genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65906446--65906491	23	1.9	24	83	16	60	39	4	17	39	1.69
65907021--65907247	36	6.4	35	69	8	109	27	21	20	30	1.98
65907021--65907262	71	3.4	71	77	3	236	28	22	20	29	1.98
65912184--65912231	15	3.2	15	77	11	53	58	14	14	12	1.64
65920591--65920628	18	2.2	18	90	9	62	71	2	5	21	1.19
65927913--65927950	18	2.2	18	90	9	62	71	2	5	21	1.19
65928752--65928804	21	2.5	21	93	0	88	33	15	24	26	1.95
65931437--65931537	48	2.1	48	88	0	148	26	39	10	22	1.87
65931510--65931859	66	5.2	66	87	6	336	24	39	17	18	1.92
65931564--65931859	66	4.4	65	85	4	344	24	39	17	18	1.92
65931564--65931864	132	2.3	135	83	6	389	24	39	17	18	1.91
65932460--65932498	11	3.5	11	93	6	62	25	35	0	38	1.56
65934317--65934359	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
65934741--65934787	24	1.9	24	83	12	60	31	4	4	59	1.36
65934766--65935073	129	2.4	129	93	1	537	35	3	4	56	1.36
65937201--65937382	40	4.6	40	79	8	185	25	21	28	24	1.99
65937251--65937405	79	2.0	79	82	7	190	26	21	27	25	1.99
65941317--65941622	127	2.5	125	87	4	440	27	17	16	38	1.91
65941743--65941827	17	4.7	18	73	12	77	52	34	1	11	1.45
65941782--65941828	18	2.6	19	83	12	64	53	36	0	10	1.36
65941719--65942035	158	2.0	158	91	1	510	44	23	1	30	1.61
65941919--65941959	21	1.9	21	85	5	55	53	31	0	14	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65942062--65942107	24	1.9	24	86	8	67	54	28	0	17	1.43
65942068--65942128	30	2.0	32	81	12	74	50	29	0	19	1.48
65944761--65944785	12	2.1	12	100	0	50	20	24	16	40	1.91
65945508--65945562	24	2.2	25	90	3	85	45	9	14	30	1.76
65951311--65951352	13	3.2	13	86	0	57	23	38	30	7	1.82
65962188--65962230	17	2.6	16	82	17	52	18	2	6	72	1.19
65965177--65965230	23	2.4	22	77	20	58	37	1	0	61	1.07
65965177--65965233	15	3.8	15	76	13	55	36	1	0	61	1.07
65975094--65975272	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
65976538--65977226	47	14.6	47	93	1	1005	33	9	29	27	1.88
65977077--65977198	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
65981873--65981901	14	2.1	14	100	0	58	37	13	27	20	1.91
65984141--65984264	61	2.0	61	100	0	248	36	25	12	25	1.92
65985424--65985537	44	2.6	44	81	14	146	29	27	19	23	1.98
65989733--65989984	84	3.0	84	84	2	344	31	20	8	40	1.82
65990056--65990096	16	2.6	16	88	3	57	63	0	2	34	1.08
65990067--65990127	17	3.5	17	72	16	54	65	1	1	31	1.12
66001074--66001121	21	2.2	22	85	7	62	14	35	25	25	1.94
66005684--66005716	16	2.1	16	94	0	57	6	27	0	66	1.15
66006014--66006093	28	2.7	29	74	16	74	37	3	1	57	1.25
66006079--66006114	17	2.1	17	94	0	63	41	2	5	50	1.40
66006229--66006263	19	1.9	19	88	11	56	74	0	2	22	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66007495--66007556	24	2.4	28	82	15	80	50	0	0	50	1.00
66013374--66013410	18	2.1	18	100	0	74	27	27	21	24	1.99
66015671--66015717	24	1.9	24	86	4	67	44	12	8	34	1.73
66024004--66024068	33	2.0	33	93	0	112	44	6	21	27	1.76
66027591--66027684	31	3.0	31	90	0	152	26	25	35	12	1.92
66028344--66028397	28	1.9	28	85	7	74	27	25	24	22	2.00
66030537--66030791	55	4.8	54	76	10	233	36	17	24	21	1.94
66030544--66030744	108	1.8	110	85	6	284	34	17	24	22	1.96
66030988--66031018	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
66034545--66034718	45	3.8	46	73	17	164	22	20	28	28	1.98
66034544--66034711	93	1.8	90	89	6	266	23	20	28	27	1.99
66059465--66059544	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
66062466--66062637	93	1.8	93	92	0	290	27	27	21	23	1.99
66062459--66062634	46	3.8	46	74	10	169	28	27	21	22	1.99
66062511--66062653	46	3.1	45	70	18	107	29	26	19	24	1.98
66064098--66064136	18	2.1	19	85	4	53	35	25	0	38	1.56
66077857--66077881	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
