genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38134004--38134033	15	1.9	16	93	6	53	50	0	0	50	1.00
38134002--38134057	22	2.6	21	91	8	87	51	0	1	46	1.11
38134012--38134064	19	2.8	19	74	5	54	52	0	1	45	1.11
38134052--38134092	12	3.4	12	86	6	57	58	2	0	39	1.11
38134052--38134098	24	2.0	24	87	8	69	61	2	0	36	1.08
38134214--38134261	19	2.2	22	79	20	57	58	4	2	35	1.29
38134223--38134261	19	2.0	21	90	10	64	56	2	0	41	1.13
38155641--38155702	27	2.2	28	80	8	72	41	14	16	27	1.87
38161844--38162465	49	12.9	49	94	2	1052	30	29	7	32	1.86
38161844--38162465	145	4.3	146	95	2	1048	30	29	7	32	1.86
38161844--38162465	192	3.2	192	95	0	1104	30	29	7	32	1.86
38166155--38166208	27	2.0	28	88	3	83	40	11	14	33	1.82
38168868--38168978	41	2.7	41	80	0	132	19	27	17	35	1.94
38175520--38175554	17	2.1	17	100	0	70	22	11	0	65	1.24
38175914--38175977	22	2.8	23	88	7	94	42	9	18	29	1.82
38175917--38175977	12	5.2	12	80	7	81	40	9	18	31	1.83
38176191--38176436	41	6.0	41	82	2	226	22	28	15	34	1.94
38176370--38176435	20	3.2	20	71	12	62	18	33	18	30	1.94
38179900--38180084	40	4.7	40	84	7	218	25	27	22	23	2.00
38183232--38183310	37	2.1	37	85	0	104	25	32	17	24	1.97
38183428--38184765	47	28.0	47	94	2	2214	30	29	8	32	1.87
38183428--38184765	96	14.0	94	93	3	2214	30	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38188822--38188881	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
38194427--38194496	36	1.9	37	94	2	124	28	20	27	24	1.99
38211558--38211795	50	4.8	49	77	12	216	31	26	15	26	1.96
38211561--38211795	101	2.4	99	82	5	260	31	26	16	25	1.96
38214795--38214962	46	3.6	44	79	10	178	23	28	19	28	1.98
38219856--38219903	25	1.9	25	82	0	60	33	20	22	22	1.97
38219890--38219978	45	1.9	47	82	8	112	35	15	24	23	1.94
38221896--38221947	25	2.1	25	100	0	104	36	23	3	36	1.73
38225284--38225344	22	2.8	22	97	2	115	9	44	29	16	1.80
38226083--38226131	24	2.0	24	96	0	89	53	24	6	16	1.66
38226436--38226557	43	2.9	42	80	7	147	31	22	15	30	1.95
38230498--38230678	27	6.7	27	81	1	157	28	21	9	40	1.85
38230520--38230679	27	6.0	27	84	0	187	26	20	10	41	1.85
38230515--38230671	81	2.0	80	87	1	224	26	21	10	41	1.86
38230671--38230849	27	6.7	26	77	8	153	42	20	8	29	1.81
38230671--38230849	54	3.3	53	82	4	198	42	20	8	29	1.81
38230657--38230851	81	2.4	80	87	2	266	40	21	8	29	1.82
38230694--38230856	27	6.0	27	78	8	161	39	19	9	31	1.83
38230719--38230877	54	2.9	54	79	9	139	41	20	8	29	1.81
38230657--38230879	81	2.8	81	83	8	260	40	21	8	29	1.83
38230806--38230931	27	4.6	27	73	11	94	42	20	7	28	1.80
38230888--38230939	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38231001--38231078	26	2.9	27	90	5	115	30	21	25	21	1.98
38230993--38231082	27	3.4	27	86	6	121	34	18	25	21	1.96
38232333--38232391	20	3.0	20	84	0	73	32	13	20	33	1.91
38232443--38232632	23	8.1	23	95	3	335	27	21	21	29	1.98
38232442--38232653	47	4.5	47	94	3	356	27	21	21	28	1.99
38232443--38232632	70	2.7	70	96	1	346	27	21	21	29	1.98
38232847--38232910	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
38237641--38237864	40	5.7	40	82	6	233	25	21	27	25	1.99
38237694--38237864	79	2.2	79	84	2	227	25	21	28	25	1.99
38237720--38237897	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
38245596--38245773	40	4.5	39	85	4	198	26	20	27	25	1.99
38245602--38245773	80	2.2	79	85	3	229	25	21	27	25	1.99
38245629--38245806	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
38247450--38247514	31	2.1	31	88	5	96	41	15	12	30	1.84
38255521--38255558	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
38255788--38255958	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	22	1.99
38255783--38255955	46	3.7	46	79	10	199	29	27	20	22	1.99
