genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9992487--9992896	27	15.2	27	83	4	488	25	20	17	35	1.95
9992477--9992896	81	5.2	81	88	1	563	25	20	17	35	1.95
9992878--9993222	27	12.8	27	84	2	316	31	9	21	38	1.85
9992989--9993222	27	8.7	27	90	0	333	29	9	20	39	1.84
9999066--9999129	25	2.5	25	80	14	76	43	3	0	53	1.16
9999136--9999269	7	18.7	7	68	20	55	32	2	3	61	1.29
9999108--9999209	19	5.0	19	74	20	66	32	4	0	61	1.23
9999140--9999204	24	2.8	24	88	2	87	33	3	0	63	1.10
9999108--9999185	41	2.0	38	80	16	88	34	5	0	60	1.19
9999462--9999510	25	2.0	25	84	15	66	28	2	0	69	1.00
9999493--9999525	7	4.7	7	100	0	66	42	0	0	57	0.98
10001364--10001437	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
10009489--10009562	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
10013118--10013176	29	2.0	29	83	6	73	40	3	5	50	1.41
10013074--10013273	68	3.0	68	71	18	195	42	4	4	49	1.43
10013145--10013261	62	1.9	59	83	8	146	41	4	5	48	1.45
10013907--10013949	20	2.2	20	87	8	61	62	6	6	23	1.45
10019959--10020067	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
10020207--10020607	48	8.3	48	96	1	694	31	27	5	35	1.81
10020242--10020618	148	2.6	147	94	2	494	32	26	5	35	1.80
10020848--10020956	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
10021096--10021485	48	8.0	48	93	2	663	32	27	5	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10021096--10021485	146	2.7	144	93	3	658	32	27	5	34	1.80
10021105--10021485	98	3.9	98	96	0	685	32	27	5	34	1.81
10019715--10021485	889	2.0	887	98	0	3427	30	25	9	33	1.89
10024515--10024698	98	1.9	97	84	3	244	32	19	26	22	1.98
10024514--10024726	49	4.4	49	78	5	202	31	18	26	23	1.97
10030627--10030672	17	2.7	17	93	0	83	36	0	19	43	1.51
10034147--10034252	55	1.9	55	86	0	149	24	23	29	22	1.99
10035303--10035338	17	2.1	17	100	0	72	36	0	16	47	1.47
10050222--10050256	13	2.6	13	90	4	52	48	0	2	48	1.16
10054535--10054575	17	2.5	17	80	7	50	46	7	9	36	1.65
10068063--10068337	70	3.9	70	76	2	248	25	18	24	30	1.98
10068055--10068313	140	1.9	140	81	1	322	25	19	24	30	1.98
10068054--10068344	140	2.1	140	79	2	316	26	18	24	30	1.98
10091236--10091288	25	2.1	25	100	0	106	41	16	3	37	1.67
10097330--10097365	18	2.0	18	94	0	63	2	19	0	77	0.88
10105918--10106006	42	2.1	42	87	0	124	23	29	25	21	1.99
10108527--10108758	49	4.7	49	82	3	302	29	28	18	24	1.98
10108527--10108758	100	2.3	99	85	4	306	29	28	18	24	1.98
10112984--10113034	26	2.0	26	88	0	75	39	19	15	25	1.91
10120923--10121030	55	2.0	55	85	3	146	25	29	28	16	1.97
10124327--10124501	46	3.8	46	76	13	205	29	30	20	20	1.97
10124335--10124506	93	1.8	93	93	0	299	29	30	20	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10132434--10132501	30	2.3	30	82	2	84	38	1	7	52	1.38
10132444--10132512	30	2.3	31	80	7	79	42	1	4	52	1.30
10132680--10132744	31	2.2	30	80	5	78	46	9	6	38	1.61
10138464--10138525	3	20.3	3	83	6	72	37	1	0	61	1.06
10138735--10138799	5	12.6	5	82	12	78	20	0	1	78	0.83
10138735--10138791	28	2.1	28	86	3	80	19	0	1	78	0.83
10138691--10138799	40	2.9	35	74	17	85	25	1	0	71	1.02
10140674--10140719	19	2.4	19	89	7	67	21	19	10	47	1.80
10140683--10140728	19	2.3	20	85	3	58	28	17	8	45	1.78
10143662--10143687	10	2.6	10	100	0	52	84	15	0	0	0.62
10145136--10145392	40	6.4	40	83	4	290	23	21	27	27	1.99
10145136--10145392	80	3.2	80	83	2	322	23	21	27	27	1.99
10145136--10145393	120	2.2	120	87	2	367	24	21	27	27	1.99
10145620--10145661	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
10152393--10152649	40	6.4	40	85	4	308	23	22	26	26	2.00
10152393--10152649	80	3.2	80	85	2	340	23	22	26	26	2.00
10152396--10152650	120	2.1	119	89	2	386	24	21	26	27	2.00
