genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75756125--75756280	43	3.7	43	80	7	174	27	16	24	31	1.96
75760170--75760395	40	5.7	40	88	4	289	25	21	26	26	1.99
75765336--75765381	24	1.9	24	86	0	65	23	6	21	47	1.74
75766697--75766786	44	2.0	44	100	0	180	28	25	22	23	1.99
75768479--75768545	31	2.2	31	83	5	82	28	2	19	49	1.63
75768520--75768593	32	2.3	32	77	6	80	31	2	16	50	1.59
75779813--75779889	40	1.9	40	89	0	118	18	14	32	35	1.91
75783680--75783760	33	2.5	33	97	0	153	24	22	25	27	2.00
75789883--75789945	29	2.2	30	83	11	78	66	4	4	23	1.30
75797519--75797573	27	2.0	27	100	0	110	38	7	18	36	1.78
75800007--75800165	27	5.9	27	78	11	157	35	20	23	20	1.96
75800025--75800168	54	2.7	54	91	2	218	35	22	23	18	1.96
75800555--75800584	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
75801753--75801808	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
75802532--75802569	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
75803725--75803766	9	4.6	9	85	5	57	7	7	0	85	0.73
75803725--75803766	19	2.3	19	87	4	59	7	7	0	85	0.73
75808623--75808679	28	2.0	28	100	0	114	14	17	14	54	1.71
75810329--75810389	10	6.6	9	83	14	56	65	3	1	29	1.18
75814561--75814597	19	1.9	19	88	0	56	21	5	2	70	1.20
75815251--75815285	9	3.9	9	88	0	52	45	0	2	51	1.16
75817120--75817323	100	2.0	100	82	1	248	42	16	10	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75817120--75817323	50	4.1	50	73	3	187	42	16	10	30	1.82
75824984--75825153	50	3.5	48	75	7	155	42	17	9	31	1.81
75830004--75830102	28	3.5	28	80	13	105	27	15	28	29	1.96
75833615--75833693	41	1.9	41	94	0	140	24	15	18	41	1.89
75834013--75834166	67	2.3	67	78	4	168	18	33	23	25	1.97
75835001--75835196	41	4.8	41	75	5	180	34	15	27	22	1.94
75837360--75837428	22	3.0	23	76	4	77	14	18	21	44	1.85
75843996--75844054	29	2.0	30	86	6	84	42	0	38	18	1.51
75845400--75845430	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
75848453--75848508	28	2.0	28	92	0	94	57	0	14	28	1.38
75849983--75850101	60	2.0	60	94	0	211	21	27	20	30	1.98
75851286--75851792	75	6.7	75	75	4	383	25	19	14	40	1.90
75851286--75851621	39	8.9	39	66	14	150	24	19	15	40	1.90
75851286--75851791	150	3.4	149	80	3	512	25	19	14	40	1.90
75851465--75851591	36	3.5	35	77	10	110	24	22	15	37	1.93
75851495--75851749	36	6.8	35	72	15	136	25	20	14	40	1.89
75851862--75851908	24	2.0	24	86	0	67	34	19	12	34	1.89
75852020--75852061	21	2.0	21	100	0	84	42	4	14	38	1.66
75852022--75852067	21	2.2	21	92	0	74	45	8	10	34	1.70
75857851--75857919	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
75857851--75857919	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
75857900--75857990	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75858138--75858605	120	3.9	120	97	0	884	47	6	2	44	1.40
75865451--75865723	137	2.0	137	92	1	458	39	21	8	30	1.82
75866315--75866381	28	2.6	25	75	13	64	31	20	0	47	1.51
75867547--75867577	14	2.3	13	94	5	53	3	22	0	74	0.96
75872130--75872263	69	1.9	69	87	0	196	35	15	22	26	1.94
75878782--75879112	47	7.2	46	69	17	129	22	28	18	30	1.97
75878854--75879115	88	2.9	94	85	9	380	21	29	19	29	1.98
75890022--75890213	43	4.5	43	82	2	215	39	16	15	29	1.89
75890018--75890223	86	2.4	86	81	1	243	39	16	15	28	1.89
75889978--75890213	129	1.8	130	80	0	285	38	17	15	28	1.90
75891163--75891203	16	2.7	15	81	7	55	39	17	7	36	1.77
75892771--75892837	27	2.5	26	83	4	80	40	19	19	20	1.92
75892803--75892886	28	3.1	27	76	5	89	39	20	19	21	1.93
75892771--75892886	54	2.2	53	81	6	135	38	20	19	20	1.93
75893015--75893074	27	2.2	27	82	8	68	28	3	21	46	1.67
75897341--75897390	20	2.5	20	80	3	55	48	10	12	30	1.73
75905064--75905104	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
