genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70699093--70699460	74	4.7	76	72	18	267	30	16	17	35	1.92
70698474--70699233	164	4.7	166	83	9	921	28	19	20	31	1.97
70698850--70699463	239	2.6	236	82	8	708	29	17	18	34	1.94
70699442--70699499	29	2.0	28	90	3	89	20	10	29	39	1.86
70698474--70699698	238	5.1	233	75	14	770	29	17	19	33	1.95
70698474--70699724	482	2.6	471	80	10	1216	28	17	19	33	1.95
70785280--70785440	29	5.3	29	80	12	175	21	3	49	26	1.64
70785277--70785441	62	2.7	60	88	8	221	20	3	50	26	1.63
70787751--70787877	28	4.5	28	92	3	202	33	26	12	27	1.93
70787751--70787877	57	2.3	55	91	4	200	33	26	12	27	1.93
70790890--70791072	40	4.7	40	83	8	216	25	27	22	24	2.00
70790890--70791072	78	2.3	79	81	10	214	25	27	22	24	2.00
70798824--70799008	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
70798805--70799008	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
70804894--70805047	28	5.5	28	91	1	229	27	12	27	33	1.92
70810404--70810456	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
70818414--70818466	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
70823344--70823494	75	2.0	75	94	1	266	41	11	7	39	1.69
70825951--70826050	43	2.5	38	80	14	137	53	2	19	26	1.56
70825967--70826061	43	2.2	43	94	0	163	49	2	22	26	1.61
70825967--70826074	43	2.5	42	86	5	144	46	2	23	27	1.66
70832712--70832765	23	2.3	23	80	0	72	14	27	22	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70832968--70833022	9	6.3	9	74	16	53	40	7	12	40	1.71
70840385--70840465	23	3.6	23	75	9	85	14	23	20	40	1.90
70840642--70840696	9	6.3	9	74	16	53	40	7	12	40	1.71
70844454--70844493	20	2.0	20	100	0	80	20	15	10	55	1.68
70846490--70846714	46	4.8	48	80	7	234	23	29	19	28	1.98
70846490--70846715	93	2.4	93	79	9	255	23	29	19	28	1.98
70846490--70846761	94	2.9	92	75	16	251	23	29	18	28	1.98
70846492--70846761	46	5.8	46	73	17	161	23	29	18	28	1.98
70848853--70848950	37	2.6	36	79	6	115	44	18	6	30	1.74
70849004--70849041	9	4.2	9	83	9	51	57	10	0	31	1.32
70865996--70866032	19	1.9	19	88	0	56	64	2	8	24	1.34
70867816--70867996	40	4.6	40	93	2	285	29	27	20	23	1.99
70869242--70869367	53	2.4	52	88	10	200	15	19	9	54	1.68
70875980--70876204	40	5.7	40	89	1	294	27	27	22	22	1.99
70877449--70877575	53	2.5	51	87	5	191	16	19	10	53	1.71
70881527--70881568	14	3.0	14	85	0	57	30	0	30	38	1.58
70881884--70881945	19	3.3	19	73	22	58	29	1	1	67	1.09
70881885--70881938	10	5.6	10	75	14	51	31	1	0	66	1.02
70883150--70883191	17	2.5	17	88	3	59	61	16	4	16	1.50
70884966--70884999	13	2.7	13	95	4	61	47	5	0	47	1.26
70894988--70895164	27	6.6	27	82	2	194	26	15	28	29	1.96
70894988--70895164	54	3.3	55	84	4	234	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70894989--70895143	81	1.9	81	88	2	231	26	15	29	29	1.96
70894985--70895164	81	2.2	81	83	2	227	26	15	28	29	1.96
70902991--70903167	27	6.6	27	82	2	194	26	15	28	29	1.96
70902991--70903167	54	3.3	55	84	4	234	26	15	28	29	1.96
70902992--70903146	81	1.9	81	88	2	231	26	15	29	29	1.96
70902988--70903167	81	2.2	81	83	2	227	26	15	28	29	1.96
70904628--70904843	39	5.5	40	84	13	281	23	22	27	25	2.00
70912731--70912954	40	5.6	40	85	3	288	24	22	26	26	2.00
70912735--70912954	83	2.7	80	88	4	300	24	23	26	25	2.00
70916844--70917010	39	4.2	40	77	6	97	25	26	23	23	2.00
70916867--70917010	39	3.6	39	84	6	173	23	25	25	25	2.00
70918201--70918276	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
70927763--70927886	43	2.9	43	86	1	151	24	32	19	24	1.98
70932772--70932947	48	3.6	48	80	3	167	25	28	17	28	1.98
70939228--70939403	46	3.8	45	79	10	203	21	20	29	28	1.98
70939224--70939395	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
70946204--70946232	10	2.9	10	100	0	58	72	0	10	17	1.11
70948183--70948256	26	2.8	25	75	18	71	64	1	8	25	1.29
