genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61094671--61094726	29	1.9	29	100	0	112	39	12	10	37	1.78
61114158--61114432	48	5.8	48	83	3	308	28	28	17	26	1.97
61114158--61114432	96	2.9	96	84	2	340	28	28	17	26	1.97
61116468--61116514	23	2.0	23	100	0	94	36	21	4	38	1.73
61131250--61131421	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
61131243--61131418	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
61131841--61131897	30	1.9	30	85	0	78	28	22	3	45	1.69
61132894--61132986	40	2.3	40	80	9	109	30	26	15	27	1.96
61141208--61141305	27	3.5	28	87	2	126	31	27	13	27	1.94
61148378--61148428	25	2.0	25	100	0	102	37	31	0	31	1.58
61169888--61169936	21	2.3	21	89	0	80	40	18	6	34	1.75
61171876--61172285	27	15.2	27	86	3	506	27	22	9	40	1.85
61172290--61172485	27	7.3	27	85	0	230	35	17	19	26	1.95
61172684--61172766	27	3.1	26	84	5	85	20	21	20	37	1.95
61172854--61172912	22	2.7	22	83	0	73	20	23	22	33	1.97
61173068--61173144	27	2.9	27	78	5	75	20	22	23	33	1.97
61173268--61173435	6	27.8	6	77	14	159	19	15	14	50	1.78
61173268--61173435	30	5.4	30	82	11	203	19	15	14	50	1.78
61178571--61178723	43	3.6	43	78	7	168	33	26	16	24	1.96
61178977--61179064	44	2.0	44	97	0	167	44	15	7	31	1.76
61180187--61180217	14	2.2	14	100	0	62	35	6	29	29	1.82
61182800--61182865	28	2.4	28	92	0	105	31	31	12	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61183250--61183332	37	2.2	37	95	0	148	38	15	9	36	1.81
61186486--61186549	25	2.6	25	85	7	85	39	18	0	42	1.51
61186901--61187067	41	4.0	41	83	6	221	38	23	19	19	1.93
61186890--61187071	83	2.2	84	83	8	239	37	23	19	19	1.94
61193594--61193688	41	2.3	41	89	3	138	36	23	21	18	1.95
61199187--61199222	18	2.0	18	94	0	63	13	11	27	47	1.77
61208331--61208479	43	3.5	43	73	16	155	29	25	17	27	1.97
61216362--61216458	41	2.4	41	77	19	112	17	23	23	35	1.96
61219314--61219364	22	2.3	23	83	10	61	31	19	17	31	1.95
61230961--61231413	47	9.6	47	93	0	708	29	30	7	32	1.86
61234551--61234948	40	10.1	40	90	1	561	26	27	20	25	1.99
61234551--61234944	159	2.5	159	88	2	569	26	27	20	25	1.99
61235001--61235075	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
61237209--61237857	47	13.6	47	93	1	1001	29	30	8	32	1.86
61237209--61237857	49	13.6	49	92	2	1024	29	30	8	32	1.86
61237209--61237857	96	6.8	95	93	2	970	29	30	8	32	1.86
61244200--61244245	22	2.1	22	83	0	56	54	10	2	32	1.47
61250419--61250459	20	2.0	20	100	0	82	14	4	34	46	1.66
61256965--61257020	3	18.0	3	85	7	76	60	0	0	39	0.97
61257016--61257049	6	5.7	6	85	0	50	44	0	20	35	1.52
61256966--61257049	12	6.8	12	82	5	51	53	0	8	38	1.31
61259321--61259361	9	4.6	9	81	0	55	51	19	2	26	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61266405--61266561	29	5.5	29	89	3	221	33	26	12	28	1.92
61266405--61266561	57	2.7	58	89	3	221	33	26	12	28	1.92
61268296--61268511	40	5.5	40	85	5	246	25	21	27	25	1.99
61268380--61268544	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
61270327--61270370	22	2.0	23	86	4	63	77	6	0	15	0.97
61270391--61270425	15	2.2	16	95	5	63	62	22	0	14	1.31
61271184--61271227	22	2.0	23	86	4	63	47	2	4	45	1.35
61282788--61282972	40	4.7	40	78	7	173	24	22	27	24	2.00
61282841--61282995	79	2.0	79	82	7	190	26	21	27	24	1.99
61296833--61297286	47	9.6	47	90	2	603	27	29	9	33	1.88
61298549--61298726	84	2.1	85	97	1	340	26	27	8	37	1.85
61299767--61299816	24	2.0	25	81	11	59	30	34	6	30	1.81
61299980--61300338	40	9.1	40	91	1	553	25	28	21	24	1.99
61299980--61300338	79	4.5	80	92	1	562	25	28	21	24	1.99
61299980--61300338	119	3.0	119	92	0	558	25	28	21	24	1.99
61300392--61300466	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
61300602--61303569	990	3.0	993	99	0	5871	31	23	13	31	1.93
