genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89236358--89236426	9	7.2	9	72	18	59	37	2	0	59	1.12
89236360--89236397	20	1.9	20	88	0	58	34	5	0	60	1.19
89239335--89239826	104	4.7	104	87	1	682	35	15	20	28	1.93
89254370--89254965	43	13.8	42	69	14	345	34	21	22	21	1.97
89254409--89254738	44	7.5	44	65	12	178	34	21	24	19	1.96
89254370--89254781	87	4.7	86	88	2	617	34	21	23	20	1.97
89254370--89254781	174	2.4	174	92	0	680	34	21	23	20	1.97
89255012--89255101	45	2.0	44	84	2	117	30	15	24	30	1.96
89256107--89256135	14	2.1	14	100	0	58	34	20	13	31	1.92
89266563--89266589	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
89276852--89276886	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
89276840--89277156	157	2.0	157	98	0	607	47	5	3	44	1.41
89277009--89277043	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
89276841--89277079	75	3.1	75	64	18	200	46	3	3	46	1.35
89277189--89277298	45	2.6	44	80	8	122	31	28	4	35	1.77
89277277--89277346	16	4.4	16	94	0	104	34	34	0	31	1.58
89280842--89280876	18	1.9	18	94	0	61	62	0	2	34	1.10
89280861--89280890	16	1.9	15	93	6	51	66	0	6	26	1.16
89281149--89281181	17	1.9	17	93	0	57	45	0	3	51	1.16
89282718--89282806	22	3.9	23	79	7	83	58	2	2	37	1.23
89282753--89282821	25	2.8	24	82	12	77	59	1	1	37	1.15
89282819--89282867	25	2.0	24	92	4	80	57	0	2	40	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89283437--89283472	18	2.1	17	89	5	54	52	2	0	44	1.15
89283998--89284029	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
89283998--89284028	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
89292676--89292801	66	1.9	66	85	0	171	42	21	18	17	1.89
89297275--89297325	25	2.0	25	96	0	93	19	9	19	50	1.75
89300704--89300760	25	2.3	25	84	6	71	68	1	3	26	1.15
89311015--89311091	40	1.9	40	83	0	100	35	20	11	32	1.89
89311200--89311256	24	2.4	24	84	0	69	19	22	24	33	1.97
89311855--89311927	35	2.1	35	100	0	146	43	16	5	34	1.71
89317548--89317591	18	2.4	19	85	11	65	45	0	29	25	1.54
89318086--89318114	14	2.0	15	93	6	51	37	6	0	55	1.27
89319096--89319135	22	1.9	20	90	10	62	45	2	0	52	1.14
89320437--89320492	28	2.0	28	100	0	112	21	21	25	32	1.98
89321251--89321302	23	2.3	23	79	0	59	63	17	9	9	1.50
89324244--89324321	27	2.9	27	86	0	111	37	11	20	30	1.88
89330573--89330631	22	2.7	23	82	14	72	57	0	5	37	1.21
89330862--89330902	11	3.5	12	81	15	50	60	0	0	39	0.96
89330864--89330952	28	3.0	28	78	20	76	60	2	4	32	1.29
89330880--89330952	30	2.4	31	80	19	82	61	2	5	30	1.32
89330974--89331092	12	9.7	12	70	18	75	65	0	2	31	1.12
89330965--89331099	26	5.3	26	73	17	106	64	0	2	32	1.11
89330773--89331099	24	12.8	26	66	20	74	60	1	4	33	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89330965--89331027	7	9.0	7	80	13	67	61	0	0	38	0.96
89334811--89334918	41	2.7	39	81	14	123	26	15	0	56	1.46
89334822--89334919	39	2.5	39	84	14	130	28	13	1	57	1.43
89338659--89338696	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
89340354--89340432	19	4.2	19	87	9	117	35	15	10	39	1.81
89340354--89340426	36	2.0	38	91	5	123	35	13	10	39	1.80
89340355--89340442	36	2.4	35	83	14	108	35	14	10	39	1.80
89341424--89341502	19	4.2	19	83	9	108	40	8	15	35	1.78
89341430--89341502	36	2.0	37	89	5	112	41	9	13	35	1.77
89350109--89350342	49	4.7	49	90	1	369	30	18	20	30	1.96
89355165--89355228	27	2.4	27	87	10	87	21	23	17	37	1.94
89362578--89362606	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
89370220--89370251	16	2.0	16	100	0	64	31	31	6	31	1.82
89373172--89373229	24	2.2	27	82	11	68	32	1	5	60	1.29
89373238--89373284	22	2.0	22	84	8	58	59	0	4	36	1.17
89389519--89389567	24	2.0	24	96	0	89	24	22	16	36	1.94
