genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62247496--62247816	80	4.0	80	92	0	500	27	28	21	22	1.99
62249664--62249817	47	3.3	47	93	0	272	29	29	7	33	1.84
62251667--62251691	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
62260684--62260861	27	6.6	27	78	3	106	28	28	15	26	1.96
62260684--62260861	54	3.3	55	78	10	195	28	28	15	26	1.96
62386450--62386588	50	2.8	50	81	9	169	28	28	17	26	1.97
62388651--62388684	17	1.9	18	94	5	61	8	29	41	20	1.82
62396113--62396145	16	2.0	17	88	5	50	42	0	21	36	1.53
62396821--62397003	45	4.1	45	91	1	269	21	19	19	40	1.92
62406399--62406457	31	1.9	31	86	10	86	45	1	22	30	1.62
62406726--62406750	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
62411342--62411487	40	3.6	41	80	10	151	24	21	27	26	1.99
62411372--62411506	40	3.4	40	78	11	107	27	21	27	23	1.99
62413168--62413386	45	4.9	45	88	1	323	28	26	21	23	1.99
62413168--62413386	89	2.4	90	91	0	341	28	26	21	23	1.99
62420761--62421022	45	5.9	45	84	4	318	26	27	20	25	1.99
62423086--62423162	9	7.9	9	72	16	64	35	7	22	35	1.83
62423095--62423166	11	7.1	11	70	17	57	36	11	20	31	1.88
62423084--62423166	20	4.2	20	93	0	148	36	10	20	32	1.87
62423219--62423386	24	7.0	24	86	7	225	30	20	20	28	1.97
62423579--62423642	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
62424898--62424993	47	2.0	47	90	4	149	45	12	12	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62427180--62427265	39	2.2	39	93	0	145	25	29	20	24	1.99
62435066--62435163	39	2.5	39	91	0	151	23	26	24	25	2.00
62439014--62439074	28	2.1	29	93	3	106	31	27	13	27	1.94
62445839--62445959	46	2.6	46	89	0	179	30	21	24	23	1.99
62446021--62446153	49	2.7	49	80	2	133	30	18	27	23	1.98
62450439--62450659	49	4.4	50	77	4	223	28	27	19	25	1.98
62453178--62453294	28	4.1	28	81	10	132	27	12	33	26	1.93
62453190--62453294	28	3.7	28	85	9	142	25	14	35	24	1.93
62453185--62453295	57	1.9	57	92	3	188	25	13	36	25	1.92
62453924--62453957	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
62455276--62455392	24	4.9	24	81	4	128	21	13	31	33	1.92
62456541--62456601	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
62457330--62457512	63	2.8	64	77	9	194	29	16	30	23	1.97
62471185--62471271	27	3.3	26	78	3	75	36	20	18	24	1.95
62471212--62471281	26	2.7	26	81	2	77	32	22	21	22	1.98
62471700--62471752	27	2.0	27	82	14	65	26	15	30	28	1.96
62472719--62472777	30	2.0	30	86	0	82	33	16	23	25	1.96
62473115--62473237	47	2.6	45	74	11	115	31	17	28	21	1.97
62473170--62473386	46	4.6	47	77	10	160	26	19	28	24	1.99
62475562--62475627	34	1.9	34	82	11	82	30	22	21	25	1.99
62476503--62476563	31	2.0	31	90	0	95	32	27	8	31	1.86
62484517--62484552	13	2.8	13	95	0	63	11	22	30	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62487926--62488130	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
62487927--62488130	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
62492475--62492509	13	2.8	13	91	4	54	11	22	31	34	1.90
62495865--62496095	27	8.6	27	87	3	304	26	15	27	30	1.96
62503908--62504139	27	8.6	27	88	2	313	27	15	26	31	1.96
62536491--62536753	92	2.8	98	77	7	249	26	27	17	28	1.98
62536687--62536806	48	2.5	48	93	1	206	23	30	18	27	1.97
62541055--62541144	29	3.1	27	84	7	117	31	30	11	27	1.91
62552749--62552901	27	5.7	27	82	3	137	36	23	6	33	1.81
62552737--62552893	54	2.9	53	80	3	179	34	23	7	35	1.82
62552856--62553035	27	6.7	27	81	0	182	38	18	10	32	1.84
62553028--62553214	27	7.0	27	84	6	245	35	17	20	25	1.95
62553194--62553257	27	2.4	27	74	10	67	17	18	26	37	1.93
62553417--62553486	25	2.8	25	88	0	104	27	24	22	25	2.00
62553417--62553511	50	1.9	50	80	8	113	28	23	23	25	1.99
62555823--62555963	27	5.2	27	87	0	183	32	22	7	36	1.83