61304875--61305326	47	9.6	47	92	1	678	27	29	9	33	1.88
61305138--61305213	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
61306594--61306772	85	2.1	85	95	0	331	25	27	8	37	1.86
61311874--61312100	53	4.2	53	75	8	154	19	24	17	38	1.92
61314358--61314400	20	2.1	20	82	4	50	48	18	30	2	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61330708--61330793	40	2.2	39	84	10	113	37	34	13	13	1.85
61330718--61330793	40	1.9	40	89	5	118	36	34	14	14	1.87
61331494--61331576	41	2.0	41	92	0	139	22	31	13	32	1.92
61332684--61332832	43	3.5	42	67	10	106	26	28	18	27	1.98
61334723--61334752	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
61337085--61337160	24	3.4	24	75	14	81	44	22	6	26	1.77
61337122--61337163	19	2.2	19	95	0	75	45	19	9	26	1.80
61338778--61338923	40	3.7	40	84	7	181	26	27	22	23	2.00
61345485--61345710	40	5.9	39	84	8	247	25	28	21	24	1.99
61345516--61345710	40	4.9	40	86	6	256	25	27	21	25	1.99
61345516--61345710	78	2.5	78	86	4	248	25	27	21	25	1.99
61353480--61353742	79	3.3	80	87	5	340	25	27	22	24	2.00
61353480--61353742	40	6.7	40	88	5	340	25	27	22	24	2.00
61364418--61364455	20	1.9	20	88	0	58	26	34	28	10	1.90
61367120--61367295	46	3.8	46	78	10	205	21	21	27	28	1.99
61367116--61367287	93	1.8	93	92	0	290	21	22	28	27	1.99
61368618--61368693	38	2.0	38	100	0	152	44	7	31	15	1.75
61369940--61369980	16	2.6	16	92	3	66	34	9	26	29	1.88
61371010--61371060	25	2.0	26	88	3	77	41	7	9	41	1.67
61373134--61373164	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
61373202--61373257	15	3.5	15	71	19	51	50	0	0	50	1.00
61373204--61373240	19	1.9	19	88	0	56	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61376157--61376302	43	3.5	42	77	11	147	27	17	26	28	1.98
61376181--61376296	40	2.8	43	78	12	134	27	18	24	29	1.98
61379612--61379644	13	2.5	13	95	0	57	57	15	0	27	1.38
61380147--61380223	28	2.7	29	82	4	95	29	28	10	31	1.90
61380500--61380537	19	2.0	19	100	0	76	42	21	0	36	1.53
61382512--61382554	22	2.0	22	90	0	68	48	20	16	13	1.80
61382759--61382823	22	3.0	22	71	8	60	33	21	23	21	1.97
61382969--61383080	41	2.7	41	85	0	143	28	31	20	19	1.97
61383381--61383628	27	9.2	26	73	13	123	29	8	20	41	1.81
61383381--61383628	54	4.6	53	71	12	177	29	8	20	41	1.81
61383325--61383636	134	2.3	132	77	9	326	29	8	21	40	1.84
61385949--61386132	40	4.6	41	83	11	206	24	22	27	25	2.00
61385949--61386132	79	2.3	80	84	6	223	24	22	27	25	2.00
61385950--61386165	79	2.7	78	80	8	197	25	21	27	24	1.99
61388870--61389041	47	3.7	47	74	7	170	23	19	27	29	1.98
61388836--61389094	46	5.6	46	74	12	224	22	18	28	30	1.98
61388836--61389087	93	2.7	93	92	0	405	22	19	28	29	1.98
61389105--61389135	16	1.9	16	100	0	62	12	19	35	32	1.90
61390802--61390976	46	3.7	49	78	13	195	28	17	31	22	1.97
61396018--61396055	20	1.9	20	100	0	76	21	26	15	36	1.93
61396682--61396906	40	5.6	41	84	8	220	24	27	22	26	2.00
61396682--61396906	79	2.8	77	81	11	249	24	27	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61404584--61404802	38	5.7	38	83	11	243	25	28	21	25	1.99
61404584--61404749	75	2.2	77	88	9	243	24	28	20	25	1.99
61404584--61404802	115	1.9	115	82	10	277	25	28	21	25	1.99
61410784--61410938	40	4.0	40	91	6	234	24	21	28	25	1.99
61410787--61410971	80	2.4	78	83	9	220	26	21	27	24	1.99
61418716--61418980	40	6.6	39	87	4	300	24	20	28	26	1.99
61418716--61418980	80	3.3	80	86	4	340	24	20	28	26	1.99
61418716--61419013	119	2.5	118	79	7	300	25	20	28	25	1.99
61430214--61430348	27	5.1	27	79	12	127	31	11	22	34	1.89
61430216--61430339	26	4.7	26	79	9	101	32	10	23	33	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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