genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   

This is table  177  of  332  ( 39766 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58397925--58397960	16	2.2	16	100	0	72	50	16	0	33	1.46
58404305--58404487	40	4.6	40	81	8	187	24	20	27	27	1.99
58404305--58404484	79	2.3	81	83	8	219	23	21	27	27	1.99
58404385--58404534	39	3.8	39	81	7	117	24	22	28	24	1.99
58404358--58404524	79	2.1	79	82	4	194	24	20	28	26	1.99
58412205--58412388	40	4.6	40	81	6	187	23	21	27	27	1.99
58412285--58412435	40	3.8	39	80	6	117	24	22	28	24	1.99
58424138--58424207	34	2.1	34	100	0	140	31	17	8	42	1.79
58425390--58425580	50	3.8	49	81	4	204	25	18	27	28	1.98
58428994--58429090	38	2.6	38	86	0	131	20	23	28	26	1.99
58429006--58429101	38	2.5	38	87	0	129	21	19	28	30	1.98
58429094--58429205	43	2.6	43	98	0	215	10	25	33	29	1.90
58429537--58429650	45	2.6	46	81	13	116	25	20	28	26	1.99
58433491--58433649	39	4.1	39	91	0	237	30	23	19	27	1.98
58437981--58438084	38	2.7	38	82	8	122	20	23	28	27	1.99
58438077--58438158	43	1.9	43	89	0	128	13	24	34	28	1.93
58443798--58443872	29	2.6	29	82	4	89	26	17	26	29	1.97
58451294--58451341	16	3.1	16	88	8	64	41	20	25	12	1.87
58451566--58451664	29	3.4	29	87	6	139	26	17	29	27	1.97
58455580--58455634	25	2.2	25	86	0	74	30	20	23	25	1.98
58455594--58455649	25	2.2	25	83	0	67	32	17	25	25	1.97
58462173--58462219	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58462617--58462999	50	7.7	50	72	7	287	27	16	24	30	1.97
58462617--58463007	146	2.6	149	83	2	491	27	17	24	30	1.97
58463209--58463240	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
58468444--58468557	54	2.1	54	93	0	192	28	15	17	38	1.91
58468444--58468558	27	4.3	27	83	2	142	27	15	17	39	1.90
58468903--58468949	18	2.6	18	86	0	67	19	17	17	46	1.84
58472480--58472564	27	3.1	27	79	0	89	24	17	15	42	1.88
58472890--58472928	18	2.2	18	90	0	60	17	20	17	43	1.88
58494473--58494599	68	1.9	68	83	3	166	33	17	26	22	1.96
58505015--58505131	47	2.5	47	95	1	209	29	17	26	26	1.98
58507699--58507816	45	2.7	45	84	10	140	23	27	21	27	1.99
58513678--58513737	30	2.0	31	83	3	77	36	11	21	30	1.89
58518653--58518789	23	5.8	23	76	8	91	36	21	19	22	1.95
58526862--58527044	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
58526841--58527044	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	1.99
58528952--58528984	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
58530041--58530104	28	2.3	28	91	2	103	34	26	7	31	1.85
58530210--58530299	27	3.2	27	85	7	119	18	24	24	32	1.97
58530210--58530324	55	2.1	56	82	11	139	18	24	22	34	1.96
58536767--58536799	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
58537861--58537925	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
58538031--58538120	28	3.2	27	86	10	112	18	23	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58538041--58538131	27	3.2	28	84	7	89	20	25	20	32	1.97
58538031--58538145	55	2.1	56	81	14	132	18	23	22	35	1.95
58543783--58544068	40	7.2	40	95	0	466	29	27	20	23	1.99
58549483--58549636	64	2.4	64	84	4	193	24	31	14	29	1.95
58553849--58554050	38	5.3	38	84	4	253	22	22	25	29	1.99
58553849--58554050	78	2.6	76	82	4	253	22	22	25	29	1.99
58554043--58554167	43	2.9	43	87	0	178	14	25	30	29	1.95
58554484--58554610	45	2.9	44	79	10	136	25	23	26	23	2.00
58561038--58561062	7	3.6	7	100	0	50	24	0	0	76	0.80
58562847--58562925	41	1.9	41	97	0	149	31	7	18	41	1.79
58563263--58563368	9	12.1	8	71	12	59	58	0	1	38	1.15
58563315--58563368	28	1.9	28	88	0	81	64	0	1	33	1.04
58563261--58563360	52	1.9	52	80	11	116	56	1	2	41	1.18
58569505--58569562	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
58569774--58569805	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
