genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60763812--60763961	81	1.9	81	89	0	237	42	22	7	28	1.80
60763812--60763962	27	5.6	27	86	1	196	41	22	7	28	1.80
60763940--60764025	27	3.1	27	69	22	70	40	13	8	37	1.75
60765240--60765354	31	3.7	31	94	1	187	26	16	28	27	1.97
60768471--60768568	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
60768499--60768581	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
60768471--60768582	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
60775686--60775783	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
60775714--60775796	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
60775686--60775797	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
60776867--60776980	56	2.0	56	100	0	228	32	17	20	29	1.95
60780477--60780533	25	2.3	25	90	0	87	29	21	21	28	1.98
60780492--60780570	25	3.2	25	80	3	79	34	20	22	22	1.97
60783021--60783279	40	6.5	40	86	3	328	26	28	22	23	1.99
60785215--60785399	40	4.7	40	79	7	191	24	21	27	26	1.99
60785215--60785399	79	2.3	81	83	7	227	24	21	27	26	1.99
60785268--60785431	79	2.1	79	80	6	181	27	20	26	25	1.99
60791692--60791880	40	4.7	40	91	2	308	24	27	23	24	2.00
60796055--60796259	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
60796056--60796259	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
60799411--60799555	43	3.4	43	77	14	115	29	15	22	32	1.95
60803002--60803030	14	2.1	14	100	0	58	37	20	13	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60803807--60803943	67	2.0	67	97	2	258	13	10	29	46	1.76
60809801--60809855	26	2.1	26	86	0	74	21	30	25	21	1.98
60809905--60809946	21	2.0	21	100	0	84	14	38	19	28	1.90
60809907--60809962	21	2.7	21	88	2	78	12	42	19	25	1.86
60818480--60818542	21	3.1	21	75	8	60	30	3	19	47	1.64
60821865--60823116	627	2.0	626	90	2	1951	33	23	12	30	1.92
60837756--60837898	42	3.3	42	75	12	130	26	25	20	27	1.99
60844638--60844694	29	2.0	28	93	3	96	31	19	21	28	1.97
60852073--60852182	43	2.6	42	73	9	107	29	18	19	33	1.95
60853152--60853274	26	4.8	26	87	1	160	27	22	21	27	1.99
60853162--60853274	52	2.2	51	91	1	190	27	23	20	28	1.99
60853324--60853380	20	3.0	20	85	10	75	36	19	8	35	1.83
60856613--60856837	40	5.6	40	81	3	256	23	26	24	25	2.00
60856577--60856837	80	3.3	81	80	5	246	24	25	24	26	2.00
60863615--60863728	26	4.4	26	85	2	149	27	25	20	27	1.99
60863593--60863728	52	2.7	52	89	5	199	27	24	19	27	1.99
60863778--60863834	20	3.0	20	85	10	75	36	19	8	35	1.83
60863860--60863907	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
60866125--60866192	25	2.8	23	76	12	66	25	1	26	47	1.61
60878451--60878510	27	2.3	27	79	2	68	21	20	21	36	1.95
60887218--60887405	101	1.9	100	89	1	295	25	20	25	28	1.99
60887218--60887356	51	2.8	50	75	3	145	26	21	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60889948--60890008	29	2.1	30	87	3	88	36	3	21	39	1.70
60890469--60890598	23	5.7	23	82	3	145	26	19	24	30	1.98
60890469--60890598	69	1.9	69	83	3	172	26	19	24	30	1.98
60900311--60900341	15	2.1	15	100	0	62	6	6	12	74	1.21
60903344--60903525	49	3.7	48	75	13	181	26	15	25	31	1.96
60903339--60903525	100	1.9	100	88	4	288	26	16	25	31	1.96
60903730--60903759	16	1.9	16	93	6	53	36	0	23	40	1.55
60909895--60909989	47	2.0	47	93	0	163	35	16	17	29	1.93
60915160--60915318	44	3.7	42	74	10	108	33	25	18	22	1.97
60915677--60915813	70	2.0	69	86	4	195	37	18	10	34	1.84
60917887--60918127	47	5.1	47	93	5	412	31	9	30	29	1.88
60919008--60919227	115	1.9	117	84	7	297	25	21	27	25	2.00
60919008--60919246	39	6.1	40	80	11	255	25	21	27	25	2.00
60924055--60924198	40	3.6	40	82	0	137	25	27	22	23	2.00
60924584--60924662	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
60924644--60924745	44	2.4	43	93	4	172	28	35	14	21	1.93
