genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31225214--31225270	30	1.9	30	85	7	80	14	12	15	57	1.65
31227885--31228042	42	3.7	43	79	9	173	22	19	27	31	1.98
31229756--31229788	13	2.5	13	90	0	57	24	27	39	9	1.85
31236510--31236867	46	7.6	46	72	9	181	23	29	20	26	1.98
31236684--31236862	94	1.9	93	85	4	243	21	29	20	27	1.98
31239769--31239975	53	3.8	54	80	1	218	20	24	17	37	1.94
31250571--31250645	39	1.9	39	91	0	123	37	12	10	40	1.77
31251984--31252016	17	1.9	17	88	11	50	54	9	0	36	1.32
31252736--31252763	8	3.5	8	100	0	56	21	10	0	67	1.20
31252832--31252869	19	2.0	19	89	0	58	21	0	7	71	1.11
31257054--31257084	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
31258749--31259235	88	5.5	88	89	1	724	21	22	20	35	1.96
31258817--31259232	44	9.5	44	65	18	197	23	21	20	34	1.96
31272044--31272097	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
31272045--31272167	51	2.5	49	76	13	119	56	3	6	33	1.41
31272307--31272352	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
31272320--31272436	29	4.0	29	69	8	85	63	2	7	26	1.35
31272301--31272387	44	2.0	44	82	13	108	65	0	8	26	1.20
31272299--31272415	15	8.1	14	71	18	62	64	0	7	26	1.26
31272784--31272848	32	1.9	35	84	9	91	56	12	15	15	1.67
31284505--31284555	21	2.3	22	80	6	59	33	1	3	60	1.26
31284867--31284914	24	2.1	22	85	14	62	47	4	0	47	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31288271--31288357	40	2.2	40	95	0	156	27	26	20	25	1.99
31293262--31293295	7	4.9	7	92	0	50	29	2	29	38	1.72
31295742--31295767	7	3.7	7	100	0	52	30	0	53	15	1.42
31305835--31306020	40	4.7	40	91	2	277	24	22	27	26	2.00
31305835--31306043	80	2.6	80	85	5	246	25	21	26	26	1.99
31314069--31314280	47	4.7	47	79	10	262	30	16	22	31	1.95
31314164--31314318	38	3.8	38	73	17	132	30	15	23	29	1.95
31314112--31314318	85	2.4	85	92	0	360	30	15	23	30	1.95
31317579--31317619	15	2.7	15	80	0	55	17	19	12	51	1.76
31319868--31320161	38	7.0	38	71	19	192	29	13	24	31	1.94
31319898--31320112	47	4.7	48	78	12	256	30	14	23	31	1.95
31319948--31320149	85	2.4	85	93	0	350	30	14	24	30	1.95
31320751--31320790	21	1.9	21	89	0	62	45	10	15	30	1.78
31322741--31323053	47	6.6	49	71	15	191	24	30	18	26	1.98
31322741--31323053	95	3.3	93	74	14	241	24	30	18	26	1.98
31325542--31325580	21	1.9	21	89	5	62	20	28	38	12	1.89
31326059--31326477	211	2.0	212	93	0	714	42	19	10	28	1.83
31331375--31331530	46	3.4	46	87	6	203	23	28	19	28	1.98
31331375--31331581	46	4.5	44	81	8	170	23	28	19	28	1.98
31334783--31334907	43	2.9	43	83	1	135	31	32	17	18	1.94
31346024--31346063	21	2.0	20	85	5	53	25	0	27	47	1.52
31355722--31355797	40	1.9	40	86	0	107	34	31	14	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31359779--31360004	42	5.2	42	74	6	173	28	26	16	28	1.97
31362709--31362783	28	2.7	28	81	4	80	30	32	9	28	1.88
31362782--31362807	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
31370321--31370520	27	7.4	27	84	2	240	37	19	18	25	1.94
31370322--31370520	54	3.7	54	85	2	265	37	19	17	25	1.93
31370321--31370521	81	2.5	81	85	0	276	37	19	17	24	1.93
31371173--31371224	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
31371240--31371300	31	1.9	32	86	3	88	22	24	16	36	1.94
31371263--31371321	27	2.2	26	84	3	73	25	23	15	35	1.94
31377065--31377264	27	7.4	27	83	4	260	37	19	18	25	1.94
31377065--31377265	81	2.5	81	88	4	298	37	19	17	24	1.93
31377066--31377264	54	3.7	54	89	0	290	37	19	17	25	1.93
31377917--31377968	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
31382352--31382520	39	4.3	39	89	3	243	18	20	28	31	1.97
31387256--31387867	306	2.0	306	99	0	1215	38	11	10	39	1.77
31387905--31387965	22	2.8	22	73	9	61	31	8	11	49	1.68