62555823--62555999	54	3.3	54	82	0	201	34	22	7	35	1.83
62555789--62555999	81	2.6	81	78	3	244	35	22	7	35	1.83
62555877--62556080	27	7.6	27	86	1	158	36	22	7	32	1.83
62555956--62556082	53	2.4	54	89	1	184	40	22	8	29	1.83
62555956--62556160	27	7.6	27	83	5	155	39	21	12	27	1.89
62556035--62556312	54	5.1	55	82	3	271	37	18	17	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62556038--62556315	81	3.4	81	79	3	281	37	19	17	26	1.93
62556100--62556314	27	8.0	27	86	0	277	35	17	20	26	1.95
62558733--62558907	50	3.5	49	84	3	199	32	25	16	26	1.96
62564589--62564721	51	2.7	49	80	2	149	28	25	21	24	1.99
62568244--62568308	28	2.3	28	78	7	69	43	1	26	29	1.64
62573795--62573967	39	4.4	39	79	1	148	30	26	21	20	1.98
62573804--62574030	40	5.7	39	81	3	179	28	25	23	22	1.99
62580511--62580771	40	6.6	39	82	6	168	28	26	22	22	1.99
62580528--62580802	79	3.5	78	86	6	331	27	27	22	22	1.99
62580559--62580833	40	6.9	40	85	3	351	26	27	22	22	1.99
62580568--62580833	119	2.2	119	87	2	374	26	27	22	23	2.00
62580559--62580802	79	3.1	79	86	5	357	27	28	22	22	1.99
62596842--62597017	46	3.8	46	77	14	200	20	19	29	30	1.97
62596839--62597010	93	1.8	93	93	2	301	20	20	29	29	1.98
62599143--62599269	55	2.3	55	81	5	141	14	28	28	28	1.96
62599188--62599304	55	2.1	55	82	3	137	14	32	29	23	1.94
62603929--62604149	40	5.6	40	82	7	254	25	26	23	24	2.00
62612136--62612355	40	5.6	40	77	5	214	25	25	22	26	2.00
62614005--62614044	13	3.1	13	96	0	71	20	40	25	15	1.90
62617926--62617971	19	2.4	18	82	10	56	19	2	2	76	1.00
62618520--62618553	17	2.0	17	88	0	50	29	0	14	55	1.40
62620792--62621064	40	6.8	41	90	0	338	28	26	19	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62628192--62628464	40	6.8	41	92	0	374	28	27	20	22	1.99
62635678--62635871	47	4.1	47	89	0	280	32	10	29	27	1.90
62635707--62635778	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
62635842--62636025	98	1.9	96	87	6	273	36	7	26	29	1.83
62635842--62636025	48	3.8	48	87	7	273	36	7	26	29	1.83
62636175--62636315	37	3.8	37	90	2	212	26	17	29	26	1.98
62649646--62649870	92	2.4	95	79	8	226	24	30	18	26	1.98
62649654--62649871	48	4.6	48	78	7	194	25	30	17	26	1.97
62652075--62652121	20	2.3	20	100	0	94	36	10	19	34	1.86
62652168--62652261	24	3.8	25	86	5	120	26	24	22	26	2.00
62652168--62652274	24	4.4	24	84	6	110	28	22	22	26	1.99
62652168--62652288	24	5.0	23	84	7	107	28	23	22	26	1.99
62652482--62652545	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
62660080--62660125	24	1.9	24	86	0	65	32	23	15	28	1.95
62660162--62660208	20	2.3	20	100	0	94	36	10	19	34	1.86
62660255--62660348	24	3.8	25	88	5	129	25	24	23	26	2.00
62660254--62660361	24	4.4	24	83	10	121	27	23	23	25	2.00
62660568--62660631	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
62675579--62675771	47	4.3	46	94	5	333	33	8	27	30	1.86
62675784--62675988	47	4.4	47	93	0	329	32	8	30	28	1.87
62675668--62675887	116	1.9	116	99	0	431	31	9	28	30	1.88
62675624--62675934	163	1.9	160	98	1	595	32	9	28	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62676107--62676207	36	2.8	36	95	1	175	24	18	30	25	1.98
62677469--62677753	40	7.2	40	90	0	365	25	20	27	26	1.99
62681368--62681592	47	4.7	47	95	2	405	32	8	28	31	1.87
62681368--62681592	96	2.4	94	93	3	405	32	8	28	31	1.87
62681560--62681622	30	2.1	30	96	0	117	30	12	25	31	1.93
62681513--62681669	77	2.0	77	98	0	305	31	10	28	30	1.90
62681468--62681716	124	2.0	124	97	0	471	32	9	27	30	1.89
62681590--62681794	47	4.4	47	93	0	329	32	8	30	28	1.87
62681417--62681743	171	1.9	172	96	1	611	32	8	28	30	1.87
62681913--62682014	37	2.8	37	95	0	177	24	18	30	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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