89389529--89389577	24	2.0	24	88	0	71	28	20	12	38	1.89
89392119--89392555	214	2.0	213	97	1	822	35	16	6	40	1.76
89399371--89399407	18	2.1	18	100	0	74	21	35	5	37	1.77
89407346--89407385	21	2.0	21	90	5	64	35	32	2	30	1.71
89408010--89408151	30	4.7	30	85	3	196	37	17	14	30	1.90
89414553--89414601	20	2.5	20	82	0	62	36	26	8	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89415815--89415865	17	3.1	17	78	13	61	23	5	0	70	1.09
89415833--89415857	13	1.9	13	100	0	50	16	4	0	80	0.87
89416187--89416228	6	6.8	6	81	13	50	19	2	0	78	0.86
89416197--89416235	12	3.5	11	86	10	53	15	5	0	79	0.90
89430744--89430798	23	2.4	23	84	0	74	25	29	14	30	1.95
89432640--89432685	2	23.5	2	95	4	85	0	50	0	50	1.00
89435737--89435773	15	2.5	15	95	0	65	21	5	35	37	1.77
89453523--89453557	16	2.2	16	100	0	70	60	17	5	17	1.55
89455961--89456000	14	2.7	15	85	14	57	2	20	0	77	0.88
89460021--89460055	16	2.2	16	100	0	70	60	17	5	17	1.55
89470414--89470609	98	2.0	98	91	0	320	29	17	21	32	1.96
89473290--89473314	9	2.8	9	100	0	50	64	0	0	36	0.94
89473295--89473349	16	3.4	16	69	16	51	63	0	1	34	1.05
89477526--89477592	34	1.9	35	93	3	118	46	11	8	32	1.72
89479421--89479460	20	1.9	21	85	10	55	40	7	0	52	1.30
89479449--89479503	23	2.3	23	81	9	58	40	5	5	49	1.49
89482451--89482489	18	2.2	18	100	0	78	58	0	10	30	1.31
89498416--89498455	19	2.1	19	86	9	55	57	5	0	37	1.21
89498918--89499047	58	2.1	63	83	10	164	41	3	4	50	1.38
89498886--89499068	56	3.2	58	74	11	182	40	3	7	49	1.46
89501252--89501345	47	2.0	47	95	0	170	24	5	27	42	1.76
89501489--89501623	69	2.0	68	86	4	191	48	3	2	45	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89501566--89501623	11	5.4	11	76	17	59	55	0	1	43	1.10
89502012--89502054	19	2.3	19	80	8	52	34	0	0	65	0.93
89507468--89507611	72	2.0	72	97	0	270	32	13	11	42	1.80
89514467--89514599	69	1.9	68	87	1	194	49	4	3	42	1.41
89529605--89529705	29	3.5	29	72	0	85	22	23	13	39	1.90
89542562--89542749	98	1.9	98	83	4	245	39	10	16	32	1.83
89546864--89546923	30	2.0	30	86	0	84	58	11	1	28	1.43
89557439--89557544	51	2.1	51	91	3	169	33	12	7	46	1.70
89560520--89560545	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
89561137--89561196	29	2.1	29	100	0	120	30	6	20	43	1.77
89563740--89563768	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
89579445--89579492	20	2.4	20	89	6	71	12	22	25	39	1.89
89579940--89579983	13	3.4	13	78	12	54	50	0	20	29	1.49
89585188--89585221	17	2.0	17	100	0	68	41	11	17	29	1.85
89585954--89586150	45	4.4	44	72	15	145	30	7	11	50	1.66
89585988--89586067	22	3.7	21	71	15	56	31	5	11	52	1.58
89586173--89586264	44	2.1	44	81	4	105	40	8	8	42	1.67
89586197--89586345	43	3.4	43	83	8	178	33	10	8	48	1.66
89586267--89586342	20	3.7	20	75	23	77	31	9	6	52	1.59
89586241--89586329	23	4.0	24	74	24	88	32	7	10	49	1.65
89586344--89586385	22	1.9	23	85	9	61	38	2	0	59	1.10
89587903--89587991	38	2.4	38	84	1	108	33	20	15	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89590498--89590530	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
89593422--89593518	6	18.0	5	76	17	65	74	2	5	18	1.11
89593443--89593522	6	13.8	6	82	5	76	76	2	5	16	1.07
89593423--89593522	18	5.7	17	79	9	87	75	2	5	18	1.09
89593424--89593519	11	8.9	10	71	15	52	75	2	5	17	1.09
89595546--89595588	22	1.9	23	90	4	70	9	39	16	34	1.80
89599726--89599751	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
89599844--89599886	20	2.1	21	86	4	61	11	18	9	60	1.57
89608019--89608056	19	2.0	19	89	0	58	21	0	23	55	1.44
89609427--89609536	26	4.2	26	95	0	175	32	5	25	36	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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