genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   

This is table  214  of  332  ( 39766 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71125560--71125729	94	1.8	91	84	3	232	21	27	20	30	1.98
71125560--71125729	46	3.7	46	77	12	177	21	27	20	30	1.98
71128283--71128331	24	2.0	24	96	0	89	42	4	6	46	1.47
71131819--71131982	45	3.6	45	86	6	224	25	15	31	27	1.96
71133689--71133733	24	2.0	23	86	8	65	13	28	31	26	1.94
71141038--71141155	43	2.8	41	79	7	137	31	16	24	27	1.97
71147788--71147929	42	3.3	43	76	9	137	23	14	25	37	1.92
71147843--71147951	42	2.6	42	82	1	119	25	15	24	33	1.95
71154905--71154962	29	2.0	29	100	0	116	44	3	6	44	1.47
71155056--71155301	55	4.6	53	78	9	218	35	17	24	21	1.95
71155064--71155264	108	1.8	110	86	4	291	34	17	24	23	1.96
71157161--71157214	28	1.9	28	92	0	90	29	20	25	24	1.99
71157449--71157518	32	2.2	32	84	0	86	30	21	24	24	1.99
71158016--71158202	54	3.4	54	83	5	200	28	11	20	39	1.87
71158016--71158206	81	2.3	82	82	8	230	29	11	19	39	1.87
71158016--71158204	27	7.0	27	79	7	170	29	11	20	39	1.87
71163963--71164069	41	2.5	42	79	11	112	27	19	19	33	1.96
71164001--71164082	43	1.9	43	87	5	121	28	18	21	31	1.97
71164327--71164368	22	2.0	22	86	13	63	52	30	2	14	1.54
71172143--71172194	25	2.2	22	83	10	59	34	5	1	57	1.33
71172263--71172297	15	2.3	15	90	9	54	34	2	2	60	1.26
71177112--71177296	40	4.6	40	88	5	259	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71182161--71182345	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
71182142--71182345	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
71186201--71186384	40	4.6	39	78	9	176	24	20	28	26	1.99
71186253--71186417	79	2.1	79	79	6	174	26	18	27	27	1.98
71198160--71198368	44	4.7	43	72	8	163	33	21	23	21	1.97
71198165--71198368	88	2.3	87	81	5	232	33	21	24	21	1.97
71198468--71198611	44	3.3	44	75	11	161	36	20	25	18	1.95
71198505--71198637	42	3.1	42	74	12	144	38	20	20	21	1.94
71198468--71198669	86	2.3	86	91	0	314	35	20	23	19	1.96
71198468--71198704	86	2.7	86	86	1	260	36	21	21	19	1.95
71200103--71200154	25	2.2	22	83	10	59	36	5	0	57	1.23
71200223--71200257	15	2.3	15	90	9	54	34	2	2	60	1.26
71204066--71204238	46	3.7	46	75	13	183	22	19	27	30	1.98
71204063--71204233	93	1.8	93	92	0	288	22	19	28	29	1.98
71211636--71211678	16	2.8	16	75	3	52	48	6	0	44	1.29
71211941--71211987	24	1.9	25	83	12	62	51	2	12	34	1.52
71213802--71213849	24	2.0	24	84	8	62	29	0	2	68	1.01
71215849--71215883	13	2.8	12	87	12	52	85	2	8	2	0.79
71223309--71223376	28	2.4	27	79	18	68	47	2	2	47	1.32
71226045--71226126	12	7.3	12	69	14	52	34	6	0	59	1.22
71238841--71239068	45	4.9	47	89	9	362	30	29	8	31	1.87
71242972--71243050	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71243169--71243454	47	6.1	47	90	0	439	28	30	8	32	1.87
71247128--71247310	40	4.6	40	80	6	194	24	26	22	26	2.00
71247616--71247694	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
71247676--71247778	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
71249788--71250118	47	7.1	47	94	1	567	28	30	9	31	1.88
71249788--71250118	93	3.5	93	94	1	556	28	30	9	31	1.88
71249788--71250118	140	2.4	141	93	1	567	28	30	9	31	1.88
71254247--71254365	44	2.7	45	74	7	127	34	22	21	21	1.97
71254465--71254589	43	2.9	42	84	7	146	37	22	19	20	1.94
71254637--71254716	41	1.9	42	92	2	135	30	20	23	26	1.98
71255351--71255392	11	3.2	13	80	19	52	2	16	0	80	0.81
71256033--71256114	12	7.3	12	69	14	52	34	6	0	59	1.22
71256040--71256124	23	3.6	23	76	19	70	36	5	0	57	1.23
71258663--71258716	25	2.1	26	89	3	83	33	5	3	57	1.40
71263092--71263133	18	2.5	17	81	11	50	76	0	21	2	0.90
71263999--71264033	18	1.9	18	88	0	52	34	0	14	51	1.42
71267140--71267212	29	2.6	28	82	6	85	27	27	16	28	1.97
