genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73356860--73357245	27	14.3	27	82	2	400	31	8	20	39	1.83
73356823--73357170	81	4.3	80	78	5	211	31	8	20	39	1.82
73356860--73357245	54	7.1	54	85	2	463	31	8	20	39	1.83
73372425--73372461	18	2.1	18	100	0	74	16	0	21	62	1.33
73374662--73374834	46	3.7	45	77	10	154	29	20	27	22	1.98
73382898--73383159	27	9.7	27	81	2	269	38	20	9	30	1.85
73382898--73383211	27	11.6	27	79	4	249	38	21	9	31	1.84
73383199--73383446	27	9.2	27	85	2	275	36	19	20	24	1.95
73383199--73383446	81	3.1	81	87	3	331	36	19	20	24	1.95
73383959--73384148	6	30.8	6	73	15	120	19	16	13	50	1.78
73383982--73384136	37	4.5	37	72	18	154	19	16	14	50	1.78
73383959--73384148	62	3.1	62	86	2	258	19	16	13	50	1.78
73384024--73384072	25	2.0	25	95	0	89	20	20	14	44	1.86
73386253--73386362	43	2.6	43	80	2	114	24	20	25	30	1.99
73389600--73389706	43	2.5	42	80	6	126	28	18	21	31	1.97
73394702--73395251	47	11.6	47	91	3	802	34	9	28	28	1.88
73394768--73394843	22	3.3	22	64	10	62	32	10	27	28	1.90
73394702--73395251	96	5.8	96	92	3	832	34	9	28	28	1.88
73395102--73395223	22	5.3	22	62	14	57	34	11	28	25	1.91
73397536--73397716	40	4.5	40	82	7	199	24	20	28	25	1.99
73397693--73398047	40	8.9	40	91	0	539	25	22	27	25	2.00
73400229--73400304	37	2.1	37	87	0	107	27	31	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73400426--73400657	47	4.9	47	94	0	383	28	30	8	32	1.87
73404057--73404361	40	7.7	40	92	2	497	25	29	21	22	1.99
73404057--73404361	119	2.5	119	92	2	486	25	29	21	22	1.99
73405573--73405651	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
73405768--73405952	47	3.9	47	90	0	280	29	29	8	32	1.86
73409577--73409939	47	8.2	39	83	15	136	33	7	28	30	1.85
73409578--73409693	47	2.5	47	98	0	223	34	6	28	31	1.81
73409578--73410156	94	6.3	94	79	14	652	33	8	29	28	1.86
73409665--73409724	29	2.1	29	96	0	111	31	0	30	38	1.58
73409694--73410156	47	9.8	46	91	6	420	33	8	29	28	1.87
73409618--73409773	78	2.0	76	96	2	285	33	5	28	33	1.79
73409694--73410156	143	3.2	143	89	4	720	33	8	29	28	1.87
73422669--73422782	43	2.7	42	86	5	140	24	16	27	31	1.96
73431077--73431112	19	2.0	17	89	10	54	30	25	0	44	1.54
73432690--73432715	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
73440479--73440673	76	2.5	78	84	5	218	31	24	22	22	1.98
73440479--73440644	38	4.3	38	88	1	224	33	25	21	20	1.97
73446123--73446200	36	2.1	37	90	2	122	25	30	19	24	1.98
73446319--73446744	47	9.1	47	95	0	701	28	30	9	31	1.88
73449063--73449171	57	1.9	58	86	1	157	26	28	20	24	1.99
73449325--73449589	43	6.2	43	90	0	404	32	33	22	12	1.91
73451148--73451313	38	4.3	38	85	1	215	34	26	19	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73463841--73464343	47	10.6	47	93	2	819	32	8	30	29	1.87
73463841--73464343	96	5.3	96	92	3	840	32	8	30	29	1.87
73463841--73464343	238	2.1	238	94	2	879	32	8	30	29	1.87
73470129--73470292	40	4.1	40	80	12	169	24	21	27	26	2.00
73470129--73470276	79	1.9	80	83	7	194	24	22	27	25	2.00
73478149--73478351	40	5.1	40	84	7	245	25	22	27	24	2.00
73478149--73478332	78	2.3	81	85	6	243	24	22	27	25	2.00
73478202--73478365	79	2.1	77	85	5	213	26	21	27	25	1.99
73480281--73480331	19	2.7	20	81	9	61	50	0	45	3	1.20
73483985--73484447	27	17.2	27	82	7	566	27	22	10	39	1.86
73483985--73484442	54	8.5	54	89	3	667	27	22	10	39	1.86
73484452--73484647	27	7.3	27	81	0	212	37	18	19	24	1.94
73484450--73484647	54	3.6	54	83	3	236	37	18	19	24	1.94
73484452--73484645	81	2.4	82	82	6	234	37	18	19	24	1.94
73484847--73484927	27	3.0	28	84	10	80	20	22	18	38	1.94
73485016--73485074	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
73485207--73485280	27	2.8	25	84	10	85	17	24	21	36	1.95