70956473--70956539	33	2.0	33	100	0	134	23	25	2	47	1.66
70957213--70957238	7	3.7	7	100	0	52	30	15	11	42	1.82
70960138--70960228	45	2.0	45	91	0	146	41	8	7	41	1.65
70962769--70962904	36	3.7	37	92	3	222	25	30	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70962769--70962904	73	1.9	73	90	3	220	25	30	18	25	1.98
70963023--70963476	47	9.6	47	94	0	755	29	29	8	32	1.87
70963023--70963476	239	1.9	235	94	1	800	29	29	8	32	1.87
70970302--70970479	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
70970303--70970458	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
70970299--70970479	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
70978491--70978668	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
70978492--70978647	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
70978488--70978668	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
70987251--70987316	30	2.2	30	88	0	96	21	34	24	19	1.96
71005631--71005774	40	3.6	40	85	5	184	23	26	24	25	2.00
71006968--71007028	30	2.0	31	96	3	115	39	16	16	27	1.90
71013654--71013821	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
71013677--71013821	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
71015010--71015085	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
71024731--71024852	46	2.6	46	80	2	127	27	17	30	25	1.97
71024912--71025033	49	2.5	49	84	6	140	27	22	27	23	1.99
71032515--71032685	46	3.7	46	77	7	168	28	20	28	22	1.99
71033947--71034007	21	3.0	21	95	2	106	11	37	29	21	1.88
71037241--71037316	38	2.0	38	94	0	134	27	19	6	46	1.75
71037646--71037682	16	2.3	16	100	0	74	24	18	5	51	1.67
71038621--71038668	24	2.0	24	100	0	96	20	20	20	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71043024--71043087	26	2.5	26	92	0	101	25	20	28	26	1.99
71049930--71049999	8	8.1	8	75	17	61	70	1	0	28	0.96
71049931--71050027	27	3.7	25	81	9	113	68	1	2	28	1.08
71050801--71050841	5	8.2	5	100	0	82	41	0	39	19	1.52
71053984--71054021	20	1.9	20	84	10	51	39	7	7	44	1.63
71055394--71055438	15	3.1	14	84	12	56	73	0	4	22	1.01
71055554--71055617	10	6.1	10	73	10	56	70	1	6	21	1.18
71055641--71055687	24	1.9	25	87	12	71	55	4	6	34	1.45
71056653--71056683	5	6.0	5	96	3	53	77	0	19	3	0.90
71057392--71057437	21	2.1	22	84	4	58	45	10	2	41	1.51
71057324--71057793	150	3.1	149	80	10	499	43	10	5	41	1.61
71057810--71057853	19	2.2	20	80	4	54	47	11	4	36	1.60
71073104--71073197	47	2.0	47	85	8	129	26	13	31	27	1.94
71076140--71076174	14	2.5	14	85	0	52	11	0	28	60	1.32
71084222--71084468	43	5.7	43	94	0	413	29	32	24	12	1.93
71087616--71087685	28	2.5	27	77	11	70	25	7	0	67	1.16
71087737--71087762	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
71088304--71088489	42	4.4	42	88	0	237	34	23	20	21	1.97
71090807--71090897	19	4.9	19	90	8	152	38	10	14	36	1.81
71091161--71091195	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
71099251--71099412	89	1.8	87	80	5	191	30	17	24	27	1.97
71099445--71099738	78	3.8	78	88	1	419	32	18	23	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71099762--71099907	45	3.3	45	81	3	179	32	13	28	24	1.94
71108293--71108371	37	2.1	37	86	4	106	25	29	20	25	1.99
71108490--71108836	47	7.4	47	97	0	624	29	30	8	31	1.88
71112307--71112529	40	5.6	40	78	5	195	23	27	23	25	2.00
71112294--71112529	120	2.0	119	80	11	268	23	27	23	25	2.00
71112834--71112912	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
71114818--71114894	36	2.1	36	88	4	111	25	29	19	24	1.98
71115013--71115286	47	5.8	47	99	0	521	29	31	8	31	1.86
71118489--71118740	46	5.3	45	74	14	147	24	31	19	25	1.98
71125516--71125732	46	4.7	46	74	12	142	21	28	20	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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