genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28112652--28112703	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
28112633--28112786	67	2.3	67	98	0	299	18	29	22	30	1.97
28112719--28112769	27	1.9	26	88	4	75	17	25	19	37	1.94
28112889--28113084	6	31.8	6	74	14	159	17	17	15	48	1.81
28112889--28113030	25	5.7	25	83	5	189	17	19	16	47	1.83
28112911--28113079	37	4.6	37	76	8	173	17	17	15	48	1.81
28112890--28113033	74	1.9	74	98	0	279	17	18	15	47	1.82
28112889--28113079	74	2.6	73	88	5	251	17	17	15	48	1.81
28112889--28113082	19	10.5	18	71	17	96	18	17	15	48	1.81
28114867--28115032	46	3.6	46	71	12	133	24	18	27	30	1.98
28114816--28115012	93	2.1	93	88	0	286	23	18	27	29	1.98
28120909--28121107	93	2.2	93	85	2	258	25	16	27	30	1.97
28123037--28123321	50	5.7	50	92	0	457	30	23	18	27	1.98
28131287--28131417	6	21.7	6	76	16	128	49	14	16	19	1.79
28131266--28131417	30	5.0	29	80	10	146	49	14	17	19	1.80
28131346--28131443	25	3.7	25	78	12	106	46	16	18	18	1.84
28131280--28131443	55	2.9	55	86	6	195	49	15	16	18	1.80
28131945--28132027	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
28132226--28132413	27	7.0	27	84	2	234	26	20	18	35	1.95
28132228--28132421	82	2.4	80	87	3	264	26	19	17	36	1.94
28132426--28132780	27	13.2	27	82	4	412	40	8	22	28	1.84
28132416--28132811	54	7.4	54	78	8	315	38	9	22	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28134776--28134901	30	4.2	30	82	7	139	49	13	17	19	1.80
28134790--28134953	55	2.9	55	84	6	186	49	13	16	20	1.79
28134797--28134928	6	21.8	6	74	16	112	49	12	16	21	1.79
28135071--28135136	27	2.5	26	85	7	87	40	22	19	16	1.91
28135071--28135152	27	3.1	27	77	11	80	39	24	20	15	1.92
28135455--28135537	27	3.1	26	82	5	94	39	20	20	19	1.92
28135738--28135931	81	2.4	82	86	1	257	26	19	17	36	1.94
28135737--28135931	27	7.2	27	84	2	221	26	18	17	36	1.94
28135936--28136316	27	14.2	27	83	6	452	39	10	22	27	1.87
28135941--28136313	54	6.9	53	87	2	505	39	9	23	27	1.86
28138708--28138890	27	6.8	27	83	0	204	26	12	19	42	1.86
28138708--28138920	54	3.9	54	80	4	216	25	12	19	42	1.86
28138708--28138920	81	2.6	80	82	4	241	25	12	19	42	1.86
28138733--28138911	27	6.6	27	76	7	139	25	11	20	42	1.86
28141253--28141381	47	2.8	47	91	1	206	22	16	28	32	1.95
28141255--28141400	47	3.1	47	74	22	130	23	16	26	32	1.96
28141401--28141448	23	2.1	23	96	0	87	20	6	18	54	1.65
28143577--28143661	45	1.9	44	85	2	116	30	11	23	34	1.91
28147584--28147804	96	2.3	96	82	6	252	27	15	29	27	1.96
28147584--28147806	48	4.6	49	81	6	208	27	15	29	27	1.96
28154527--28154641	48	2.4	47	84	10	135	26	20	27	26	1.99
28156002--28156135	54	2.5	54	90	0	214	26	17	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28159843--28159969	38	3.3	37	82	5	146	19	18	26	35	1.95
28169402--28169438	18	2.1	18	100	0	74	67	5	16	10	1.38
28169406--28169446	18	2.3	17	91	8	64	70	7	12	9	1.33
28178425--28178621	54	3.7	53	78	9	202	35	17	24	22	1.95
28178433--28178621	55	3.5	52	81	7	193	34	17	24	22	1.96
28184975--28185169	54	3.6	54	79	4	205	36	15	24	23	1.94
28184993--28185169	55	3.3	54	77	5	160	35	16	24	23	1.95
28187124--28187173	24	2.1	24	96	0	91	36	18	8	38	1.80
28191268--28191534	40	6.6	40	90	3	376	22	21	26	29	1.99
28191268--28191534	123	2.2	121	89	4	369	22	21	26	29	1.99
28205371--28205509	60	2.3	59	81	8	147	25	25	20	28	1.99
28211837--28212047	90	2.3	90	77	3	217	30	26	15	27	1.96
28216714--28216792	27	2.9	27	88	0	122	37	11	18	31	1.87
28216708--28216800	27	3.4	27	84	0	114	38	11	20	29	1.88
28218313--28218337	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
28223640--28223711	6	12.0	6	72	11	58	18	2	2	76	1.03
28226620--28226644	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