66079650--66080328	47	14.3	47	93	2	1108	32	8	29	29	1.87
66079650--66080328	286	2.4	284	93	2	1139	32	8	29	29	1.87
66081730--66081879	40	3.7	39	81	3	165	25	20	27	26	1.99
66083860--66083884	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
66084937--66085295	47	7.6	47	91	3	567	32	7	29	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66098550--66098591	14	2.9	15	78	7	50	35	2	0	61	1.09
66102714--66102752	12	3.2	12	81	0	51	48	15	23	12	1.79
66110449--66110557	44	2.4	45	84	4	141	28	17	24	29	1.97
66110350--66110747	178	2.2	177	83	4	505	30	18	24	26	1.98
66110482--66110690	44	4.7	44	69	10	122	27	17	26	27	1.98
66111030--66111114	44	1.9	44	87	0	125	28	22	23	25	1.99
66111400--66111436	13	2.7	14	84	16	51	72	18	0	8	1.08
66112863--66112937	17	4.3	17	70	26	50	36	1	2	60	1.20
66116545--66116769	50	4.6	50	79	6	212	28	18	28	25	1.98
66122447--66122695	50	5.1	49	74	6	211	25	28	20	25	1.99
66122447--66122669	95	2.3	98	87	3	310	25	28	20	25	1.99
66123231--66123276	21	2.2	21	88	0	65	21	26	34	17	1.95
66130335--66130664	144	2.3	144	84	2	421	24	30	19	26	1.98
66130335--66130656	48	6.7	48	79	2	342	23	30	19	26	1.98
66137863--66137921	30	2.0	29	83	3	73	30	23	8	37	1.85
66140727--66140909	79	2.3	81	81	9	207	25	22	26	25	2.00
66140728--66140911	40	4.6	40	80	9	189	25	22	26	25	2.00
66140787--66140943	79	2.0	79	81	7	185	26	21	25	26	1.99
66146867--66147042	46	3.8	46	76	12	180	21	19	27	30	1.98
66146864--66147034	93	1.8	93	89	0	270	21	20	28	29	1.98
66151538--66151597	30	2.0	30	83	0	75	30	21	8	40	1.83
66152422--66152456	14	2.5	14	86	13	54	57	14	5	22	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66155154--66155205	25	2.1	25	85	0	68	50	1	0	48	1.12
66156419--66156480	21	3.0	21	76	4	63	1	45	20	32	1.61
66156889--66156917	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
66160882--66161025	51	2.9	50	83	5	193	25	17	26	31	1.97
66163765--66163803	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
66166552--66166733	49	3.7	49	83	5	192	25	18	25	30	1.98
66166554--66166746	100	1.9	100	87	2	280	26	18	24	30	1.98
66170636--66170773	9	15.3	9	71	13	79	37	1	14	46	1.54
66170673--66170773	18	5.5	18	76	13	107	39	1	13	44	1.56
66170673--66170779	9	11.7	9	75	13	94	40	1	14	43	1.55
66170957--66171416	94	5.0	91	86	5	603	54	4	7	34	1.48
66171155--66171179	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
66171249--66171273	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
66170976--66171411	191	2.4	178	87	7	574	54	4	6	33	1.47
66171379--66171662	99	2.9	99	93	3	468	42	4	7	44	1.53
66172325--66172371	8	6.0	8	80	5	51	34	29	2	34	1.70
66174234--66174609	158	2.4	157	80	8	417	29	22	13	34	1.92
66175403--66175452	21	2.3	21	80	10	57	34	48	2	16	1.57
66176125--66176211	40	2.2	37	84	11	104	13	19	25	41	1.88
66176138--66176228	39	2.3	39	86	5	121	18	19	24	37	1.94
66178461--66178541	40	2.0	41	85	2	110	64	9	1	24	1.32
66178561--66178607	23	2.0	23	87	0	67	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66179357--66179478	58	2.1	58	95	0	217	20	22	9	47	1.78
66187075--66187481	3	138.0	3	70	10	189	29	8	1	60	1.35
66187095--66187172	29	2.6	29	76	10	77	32	6	3	57	1.42
66187095--66187173	35	2.4	32	74	6	77	31	6	3	58	1.41
66187097--66187255	61	2.7	55	78	15	140	30	8	1	59	1.39
66192470--66192527	7	8.9	7	75	21	54	84	10	1	3	0.81
66192471--66192511	15	2.9	15	85	7	59	85	9	0	4	0.73
66192472--66192530	6	9.3	6	80	14	57	84	10	1	3	0.80
66194076--66194198	64	1.9	64	83	3	158	31	14	15	38	1.88
66194253--66195086	86	9.6	86	87	2	1046	32	22	22	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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