genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12457144--12457193	15	3.5	15	79	15	52	20	24	14	42	1.88
12466198--12466501	47	6.4	47	90	3	416	33	9	30	26	1.88
12470170--12470841	87	7.7	87	70	11	397	33	18	20	28	1.96
12470071--12470803	175	4.2	176	77	9	767	33	19	19	27	1.96
12470171--12470842	351	1.9	349	88	1	1022	33	18	20	28	1.96
12472194--12472278	26	3.3	26	79	12	77	45	4	0	49	1.23
12472261--12472405	14	10.6	14	71	14	63	31	4	1	62	1.24
12472284--12472401	12	10.2	12	67	14	52	32	3	1	62	1.21
12472295--12472373	32	2.4	32	87	4	104	31	2	0	65	1.06
12472284--12472398	7	16.4	7	67	16	51	32	3	1	62	1.22
12472316--12472412	26	4.0	23	74	23	76	28	3	3	64	1.23
12472605--12472693	18	4.9	18	69	8	65	31	3	1	64	1.17
12472571--12472693	36	3.4	36	72	8	97	33	4	0	60	1.23
12474322--12475050	172	4.2	171	83	7	847	34	5	5	54	1.47
12474716--12474755	19	2.1	19	90	0	62	37	5	2	55	1.35
12480977--12481037	30	2.1	29	82	11	72	32	8	1	57	1.38
12481249--12481290	21	2.2	19	87	12	59	26	4	4	64	1.33
12493243--12493405	44	3.7	44	80	8	195	29	20	22	26	1.99
12493239--12493646	44	9.1	42	69	15	182	33	17	21	27	1.96
12493239--12493457	89	2.5	89	87	5	302	31	18	22	27	1.97
12493663--12493801	41	3.3	41	70	13	129	33	20	20	26	1.97
12493603--12493907	92	3.4	91	82	6	379	33	19	20	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12493376--12493894	85	5.7	89	74	10	367	33	18	19	28	1.95
12493376--12493940	177	3.1	178	81	8	637	33	18	20	27	1.96
12493749--12493994	135	1.8	133	81	3	305	33	20	20	24	1.97
12495993--12496079	21	3.8	21	73	17	59	28	9	1	60	1.34
12499404--12499571	83	2.0	83	95	2	302	38	11	3	46	1.58
12506925--12506971	24	2.0	24	83	8	60	21	8	0	70	1.14
12510640--12510674	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
12511342--12511664	41	7.9	41	92	2	443	33	28	18	19	1.96
12511779--12511959	64	2.9	63	89	8	262	41	17	8	32	1.79
12517649--12517683	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
12518349--12518629	41	6.9	41	90	3	352	33	28	18	19	1.96
12518744--12518924	64	2.9	63	89	8	262	41	17	8	32	1.79
12523335--12523364	15	2.1	14	93	6	51	63	0	0	36	0.95
12537096--12537136	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
12539827--12539911	44	1.9	45	95	2	154	38	0	3	57	1.16
12539820--12539904	22	3.7	23	78	13	104	35	0	4	60	1.18
12539820--12539919	23	4.4	22	78	14	89	38	0	5	57	1.21
12541040--12541077	17	2.2	18	90	4	60	63	0	2	34	1.09
12541319--12541375	28	2.0	29	86	3	80	35	5	1	57	1.31
12541368--12541426	29	2.0	29	86	6	82	45	5	3	45	1.42
12541921--12542060	62	2.3	62	83	2	183	20	26	25	27	1.99
12546200--12546239	16	2.4	18	80	16	50	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12546289--12546368	41	2.0	41	92	0	133	28	7	21	42	1.80
12549183--12549613	37	11.5	37	74	3	326	38	17	16	28	1.91
12549217--12549603	112	3.5	112	88	0	526	38	17	15	28	1.90
12562852--12563024	46	3.8	45	75	13	172	23	18	27	30	1.97
12562851--12563019	93	1.8	93	89	0	266	23	18	28	30	1.97
12568251--12568517	104	2.6	104	92	1	437	30	31	19	18	1.96
12568846--12568909	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
12568853--12568909	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
12575845--12576068	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
12584480--12584523	14	3.0	15	75	18	56	54	0	6	38	1.27
12585391--12585478	23	3.9	23	78	14	103	36	0	5	57	1.22
12585398--12585488	44	2.1	44	91	4	148	37	0	5	57	1.22
12585391--12585490	23	4.4	22	76	18	82	38	0	6	56	1.24
12586607--12586644	17	2.2	18	90	4	60	63	0	2	34	1.09
12586886--12586941	27	2.0	29	86	6	80	35	5	0	58	1.21
12586934--12586992	29	2.0	29	86	6	82	45	5	3	45	1.42
