genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63970283--63970386	54	1.9	54	84	0	136	37	20	17	25	1.93
63971050--63971101	27	2.0	26	84	3	68	17	23	21	38	1.93
63972665--63972704	20	2.0	20	85	0	53	32	7	15	45	1.74
63974558--63974642	45	1.9	44	87	2	125	30	12	24	31	1.93
63974472--63974686	101	2.1	101	87	3	299	29	16	22	31	1.96
63978290--63978465	68	2.6	68	76	13	159	21	28	15	34	1.94
63988433--63988490	28	2.1	28	100	0	116	39	36	3	20	1.70
63993954--63994086	45	3.0	45	88	2	187	27	28	21	21	1.99
63994079--63994433	38	9.3	38	87	2	444	30	25	21	22	1.99
63994984--63996301	657	2.0	657	98	0	2528	33	21	11	32	1.90
64000586--64001009	48	8.8	48	83	1	429	28	26	17	28	1.97
64000586--64001010	144	3.0	143	84	2	546	28	26	17	28	1.97
64005061--64005117	25	2.3	25	82	11	64	31	14	24	29	1.94
64011108--64011235	65	2.0	66	87	4	188	36	23	10	29	1.88
64014670--64014913	49	4.9	49	83	4	319	28	27	18	25	1.98
64014671--64014913	100	2.4	99	87	4	337	28	27	18	25	1.98
64018629--64018726	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
64018657--64018739	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
64018629--64018740	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
64031014--64031240	49	4.6	48	79	6	231	31	25	17	24	1.97
64032521--64032596	39	1.9	39	100	0	152	48	5	18	27	1.69
64035176--64035222	23	1.9	26	83	12	64	40	27	4	27	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64035216--64035261	23	2.0	22	91	4	74	56	26	4	13	1.55
64039032--64039207	46	3.8	46	78	11	216	30	27	19	21	1.98
64043120--64043218	29	3.4	29	90	0	144	27	30	14	28	1.95
64043137--64043243	29	3.7	28	85	3	88	28	28	14	28	1.96
64049325--64049379	25	2.2	25	83	0	65	32	27	3	36	1.74
64052283--64052465	55	3.4	53	73	10	147	21	22	18	37	1.94
64053683--64053782	44	2.3	41	82	14	114	32	23	18	27	1.97
64061996--64062199	40	5.1	40	89	4	297	24	27	23	24	2.00
64064079--64064124	23	2.0	22	87	4	65	58	26	0	15	1.37
64064833--64064969	42	3.2	42	82	5	132	31	23	16	28	1.96
64072469--64072502	16	2.2	16	89	5	52	50	14	8	26	1.72
64075236--64075287	20	2.6	20	82	14	63	76	3	1	17	1.02
64075238--64075287	6	7.7	6	85	14	64	78	4	2	16	1.00
64075236--64075287	26	2.0	27	88	3	79	76	3	1	17	1.02
64076830--64076859	10	2.9	10	95	5	51	73	10	0	16	1.09
64102877--64103052	46	3.8	46	76	12	189	21	19	29	29	1.98
64102874--64103045	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	28	1.98
64106928--64107108	48	3.8	48	80	4	195	34	27	19	18	1.95
64111751--64111899	40	3.7	40	88	3	228	25	26	22	24	2.00
64115984--64116159	46	3.8	46	78	10	196	21	21	28	28	1.99
64115981--64116151	93	1.8	93	91	0	279	21	22	28	27	1.99
64122283--64122468	40	4.7	40	87	2	248	26	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64122249--64122468	80	2.8	79	83	3	264	25	25	21	26	1.99
64124313--64124465	65	2.4	65	80	2	191	38	22	16	21	1.93
64126708--64126771	30	2.2	29	91	2	101	35	21	15	26	1.94
64130406--64130615	40	5.3	40	80	6	214	26	28	20	25	1.99
64130429--64130612	80	2.3	80	85	4	239	26	28	20	23	1.99
64138560--64138754	40	4.9	40	87	3	268	26	27	20	25	1.99
64151224--64151353	64	2.0	64	96	0	242	32	17	20	30	1.95
64154890--64155065	46	3.8	46	74	7	167	20	19	28	31	1.97
64158021--64158080	30	2.0	30	86	0	84	13	13	15	58	1.64
64158021--64158059	15	2.6	15	79	0	51	10	10	17	61	1.55
64158472--64158515	18	2.4	18	96	0	79	15	11	34	38	1.84
64165353--64165524	43	4.0	43	75	13	165	25	18	26	30	1.98
64165821--64165912	46	2.0	46	97	2	177	29	8	16	45	1.77
64170083--64170186	43	2.4	43	90	3	156	26	13	25	34	1.93
64170089--64170229	43	3.3	42	80	7	133	27	14	25	31	1.95
64172097--64172203	55	1.9	55	87	7	155	21	20	28	28	1.98
64174575--64174743	27	6.3	27	85	4	207	26	23	18	31	1.98