28234398--28234518	53	2.3	53	95	1	215	52	9	21	16	1.73
28234954--28235171	40	5.5	40	86	2	271	23	22	27	26	1.99
28238683--28238889	107	1.9	107	90	1	326	34	19	12	33	1.89
28244500--28244703	93	2.2	93	84	3	259	23	20	25	30	1.98
28244549--28244764	46	4.7	46	75	12	208	21	21	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28247744--28247799	15	3.7	15	78	7	69	14	16	8	60	1.57
28247742--28247808	30	2.3	29	87	7	100	11	14	14	58	1.64
28250246--28250366	47	2.6	47	92	5	208	23	18	29	28	1.97
28253734--28253899	90	1.8	90	81	0	206	30	22	16	29	1.96
28257082--28257118	16	2.4	16	86	8	51	62	0	0	37	0.96
28259435--28259535	29	3.5	29	87	0	148	13	12	18	54	1.71
28259821--28259977	31	5.2	31	73	7	124	24	14	28	31	1.95
28259787--28260012	90	2.5	90	80	5	258	26	17	28	27	1.98
28259992--28260046	15	3.8	15	69	9	51	23	25	30	20	1.98
28259969--28260040	28	2.6	28	90	0	108	27	23	29	19	1.98
28266813--28266840	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
28269551--28269592	22	2.0	22	85	4	59	35	7	9	47	1.64
28290393--28290442	25	2.0	25	100	0	100	20	20	36	24	1.95
28290345--28290488	73	2.0	73	84	2	191	27	21	28	22	1.99
28291047--28291071	13	1.9	13	100	0	50	24	20	8	48	1.76
28301420--28301697	48	5.8	48	75	9	185	26	17	29	26	1.98
28301474--28301698	96	2.3	95	81	6	247	27	16	29	26	1.97
28308344--28308527	67	2.8	64	76	8	194	28	17	30	22	1.97
28314011--28314051	18	2.2	19	95	4	75	68	4	9	17	1.35
28319576--28319644	27	2.6	27	95	0	120	30	18	10	40	1.84
28339212--28339239	14	2.0	14	100	0	56	78	0	0	21	0.75
28346169--28346359	40	4.8	41	89	3	248	21	21	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28346172--28346387	79	2.7	80	79	7	226	22	21	30	25	1.99
28354516--28354634	59	2.0	59	95	0	211	21	22	31	24	1.98
28354588--28354723	40	3.4	41	83	4	170	24	21	29	25	1.99
28359221--28359484	47	5.6	47	93	0	429	28	29	8	32	1.86
28367645--28367723	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
28367842--28368288	47	9.5	47	93	0	714	28	29	8	32	1.87
28367842--28368288	190	2.4	188	92	0	741	28	29	8	32	1.87
28371882--28372018	40	3.4	40	81	2	150	24	29	21	24	1.99
28372003--28372037	17	2.1	17	100	0	70	28	31	22	17	1.96
28371964--28372077	57	2.0	57	96	0	210	28	28	21	21	1.98
28380249--28380480	40	5.8	40	92	2	324	26	30	21	21	1.98
28392379--28392480	28	3.5	27	73	19	89	24	28	20	26	1.99
28392377--28392517	60	2.4	59	85	9	180	26	26	19	27	1.99
28392573--28392613	22	1.9	21	85	5	55	17	43	12	26	1.84
28392833--28392882	26	1.9	26	87	0	73	24	18	26	32	1.97
28393790--28393901	43	2.6	41	78	10	109	33	25	16	25	1.96
28398111--28398248	53	2.6	53	81	2	150	37	20	23	18	1.94
28399365--28399473	37	2.9	37	93	2	175	28	30	18	22	1.97
28399620--28399754	48	2.8	47	94	3	234	30	27	8	34	1.86
28399770--28399845	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
28399724--28399917	47	4.1	47	91	0	298	26	29	11	32	1.91
28399839--28399918	25	3.3	25	65	16	60	30	28	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28403368--28403400	15	2.1	16	88	11	50	48	0	3	48	1.17
28405646--28405695	25	2.0	24	81	14	57	34	26	4	36	1.75
28408664--28408695	16	2.0	16	100	0	64	37	25	6	31	1.81
28409246--28409377	43	3.1	43	82	2	167	35	25	12	26	1.92
28410261--28410423	30	5.6	30	80	10	185	49	12	17	20	1.79
28410261--28410417	85	1.8	85	94	0	278	49	12	17	20	1.79
28410240--28410398	6	26.3	6	69	13	103	49	12	18	20	1.79
28410541--28410612	27	2.7	27	77	10	76	34	18	26	20	1.95
28410779--28410837	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
28410925--28411006	27	3.1	27	81	11	98	36	21	21	19	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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