genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15904359--15904417	28	2.1	28	100	0	118	44	10	6	38	1.65
15907759--15907866	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
15911335--15911399	25	2.6	25	78	7	69	73	3	3	20	1.10
15913916--15913960	21	2.1	21	84	12	56	55	6	0	37	1.26
15913916--15913960	20	2.1	22	84	12	58	55	6	0	37	1.26
15916227--15916297	29	2.6	25	86	10	88	42	0	2	54	1.14
15922335--15922411	5	15.0	5	73	17	52	37	3	2	55	1.32
15922462--15922507	18	2.6	17	80	10	56	30	0	8	60	1.26
15929740--15930002	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
15929779--15930037	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
15937509--15938182	206	3.3	206	91	0	1091	31	17	21	29	1.96
15940074--15940151	5	15.0	5	72	17	52	37	2	2	57	1.26
15940208--15940248	3	14.0	3	80	14	50	31	0	0	68	0.90
15940208--15940247	18	2.3	17	91	4	62	32	0	0	67	0.91
15946239--15946293	18	3.1	18	80	10	69	65	0	0	34	0.93
15946247--15946305	32	1.9	32	89	6	95	61	0	0	38	0.96
15946631--15947165	267	2.0	267	100	0	1070	36	12	16	35	1.86
15949966--15950708	87	8.7	87	82	6	741	43	9	13	33	1.76
15950088--15950708	172	3.6	172	85	5	767	43	8	14	33	1.76
15950828--15950889	14	4.7	14	74	18	62	64	0	1	33	1.03
15956685--15956774	44	2.0	44	97	0	171	33	23	13	30	1.93
15957401--15957432	10	3.2	10	90	0	55	62	3	0	34	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15957370--15957453	15	5.6	15	72	14	57	70	1	3	25	1.11
15961665--15961848	78	2.3	81	86	6	252	25	27	22	23	2.00
15961646--15961848	40	5.1	40	85	7	254	25	27	22	24	2.00
15966573--15966755	39	4.6	39	86	7	169	26	21	27	24	2.00
15966569--15966792	40	5.7	40	86	6	280	25	22	27	25	2.00
15966569--15966792	79	2.8	80	83	10	280	25	22	27	25	2.00
15966576--15966825	79	3.2	78	81	10	258	27	21	26	24	1.99
15970804--15970967	40	4.1	40	85	4	208	25	28	23	23	2.00
15976411--15976816	43	9.5	43	85	4	462	29	22	19	28	1.98
15977114--15977161	21	2.3	21	96	0	87	2	58	16	22	1.49
15977717--15977754	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
15978055--15978087	15	2.3	15	89	5	50	27	9	0	63	1.24
15982868--15982913	21	2.2	21	80	3	58	32	8	10	47	1.69
15983988--15984018	7	4.4	7	100	0	62	61	0	0	38	0.96
15987765--15987828	29	2.2	29	83	2	85	42	37	3	17	1.65
15987763--15987804	22	1.9	22	85	0	57	42	33	2	21	1.66
15988292--15988367	39	2.0	38	85	7	102	40	23	5	30	1.77
15988547--15988847	41	7.4	41	89	4	439	19	23	23	33	1.97
15988547--15988887	41	8.4	40	86	4	285	20	22	22	33	1.97
15988547--15988887	163	2.1	163	86	5	474	20	22	22	33	1.97
15991558--15991607	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
15992276--15992337	26	2.3	28	75	5	65	59	4	1	33	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15995152--15995214	31	2.0	31	100	0	126	49	19	6	25	1.71
15998654--15998842	91	2.1	91	81	4	218	36	12	7	42	1.72
15998948--15999057	10	11.4	10	69	14	52	64	1	1	31	1.14
15998949--15998993	19	2.5	18	82	10	56	68	0	2	28	1.01
15998995--15999058	29	2.1	30	83	11	78	60	3	1	34	1.22
15999338--15999391	20	2.7	19	88	8	81	33	5	0	61	1.19
15999379--15999432	19	2.8	19	80	8	56	29	3	3	62	1.29
16001483--16001523	17	2.4	17	92	8	66	29	12	19	39	1.88
16005193--16005266	31	2.4	31	82	11	80	54	5	1	39	1.32
16005641--16005950	159	1.9	159	92	1	514	20	40	10	29	1.85
16005818--16006082	132	2.0	132	93	0	449	20	41	6	30	1.78
16005659--16006218	291	1.9	291	92	0	951	20	40	9	28	1.84
16008766--16008838	31	2.3	31	80	2	83	58	19	6	15	1.58
16009541--16009635	46	2.1	46	95	0	172	56	4	4	34	1.38
16009782--16009821	17	2.4	17	83	4	55	50	0	10	40	1.36
16013318--16013452	71	1.9	72	82	11	170	44	4	40	10	1.59
