genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29170164--29170255	27	3.4	27	80	0	103	40	10	21	27	1.87
29171322--29171375	28	1.9	28	100	0	108	29	33	7	29	1.85
29171751--29171784	9	3.7	9	88	7	50	88	0	8	2	0.62
29172639--29172721	31	2.7	30	90	7	132	30	27	13	28	1.94
29172931--29172982	25	2.1	25	89	3	79	28	19	19	32	1.96
29172938--29173007	25	2.8	25	86	0	95	27	22	22	27	1.99
29173817--29173904	27	3.3	27	75	9	81	21	19	19	39	1.92
29173935--29174042	27	3.9	27	77	15	96	30	6	18	44	1.75
29174026--29174121	27	3.6	26	83	5	120	29	7	18	44	1.77
29174153--29174236	27	3.1	27	89	0	114	42	8	20	28	1.81
29181933--29182046	43	2.7	42	78	5	131	28	18	22	29	1.97
29187604--29187638	18	1.9	18	88	0	52	48	2	20	28	1.63
29192171--29192212	18	2.3	18	100	0	84	35	0	30	33	1.58
29195064--29195291	48	4.8	48	73	11	191	25	18	25	30	1.98
29197688--29197779	28	3.3	28	87	0	130	21	17	33	27	1.96
29207176--29207516	27	12.7	27	77	7	327	39	20	9	30	1.84
29207494--29207559	27	2.4	27	85	5	80	40	21	13	24	1.89
29213749--29213857	42	2.6	42	75	15	116	25	16	23	33	1.96
29220684--29220778	43	2.2	43	81	5	113	28	16	24	30	1.97
29220988--29221037	22	2.3	23	86	6	68	38	4	20	38	1.71
29221345--29221384	14	3.0	14	86	13	50	25	0	22	52	1.47
29222378--29222448	35	2.0	35	100	0	142	22	8	23	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29224968--29225011	12	3.6	12	87	3	52	15	29	31	22	1.95
29228622--29228767	37	3.9	37	95	0	238	27	31	17	23	1.97
29228912--29229199	47	6.1	47	93	0	495	25	29	11	34	1.91
29228962--29229037	22	3.3	22	65	28	59	25	30	13	31	1.93
29234157--29234193	19	2.0	19	94	5	67	18	5	32	43	1.73
29235715--29235777	31	2.0	32	84	9	85	46	0	4	49	1.23
29237557--29237673	47	2.5	47	87	2	155	17	18	20	42	1.89
29237801--29237886	18	4.7	18	83	1	109	36	8	13	41	1.75
29265059--29265237	39	4.5	39	88	2	259	29	18	24	28	1.98
29265059--29265237	79	2.3	78	89	3	270	29	18	24	28	1.98
29270181--29270269	34	2.3	41	72	27	120	30	23	19	26	1.98
29270196--29270265	34	2.1	34	100	0	140	32	22	17	27	1.96
29270326--29270383	30	2.0	29	89	3	89	29	24	18	27	1.98
29276495--29276581	43	2.0	43	97	0	165	33	11	5	49	1.63
29284076--29284231	80	2.0	79	87	6	226	25	20	26	26	1.99
29284023--29284208	40	4.7	40	87	5	234	24	22	26	26	2.00
29285669--29285768	29	3.5	29	78	6	105	31	30	13	26	1.93
29288439--29288496	30	2.0	29	96	3	107	31	25	17	25	1.97
29289852--29289951	34	3.0	33	88	4	130	25	21	24	30	1.99
29293415--29293915	247	2.0	248	87	1	709	28	22	24	24	1.99
29296359--29296385	14	1.9	14	100	0	54	33	7	37	22	1.82
29296861--29296958	43	2.3	43	82	8	110	33	14	19	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29300669--29300753	42	2.0	42	100	0	170	48	18	4	28	1.68
29302092--29302466	48	7.8	48	86	2	504	28	29	16	25	1.97
29302092--29302466	95	3.9	96	86	2	504	28	29	16	25	1.97
29304518--29304647	50	2.6	49	90	3	190	29	28	17	24	1.97
29317520--29317560	18	2.3	18	91	0	64	78	4	7	9	1.10
29319126--29319196	3	24.0	3	72	13	58	61	2	4	30	1.29
29319528--29319593	33	2.0	33	93	0	114	27	37	19	15	1.92
29325650--29325770	64	1.9	64	86	3	172	33	12	13	41	1.81
29334230--29334265	13	2.8	13	91	0	63	11	36	33	19	1.87
29335191--29335333	29	4.9	28	78	7	151	17	25	16	39	1.91
29335192--29335333	59	2.4	59	83	5	173	17	26	16	39	1.91
29335325--29335456	29	4.6	29	74	7	115	26	25	9	38	1.87
29335297--29335417	58	2.1	57	83	4	154	23	25	11	38	1.89
29335267--29335536	87	3.1	86	80	8	296	23	26	11	38	1.89
29335441--29335514	29	2.6	29	78	8	87	20	27	10	41	1.85
29335317--29335536	58	3.8	58	72	8	169	25	27	9	37	1.87
29335994--29336048	28	1.9	29	85	3	76	45	21	1	30	1.62
29338884--29339213	48	6.9	48	81	2	331	26	27	17	28	1.98
29338884--29339208	143	2.2	146	84	2	440	25	28	17	28	1.98
