genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.300.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99399001--99399029	15	1.9	15	100	0	58	65	0	0	34	0.93
99400782--99400811	14	2.1	14	93	0	51	66	6	10	16	1.41
99400790--99400936	72	2.0	72	93	2	251	34	19	20	26	1.96
99400862--99401030	90	1.9	90	82	2	214	36	19	15	28	1.93
99400862--99401050	90	2.1	90	80	4	202	40	17	15	26	1.89
99401112--99401139	14	2.0	14	100	0	56	64	7	14	14	1.48
99401040--99401259	89	2.5	89	82	7	286	36	20	15	26	1.93
99401197--99401229	14	2.4	14	95	5	59	60	6	15	18	1.54
99401847--99401879	11	2.8	12	90	9	50	84	0	6	9	0.76
99402576--99402600	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
99402672--99402703	14	2.2	15	94	5	57	40	0	6	53	1.26
99402753--99402796	21	2.1	21	86	0	61	31	0	9	59	1.29
99406559--99406759	23	8.2	24	78	15	157	32	3	4	58	1.38
99406551--99406759	48	4.3	48	79	12	198	32	4	4	58	1.39
99406570--99406759	25	7.8	25	79	11	164	32	4	4	58	1.38
99406723--99406770	25	2.0	23	84	8	60	33	2	2	62	1.18
99406908--99406942	17	2.0	18	88	5	54	28	2	2	65	1.21
99407167--99407192	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
99408248--99408334	33	2.6	33	92	0	138	14	35	27	21	1.93
99411138--99411443	85	3.6	85	82	3	337	26	17	21	33	1.96
99423533--99423734	105	1.9	105	95	0	368	30	19	20	29	1.97
99426291--99427221	44	21.2	44	72	8	628	29	24	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99426291--99427221	132	7.1	132	91	0	1447	29	24	16	28	1.97
99427336--99427621	95	3.0	95	93	2	499	27	21	20	30	1.98
99427523--99427920	128	3.1	131	89	7	600	30	22	19	28	1.98
99427868--99428127	84	3.1	85	87	3	364	26	23	23	26	2.00
99439481--99439677	106	1.9	106	96	0	367	30	20	20	28	1.98
99440398--99440549	74	2.0	75	96	3	281	50	2	9	38	1.49
99456268--99456297	14	2.1	14	93	0	51	46	0	0	53	1.00
99457651--99457686	18	2.0	18	100	0	72	50	22	0	27	1.50
99459130--99459167	19	2.0	19	100	0	76	26	15	0	57	1.38
99471811--99471849	2	19.5	2	89	0	60	46	2	2	48	1.29
99472395--99472437	20	2.4	19	82	17	56	72	0	27	0	0.85
99477585--99477646	5	11.6	5	74	19	54	74	0	1	24	0.91
99481687--99481838	68	2.2	68	82	0	187	31	23	15	29	1.95
99481716--99481928	100	2.1	100	81	0	237	30	21	15	32	1.94
99481686--99481997	168	1.9	168	82	1	392	30	20	16	33	1.94
99487396--99487518	49	2.5	48	79	10	140	25	32	14	27	1.95
99491992--99492041	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
99496620--99496669	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
99498740--99498804	28	2.3	28	82	10	87	55	9	0	35	1.32
99519030--99519078	24	2.0	24	100	0	98	20	16	12	51	1.76
99520245--99520288	13	3.4	13	80	0	52	47	0	2	50	1.13
99520260--99520293	17	1.9	18	88	5	52	44	0	2	52	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99520320--99520367	22	2.2	22	82	14	55	60	4	10	25	1.47
99524782--99524929	43	3.4	44	80	5	151	28	14	23	33	1.94
99528426--99528606	39	4.6	39	80	4	159	23	25	24	25	2.00
99537623--99537726	27	3.9	27	87	2	147	42	14	25	17	1.87
99537623--99537740	54	2.2	53	87	6	175	41	15	24	18	1.89
99537637--99537899	81	3.2	80	68	12	196	42	14	25	18	1.87
99537623--99537762	27	5.2	27	82	6	142	42	14	25	18	1.88
99537852--99537926	27	2.8	27	69	15	64	40	6	29	24	1.80
99544440--99544580	27	5.2	27	83	11	173	34	21	24	19	1.96
99544440--99544580	54	2.6	55	91	5	225	34	21	24	19	1.96
99546131--99546212	26	3.2	26	87	0	128	37	23	6	32	1.79
99549855--99549884	12	2.5	12	94	0	51	26	46	20	6	1.75
99560086--99560145	29	2.1	29	93	0	102	26	5	26	41	1.76
99563428--99563482	27	2.0	27	96	0	101	32	25	10	30	1.90
99565740--99565832	40	2.5	37	86	8	118	30	25	10	33	1.90
99571003--99571037	6	5.8	6	89	0	52	45	20	0	34	1.51