75912116--75912214	48	2.1	48	96	0	180	27	13	30	29	1.94
75913425--75913467	18	2.4	18	76	0	50	16	37	2	44	1.60
75913997--75914049	24	2.2	24	86	0	70	54	9	3	32	1.50
75915947--75915999	24	2.2	24	86	0	70	54	9	3	32	1.50
75925924--75925981	25	2.3	25	90	0	89	29	17	25	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75926847--75926894	21	2.3	21	89	7	71	27	8	4	60	1.44
75929184--75929242	30	1.9	31	86	10	86	47	5	20	27	1.71
75929491--75929517	14	1.9	14	100	0	54	29	3	0	66	1.09
75930066--75930109	23	2.0	22	82	13	54	52	2	11	34	1.50
75930727--75930841	51	2.3	51	90	3	178	41	10	21	26	1.85
75932506--75932580	31	2.4	31	97	0	141	26	25	18	29	1.98
75932604--75932695	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
75932830--75932913	25	3.4	24	82	9	80	23	22	25	28	1.99
75932846--75932912	25	2.7	25	90	4	100	20	23	29	25	1.99
75933831--75933939	27	3.9	27	72	19	80	34	8	15	41	1.77
75933896--75933991	27	3.6	26	78	10	88	27	8	20	43	1.80
75934023--75934276	27	9.4	27	87	1	330	38	7	22	30	1.82
75934055--75934287	81	2.9	81	90	2	378	37	7	22	32	1.82
75935306--75935552	46	5.3	46	86	1	316	41	14	22	20	1.89
75935306--75935552	93	2.7	92	87	1	325	41	14	22	20	1.89
75935640--75935709	26	2.7	24	78	10	68	38	2	21	37	1.68
75938432--75938458	14	1.9	14	100	0	54	22	0	0	77	0.76
75939654--75939752	51	1.9	51	100	0	198	40	12	21	26	1.88
75939655--75939769	51	2.3	51	93	0	194	40	10	21	26	1.86
75940636--75940708	21	3.3	21	67	14	65	36	10	24	27	1.89
75940611--75940687	25	3.2	25	64	14	63	40	12	22	24	1.89
75940543--75940884	46	7.4	47	89	3	385	42	12	23	21	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75940971--75941040	26	2.7	24	78	10	68	38	2	21	37	1.68
75943569--75943611	19	2.2	20	80	12	54	44	0	0	55	0.99
75943583--75943624	19	2.3	18	84	15	52	42	0	0	57	0.99
75943994--75944019	9	2.9	9	100	0	52	34	0	7	57	1.27
75944096--75944124	4	7.2	4	100	0	58	72	0	27	0	0.85
75944860--75944885	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
75945425--75945471	6	8.2	6	85	4	53	21	19	12	46	1.82
75945596--75945646	19	2.8	19	76	8	61	31	7	11	49	1.68
75947737--75947770	17	2.0	17	88	0	50	50	8	5	35	1.58
75947743--75947778	17	2.1	17	94	0	63	47	8	5	38	1.57
75948181--75948226	18	2.3	21	85	10	62	28	6	0	65	1.17
75948918--75948950	7	4.7	7	92	7	50	60	9	3	27	1.42
75949655--75949691	11	3.0	13	76	15	51	21	0	8	70	1.13
75950118--75950153	17	2.1	18	94	5	65	30	0	0	69	0.89
75950735--75950844	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
75952463--75952575	27	4.2	27	82	3	120	17	23	22	36	1.95
75952461--75952575	54	2.1	54	87	3	160	17	23	22	36	1.95
75956531--75956640	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
75958255--75958367	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
75958253--75958367	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
75965381--75965456	27	2.9	25	79	9	71	39	7	15	36	1.77
75967712--75967816	42	2.5	42	76	6	113	32	20	18	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75975862--75975913	26	2.0	26	96	0	95	28	26	9	34	1.88
75976037--75976348	49	6.6	49	74	11	199	24	27	19	28	1.99
75975995--75976171	98	1.8	96	85	6	241	25	27	19	28	1.99
75975993--75976300	142	2.2	140	83	9	374	25	27	19	27	1.99
75975993--75976351	142	2.5	141	80	10	365	24	27	19	27	1.99
75976092--75976359	94	2.9	93	77	8	285	24	27	19	27	1.99
75991428--75991597	46	3.7	46	74	13	168	21	20	28	30	1.98
75991418--75991589	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	28	1.98
75993297--75993333	18	2.1	18	94	0	65	13	16	21	48	1.80
75993393--75993443	24	2.1	24	100	0	102	52	19	19	7	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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