genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57415594--57415776	26	7.2	26	88	1	239	28	20	22	27	1.99
57415594--57415775	52	3.6	52	89	2	271	29	20	21	28	1.98
57415976--57416052	31	2.5	31	91	0	127	31	18	23	27	1.97
57418244--57418297	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
57418287--57418325	11	3.5	11	89	0	60	25	2	0	71	0.98
57420463--57420827	46	8.0	46	90	2	529	40	14	23	21	1.90
57420463--57420827	137	2.7	138	90	2	565	40	14	23	21	1.90
57420463--57420822	183	2.0	184	90	2	573	40	14	23	21	1.90
57423625--57423682	27	2.1	28	87	3	82	37	15	18	27	1.92
57427398--57427509	42	2.6	42	79	8	120	23	17	26	32	1.97
57427403--57427515	43	2.7	42	76	12	113	23	18	27	30	1.97
57428125--57428257	66	2.0	66	98	0	257	27	2	22	48	1.63
57429121--57429235	38	3.0	38	93	0	194	13	21	20	45	1.84
57432615--57432790	46	3.8	46	77	1	190	21	19	28	30	1.97
57432611--57432782	93	1.8	93	89	0	272	21	19	29	29	1.98
57436123--57436289	56	3.0	56	88	0	244	32	23	14	29	1.94
57456250--57456307	25	2.4	24	83	11	73	25	20	20	32	1.97
57456266--57456332	25	2.7	25	88	0	89	23	20	26	28	1.99
57456554--57456755	27	7.5	27	82	6	230	25	18	19	36	1.94
57456535--57456752	81	2.7	81	83	7	289	26	18	18	36	1.94
57456745--57456896	27	5.7	27	83	8	141	30	9	19	40	1.84
57456755--57456948	81	2.4	81	83	3	239	29	8	20	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57456771--57456948	27	6.6	27	83	2	214	28	7	21	42	1.81
57456913--57457152	54	4.5	54	87	1	304	40	7	22	30	1.81
57456941--57457174	27	8.7	27	86	1	274	40	7	23	29	1.82
57459526--57459609	25	3.4	24	82	9	89	25	21	22	30	1.98
57459542--57459608	25	2.7	25	92	0	107	22	22	26	28	1.99
57459812--57460107	27	11.0	27	88	0	405	23	20	19	35	1.96
57460111--57460291	27	6.7	27	84	2	177	32	7	19	39	1.81
57460111--57460291	54	3.4	54	84	0	200	32	7	19	39	1.81
57460127--57460277	81	1.9	81	88	2	232	30	7	19	42	1.79
57460111--57460291	81	2.2	81	82	5	231	32	7	19	39	1.81
57460242--57460493	54	4.7	54	86	0	180	38	7	22	31	1.83
57460242--57460493	81	3.1	81	85	0	342	38	7	22	31	1.83
57460270--57460505	27	8.7	27	86	0	301	38	8	23	29	1.83
57460270--57460505	81	2.9	81	87	0	346	38	8	23	29	1.83
57467986--57468207	40	5.6	39	86	6	272	25	21	27	25	1.99
57467986--57468240	40	6.5	39	81	9	227	26	21	27	25	1.99
57475949--57476232	40	7.1	37	85	7	237	26	21	26	25	2.00
57475949--57476213	80	3.3	80	88	4	376	25	21	26	25	2.00
57475950--57476246	80	3.7	78	85	6	332	26	21	26	25	1.99
57476002--57476246	120	2.1	118	85	6	325	26	20	26	25	1.99
57486775--57486815	21	2.0	21	90	0	64	34	9	21	34	1.87
57490016--57490055	18	2.2	19	86	4	55	22	27	32	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57493894--57494535	47	13.6	47	94	1	1104	29	30	8	32	1.87
57493894--57494535	237	2.7	237	96	0	1153	29	30	8	32	1.87
57498144--57498267	41	3.1	41	83	8	134	25	18	29	27	1.98
57501950--57502054	27	4.0	27	83	5	133	27	16	28	27	1.97
57510022--57510261	26	9.5	26	82	13	263	26	15	28	30	1.96
57510022--57510261	71	3.2	75	84	9	303	26	15	28	30	1.96
57510049--57510235	97	1.9	96	89	8	290	26	15	28	28	1.96
57525694--57525745	20	2.6	20	84	0	68	21	30	26	21	1.98
57529269--57529298	13	2.3	13	94	0	51	6	40	20	33	1.78
57540751--57540816	28	2.4	28	94	0	114	33	27	7	31	1.85
57540922--57541011	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
57540922--57541036	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
57541475--57541513	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
57542093--57542126	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
57548594--57548654	28	2.2	28	93	0	104	32	27	8	31	1.86
57548760--57548849	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