38263439--38263485	21	2.3	21	85	3	60	4	38	0	57	1.18
38282106--38282237	6	21.8	6	74	18	114	49	12	16	21	1.79
38282106--38282237	30	4.4	30	94	4	214	49	12	16	21	1.79
38282739--38282821	27	3.1	26	84	5	85	33	21	22	21	1.97
38283020--38283215	27	7.3	27	85	0	239	25	19	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38283020--38283215	54	3.6	54	88	0	266	25	19	19	35	1.95
38283039--38283215	81	2.2	81	89	0	264	23	19	20	36	1.95
38283220--38283739	27	19.3	27	81	5	550	40	9	22	28	1.84
38285732--38285834	6	17.2	6	77	18	108	50	14	14	20	1.78
38285733--38285863	30	4.3	29	92	6	192	50	12	16	20	1.77
38285981--38286054	27	2.8	27	80	10	80	35	21	24	18	1.96
38286219--38286277	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
38286365--38286420	27	2.1	26	86	3	76	33	21	23	21	1.97
38286618--38286813	27	7.3	27	85	0	239	25	20	19	34	1.96
38286618--38286813	54	3.6	54	86	0	266	25	20	19	34	1.96
38286818--38287334	27	19.2	27	82	4	582	40	9	21	27	1.85
38289344--38289445	6	16.8	6	75	17	95	50	13	14	20	1.76
38289323--38289445	30	4.1	30	82	7	142	50	13	15	20	1.78
38289548--38289613	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
38289548--38289621	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
38289572--38289629	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
38289932--38290014	27	3.1	26	86	5	112	37	21	21	19	1.94
38290213--38290373	27	6.0	27	90	0	232	24	21	19	34	1.96
38290386--38290902	27	19.2	27	82	5	573	40	9	22	27	1.85
38303729--38303910	40	4.6	40	81	6	201	25	28	20	25	1.99
38303735--38303910	79	2.2	80	81	9	200	25	28	21	25	1.99
38306577--38306673	37	2.7	35	80	9	124	28	24	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38312943--38313099	43	3.7	43	75	3	163	32	22	15	29	1.95
38319330--38319458	46	2.8	46	92	0	213	30	29	20	20	1.97
38319338--38319477	46	3.0	45	84	6	133	29	29	20	21	1.98
38321146--38321171	10	2.6	10	100	0	52	42	19	7	30	1.79
38321791--38321828	15	2.6	16	84	16	55	57	18	0	23	1.40
38322635--38322659	10	2.5	10	100	0	50	52	8	8	32	1.60
38323452--38323476	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
38330901--38331028	42	3.0	41	79	5	157	30	26	14	28	1.95
38336064--38336193	48	2.7	48	85	0	170	33	27	16	22	1.95
38339907--38339958	27	2.0	26	88	3	77	17	28	21	32	1.96
38348155--38348332	47	3.7	47	92	1	275	26	33	10	29	1.90
38348139--38348343	47	4.3	49	87	3	251	27	31	9	31	1.88
38362538--38362568	15	2.1	15	100	0	62	48	19	0	32	1.49
38375695--38375868	46	3.8	44	76	15	149	25	21	29	22	1.99
38378290--38378472	40	4.7	40	80	8	198	25	26	22	25	2.00
38378290--38378472	79	2.3	80	80	9	198	25	26	22	25	2.00
38381093--38381314	78	2.8	78	83	11	258	25	27	21	25	1.99
38381093--38381314	40	5.7	40	87	7	271	25	27	21	25	1.99
38381093--38381314	38	5.7	40	84	10	225	25	27	21	25	1.99
38384837--38384933	28	3.4	28	91	2	158	34	24	11	29	1.90
38384837--38384964	29	4.5	29	84	4	154	32	26	11	28	1.92
38384836--38384964	57	2.3	57	86	2	179	32	27	11	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38384837--38384962	28	4.4	28	84	3	144	33	26	11	29	1.91
38390688--38390754	33	2.0	33	94	0	116	34	23	20	20	1.97
38390823--38390891	30	2.3	31	87	7	97	23	20	18	37	1.94
38390976--38391017	19	2.3	19	84	8	52	35	4	11	47	1.61
38397431--38397536	53	2.0	53	98	0	203	33	10	8	47	1.68
38401171--38401210	21	1.9	21	85	10	55	25	30	25	20	1.99
38404179--38404499	27	11.9	27	84	0	374	27	22	9	41	1.84
38404146--38404504	81	4.4	81	84	4	420	27	22	9	39	1.86
38404509--38404705	54	3.6	54	80	5	236	38	18	18	25	1.93
38404517--38404702	81	2.3	81	84	1	239	38	17	18	25	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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