10152877--10152918	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
10154243--10154383	46	3.1	46	82	0	174	33	15	25	25	1.95
10154793--10155455	45	14.7	45	69	12	193	31	16	21	30	1.95
10154792--10155329	225	2.4	226	85	2	711	31	15	21	30	1.95
10155188--10155325	44	2.9	49	74	12	151	26	13	24	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10156084--10156122	13	2.9	13	88	3	51	15	7	0	76	0.99
10156815--10156947	3	45.0	3	83	4	155	29	4	2	63	1.26
10161514--10161570	29	2.0	29	82	0	69	28	8	29	33	1.87
10171334--10171649	49	6.5	49	95	1	534	33	8	30	27	1.87
10171507--10171584	22	3.3	22	66	22	59	33	11	29	25	1.91
10171444--10171571	27	5.1	27	62	27	84	34	8	29	27	1.87
10183819--10184137	96	3.4	94	82	6	358	27	26	19	26	1.99
10183816--10184139	48	6.8	47	77	5	210	27	25	19	26	1.99
10184645--10184705	30	2.0	30	90	0	95	26	26	13	34	1.93
10184860--10184921	32	1.9	32	100	0	124	38	20	6	33	1.79
10185048--10185085	18	2.1	18	100	0	76	15	23	10	50	1.75
10186369--10186496	49	2.6	50	83	3	143	25	33	14	25	1.95
10186472--10186679	45	4.6	45	83	7	217	26	29	16	26	1.97
10186472--10186687	94	2.4	91	83	7	260	27	30	16	25	1.97
10191609--10191643	18	1.9	18	94	0	61	25	14	14	45	1.82
10200227--10200273	22	2.2	22	85	14	64	44	6	0	48	1.28
10200353--10200400	22	2.1	24	85	14	66	39	6	0	54	1.26
10206607--10206748	55	2.6	55	78	6	162	29	26	27	16	1.97
10209722--10210010	41	7.1	41	88	4	358	36	23	22	17	1.95
10209752--10210010	41	6.4	41	91	2	382	36	23	23	17	1.95
10210016--10210049	15	2.3	15	89	0	50	50	23	0	26	1.50
10210144--10210196	7	7.6	7	78	0	52	24	0	24	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10210152--10210236	21	3.9	21	75	11	89	28	1	25	44	1.61
10210159--10210252	46	2.0	46	95	0	170	29	2	25	42	1.67
10210159--10210227	14	4.6	14	71	13	57	30	1	23	44	1.62
10217380--10217412	12	2.8	12	100	0	66	48	6	9	36	1.60
10217885--10217915	16	1.9	16	93	0	53	16	3	9	70	1.26
10227626--10227838	111	1.9	111	84	1	284	38	12	23	26	1.90
10241240--10241295	23	2.5	22	80	13	69	21	10	3	64	1.40
10244768--10244927	47	3.4	47	74	12	157	23	30	19	26	1.98
10244802--10244972	94	1.8	94	90	0	279	22	30	20	26	1.98
10258107--10258197	39	2.3	39	81	3	112	34	18	21	25	1.96
10258192--10258445	39	6.5	39	92	1	393	20	22	27	28	1.99
10264090--10264182	39	2.4	39	89	3	143	31	19	25	23	1.98
10264175--10264429	39	6.5	39	87	0	348	21	21	27	29	1.99
10264135--10264429	78	3.8	78	80	7	312	23	21	27	28	1.99
10266466--10266498	17	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
10278521--10278566	14	3.2	15	84	9	60	73	0	2	23	0.94
10278522--10278564	22	2.0	22	86	9	61	72	0	2	25	0.97
10283831--10284059	27	8.4	27	86	3	280	25	24	13	35	1.93
10287399--10287466	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
10287568--10287646	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
10294991--10295023	17	1.9	17	88	11	50	48	9	6	36	1.60
10307382--10307409	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10309306--10309388	38	2.2	38	82	4	96	26	13	26	33	1.93
10311038--10311075	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
10313392--10313491	50	2.0	50	96	3	184	32	16	26	26	1.96
10316970--10317208	27	8.9	27	73	0	172	27	18	25	28	1.98
10316959--10317205	108	2.3	108	80	1	262	27	19	25	28	1.98
10316959--10317205	54	4.6	54	76	0	206	27	19	25	28	1.98
10319729--10319774	23	2.0	23	82	0	56	19	15	23	41	1.89
10319869--10319927	28	2.1	28	81	6	66	23	20	25	30	1.98
10332144--10332200	25	2.3	24	84	3	69	26	17	22	33	1.96
10336785--10336818	6	5.7	6	100	0	68	85	0	0	14	0.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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