genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.132.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43051427--43051573	72	2.0	73	84	3	190	29	28	17	25	1.97
43051760--43051791	16	2.0	16	100	0	64	50	25	12	12	1.75
43060147--43060199	14	3.9	13	92	7	88	16	1	5	75	1.08
43060150--43060196	13	3.5	13	88	5	67	14	2	6	76	1.08
43060147--43060199	27	2.0	27	96	0	97	16	1	5	75	1.08
43066976--43067151	46	3.8	46	77	14	191	20	19	28	30	1.97
43066973--43067144	93	1.8	93	92	2	292	20	20	29	29	1.98
43069889--43070205	48	6.6	50	73	16	160	26	29	16	27	1.97
43069988--43070204	48	4.7	47	78	10	189	26	29	16	28	1.97
43070081--43070205	47	2.7	46	85	7	171	24	28	17	28	1.97
43069988--43070157	92	1.8	94	85	7	240	26	30	15	27	1.96
43069880--43070204	140	2.3	146	80	11	356	26	29	16	27	1.97
43071024--43071098	31	2.4	31	93	0	123	26	25	17	30	1.97
43071126--43071213	42	2.1	42	84	0	113	37	19	11	31	1.87
43071346--43071481	26	5.3	26	86	1	170	27	22	20	29	1.98
43071346--43071481	52	2.7	51	91	3	213	27	22	20	29	1.98
43071531--43071587	20	3.0	20	87	10	75	33	19	8	38	1.82
43071561--43071712	75	2.0	75	100	0	304	34	17	10	37	1.84
43071688--43071735	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
43072360--43072422	27	2.3	27	81	5	74	22	22	19	36	1.95
43072455--43072608	27	5.7	27	80	3	159	29	7	22	40	1.81
43072456--43072608	81	1.9	81	81	8	186	29	7	22	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43072486--43072641	81	1.9	81	83	5	199	28	9	20	41	1.83
43072510--43072641	27	4.9	27	77	6	124	28	10	21	39	1.86
43072755--43072827	28	2.6	28	91	6	114	30	6	20	42	1.78
43072620--43072868	27	9.2	27	75	7	137	35	8	21	34	1.84
43078896--43078987	42	2.2	42	98	0	175	40	20	8	30	1.83
43079525--43079696	93	1.8	93	89	0	272	27	27	21	23	1.99
43079517--43079692	46	3.8	46	76	12	180	28	27	21	23	1.99
43081481--43081510	6	5.0	6	100	0	60	0	33	16	50	1.46
43085523--43085635	6	18.3	6	70	18	72	46	12	20	20	1.82
43085544--43085635	25	3.7	25	89	0	139	45	11	21	20	1.83
43085757--43085838	27	3.1	26	85	5	83	36	17	23	23	1.94
43085789--43085860	27	2.7	27	82	6	76	38	18	22	20	1.93
43086447--43086988	27	20.3	27	80	5	555	28	18	16	37	1.92
43086450--43086981	54	10.0	54	84	5	638	28	18	15	37	1.92
43086829--43086966	74	1.9	74	87	3	206	29	20	13	36	1.91
43086974--43087095	27	4.6	27	81	6	124	28	10	21	39	1.87
43089031--43089143	6	18.3	6	75	17	90	47	14	19	18	1.82
43089052--43089143	25	3.7	25	91	0	148	45	15	20	18	1.85
43089930--43090339	27	15.2	27	85	1	516	26	18	17	37	1.93
43090327--43090395	26	2.6	28	86	11	101	34	7	13	44	1.71
43090327--43090425	27	3.7	28	82	9	109	33	9	16	41	1.79
43091963--43092080	43	2.8	42	80	2	146	29	24	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43098769--43098886	43	2.8	42	76	2	128	32	22	13	31	1.93
43100176--43100583	215	1.9	215	93	2	703	32	9	18	38	1.84
43102117--43102295	41	4.3	41	87	5	254	18	18	24	37	1.94
43102117--43102295	84	2.2	82	89	6	272	18	18	24	37	1.94
43106982--43107023	22	1.9	22	90	0	66	38	16	16	28	1.91
43130695--43130808	6	18.2	6	69	20	65	72	4	20	2	1.14
43130709--43130811	20	5.0	20	68	25	63	70	3	21	3	1.19
43130689--43130807	21	5.7	21	70	21	81	73	4	20	2	1.12
43136044--43136357	27	11.6	27	82	2	272	38	21	8	31	1.83
43136342--43136707	27	13.6	27	89	0	498	33	19	20	25	1.97
43137151--43137215	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
43137374--43137475	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
43137635--43137731	6	15.8	6	72	16	56	22	17	13	46	1.83
43137612--43137714	31	3.3	31	87	1	134	21	16	12	49	1.78
43137625--43137747	31	4.0	31	79	3	133	21	17	13	47	1.81
43143450--43143725	146	1.9	145	97	0	525	47	3	3	44	1.37
43146774--43146827	27	2.0	27	88	0	81	22	12	22	42	1.87
