genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74010836--74010927	42	2.2	42	88	3	132	28	13	22	35	1.92
74010951--74011029	31	2.5	31	91	0	131	29	15	26	29	1.96
74013127--74013205	33	2.4	33	97	2	151	31	5	13	49	1.64
74014871--74014911	19	2.2	19	86	4	57	14	36	21	26	1.93
74014871--74014916	19	2.5	18	82	6	56	17	34	19	28	1.94
74019268--74019342	28	2.7	26	79	8	78	24	22	17	36	1.95
74021553--74021594	11	3.9	11	87	3	59	54	11	9	23	1.66
74021868--74021925	30	1.9	30	85	0	80	15	25	34	24	1.95
74035841--74036101	130	2.0	130	100	0	522	32	8	21	37	1.83
74037015--74037166	39	3.9	39	94	0	268	21	23	30	25	1.99
74039741--74039912	43	4.0	43	75	8	170	23	16	26	33	1.96
74054204--74054428	80	2.8	79	82	4	256	25	21	28	25	1.99
74054204--74054426	40	5.6	39	81	7	225	25	21	27	25	1.99
74054284--74054461	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
74062121--74062337	78	2.8	76	80	8	192	26	20	27	25	1.99
74062121--74062337	38	5.6	38	78	10	183	26	20	27	25	1.99
74062199--74062372	77	2.2	76	80	8	174	25	20	28	25	1.99
74066530--74066710	54	3.3	53	80	11	181	31	25	6	36	1.82
74066530--74066710	27	6.7	27	76	13	158	31	25	6	36	1.82
74066740--74066942	53	3.8	53	81	5	196	43	19	6	30	1.77
74066740--74066888	26	5.6	27	76	10	139	43	21	6	28	1.78
74066865--74066944	26	3.0	26	77	14	81	42	16	7	33	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74067811--74067974	48	3.4	50	82	12	202	29	22	20	26	1.99
74067811--74067941	26	5.3	26	80	11	152	30	21	20	27	1.98
74068224--74068298	28	2.5	32	77	14	88	30	17	22	29	1.97
74070400--74070560	39	4.1	39	84	5	218	23	20	27	27	1.99
74070400--74070569	78	2.2	79	86	8	240	24	21	27	27	1.99
74070796--74070837	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
74078383--74078559	40	4.4	40	81	4	207	24	21	27	27	1.99
74078787--74078828	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
74091182--74091279	27	3.5	28	87	2	126	27	13	27	31	1.94
74091212--74091293	27	2.9	27	85	5	74	30	12	24	32	1.92
74102400--74102497	40	2.5	40	88	5	137	22	29	23	24	1.99
74107292--74107430	41	3.4	41	84	3	172	23	17	17	41	1.90
74124222--74124352	47	2.8	46	83	4	172	25	19	32	22	1.97
74127055--74127115	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
74129360--74129420	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
74132543--74132662	47	2.6	48	83	9	133	26	17	30	25	1.97
74146207--74146346	37	3.8	37	95	0	244	24	30	20	25	1.98
74146487--74147343	48	17.9	48	96	0	1507	30	27	6	35	1.82
74155989--74156027	16	2.4	16	95	0	69	43	7	23	25	1.80
74159638--74159711	34	2.2	34	85	0	94	36	28	9	25	1.87
74159769--74159830	27	2.3	27	88	0	88	20	22	16	40	1.91
74159920--74160067	31	4.8	31	87	0	206	29	25	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74159920--74160067	62	2.4	62	90	0	233	29	25	16	29	1.97
74160060--74160163	33	3.2	32	80	2	109	25	24	11	38	1.89
74161951--74162051	49	2.1	49	94	0	175	26	20	4	47	1.70
74164341--74164488	48	3.1	48	84	5	201	29	23	6	39	1.80
74165757--74165809	27	2.0	27	85	3	72	39	20	11	28	1.87
74168332--74168383	27	1.9	27	88	0	77	25	25	11	38	1.89
74168480--74168588	31	3.5	31	83	2	148	30	27	15	26	1.96
74168473--74168588	61	1.9	62	87	1	171	30	26	16	26	1.97
74168581--74168693	33	3.5	33	87	2	149	25	23	12	38	1.90
74171054--74171111	30	1.9	30	100	0	116	12	27	39	20	1.88
74177634--74177806	94	1.8	94	85	2	240	28	18	27	24	1.98
74180053--74180211	39	4.1	39	91	0	246	29	22	20	27	1.99
74189111--74189191	35	2.3	34	81	8	92	27	8	18	45	1.78
74189243--74189343	50	2.0	52	80	3	116	34	4	14	45	1.67
74189487--74189514	13	2.2	13	100	0	56	7	21	25	46	1.76
74196836--74196934	35	2.9	35	78	3	103	26	10	20	43	1.83
