	1.14
101879043--101879079	16	2.3	17	86	13	60	40	0	0	59	0.97
101879200--101879225	8	3.2	8	100	0	52	50	0	0	50	1.00
101879173--101879237	16	4.1	17	74	21	70	47	0	0	52	1.00
101880481--101880514	15	2.3	15	90	10	52	64	0	0	35	0.94
101881155--101881206	5	10.4	5	79	8	52	36	1	0	61	1.07
101881139--101881214	30	2.6	29	87	6	100	34	2	0	63	1.09
101892212--101892259	20	2.4	21	82	10	64	68	6	2	22	1.23
101896523--101896567	23	1.9	24	86	4	65	20	4	0	75	0.97
101896645--101896746	8	12.9	8	74	13	86	30	0	1	67	1.01
101896638--101896714	15	5.1	15	76	3	73	31	0	1	67	0.99
101896645--101896746	23	4.3	24	75	12	86	30	0	1	67	1.01
101896638--101896714	38	2.0	38	90	5	120	31	0	1	67	0.99
101896680--101896722	21	2.0	21	95	4	77	23	0	0	76	0.78
101896645--101896714	30	2.3	31	90	2	106	28	0	1	70	0.96
101897132--101897174	21	2.0	21	86	0	59	41	30	4	23	1.74
101897220--101897280	14	4.3	14	77	4	68	27	1	19	50	1.57
101897290--101897347	27	2.0	29	87	9	84	18	3	37	39	1.68
101897578--101897793	41	5.3	40	88	2	272	21	24	21	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101897577--101897825	41	6.1	40	87	2	194	22	23	20	33	1.97
101899908--101899938	16	1.9	16	93	0	53	25	0	0	74	0.82
101907500--101907541	18	2.3	18	88	8	59	59	2	7	30	1.37
101907986--101908028	9	4.6	9	81	18	52	53	9	2	34	1.46
101907933--101908005	23	3.2	23	76	0	65	53	6	4	35	1.47
101912994--101913040	24	2.0	24	95	0	85	21	19	14	44	1.86
101915596--101915630	17	2.1	17	89	5	54	85	0	0	14	0.59
101915596--101915639	13	3.4	12	84	12	52	84	0	2	13	0.73
101915596--101915630	8	4.2	8	85	7	52	85	0	0	14	0.59
101916827--101918277	132	11.0	131	88	3	1880	29	18	24	26	1.98
101918473--101919129	44	15.1	44	86	4	775	28	14	31	25	1.95
101918701--101918772	35	2.1	35	100	0	144	22	18	37	22	1.94
101921493--101921729	131	1.8	132	80	0	287	27	20	18	33	1.96
101921493--101921770	131	2.1	131	79	3	281	28	19	17	33	1.95
101924705--101924773	21	3.4	21	71	15	72	36	1	7	55	1.37
101924760--101924790	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
101926342--101926409	31	2.2	30	82	15	77	47	0	14	38	1.45
101928723--101929177	127	3.7	124	81	9	489	38	18	14	28	1.90
101928723--101929177	118	3.7	121	81	9	449	38	18	14	28	1.90
101928723--101929177	245	1.9	246	84	6	618	38	18	14	28	1.90
101932182--101932224	19	2.3	18	88	4	59	44	9	0	46	1.35
101949050--101949094	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101952375--101952419	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
101960740--101960780	20	2.0	20	100	0	82	19	17	29	34	1.94
101975861--101975894	16	2.0	18	88	11	54	58	0	2	38	1.13
101988733--101988858	30	4.2	30	92	0	198	26	24	34	13	1.93
101991166--101991208	21	2.0	21	100	0	86	51	27	11	9	1.69
101993627--101993670	13	3.3	13	78	15	54	45	0	0	54	0.99
101993651--101993686	18	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
101998161--101998219	30	2.0	30	89	0	91	23	1	15	59	1.45
101998908--101998966	29	1.9	32	83	10	79	42	0	6	50	1.28
102002849--102002963	44	2.6	45	85	2	151	35	13	22	27	1.92
102019984--102020022	12	3.5	11	83	10	53	43	25	0	30	1.55
102021367--102021402	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
102022965--102023035	18	3.9	18	74	9	63	30	9	15	43	1.79
102022970--102023040	36	1.9	37	85	2	99	30	9	14	45	1.77
102023016--102023066	26	2.0	26	88	0	75	35	11	17	35	1.87
102024015--102024060	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
102024022--102024066	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
102029654--102029786	46	2.8	49	86	9	163	28	30	21	20	1.98
102032137--102032187	25	2.0	25	100	0	102	29	23	11	35	1.90
102035153--102035198	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
102035160--102035204	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