43147093--43147235	29	5.0	29	76	7	123	27	31	13	26	1.94
43147092--43147235	57	2.5	56	80	8	139	27	31	13	26	1.94
43148347--43148417	24	3.0	24	91	0	115	35	2	38	23	1.70
43148347--43148440	48	1.9	48	81	10	111	35	5	37	22	1.77
43149836--43149920	27	3.1	27	85	5	102	16	22	23	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43150973--43151006	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
43156156--43156226	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
43156156--43156249	48	1.9	48	81	10	111	35	4	37	23	1.75
43157641--43157745	27	3.9	26	77	12	86	18	20	21	39	1.93
43160011--43160054	21	2.1	21	100	0	88	45	13	13	27	1.81
43161021--43161055	16	2.2	16	89	0	52	22	37	0	40	1.55
43165764--43166304	38	14.4	38	73	8	322	34	19	14	30	1.92
43165794--43165855	30	2.0	31	87	3	90	33	17	11	37	1.86
43165824--43166113	114	2.5	113	87	2	384	34	21	15	28	1.94
43165980--43166366	192	2.0	192	89	0	594	35	19	13	31	1.91
43172154--43172227	29	2.6	29	86	4	105	28	29	16	25	1.97
43178835--43178876	22	1.9	22	85	0	57	35	21	2	40	1.66
43179052--43179095	17	2.6	17	74	0	52	22	34	13	29	1.93
43182123--43182207	27	3.2	26	78	8	89	37	21	21	20	1.94
43189878--43189992	27	4.3	26	83	5	122	36	20	21	21	1.95
43189878--43189992	54	2.1	53	85	3	149	36	20	21	21	1.95
43192050--43192074	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
43193951--43194029	25	3.3	25	69	16	85	35	3	29	31	1.75
43193926--43194079	47	3.3	47	94	0	272	34	7	29	29	1.84
43202265--43202596	38	8.0	38	73	16	259	28	15	25	30	1.95
43202295--43202551	48	5.8	48	72	16	225	29	14	25	31	1.94
43202345--43202551	85	2.4	85	92	0	351	28	14	26	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43208608--43208936	38	7.9	38	72	17	226	30	16	23	30	1.96
43208642--43208853	47	4.7	47	78	10	235	31	15	22	30	1.95
43208685--43208887	85	2.4	85	93	0	334	32	15	22	29	1.95
43211672--43211704	17	1.9	17	93	0	57	39	12	0	48	1.40
43214484--43214551	35	1.9	35	84	0	91	5	27	13	52	1.63
43214624--43214675	13	4.0	13	84	0	59	15	32	30	21	1.94
43214624--43214675	26	2.0	26	88	0	77	15	32	30	21	1.94
43233673--43233784	27	4.2	26	83	7	125	36	22	24	16	1.94
43233675--43233781	54	2.0	54	85	3	144	37	20	24	17	1.94
43233890--43233952	26	2.3	26	83	5	72	30	9	25	34	1.88
43235491--43235619	38	3.4	38	93	1	204	25	31	20	22	1.98
43243139--43243293	38	4.0	38	78	6	134	29	25	20	24	1.99
43243167--43243293	38	3.3	38	81	5	139	29	25	18	25	1.98
43243496--43243569	37	2.0	37	100	0	148	40	18	2	37	1.65
43248682--43248833	41	3.7	41	77	12	150	30	28	20	21	1.98
43255963--43256049	25	3.2	27	80	12	108	33	24	24	18	1.97
43256155--43256218	28	2.3	28	91	5	103	29	7	29	32	1.86
43257488--43257534	24	2.0	24	95	0	85	21	38	4	36	1.73
43263818--43263907	28	3.2	27	78	7	83	33	23	23	20	1.97
43265320--43265366	24	2.0	24	95	0	85	21	38	4	36	1.73
43272956--43273141	40	4.6	40	86	1	228	24	13	26	34	1.93
43287300--43287367	30	2.3	30	86	0	100	25	32	26	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43289269--43289410	44	3.3	43	77	10	132	33	23	16	25	1.96
43295339--43295494	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
43295338--43295491	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
43295339--43295494	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
43295331--43295515	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
43295331--43295515	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
43303247--43303402	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
43303246--43303399	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
43303247--43303402	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
43303239--43303423	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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