12588218--12588254	19	1.9	19	89	10	58	10	8	10	70	1.35
12596494--12596630	53	2.6	53	88	3	188	30	27	15	26	1.96
12596495--12596633	52	2.7	52	87	3	163	31	27	15	25	1.95
12601089--12601158	27	2.6	27	88	0	104	64	0	21	14	1.29
12601451--12601476	6	4.3	6	100	0	52	0	34	50	15	1.45
12613462--12613530	3	23.0	3	83	0	84	30	7	0	62	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12627179--12627245	3	22.3	3	84	0	80	61	0	8	29	1.27
12627314--12627338	13	1.9	13	100	0	50	72	8	0	20	1.10
12631589--12631687	48	2.1	48	96	0	180	46	15	20	18	1.84
12637554--12637605	22	2.3	23	83	9	63	28	3	3	63	1.30
12637618--12637664	20	2.4	19	82	10	58	40	14	6	38	1.72
12637638--12637738	50	2.0	50	98	0	193	39	10	9	39	1.74
12638220--12638244	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
12645814--12645843	15	1.9	16	93	6	53	26	0	3	70	1.03
12645807--12645858	14	3.6	14	78	14	52	25	0	1	73	0.94
12645807--12645869	29	2.2	29	82	5	74	28	0	3	68	1.05
12650739--12650840	31	3.3	30	75	8	116	54	6	1	36	1.38
12657325--12657377	26	2.0	26	85	7	72	39	22	13	24	1.90
12660786--12660914	50	2.5	51	88	5	190	34	16	22	27	1.95
12660890--12661038	31	4.8	31	87	3	219	27	18	26	26	1.98
12660890--12661064	93	1.9	92	84	7	237	28	18	26	26	1.98
12661063--12661186	47	2.7	46	83	2	158	29	15	27	27	1.96
12661157--12661269	40	2.8	40	82	6	129	32	13	26	27	1.93
12662698--12662734	18	2.2	16	90	9	56	37	0	5	56	1.22
12664249--12664347	38	2.5	40	71	12	98	22	20	28	29	1.98
12664311--12664386	37	2.0	38	85	7	102	23	23	25	27	2.00
12665479--12665522	20	2.2	20	88	8	63	11	18	20	50	1.77
12667500--12667536	14	2.6	15	83	12	51	51	29	0	18	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12667538--12667650	21	5.2	22	78	14	101	59	2	2	35	1.26
12667538--12667650	44	2.6	44	80	14	128	59	2	2	35	1.26
12667880--12668043	3	54.7	3	68	16	72	59	3	6	31	1.39
12667957--12668031	21	3.7	20	77	12	80	62	2	8	26	1.36
12670396--12670562	76	2.2	76	85	0	226	25	23	19	31	1.98
12673066--12673104	21	1.9	20	89	5	60	33	0	7	58	1.26
12674647--12674685	18	2.1	18	85	4	51	51	2	2	43	1.29
12674864--12674901	20	1.9	20	88	0	58	63	7	0	28	1.23
12692286--12692312	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
12698023--12698096	25	3.0	24	79	13	71	40	2	17	39	1.64
12701136--12701191	29	1.9	29	85	7	78	35	17	7	39	1.78
12702507--12702566	22	2.7	22	84	0	75	60	15	13	11	1.60
12702900--12702955	16	3.5	15	81	11	67	33	0	3	62	1.12
12702911--12702967	16	3.5	16	87	2	78	35	0	3	61	1.13
12705612--12705690	34	2.3	34	80	4	88	29	12	13	44	1.81
12706842--12707195	104	3.4	101	80	5	336	29	19	16	33	1.94
12708144--12708196	22	2.3	23	75	9	56	73	1	3	20	1.08
12708750--12708800	24	2.1	25	89	10	79	27	3	7	60	1.42
12708770--12708805	19	1.9	18	94	5	63	22	2	11	63	1.39
12709251--12709353	23	4.6	22	72	23	72	35	4	3	55	1.40
12709466--12709527	22	2.9	20	68	25	54	38	4	6	50	1.50
12721438--12721874	74	5.9	74	80	4	486	29	16	21	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12721438--12721875	150	3.0	148	81	3	524	29	16	21	31	1.96
12721788--12722023	91	2.7	85	78	13	260	28	16	20	33	1.95
12721788--12722196	178	2.3	178	81	7	461	30	15	19	35	1.93
12721809--12722196	90	4.3	90	73	14	293	30	15	19	34	1.93
12723956--12723991	19	1.9	18	88	5	54	19	2	13	63	1.41
12724455--12724535	23	3.5	24	73	17	80	33	3	3	59	1.33
12724652--12724713	22	2.9	20	68	25	54	38	4	6	50	1.50
12727265--12727333	28	2.4	29	80	11	79	56	8	13	21	1.63
12733172--12733281	26	4.2	26	92	0	157	36	5	21	36	1.77
12735571--12735606	19	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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