57548760--57548874	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
57549292--57549330	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
57551909--57552166	39	6.6	39	90	1	374	21	21	27	30	1.98
57557732--57557976	39	6.3	39	85	0	321	22	18	27	32	1.97
57557732--57557948	117	1.8	118	92	1	364	22	18	27	31	1.97
57557732--57557976	117	2.1	117	87	1	357	22	18	27	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57561078--57561510	29	14.9	29	81	4	417	23	24	14	38	1.91
57564024--57564091	28	2.3	28	82	7	82	32	16	11	39	1.84
57564151--57564203	20	2.5	21	74	17	56	41	3	5	49	1.44
57567073--57567118	24	2.0	23	86	4	65	43	2	28	26	1.66
57572522--57572567	19	2.4	19	85	3	56	41	2	13	43	1.55
57575747--57575853	40	2.7	41	84	8	123	21	16	27	34	1.95
57592016--57592135	43	2.8	42	82	7	161	26	25	17	30	1.97
57597016--57597196	89	2.0	89	97	0	344	27	15	32	25	1.96
57597130--57597257	65	1.9	66	82	6	161	32	17	29	21	1.96
57603338--57603464	47	2.6	48	79	12	136	25	26	18	28	1.98
57603338--57603698	46	7.6	46	71	12	175	24	27	17	29	1.98
57612346--57612602	40	6.5	40	85	2	306	24	26	24	24	2.00
57619857--57619915	22	2.8	20	75	9	64	13	23	18	44	1.86
57621025--57621081	24	2.4	24	90	0	87	21	17	14	47	1.82
57623474--57623609	67	2.0	67	95	0	245	35	22	18	24	1.96
57637739--57637844	29	3.7	28	72	13	90	23	28	16	31	1.97
57638068--57638101	8	4.2	8	88	0	50	11	23	14	50	1.76
57639339--57639370	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
57641079--57641304	40	5.7	40	89	4	289	26	21	26	26	1.99
57641079--57641337	120	2.2	120	81	7	287	27	20	26	25	1.99
57643187--57643219	14	2.4	14	100	0	66	27	18	24	30	1.98
57646035--57646113	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57646232--57646708	47	10.1	47	90	2	670	28	30	9	31	1.89
57650512--57650582	29	2.4	29	88	4	99	26	30	15	26	1.96
57650564--57650666	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
57652517--57652595	37	2.1	37	92	0	131	25	30	18	25	1.98
57652756--57653280	47	11.1	47	94	0	818	28	30	10	31	1.90
57652763--57653277	234	2.2	235	91	1	843	28	30	9	30	1.89
57660058--57660117	18	3.4	18	74	4	68	40	11	21	26	1.88
57660437--57660651	27	8.0	27	78	6	204	39	20	14	24	1.91
57660464--57660651	80	2.3	80	79	8	202	40	19	13	26	1.89
57660643--57660704	27	2.3	27	94	2	108	25	17	12	43	1.85
57660658--57660758	27	3.7	27	85	2	105	19	16	21	41	1.90
57663797--57663952	85	1.8	85	81	2	197	28	20	23	26	1.99
57664944--57664999	29	2.0	28	85	3	76	39	7	23	30	1.81
57665709--57665880	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
57665733--57665916	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
57667810--57667866	28	2.0	28	96	0	105	36	21	12	29	1.90
57669406--57669466	30	2.0	30	87	0	86	40	4	24	29	1.76
57670201--57670384	64	2.8	63	75	11	169	29	15	29	24	1.96
57673875--57674115	47	5.1	47	90	0	356	34	10	28	26	1.90
57673959--57674073	23	4.9	23	64	25	71	32	12	30	25	1.92
57673939--57674010	25	3.0	25	64	25	64	36	11	26	26	1.90
57674085--57674269	48	3.8	48	91	5	300	35	6	26	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57674085--57674266	98	1.9	98	94	2	321	35	6	26	31	1.82
57674416--57674524	37	2.9	37	94	0	182	23	19	30	26	1.98
57675789--57676060	40	6.8	40	91	0	418	24	22	27	25	2.00
57679270--57679426	29	5.5	29	87	3	212	33	25	12	29	1.92
57679270--57679426	57	2.7	58	87	3	212	33	25	12	29	1.92
57683301--57683541	47	5.1	47	91	0	374	34	11	27	26	1.90
57683420--57683495	22	3.3	22	65	28	59	30	13	31	25	1.93
57683511--57683695	48	3.8	48	91	5	300	35	5	27	31	1.81
57683511--57683692	98	1.9	98	94	2	321	35	6	26	31	1.81
57683842--57683986	37	3.9	37	93	0	236	22	19	30	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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