71269118--71269155	19	2.0	20	84	5	51	15	0	21	63	1.31
71269672--71269808	40	3.4	40	80	0	157	34	22	12	30	1.91
71269672--71269855	40	4.6	39	80	4	120	34	21	13	30	1.91
71290823--71290853	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
71298173--71298319	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71298219--71298399	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
71298216--71298399	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
71306134--71306301	80	2.1	80	81	5	189	27	27	19	25	1.99
71306174--71306354	80	2.3	80	83	9	210	28	27	20	23	1.99
71306171--71306354	40	4.6	40	81	7	187	28	27	20	23	1.99
71309434--71309530	48	2.0	48	95	0	176	27	6	21	44	1.76
71311175--71311431	39	6.5	39	92	1	363	30	29	21	18	1.97
71319920--71319977	27	2.1	28	90	3	91	37	13	18	29	1.90
71322228--71322283	23	2.5	23	82	8	71	28	25	12	33	1.92
71332066--71332158	27	3.4	27	75	8	82	12	18	35	33	1.89
71334860--71335111	108	2.3	108	80	1	263	22	26	22	28	1.99
71334892--71335126	54	4.3	55	73	5	165	22	26	22	28	1.99
71335041--71335147	54	2.0	54	81	0	124	25	25	22	27	2.00
71336040--71336137	37	2.6	37	96	0	178	39	28	12	19	1.88
71337067--71337096	11	2.7	11	100	0	60	20	0	6	73	1.05
71342810--71343229	48	8.6	48	76	5	180	25	26	18	28	1.98
71342908--71343233	50	6.6	50	77	6	281	25	24	20	30	1.99
71342908--71343233	96	3.3	98	80	2	280	25	24	20	30	1.99
71345539--71345573	18	1.9	18	94	0	61	51	11	17	20	1.75
71345929--71346021	27	3.4	27	81	0	114	44	19	16	20	1.87
71347624--71347794	93	1.8	93	93	2	299	28	28	21	21	1.99
71347619--71347791	46	3.7	46	76	14	194	28	27	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71351335--71351373	20	2.0	20	100	0	78	43	20	10	25	1.83
71358714--71358896	50	3.7	50	91	2	296	25	24	20	29	1.99
71358663--71358896	100	2.4	100	86	5	323	24	25	19	29	1.98
71358650--71359029	48	7.8	48	80	2	314	24	25	19	30	1.98
71382978--71383057	40	2.0	40	97	0	151	28	33	10	27	1.89
71386037--71386061	13	1.9	13	100	0	50	28	24	32	16	1.96
71392599--71392774	46	3.8	46	77	11	180	23	19	27	29	1.98
71392598--71392766	93	1.8	93	88	2	259	23	19	27	28	1.98
71395730--71395980	40	6.5	40	86	8	333	24	29	23	22	1.99
71395769--71395980	113	1.9	114	92	3	356	25	29	23	21	1.99
71403783--71404040	40	6.5	40	86	2	324	27	26	23	22	2.00
71405289--71405329	10	4.1	10	84	9	57	0	19	0	80	0.71
71405829--71405998	45	3.8	44	80	5	166	24	21	27	27	1.99
71413573--71413743	45	3.9	45	83	3	197	23	21	28	26	1.99
71428869--71428973	50	2.1	50	98	1	203	40	21	7	30	1.81
71430750--71430786	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
71438006--71438257	42	6.0	42	89	0	369	20	18	24	36	1.94
71440600--71440626	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
71446160--71446356	56	3.7	55	79	14	234	31	22	17	27	1.97
71446160--71446353	101	1.9	101	92	0	325	31	22	18	28	1.97
71448295--71448341	23	2.0	23	91	0	76	38	25	4	31	1.75
71449582--71449731	28	5.3	29	76	10	118	27	31	13	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71453715--71453860	27	5.4	27	86	0	175	36	18	20	23	1.94
71454499--71454549	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
71454593--71454652	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
71457658--71457814	35	4.5	35	87	3	183	40	35	8	15	1.78
71457693--71457801	35	3.1	35	93	1	184	38	33	10	18	1.84
71459625--71459707	25	3.4	24	80	8	87	26	21	21	30	1.99
71459754--71459792	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
71459754--71459793	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
71472980--71473124	40	3.6	40	81	4	166	23	26	23	26	2.00
71478220--71478320	29	3.4	29	82	4	114	42	18	13	24	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332