60932874--60933093	40	5.7	39	81	10	238	25	26	22	25	2.00
60932874--60933086	75	2.7	79	82	9	233	25	26	21	26	2.00
60932874--60933093	115	1.9	117	82	11	281	25	26	22	25	2.00
60941952--60942299	39	8.8	40	81	3	296	24	21	25	28	1.99
60942019--60942299	119	2.4	119	87	1	393	24	21	25	28	1.99
60941950--60942360	158	2.6	158	81	3	459	24	21	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60942249--60942376	39	3.3	39	73	5	98	21	19	26	32	1.97
60944930--60945107	89	2.0	89	98	0	347	28	11	24	35	1.91
60945294--60945323	12	2.5	12	100	0	60	50	6	0	43	1.28
60948652--60948876	27	8.3	27	82	6	235	41	19	7	31	1.78
60948652--60948903	54	4.7	54	80	8	273	41	19	7	31	1.79
60948666--60948932	27	9.9	27	80	12	230	41	19	7	32	1.79
60948652--60948932	54	5.2	53	79	10	261	41	19	7	31	1.79
60948653--60948932	81	3.5	81	76	12	279	41	19	7	31	1.79
60949362--60949436	27	2.8	27	72	8	71	20	18	18	42	1.89
60950353--60950617	27	9.9	27	76	9	181	40	19	9	31	1.83
60950355--60950618	79	3.3	80	80	7	252	40	19	9	30	1.84
60950412--60950621	54	3.9	54	81	5	214	39	19	10	30	1.85
60950355--60950615	106	2.4	103	78	8	263	40	19	9	30	1.83
60951028--60951130	27	3.8	27	68	0	71	22	16	18	42	1.89
60953585--60953773	55	3.5	53	82	5	218	21	24	17	35	1.95
60953744--60953969	47	4.8	46	75	8	197	23	24	17	34	1.96
60960523--60960561	14	2.6	16	88	8	55	33	23	2	41	1.68
60963586--60963610	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
60964449--60964667	39	5.6	39	82	5	246	26	24	18	30	1.98
60964462--60964669	78	2.7	79	84	3	278	27	23	17	31	1.97
60968470--60968496	14	1.9	14	100	0	54	40	7	22	29	1.81
60971068--60971184	59	2.0	59	98	0	225	29	3	31	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60972046--60972101	27	2.1	27	89	0	85	30	14	19	35	1.91
60988488--60988567	40	2.0	40	92	0	133	18	22	31	27	1.97
61005819--61005876	15	3.9	15	75	8	64	60	13	12	13	1.60
61007273--61007461	94	2.0	94	95	0	342	42	15	17	24	1.87
61007617--61007666	19	2.6	19	77	0	64	16	34	30	20	1.94
61016661--61016707	24	2.0	24	86	0	67	34	23	14	27	1.94
61016818--61016901	26	3.4	25	83	8	91	26	21	21	30	1.98
61016844--61016915	24	3.0	23	81	8	72	26	20	22	30	1.98
61024671--61024871	102	2.0	98	96	3	366	31	10	22	35	1.88
61026792--61026983	40	4.8	40	82	7	205	25	21	27	25	2.00
61026792--61026974	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
61026845--61027009	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	26	1.99
61030334--61030517	79	2.3	80	83	8	225	24	22	27	25	2.00
61030334--61030517	40	4.7	40	83	8	225	24	22	27	25	2.00
61030387--61030550	79	2.1	78	83	7	199	26	21	27	25	1.99
61041681--61041864	40	4.6	40	84	6	239	25	23	26	24	2.00
61041681--61041864	80	2.3	80	88	3	264	25	23	26	24	2.00
61043936--61043977	20	2.1	20	100	0	84	35	9	19	35	1.84
61044025--61044095	26	2.8	26	79	10	85	22	22	23	30	1.99
61044317--61044399	38	2.5	31	80	13	85	34	18	21	25	1.96
61048964--61049042	37	2.1	37	88	4	115	26	30	18	24	1.98
61049123--61049177	25	2.2	25	90	0	83	32	30	1	34	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61049148--61049507	47	7.6	47	92	1	540	28	30	8	32	1.88
61064920--61065017	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
61064948--61065030	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
61064920--61065031	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
61072865--61072940	29	2.6	28	87	4	98	27	13	27	31	1.94
61072896--61072951	29	2.0	28	93	6	96	30	10	25	33	1.90
61079754--61079929	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
61079751--61079922	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
61081945--61082100	38	4.1	38	87	3	206	23	21	23	31	1.98
61081945--61082100	76	2.1	76	90	0	240	23	21	23	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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