16013525--16013639	38	2.9	40	88	5	171	19	20	18	42	1.89
16013531--16013652	38	3.1	40	84	9	162	18	18	18	45	1.86
16013650--16013696	22	2.2	21	88	11	69	27	2	2	68	1.13
16013650--16013707	22	2.6	22	81	5	55	32	1	1	63	1.14
16014261--16014327	14	4.7	14	79	3	71	38	16	4	40	1.69
16014449--16014601	7	21.6	7	74	7	67	44	34	0	20	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16014882--16014930	24	2.0	24	96	0	89	40	4	2	53	1.32
16015547--16016043	41	12.1	41	93	0	755	19	25	21	32	1.97
16018363--16018422	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
16019039--16019064	9	2.9	9	100	0	52	0	11	0	88	0.52
16019087--16019268	96	1.9	97	86	1	258	31	25	14	28	1.95
16021146--16021271	48	2.7	46	81	7	153	30	15	29	23	1.96
16021105--16021363	44	5.6	45	70	10	157	29	16	29	24	1.97
16021102--16021393	91	3.1	92	76	10	322	29	17	29	23	1.97
16022772--16022831	10	5.9	10	74	18	52	76	0	1	21	0.87
16022770--16022832	15	4.3	15	86	10	78	77	0	1	20	0.85
16022779--16022834	28	2.1	26	78	18	62	76	0	1	21	0.87
16022775--16022832	11	5.2	11	75	21	50	77	0	1	20	0.86
16037422--16037516	25	3.8	25	92	0	145	27	25	22	25	2.00
16037438--16037529	25	3.7	25	85	9	84	29	22	21	26	1.99
16037420--16037541	50	2.4	50	81	5	140	27	24	22	25	2.00
16037664--16037755	42	2.2	42	94	0	157	28	11	21	38	1.89
16041541--16041632	46	2.0	45	87	4	132	31	28	19	20	1.97
16042040--16042096	30	1.9	30	85	0	78	28	22	5	43	1.75
16049021--16049188	47	3.6	47	79	15	222	29	29	19	22	1.98
16048974--16049237	92	2.8	93	95	2	469	28	29	20	21	1.98
16060218--16060267	10	5.0	10	86	13	68	70	2	8	20	1.23
16060876--16060974	23	4.3	23	72	7	76	31	14	17	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16063142--16063243	21	4.5	22	74	16	77	52	26	0	19	1.52
16063187--16063238	22	2.4	21	87	3	68	51	30	0	17	1.45
16063339--16063395	29	2.0	29	86	6	80	31	7	10	50	1.63
16063743--16063783	18	2.3	18	87	4	66	29	0	4	65	1.13
16063940--16064099	80	2.0	77	82	8	189	49	8	8	33	1.63
16075139--16075178	16	2.4	16	87	4	53	55	0	2	42	1.13
16078012--16078058	22	2.1	22	84	0	58	70	2	14	12	1.26
16078555--16078594	21	1.9	21	89	0	62	45	0	17	37	1.49
16079071--16079121	25	2.1	24	85	3	66	19	17	17	45	1.86
16079084--16079133	23	2.1	25	81	7	59	16	18	20	46	1.85
16079954--16080042	18	4.9	18	73	5	81	33	12	12	41	1.80
16084287--16084322	16	2.2	16	100	0	72	22	36	5	36	1.78
16084826--16084861	18	2.0	18	100	0	72	38	16	11	33	1.84
16086094--16086189	18	5.3	18	80	0	84	35	13	11	39	1.81
16086353--16086444	44	2.1	44	84	8	116	35	21	18	23	1.95
16087766--16087802	15	2.5	15	84	16	51	54	2	0	43	1.14
16095634--16095727	31	3.0	31	96	0	179	15	27	12	43	1.84
16095657--16095707	15	3.3	15	74	15	59	17	21	15	45	1.86
16096011--16096037	13	2.1	13	100	0	54	22	37	25	14	1.93
16097996--16098034	16	2.4	16	86	4	51	46	15	7	30	1.74
16104819--16104865	23	2.0	23	95	0	85	34	27	0	38	1.57
16109979--16110141	43	3.8	42	76	11	143	25	15	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16111688--16111748	8	7.2	8	74	15	52	63	0	4	31	1.15
16113847--16113981	41	3.2	40	64	24	96	31	20	17	31	1.95
16113770--16114003	87	2.7	87	87	0	324	29	20	17	32	1.96
16113955--16114184	94	2.5	91	78	9	245	24	20	22	32	1.98
16122540--16122654	46	2.5	46	80	8	135	27	19	14	38	1.91
16126597--16126633	15	2.5	16	87	12	53	43	10	24	21	1.84
16130588--16130648	8	7.2	8	74	15	52	63	0	4	31	1.15
16130636--16130680	23	1.9	24	86	4	65	51	0	6	42	1.28
16130654--16130688	17	2.1	17	88	0	52	57	0	2	40	1.14
16130662--16130704	23	2.0	22	86	9	61	60	0	2	37	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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