genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   

This is table  255  of  332  ( 39766 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85143832--85143856	13	1.9	13	100	0	50	76	16	0	8	1.02
85154132--85154186	21	2.7	21	78	13	60	43	3	3	49	1.37
85160834--85161028	98	2.0	96	92	4	320	46	16	8	28	1.76
85168553--85168604	23	2.3	23	83	9	63	63	3	11	21	1.43
85170630--85170765	55	2.5	55	79	0	155	11	25	33	29	1.91
85174395--85174544	75	2.0	75	97	0	282	37	16	16	30	1.90
85179251--85179305	27	2.0	27	100	0	110	36	32	7	23	1.82
85185178--85185347	46	3.7	46	80	9	150	22	29	20	27	1.98
85185223--85185347	47	2.7	45	80	11	137	24	28	18	28	1.98
85185678--85185714	13	2.8	13	100	0	74	24	37	5	32	1.78
85189189--85189316	50	2.6	50	85	0	157	39	13	14	32	1.85
85193255--85193298	19	2.3	19	88	0	61	59	29	2	9	1.41
85193375--85193777	216	1.8	219	90	3	652	56	19	4	18	1.59
85196160--85196226	30	2.2	30	100	0	134	55	5	5	32	1.49
85197601--85197692	41	2.3	41	80	1	105	32	21	23	21	1.98
85197618--85197710	41	2.3	41	94	0	159	32	24	22	20	1.98
85197700--85197911	41	5.2	41	89	1	293	24	21	28	25	1.99
85197659--85197917	82	3.2	83	80	3	197	26	21	27	24	1.99
85198074--85198214	14	9.9	14	72	13	83	21	0	31	45	1.57
85198102--85198175	22	3.4	21	71	12	60	24	1	27	47	1.60
85198126--85198220	7	13.3	7	74	13	61	17	0	35	46	1.49
85198131--85198220	15	6.3	15	73	12	66	16	0	37	45	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85201583--85201754	46	3.7	46	75	16	192	30	27	19	22	1.98
85201589--85201758	93	1.8	93	94	0	304	30	28	19	21	1.98
85202178--85202235	30	1.9	30	85	0	80	32	25	5	36	1.78
85204263--85204288	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
85206053--85206099	24	2.0	24	95	0	85	25	4	19	51	1.65
85206326--85206415	43	2.1	43	91	0	144	26	17	31	24	1.97
85207727--85207859	47	2.8	49	78	14	161	30	27	19	23	1.98
85208279--85208338	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
85209151--85209190	21	1.9	21	84	0	53	47	5	5	42	1.47
85209638--85209800	19	8.8	18	68	12	71	34	3	1	60	1.23
85209657--85209712	9	6.3	9	78	10	53	33	1	0	64	1.04
85209657--85209708	17	2.9	17	75	8	50	36	1	0	61	1.07
85209638--85209708	36	2.0	36	86	5	99	33	4	1	60	1.25
85209671--85209751	28	2.9	27	71	14	74	34	3	1	60	1.22
85209740--85209809	9	7.9	8	78	18	52	31	0	1	67	1.00
85209671--85209782	57	2.0	56	84	10	147	34	2	1	60	1.21
85209887--85209933	22	2.1	22	84	0	58	34	2	12	51	1.52
85212517--85212555	21	1.9	20	89	5	60	46	2	10	41	1.51
85220313--85220350	19	2.0	19	94	0	67	28	5	28	36	1.79
85222930--85222988	29	2.0	29	100	0	118	16	16	23	42	1.89
85228657--85228825	85	2.0	85	95	0	302	23	39	19	18	1.93
85234142--85234170	13	2.1	14	93	6	51	82	0	0	17	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85235503--85235658	42	3.7	43	75	13	153	23	17	26	32	1.96
85237851--85238035	79	2.3	81	82	7	218	24	23	27	24	2.00
85237852--85238035	40	4.6	39	80	9	194	25	23	27	23	2.00
85237904--85238058	79	2.0	79	83	7	199	26	21	27	24	2.00
85240374--85240441	34	2.0	34	97	0	127	51	17	10	20	1.74
85242110--85242169	30	2.0	30	96	0	111	21	20	15	43	1.88
85242546--85242575	15	2.0	15	93	0	51	23	26	20	30	1.98
85243800--85243885	30	2.9	30	75	0	91	18	31	29	20	1.97
85246235--85246287	24	2.2	24	93	0	88	45	18	18	16	1.86
85253674--85253708	15	2.3	15	100	0	70	42	14	20	22	1.88
85268895--85269087	71	2.8	71	81	6	225	26	12	17	43	1.85
85279810--85279840	15	2.1	15	100	0	62	19	38	32	9	1.84
85282501--85282628	30	4.3	30	75	2	114	39	10	22	28	1.86
85282522--85282673	60	2.5	60	84	2	171	37	11	23	27	1.90
85294445--85294503	22	2.7	23	82	14	72	57	0	5	37	1.21
85294734--85294774	11	3.5	12	81	15	50	60	0	0	39	0.96
