genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.169.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55769597--55769813	46	4.7	46	89	3	314	41	14	22	22	1.89
55769598--55769823	91	2.5	92	88	2	330	40	14	22	22	1.90
55774239--55774466	67	3.4	67	78	4	228	36	15	23	24	1.94
55776354--55776530	46	3.8	46	81	10	225	22	19	28	29	1.98
55776350--55776521	93	1.8	93	94	0	308	22	20	28	29	1.98
55776623--55776881	138	1.9	138	97	0	491	38	13	19	28	1.89
55781878--55781925	20	2.4	19	83	10	60	31	6	0	62	1.20
55782422--55782492	31	2.3	30	81	11	81	16	8	9	64	1.47
55785652--55785697	20	2.3	20	96	0	83	67	0	26	6	1.15
55787673--55787711	20	2.0	20	89	0	60	23	35	28	12	1.91
55797651--55797738	44	2.0	44	93	0	149	28	29	21	20	1.98
55808435--55808532	48	2.0	48	98	0	187	30	23	8	37	1.84
55811527--55811651	40	3.2	40	69	15	109	32	14	24	28	1.94
55811517--55811819	76	4.0	75	83	2	336	31	20	22	25	1.98
55811533--55811847	152	2.1	152	82	0	396	32	20	22	24	1.98
55813119--55813159	21	1.9	22	85	5	57	51	14	0	34	1.43
55818206--55818258	18	2.9	18	76	15	56	52	7	26	13	1.66
55818477--55818646	76	2.2	76	93	1	297	38	7	12	42	1.70
55818651--55818774	65	1.9	65	85	3	169	41	8	7	41	1.64
55820612--55820868	39	6.5	39	91	1	372	28	27	23	19	1.99
55827112--55827199	40	2.2	39	89	2	140	35	31	18	14	1.91
55827112--55827268	39	4.0	39	85	2	156	33	28	20	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55830878--55831153	39	7.1	39	89	0	417	23	28	25	22	1.99
55830870--55831150	78	3.6	78	93	0	474	23	27	24	24	2.00
55833176--55833293	59	2.0	59	96	0	218	37	11	16	34	1.85
55834856--55834984	43	2.9	44	82	10	138	25	20	25	28	1.99
55834821--55835006	48	4.0	48	77	9	195	26	19	25	28	1.99
55840672--55840722	21	2.4	21	86	0	75	23	35	5	35	1.79
55840667--55840705	18	2.2	18	85	0	51	20	35	5	38	1.75
55840669--55840751	39	2.0	42	82	11	102	27	33	8	30	1.86
55850647--55850671	12	2.1	12	100	0	50	52	8	8	32	1.60
55856209--55856258	26	1.9	26	91	0	82	42	4	22	32	1.72
55861051--55861223	47	3.7	46	76	12	165	30	27	18	23	1.98
55861059--55861230	94	1.8	93	86	3	247	29	27	19	23	1.98
55861649--55861708	30	2.0	30	83	6	77	28	25	8	38	1.84
55862834--55863011	46	3.9	44	78	13	155	28	19	29	22	1.98
55864143--55864183	22	1.9	22	95	5	75	9	43	29	17	1.80
55868398--55868567	46	3.7	46	75	13	177	30	29	18	21	1.97
55873174--55873341	46	3.7	46	80	10	177	26	19	29	24	1.98
55878501--55878540	20	2.0	20	85	0	53	67	0	0	32	0.91
55878880--55878922	18	2.4	18	76	11	52	23	6	4	65	1.37
55885319--55885543	40	5.7	40	85	5	269	25	27	22	24	2.00
55885321--55885543	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	25	2.00
55886671--55886846	56	3.1	56	99	0	343	22	23	9	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55895461--55895598	39	3.5	39	91	3	206	18	23	28	29	1.98
55899303--55899342	19	2.2	19	90	4	64	55	0	7	37	1.29
55906312--55906367	29	1.9	29	85	0	76	25	0	14	60	1.34
55906308--55906374	29	2.3	28	79	5	71	25	0	14	59	1.36
55908706--55908826	62	2.0	62	100	0	242	46	13	9	30	1.75
55909079--55909127	24	2.0	24	100	0	98	36	4	12	46	1.60
55916292--55916393	52	2.0	52	86	3	143	26	16	25	31	1.97
55918436--55918640	27	7.6	27	83	3	223	26	15	29	29	1.96
55918437--55918640	54	3.8	54	84	3	257	25	15	29	29	1.96
55926583--55926787	27	7.6	27	83	3	223	26	15	29	29	1.96
55926584--55926787	54	3.8	54	84	3	257	25	15	29	29	1.96
55932197--55932250	27	2.0	27	96	0	99	24	22	12	40	1.89
55932201--55932259	27	2.2	27	87	0	82	23	20	8	47	1.77
55940118--55940201	42	2.0	43	90	6	136	32	17	22	27	1.97
55942092--55942186	40	2.4	40	78	3	111	22	15	27	34	1.94
55973127--55973316	50	3.8	50	81	2	211	26	18	24	29	1.98
55973127--55973332	101	2.1	101	81	5	240	26	18	25	29	1.98