58569900--58570141	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
58569900--58570149	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
58594762--58594932	93	1.8	93	92	0	288	28	28	22	21	1.99
58594757--58594929	46	3.7	46	77	13	192	28	27	21	21	1.99
58599879--58599919	22	1.9	22	90	5	66	17	26	43	12	1.84
58605080--58605132	24	2.3	23	90	3	79	52	15	18	13	1.74
58605286--58605425	29	5.0	29	83	7	157	27	14	29	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58605298--58605425	55	2.3	56	87	2	177	25	15	29	28	1.96
58607411--58607449	3	13.0	3	100	0	78	66	0	33	0	0.92
58612956--58613012	22	2.7	22	91	5	91	45	21	0	33	1.52
58630952--58631127	46	3.8	46	76	12	189	20	20	29	29	1.98
58630949--58631120	93	1.8	93	92	0	290	20	20	29	28	1.98
58636353--58636401	20	2.5	20	100	0	98	26	40	24	8	1.83
58639379--58639528	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
58639403--58639586	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
58644464--58644609	43	3.4	42	72	12	111	30	15	24	29	1.96
58644464--58644584	43	2.8	43	79	7	122	28	16	24	29	1.97
58645596--58648259	890	3.0	891	92	0	4368	26	17	25	31	1.97
58650965--58651295	27	12.3	27	78	10	331	32	9	19	38	1.85
58650965--58651304	107	3.2	107	91	2	522	32	9	19	38	1.84
58650977--58651304	80	4.1	82	80	8	336	32	9	18	39	1.84
58651588--58651676	28	3.2	28	86	0	124	25	35	16	21	1.94
58656420--58656674	39	6.5	39	80	8	234	24	27	21	26	1.99
58656606--58656683	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
58664326--58664581	39	6.5	39	80	8	236	23	27	21	26	1.99
58664359--58664581	79	2.8	78	80	6	245	24	27	21	26	1.99
58666123--58666160	15	2.5	15	86	0	58	26	31	18	23	1.97
58667552--58667824	49	5.8	48	75	9	231	28	20	27	23	1.99
58673155--58673419	46	5.7	45	77	9	198	21	28	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58673152--58673423	94	2.9	92	76	11	286	22	27	20	28	1.99
58678397--58678574	94	1.9	93	89	3	277	24	27	18	29	1.98
58691031--58691264	48	5.0	48	76	7	219	27	20	24	27	1.99
58691031--58691264	91	2.5	94	81	4	251	27	20	24	27	1.99
58694810--58694894	44	2.0	43	92	2	143	34	29	10	25	1.90
58704971--58705145	52	3.5	49	82	8	201	28	29	13	29	1.94
58704971--58705145	51	3.5	50	84	9	198	28	29	13	29	1.94
58707754--58707783	15	2.0	15	93	0	51	56	13	0	30	1.37
58731050--58731108	25	2.4	25	97	0	109	30	30	3	35	1.74
58733768--58733850	42	2.0	42	97	0	157	31	10	16	40	1.83
58736678--58736841	43	3.9	42	86	7	181	24	21	30	23	1.99
58737416--58737740	163	2.0	163	96	0	605	40	8	21	29	1.84
58746093--58746117	13	1.9	13	100	0	50	8	32	40	20	1.81
58766960--58767153	48	4.0	48	85	4	239	27	30	16	24	1.96
58779992--58780276	50	5.6	50	78	4	277	25	16	25	32	1.96
58780048--58780125	24	3.2	24	68	20	70	23	12	29	34	1.92
58780038--58780276	101	2.4	100	84	4	304	25	17	25	31	1.97
58780000--58780292	151	1.9	152	85	1	399	25	17	24	31	1.97
58779995--58780320	151	2.1	152	80	2	368	26	16	25	31	1.96
58786077--58786144	28	2.5	27	73	7	66	33	20	20	25	1.97
58787983--58788103	46	2.6	47	90	2	199	37	14	23	25	1.92
58788082--58788278	55	3.6	54	86	4	263	36	18	24	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58792014--58793123	47	23.3	47	91	2	1779	29	29	8	32	1.86
58792014--58793123	96	11.6	96	91	3	1771	29	29	8	32	1.86
58794357--58794535	85	2.1	85	97	0	340	26	28	8	36	1.85
58795846--58795898	18	2.8	18	75	18	54	60	1	9	28	1.38
58798289--58798439	42	3.6	42	84	0	185	21	26	30	21	1.98
58798289--58798463	84	2.1	84	80	4	192	21	25	30	22	1.99
58802214--58802282	25	2.7	26	70	18	65	23	23	28	24	1.99
58803467--58803573	55	2.0	54	84	1	142	25	27	23	24	2.00
58805524--58805580	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
58805985--58806144	43	3.7	43	75	11	132	27	20	24	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332