102043401--102043439	6	6.5	6	96	0	60	79	5	0	15	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102043912--102043943	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
102053514--102053604	44	2.1	44	100	0	182	23	15	16	45	1.85
102053923--102053980	29	2.0	29	96	0	107	43	17	13	25	1.86
102055880--102056138	45	5.8	45	79	4	281	30	19	26	23	1.98
102055880--102056106	90	2.5	90	94	0	391	30	19	25	24	1.98
102055880--102056138	90	2.9	90	90	1	385	30	19	26	23	1.98
102061061--102061156	40	2.4	41	84	6	117	30	16	28	25	1.97
102062100--102062155	23	2.4	24	82	11	71	14	51	12	21	1.74
102062100--102062155	12	4.8	12	70	12	53	14	51	12	21	1.74
102063045--102063071	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
102068260--102068442	46	4.0	46	94	0	294	24	31	9	34	1.87
102068416--102068747	47	7.1	47	90	0	468	26	29	10	33	1.90
102068506--102068580	22	3.3	22	66	23	64	26	29	13	30	1.94
102071690--102071719	16	1.9	15	93	6	51	26	20	30	23	1.98
102072694--102072795	53	1.9	53	86	4	143	42	18	28	10	1.84
102073944--102074195	45	5.6	44	72	13	208	31	19	21	27	1.97
102073944--102074195	138	1.8	138	83	5	337	31	19	21	27	1.97
102073985--102074158	93	1.8	96	81	4	219	32	17	21	28	1.96
102074080--102074194	43	2.7	42	82	5	135	27	19	23	29	1.98
102076265--102076424	46	3.5	44	90	5	178	35	13	22	29	1.92
102076272--102076473	98	2.1	92	90	5	278	35	13	21	29	1.91
102076398--102076431	7	4.7	7	88	3	50	44	2	26	26	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102076206--102076474	144	1.9	144	92	0	448	34	13	22	29	1.92
102076437--102076546	37	3.0	37	90	2	170	36	15	22	25	1.94
102077176--102077500	44	7.3	44	68	13	189	32	16	21	29	1.95
102077148--102077279	44	3.0	45	77	6	160	31	15	24	28	1.95
102078920--102078953	3	11.3	3	93	0	59	35	2	0	61	1.11
102079079--102079107	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
102082698--102082742	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
102089941--102089970	14	2.1	14	93	0	51	26	36	13	23	1.92
102092202--102092316	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
102092202--102092335	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
102098592--102098706	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
102098592--102098725	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
102102757--102102809	22	2.4	22	96	0	97	37	24	7	30	1.83
102107465--102107514	16	3.4	16	69	25	56	36	18	26	20	1.95
102107462--102107514	27	2.0	27	100	0	106	37	16	26	18	1.93
102107416--102107563	73	2.0	73	94	0	260	41	13	24	20	1.89
102107489--102107689	46	4.4	46	82	3	235	42	14	22	20	1.88
102107489--102107689	91	2.2	92	83	0	251	42	14	22	20	1.88
102108514--102108609	43	2.2	43	88	0	138	35	21	14	28	1.93
102108514--102108621	43	2.5	43	81	3	128	36	23	12	27	1.91
102109612--102109697	25	3.4	25	78	0	91	22	23	17	37	1.94
102112865--102113027	35	4.6	35	88	2	229	31	25	12	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102116894--102117091	50	3.8	50	87	4	261	21	30	23	25	1.99
102116901--102117091	106	1.9	100	89	6	292	20	30	23	25	1.99
102117186--102117217	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
102117429--102117486	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
102124432--102124629	50	3.8	50	87	4	261	21	30	23	25	1.99
102124439--102124629	106	1.9	100	89	6	292	20	30	23	25	1.99
102124724--102124755	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
102124967--102125024	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
102130207--102130501	143	2.1	141	84	2	376	23	19	18	38	1.93
102143394--102143427	15	2.2	15	89	5	50	32	2	0	64	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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