85294736--85294824	28	3.0	28	78	20	76	60	2	4	32	1.29
85294689--85294805	58	2.0	57	80	9	130	58	0	5	35	1.26
85294752--85294824	30	2.4	31	80	19	82	61	2	5	30	1.32
85294837--85294906	23	2.9	24	81	12	90	64	0	0	35	0.94
85296412--85297188	206	3.8	206	93	0	1293	28	22	18	30	1.97
85299520--85299611	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85299744--85299878	26	5.3	26	86	5	181	26	22	22	28	1.99
85299744--85299878	52	2.7	51	90	7	215	26	22	22	28	1.99
85299928--85300014	20	4.3	20	92	2	140	31	18	10	40	1.84
85300722--85300786	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
85300839--85300937	27	3.6	27	80	12	103	33	10	17	39	1.83
85300914--85301083	27	6.3	27	83	5	193	29	7	21	41	1.80
85300927--85301083	54	2.9	54	87	1	226	28	8	22	40	1.82
85300928--85301083	81	1.9	81	85	2	215	28	7	22	41	1.81
85300941--85301122	81	2.3	81	78	6	181	30	9	20	39	1.85
85301112--85301309	27	7.3	27	86	0	261	39	8	24	27	1.84
85301112--85301309	54	3.7	54	91	0	306	39	8	24	27	1.84
85307176--85307236	30	2.0	30	87	0	86	37	8	21	32	1.83
85308004--85308130	64	1.9	65	81	7	150	30	18	29	21	1.97
85313979--85314088	45	2.4	46	95	1	195	20	20	27	30	1.98
85316351--85316409	22	2.7	23	82	14	72	57	0	5	37	1.21
85316552--85316617	18	3.9	17	76	18	59	63	1	3	31	1.19
85316564--85316614	16	3.1	17	77	13	52	64	1	1	31	1.15
85316550--85316678	57	2.2	57	80	15	133	60	0	3	34	1.20
85316640--85316728	28	3.0	28	78	20	76	60	2	4	32	1.29
85316656--85316728	30	2.4	31	80	19	82	61	2	5	30	1.32
85316751--85316838	20	4.1	20	69	19	61	67	0	3	29	1.07
85316782--85316864	31	2.6	32	79	9	91	63	0	3	32	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85316810--85316870	25	2.7	22	79	18	72	65	0	1	32	1.02
85323115--85323160	24	1.9	24	100	0	92	32	26	13	28	1.93
85324607--85324927	45	6.8	45	76	13	281	27	17	27	26	1.98
85324607--85324967	95	3.8	94	80	7	360	27	17	27	26	1.98
85324605--85324927	146	2.3	137	81	7	328	27	17	27	26	1.98
85324600--85324927	140	2.3	140	81	7	383	27	17	28	26	1.98
85338181--85338268	44	2.0	45	91	6	144	67	6	15	10	1.41
85338209--85338298	28	3.2	28	68	13	78	71	6	11	11	1.31
85346463--85346632	93	1.8	93	85	7	238	22	20	27	30	1.98
85349581--85349651	15	4.7	15	74	23	69	12	15	11	60	1.59
85349572--85349651	30	2.7	30	81	14	94	12	15	13	58	1.63
85355786--85355926	70	2.0	70	94	0	246	39	17	14	28	1.89
85359581--85359748	40	4.2	41	78	13	183	23	23	27	24	2.00
85367612--85367793	40	4.6	39	85	4	222	23	22	28	25	1.99
85367606--85367816	40	5.3	40	81	7	207	24	22	27	26	2.00
85367606--85367816	79	2.7	80	81	5	268	24	22	27	26	2.00
85379875--85379903	11	2.6	11	100	0	58	68	0	6	24	1.13
85379905--85379944	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
85380621--85380645	13	1.9	13	100	0	50	40	4	16	40	1.67
85381728--85381900	43	4.0	43	74	11	165	22	15	27	35	1.94
85382436--85382481	23	2.0	24	82	4	58	17	2	26	54	1.54
85391562--85391591	15	2.0	15	100	0	60	26	13	20	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85400756--85400839	43	2.0	43	87	0	123	27	30	20	21	1.98
85400774--85400872	42	2.3	43	80	1	110	31	34	18	16	1.93
85403940--85404106	43	3.9	43	80	9	189	27	14	23	33	1.94
85407929--85408068	50	2.8	50	74	4	129	29	15	22	32	1.95
85408036--85408212	51	3.5	51	80	1	158	28	17	25	28	1.97
85413262--85413301	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
85423647--85423749	37	2.8	37	92	2	172	24	31	20	24	1.98
85423875--85424502	48	13.1	48	91	0	1004	31	26	6	35	1.82
85428048--85428148	29	3.6	29	73	10	91	25	33	17	22	1.96
85428023--85428180	56	2.8	56	84	1	190	28	31	18	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332