29343734--29343827	27	3.4	27	78	7	100	17	22	23	37	1.94
29343734--29343845	54	2.1	54	86	3	154	17	22	21	38	1.93
29344816--29344846	16	2.0	16	93	6	55	58	12	3	25	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29351442--29351505	28	2.3	28	89	5	94	34	17	15	32	1.91
29351454--29351518	28	2.3	28	91	0	103	32	23	12	32	1.91
29351637--29351735	27	3.7	27	77	11	96	19	22	19	39	1.93
29353068--29353152	29	2.9	29	80	0	98	28	15	29	27	1.96
29357014--29357276	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
29357053--29357311	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
29364959--29365221	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
29364998--29365256	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
29370217--29370255	12	3.2	12	96	0	69	25	0	46	28	1.53
29379989--29380144	35	4.5	34	76	6	152	30	8	16	44	1.77
29379986--29380144	70	2.3	70	80	0	192	30	8	16	44	1.77
29383018--29383087	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
29383018--29383115	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
29383562--29383588	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
29389806--29389871	15	4.5	15	80	10	57	59	13	16	10	1.61
29389815--29389874	15	4.0	15	88	0	84	56	16	16	10	1.66
29392785--29392960	46	3.8	46	75	15	173	30	26	19	23	1.98
29392792--29392964	93	1.9	93	88	0	265	29	27	19	23	1.98
29403256--29403408	35	4.4	35	77	0	162	28	9	18	43	1.82
29403256--29403430	70	2.5	70	76	2	163	28	12	18	40	1.87
29406676--29406714	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
29406675--29406714	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29406761--29406831	25	2.8	25	93	0	115	26	25	21	26	1.99
29409096--29409138	22	2.0	22	85	0	59	6	23	2	67	1.27
29410357--29410466	27	4.1	27	80	8	116	15	21	24	38	1.92
29410357--29410466	54	2.0	54	86	6	152	15	21	24	38	1.92
29416929--29416970	22	1.9	22	85	0	57	7	23	2	66	1.28
29418193--29418303	27	4.1	27	82	7	127	15	22	23	38	1.92
29418193--29418303	54	2.1	54	86	3	152	15	22	23	38	1.92
29418553--29418608	26	2.2	26	93	0	94	25	0	33	41	1.56
29421090--29421142	27	2.0	27	92	0	88	39	20	5	33	1.76
29421092--29421152	27	2.3	27	85	0	77	44	18	8	29	1.78
29421972--29422031	27	2.2	27	79	5	68	23	20	26	30	1.98
29427965--29428228	27	9.8	27	71	11	94	37	20	9	32	1.84
29427965--29428083	54	2.2	53	86	4	159	33	20	7	38	1.81
29428105--29428231	27	4.7	27	85	3	175	40	22	8	28	1.83
29428075--29428231	54	2.9	55	83	3	196	40	21	10	28	1.85
29428105--29428256	54	2.8	54	83	5	139	42	21	7	28	1.81
29428233--29428317	27	3.1	27	79	14	93	38	14	10	36	1.80
29428359--29428436	27	2.9	27	70	11	70	35	20	21	21	1.96
29429246--29429315	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
29429271--29429342	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
29436037--29436214	27	6.6	27	83	3	196	30	28	14	26	1.95
29436058--29436213	82	1.9	81	86	3	224	30	28	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29444155--29444332	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
29444176--29444331	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
29448039--29448663	48	13.0	48	93	0	998	31	24	6	37	1.82
29451179--29451217	19	2.1	19	90	0	60	17	10	0	71	1.12
29460929--29461084	47	3.3	47	70	12	158	28	24	19	26	1.99
29460875--29461087	93	2.3	93	86	3	295	27	25	22	24	2.00
29467441--29467656	47	4.6	47	77	10	235	31	27	19	21	1.97
29467394--29467651	140	1.8	140	88	0	399	30	27	19	22	1.98
29471983--29472190	47	4.4	47	75	12	212	31	27	19	21	1.98
29472682--29472738	30	1.9	30	92	0	96	31	21	8	38	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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