73485398--73485503	6	17.5	6	79	13	119	19	16	15	48	1.82
73485398--73485503	30	3.5	30	90	3	151	19	16	15	48	1.82
73489141--73489291	42	3.5	41	75	12	144	27	17	23	31	1.97
73489141--73489310	43	4.0	42	75	9	173	27	18	22	31	1.97
73496807--73496971	43	3.9	42	75	7	154	25	17	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73496807--73496963	86	1.8	85	82	6	201	26	17	23	32	1.97
73503365--73503399	11	3.0	12	91	4	54	25	28	8	37	1.85
73520417--73520574	43	3.7	43	79	9	162	26	18	25	28	1.98
73520419--73520544	42	3.0	42	82	6	155	25	19	26	29	1.98
73523105--73523242	70	2.0	70	98	0	267	26	21	23	28	1.99
73527538--73527597	30	2.0	30	100	0	120	40	13	26	20	1.89
73528060--73528130	35	2.0	35	100	0	142	36	14	11	38	1.81
73528284--73528426	47	3.0	47	97	0	268	23	17	15	43	1.87
73530044--73530315	48	5.7	48	73	8	157	23	26	19	30	1.98
73530037--73530318	96	3.0	95	75	9	250	23	26	19	30	1.98
73533087--73533170	31	2.8	31	90	3	136	29	23	16	29	1.96
73533377--73533434	24	2.4	24	86	11	82	27	18	20	32	1.97
73533383--73533459	25	3.1	24	86	1	91	24	18	24	32	1.97
73533905--73533951	20	2.6	18	83	12	60	17	36	29	17	1.92
73533915--73533969	20	2.7	20	97	2	101	16	40	25	18	1.91
73534288--73534365	27	2.9	26	80	14	86	21	19	20	38	1.94
73534470--73534625	81	1.9	81	81	5	190	28	8	19	42	1.80
73534386--73534592	27	7.6	27	79	6	166	29	6	20	42	1.78
73539646--73539966	48	6.7	48	75	6	283	23	29	20	26	1.99
73539696--73539968	144	1.9	144	85	1	377	23	28	19	27	1.99
73544278--73544460	40	4.6	40	79	9	178	26	27	20	25	1.99
73544306--73544459	79	1.9	80	80	6	179	26	28	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73545919--73545964	19	2.5	19	96	3	85	41	32	0	26	1.56
73548877--73548973	43	2.3	43	85	8	135	31	26	16	24	1.96
73551431--73551484	26	2.1	26	89	0	81	11	14	22	51	1.73
73551767--73551853	29	3.0	29	93	1	140	29	29	13	26	1.94
73565065--73565112	24	2.0	23	84	11	62	41	12	6	39	1.68
73570156--73570272	43	2.7	43	78	11	123	30	28	16	24	1.96
73574145--73574445	40	7.6	40	88	3	430	26	26	23	22	2.00
73574102--73574445	119	2.9	119	92	2	530	25	26	24	22	2.00
73576555--73576589	18	1.9	18	94	0	61	45	11	14	28	1.79
73581085--73581220	40	3.4	40	82	0	137	22	16	27	33	1.96
73600456--73600520	27	2.4	26	82	5	76	40	16	16	26	1.90
73610432--73610546	50	2.3	50	84	3	151	24	22	21	31	1.98
73610434--73610531	25	3.9	25	75	12	85	24	22	21	31	1.98
73619177--73619206	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
73621155--73621189	10	3.5	10	88	0	52	0	14	0	85	0.59
73632515--73632677	43	3.8	43	74	10	120	25	17	25	30	1.97
73634017--73634118	37	2.8	37	92	0	168	26	29	18	25	1.98
73634237--73635034	47	16.6	47	91	3	1236	29	28	8	33	1.86
73634237--73635034	96	8.3	96	93	1	1316	29	28	8	33	1.86
73636885--73637004	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
73641110--73641194	27	3.2	26	79	3	89	41	21	7	30	1.79
73641211--73641617	27	14.8	27	77	8	239	34	21	6	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73641609--73641720	27	4.2	26	74	11	91	35	25	12	26	1.91
73641622--73642013	27	14.6	27	85	2	493	35	21	19	24	1.96
73642433--73642519	6	14.3	6	71	20	65	19	18	13	48	1.81
73642433--73642510	30	2.6	30	91	2	120	19	19	12	48	1.80
73646952--73646998	23	2.0	23	95	0	85	29	10	23	36	1.89
73660221--73660273	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
73661544--73661691	48	3.1	48	87	0	215	37	7	24	30	1.83
73669158--73669192	15	2.3	15	90	0	52	22	25	5	45	1.74
73681509--73681572	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
73681799--73681872	27	2.8	27	95	2	132	24	22	24	28	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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