55994671--55994734	31	2.1	31	93	0	110	29	9	29	31	1.88
56001598--56001703	27	3.9	27	81	9	117	20	23	21	33	1.97
56001595--56001701	55	2.0	54	85	5	144	20	24	20	34	1.96
56009330--56009434	27	3.9	27	86	6	133	20	23	20	34	1.97
56011677--56012078	47	8.3	47	89	4	588	29	29	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56011677--56012086	96	4.2	96	92	4	657	29	29	8	33	1.86
56015530--56015850	40	8.1	40	92	0	482	25	28	21	24	1.99
56015904--56015978	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
56018408--56018815	47	8.6	47	91	3	638	28	29	8	33	1.86
56018408--56018815	96	4.3	96	94	2	709	28	29	8	33	1.86
56018408--56018815	143	2.9	141	91	3	656	28	29	8	33	1.86
56022807--56022991	50	3.7	49	84	1	208	25	19	25	29	1.99
56028554--56028763	47	4.4	47	85	4	269	25	30	9	34	1.88
56028575--56028757	96	1.9	94	87	2	267	25	31	10	32	1.90
56031355--56031684	40	8.3	40	79	7	203	25	27	21	25	2.00
56031372--56031671	80	3.8	79	77	9	304	25	27	22	25	2.00
56034174--56034235	23	2.6	23	78	17	63	48	11	0	40	1.39
56039263--56039319	25	2.3	25	90	6	89	36	3	38	21	1.70
56040713--56040823	27	4.1	27	88	1	152	15	23	22	38	1.92
56040713--56040823	54	2.1	53	89	1	168	15	23	22	38	1.92
56043704--56043951	68	3.8	63	76	9	191	30	16	28	24	1.97
56050550--56050661	27	4.2	26	80	7	125	38	22	22	16	1.93
56052078--56052148	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
56056995--56057106	54	2.1	54	83	3	136	39	22	21	16	1.92
56056995--56057109	27	4.3	27	76	11	92	39	22	21	16	1.92
56058249--56058295	24	2.0	24	86	0	67	23	36	0	40	1.55
56064093--56064154	30	2.1	30	96	0	115	27	16	20	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56068384--56068545	42	3.8	42	80	8	159	30	17	25	27	1.97
56070655--56071033	48	7.9	48	76	7	256	26	18	30	24	1.98
56070652--56070982	144	2.3	144	82	1	394	26	18	30	24	1.98
56070662--56071034	144	2.6	140	77	5	368	26	19	30	23	1.98
56070665--56071026	96	3.8	96	78	5	349	26	18	30	23	1.98
56074636--56074705	33	2.2	33	92	2	115	32	15	22	28	1.95
56082516--56082676	39	4.1	39	68	21	95	60	5	4	29	1.39
56082799--56082852	3	17.0	3	85	11	56	62	5	0	31	1.18
56082927--56083009	3	27.3	3	73	20	59	65	1	3	30	1.17
56082927--56083010	12	6.8	12	77	16	75	65	1	3	29	1.17
56082932--56082991	18	3.2	18	82	13	75	63	1	3	31	1.20
56083419--56083450	13	2.5	13	100	0	64	12	0	46	40	1.42
56083750--56085155	44	32.0	44	70	11	338	26	24	18	31	1.98
56083794--56085146	132	10.2	132	93	0	2211	26	23	18	31	1.98
56085171--56085648	204	2.3	205	88	0	715	30	21	17	30	1.96
56085806--56085927	61	1.9	65	90	6	198	36	12	17	33	1.87
56090301--56090347	19	2.5	20	89	6	71	42	8	21	27	1.81
56093174--56093244	3	23.3	3	73	18	51	64	1	4	29	1.20
56093174--56093262	18	5.2	17	77	17	80	69	1	3	25	1.11
56093237--56093268	9	3.6	9	100	0	64	90	0	0	9	0.45
56093660--56093753	13	7.2	13	77	20	106	15	0	45	38	1.47
56093649--56093736	31	3.0	30	77	15	112	14	0	47	37	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56093669--56093753	22	3.9	22	73	6	91	16	0	45	37	1.47
56094749--56094817	33	2.1	33	91	0	111	18	20	21	39	1.93
56100030--56100115	43	2.0	43	100	0	172	30	9	23	37	1.86
56107624--56107735	42	2.7	42	80	2	118	33	14	23	28	1.94
56107959--56107988	15	1.9	16	93	6	53	26	0	33	40	1.57
56112434--56112493	28	2.1	28	90	6	95	35	13	23	28	1.92
56112521--56112668	51	2.9	50	86	4	208	31	12	24	31	1.93
56116972--56117207	47	5.0	47	93	1	384	31	8	30	28	1.88
56117326--56117404	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
56118615--56118877	40	6.7	40	88	2	381	23	21	28	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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