64174575--64174774	81	2.5	80	82	6	233	26	23	19	32	1.97
64174618--64174786	27	6.3	27	81	5	119	24	26	19	30	1.98
64174700--64174825	54	2.3	54	82	2	155	25	23	16	34	1.96
64178130--64178352	47	4.7	47	89	3	313	28	30	8	32	1.87
64179640--64179690	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64179562--64179784	103	2.2	104	92	2	369	17	18	31	31	1.95
64179703--64179854	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
64181110--64181286	47	3.7	47	91	3	291	29	28	7	33	1.86
64181102--64181286	96	1.9	94	96	2	343	29	28	8	33	1.87
64184092--64184182	46	2.0	46	89	4	139	30	17	26	25	1.97
64194279--64194393	55	2.1	55	83	3	142	19	26	36	18	1.94
64195935--64195974	21	2.0	20	90	5	62	12	40	27	20	1.88
64197707--64197931	40	5.6	40	81	5	222	25	24	26	24	2.00
64197707--64197967	80	3.3	80	82	3	285	25	23	26	24	2.00
64197707--64197967	120	2.2	120	81	6	298	25	23	26	24	2.00
64205197--64205421	40	5.6	40	83	2	263	26	23	25	24	2.00
64205197--64205457	80	3.3	80	81	5	253	26	23	25	24	2.00
64205197--64205457	120	2.2	119	81	6	296	26	23	25	24	2.00
64210267--64210414	43	3.4	43	79	10	160	32	25	16	25	1.96
64216348--64216373	7	3.7	7	100	0	52	26	11	0	61	1.30
64229876--64230092	111	2.0	111	88	1	328	31	26	13	27	1.94
64241223--64241389	39	4.3	39	96	0	307	13	26	23	35	1.92
64242406--64242450	15	3.0	15	100	0	90	60	0	6	33	1.23
64246237--64246379	40	3.5	40	81	8	146	26	24	25	23	2.00
64247931--64247982	23	2.3	22	75	12	52	40	15	3	40	1.65
64256737--64256798	21	2.9	21	73	2	61	33	20	25	19	1.96
64256737--64257003	42	6.6	42	75	8	205	35	19	22	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64256807--64256873	33	2.0	33	88	0	98	41	22	16	19	1.90
64256760--64256905	75	1.9	76	84	1	195	36	19	21	21	1.95
64256954--64257009	20	2.8	20	77	0	67	37	14	19	28	1.91
64257646--64257685	21	2.0	21	95	5	73	20	25	40	15	1.90
64261526--64261726	45	4.5	44	73	7	149	44	11	17	25	1.84
64261614--64261726	43	2.5	44	80	11	124	44	10	15	29	1.80
64263646--64264218	49	11.9	49	94	2	954	29	29	8	32	1.87
64263646--64264218	96	6.0	96	94	2	965	29	29	8	32	1.87
64267879--64268116	40	5.9	40	85	0	287	26	27	21	25	1.99
64269502--64270077	49	11.9	49	94	2	974	30	29	7	32	1.86
64284947--64285113	46	3.6	46	75	15	155	28	16	28	25	1.97
64284987--64285113	46	2.7	47	85	4	159	27	17	30	24	1.97
64285127--64285257	50	2.7	49	76	10	142	23	15	32	29	1.95
64289715--64289754	21	2.0	21	85	5	55	12	42	25	20	1.86
64294388--64294426	12	3.2	12	81	0	51	23	46	25	5	1.73
64295679--64295730	26	2.0	26	100	0	104	15	23	19	42	1.89
64299116--64299475	47	7.6	48	70	12	198	27	18	29	24	1.98
64299116--64299373	140	1.8	139	81	6	315	28	18	30	22	1.98
64299252--64299427	98	1.8	94	82	9	221	26	19	27	26	1.99
64303679--64303832	42	3.6	42	85	3	211	29	14	25	30	1.95
64315997--64316053	30	1.9	30	82	7	71	42	5	28	24	1.76
64316523--64316638	43	2.7	42	89	1	178	25	14	25	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64316597--64316707	51	2.2	51	83	0	132	25	17	27	30	1.97
64319370--64319467	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
64319398--64319480	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
64319370--64319481	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
64327167--64327259	29	3.6	25	76	16	75	25	13	29	31	1.94
64348072--64348253	40	4.6	40	81	9	212	24	22	28	24	2.00
64348123--64348286	79	2.1	79	80	7	183	26	21	28	24	1.99
64352222--64352403	40	4.6	40	81	8	205	24	28	22	24	1.99
64352224--64352404	78	2.3	78	83	5	213	24	28	22	24	2.00
64354238--64354455	39	5.5	39	90	1	303	20	23	26	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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