74196869--74197038	35	4.8	35	72	6	121	30	9	17	42	1.80
74196869--74197029	70	2.3	70	79	3	180	31	9	16	42	1.80
74208778--74208848	35	2.0	35	100	0	142	40	5	22	30	1.77
74212244--74212332	28	3.2	28	88	1	135	34	21	25	17	1.96
74212439--74212497	26	2.3	25	80	13	66	28	10	25	35	1.89
74214425--74214499	22	3.3	22	65	17	62	26	30	10	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74214397--74214895	47	10.6	47	93	1	736	28	29	9	33	1.88
74216157--74216335	85	2.1	85	96	0	331	26	27	8	37	1.85
74217641--74217691	18	2.8	18	83	16	70	62	0	29	7	1.23
74217641--74217697	18	3.2	18	79	13	64	64	0	28	7	1.19
74219603--74219654	25	2.0	25	85	3	68	32	23	15	28	1.95
74219694--74219734	21	2.0	21	95	0	73	39	14	14	31	1.87
74219780--74219850	25	2.9	25	91	2	117	29	25	18	26	1.98
74223470--74223508	10	3.8	10	90	6	60	33	15	20	30	1.94
74223469--74223508	21	1.9	21	94	0	71	35	15	20	30	1.93
74223555--74223625	25	2.8	25	95	0	124	25	25	22	26	2.00
74224652--74224722	34	2.1	34	97	0	133	28	42	11	18	1.84
74233844--74234415	42	13.6	42	87	0	685	37	23	18	21	1.94
74240566--74240742	40	4.5	40	80	2	171	25	28	22	23	1.99
74240675--74240775	40	2.5	40	82	3	123	30	26	18	23	1.98
74243860--74243934	20	3.9	19	74	10	64	1	4	13	81	0.90
74243883--74243913	8	3.9	8	100	0	62	0	0	22	77	0.77
74243881--74243939	13	4.8	12	80	16	59	0	1	16	81	0.78
74243902--74243944	22	1.9	23	85	4	61	2	2	11	83	0.83
74258688--74258743	23	2.5	23	85	5	71	21	10	3	64	1.40
74262753--74262924	49	3.5	48	80	10	163	28	18	26	26	1.98
74269202--74269308	49	2.2	48	83	5	126	28	20	30	20	1.98
74273756--74273926	48	3.6	49	72	7	147	29	19	25	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74276377--74276552	46	3.8	45	75	10	185	19	19	30	30	1.97
74276376--74276545	93	1.8	93	92	0	286	20	20	30	29	1.97
74283905--74284027	44	2.8	44	82	11	148	30	26	17	25	1.97
74289973--74290197	40	5.6	40	87	0	306	32	27	20	19	1.97
74294310--74294421	55	2.0	55	100	0	224	41	26	3	27	1.72
74294310--74294397	27	3.2	27	62	25	67	38	27	4	29	1.76
74295266--74295393	43	3.0	43	83	8	161	31	28	17	23	1.97
74303515--74303552	18	2.1	19	85	14	53	50	2	21	26	1.62
74303807--74303876	4	17.5	4	75	0	59	42	0	30	27	1.56
74303808--74303865	12	4.8	12	85	6	73	41	0	32	25	1.56
74304825--74304892	34	2.0	34	100	0	136	55	11	5	26	1.58
74305747--74305778	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
74307693--74307803	56	2.0	56	100	0	222	25	9	19	45	1.79
74308093--74308225	69	1.9	70	89	1	205	32	13	16	37	1.88
74310004--74310389	48	8.0	48	93	2	637	34	6	27	30	1.82
74310004--74310389	146	2.6	147	92	2	645	34	6	27	30	1.82
74310004--74310380	98	3.9	98	96	0	668	35	6	27	30	1.83
74310525--74310639	37	3.1	37	92	2	178	27	18	27	26	1.98
74312782--74312855	27	2.7	26	76	15	69	29	6	0	63	1.20
74312838--74312923	41	2.1	40	82	2	100	22	2	9	66	1.32
74313885--74314004	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
74315133--74315276	40	3.6	39	80	10	150	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74321732--74321906	56	3.1	56	97	1	334	45	9	22	22	1.81
74323034--74323215	40	4.7	40	82	11	209	24	21	28	25	1.99
74323034--74323200	78	2.1	79	81	10	207	24	22	28	25	1.99
74323087--74323248	78	2.1	76	82	10	186	25	19	28	25	1.99
74325022--74325086	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
74326567--74326616	26	1.9	26	84	8	66	38	22	16	24	1.93
74333068--74333132	32	2.0	32	96	0	121	29	6	26	38	1.80
74334606--74334657	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
74335778--74335863	41	2.1	40	82	2	100	22	2	9	66	1.32
74337692--74337756	34	1.9	34	100	0	130	30	6	18	44	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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