99575799--99575830	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
99578233--99578556	164	2.0	164	99	0	639	35	19	16	28	1.94
99581569--99581616	26	1.9	25	83	8	62	60	4	0	35	1.16
99582318--99582399	11	7.5	11	83	2	58	53	26	10	8	1.64
99582309--99582367	22	2.7	23	79	10	61	55	25	8	10	1.61
99582606--99582656	9	5.7	9	90	0	66	21	39	3	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99586124--99586173	20	2.5	20	96	0	91	52	8	32	8	1.60
99586524--99586550	14	1.9	14	100	0	54	59	0	18	22	1.38
99587181--99587212	11	2.9	11	90	0	55	31	0	0	68	0.90
99588604--99588736	46	3.0	43	80	12	155	37	8	22	31	1.84
99607536--99607588	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
99615930--99615968	20	2.0	19	90	5	60	33	5	5	56	1.43
99617976--99618074	28	3.6	27	91	4	162	34	22	12	31	1.91
99617974--99618100	28	4.5	28	82	7	125	33	25	12	29	1.92
99625420--99625547	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
99625419--99625547	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
99629961--99630014	23	2.4	23	93	3	92	31	9	16	42	1.80
99636646--99636921	133	2.1	132	89	0	417	28	22	18	31	1.97
99636646--99637010	133	2.7	132	82	7	348	28	23	17	30	1.97
99636779--99637181	178	2.3	179	88	2	596	27	26	18	28	1.98
99636953--99637052	43	2.3	43	81	13	107	30	26	14	30	1.94
99636574--99637295	311	2.3	313	84	6	908	28	24	18	29	1.98
99636973--99637053	43	1.9	42	85	12	112	27	28	13	30	1.94
99637032--99637294	137	1.9	137	86	3	377	28	23	20	27	1.99
99653006--99653071	20	3.2	20	75	12	69	43	0	1	54	1.09
99657859--99657903	23	2.0	22	82	4	54	40	2	28	28	1.69
99673092--99673132	21	1.9	22	85	5	57	48	0	2	48	1.14
99677774--99677800	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99680448--99680511	18	3.4	18	69	12	56	34	21	25	18	1.96
99680450--99680744	39	7.6	39	91	2	423	36	22	28	12	1.91
99680450--99680744	116	2.5	117	89	0	448	36	22	28	12	1.91
99684394--99684445	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
99686812--99686836	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
99688188--99688317	3	43.7	3	72	13	81	58	2	6	32	1.37
99688255--99688345	43	2.1	43	82	8	105	57	0	9	32	1.32
99688391--99688436	22	2.0	23	91	4	76	65	4	6	23	1.35
99688897--99688945	21	2.5	20	77	9	57	55	10	2	32	1.45
99688983--99689027	22	2.0	22	82	0	54	40	2	15	42	1.59
99690821--99690872	14	3.6	14	76	2	50	32	0	0	67	0.91
99690857--99690906	20	2.5	20	87	3	66	42	0	2	56	1.11
99691786--99691849	31	2.1	30	83	11	78	42	6	1	50	1.37
99699751--99699833	25	3.3	24	71	17	71	15	8	21	54	1.68
99699829--99700158	160	2.1	160	92	0	552	30	11	17	41	1.84
99702137--99702189	8	7.3	7	76	16	54	39	0	3	56	1.17
99702138--99702189	15	3.7	15	80	10	56	40	0	3	55	1.18
99702287--99702330	17	2.6	16	82	7	52	36	0	2	61	1.09
99704533--99704651	54	2.1	56	93	4	206	40	13	21	25	1.89
99714911--99715341	87	4.9	86	83	6	427	27	17	18	36	1.93
99715235--99715268	14	2.4	14	95	0	59	23	17	0	58	1.38
99715249--99715449	73	2.8	72	86	2	285	28	18	21	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99715570--99715604	14	2.5	14	85	0	52	14	17	8	60	1.58
99715515--99715901	87	4.4	88	80	11	381	26	17	21	34	1.95
99715922--99715948	14	1.9	14	100	0	54	22	14	11	51	1.73
99715845--99716034	102	1.9	101	85	1	263	25	16	18	38	1.92
99716420--99716511	44	2.1	44	89	0	139	23	22	29	23	1.99
99718055--99718083	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
99718182--99718280	12	7.5	14	71	25	58	33	3	5	58	1.35
99718305--99718356	7	7.3	7	79	12	61	38	0	3	57	1.17
99718457--99718500	19	2.4	19	88	7	65	36	0	2	61	1.09
99718457--99718500	18	2.4	18	88	7	63	36	0	2	61	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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