31389507--31389585	31	2.5	31	93	0	140	29	26	17	26	1.98
31389609--31389700	42	2.2	42	94	0	157	38	21	13	27	1.90
31389845--31390019	26	6.8	26	86	0	237	28	23	21	26	1.99
31389845--31390019	52	3.4	52	92	1	291	28	23	21	26	1.99
31390069--31390143	20	3.8	20	91	6	111	34	20	9	36	1.84
31390069--31390124	11	5.5	11	71	16	57	32	21	10	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31390086--31390142	9	5.8	10	76	15	57	35	19	8	36	1.83
31390842--31390906	27	2.4	27	82	5	78	20	24	20	35	1.96
31390842--31390943	27	3.8	26	70	17	73	22	20	20	36	1.95
31390937--31391216	27	10.3	27	79	3	195	34	8	18	38	1.82
31390937--31391216	54	5.1	54	76	3	220	34	8	18	38	1.82
31390937--31391189	81	3.1	81	77	4	258	32	8	18	39	1.82
31391142--31391371	81	2.8	81	82	2	203	40	8	20	30	1.82
31391167--31391378	27	7.9	27	88	2	257	40	8	23	28	1.82
31391384--31391473	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
31391367--31391473	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
31391384--31391488	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
31394134--31394201	29	2.4	28	73	4	66	42	10	1	45	1.47
31406987--31407123	42	3.3	40	75	10	98	25	19	17	37	1.94
31408874--31409002	40	3.2	40	88	5	190	20	27	18	33	1.96
31412664--31413018	39	9.1	39	95	0	620	22	30	25	21	1.99
31418541--31418778	39	6.1	39	96	0	413	22	29	25	22	1.99
31420708--31420766	30	2.0	30	93	0	100	35	11	23	28	1.91
31421100--31421372	50	5.7	47	79	7	227	27	18	28	24	1.98
31425746--31425912	46	3.6	46	78	13	198	29	30	19	20	1.97
31425754--31425924	93	1.8	93	91	0	279	29	29	19	20	1.97
31425847--31425932	46	1.9	45	83	4	111	33	29	16	20	1.95
31429311--31429475	46	3.6	44	80	8	154	24	29	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31431968--31432134	46	3.6	46	78	13	198	29	30	19	20	1.97
31431976--31432146	93	1.8	93	91	0	279	29	29	19	20	1.97
31432069--31432154	46	1.9	45	83	4	111	33	29	16	20	1.95
31435530--31435694	46	3.6	44	80	8	154	24	29	20	25	1.99
31438192--31438358	46	3.6	46	78	13	198	29	30	19	20	1.97
31438200--31438370	93	1.8	93	91	0	279	29	29	19	20	1.97
31438293--31438378	46	1.9	45	83	4	111	33	29	16	20	1.95
31441757--31441921	46	3.6	44	80	8	154	24	29	20	25	1.99
31444418--31444584	46	3.6	46	78	13	198	29	30	19	20	1.97
31444426--31444596	93	1.8	93	91	0	279	29	29	19	20	1.97
31444519--31444604	46	1.9	45	83	4	111	33	29	16	20	1.95
31451294--31451337	21	2.1	21	100	0	88	38	0	20	40	1.53
31452231--31452339	40	2.7	40	91	0	173	19	29	17	33	1.95
31464179--31464248	34	2.1	34	94	0	122	37	12	18	31	1.89
31473572--31473648	40	1.9	40	89	5	120	29	20	10	38	1.86
31481060--31481108	23	2.1	24	96	3	91	16	40	26	16	1.89
31494326--31494656	154	2.1	154	85	3	441	29	17	21	31	1.96
31494612--31494752	41	3.4	41	83	1	176	29	14	22	32	1.94
31495227--31495281	21	2.7	20	80	5	65	34	40	0	25	1.56
31495283--31495331	14	3.5	14	82	0	62	48	20	0	30	1.50
31495785--31495832	22	2.2	22	85	7	62	31	2	37	29	1.69
31495841--31495995	7	21.3	7	72	6	69	22	0	37	39	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31495814--31495977	43	3.9	43	71	11	135	25	0	35	38	1.61
31495841--31495907	29	2.3	29	76	5	73	23	0	37	38	1.55
31495824--31496015	80	2.4	80	89	0	285	23	1	38	36	1.62
31495964--31495996	8	4.2	8	96	3	59	12	0	51	36	1.39
31496130--31496183	16	3.8	16	68	31	50	37	9	3	50	1.52
31496202--31496244	22	2.0	22	85	0	59	53	0	4	41	1.21
31496291--31496327	17	2.2	17	95	4	67	24	0	5	70	1.08
31498000--31498124	64	2.0	64	100	0	250	34	12	19	34	1.88
31498561--31498586	11	2.4	11	100	0	52	19	7	7	65	1.43
31499140--31499273	64	2.1	64	97	0	250	38	11	3	47	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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