genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81535074--81535102	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
81535517--81535560	21	2.1	21	83	8	54	31	18	47	2	1.61
81535799--81535865	31	2.2	31	86	0	89	16	7	17	58	1.61
81535938--81536098	43	3.8	41	81	6	178	31	26	19	22	1.98
81541199--81541268	26	2.8	26	86	4	108	51	10	21	17	1.74
81544475--81544505	16	1.9	16	93	0	53	51	9	0	38	1.35
81544512--81544547	17	2.2	17	90	5	56	33	2	8	55	1.44
81545088--81545130	17	2.5	18	77	11	54	46	0	0	53	1.00
81545553--81545614	24	2.8	22	73	14	56	56	4	0	38	1.21
81552234--81552282	24	2.0	24	100	0	98	57	4	16	22	1.56
81556313--81556371	16	3.9	16	78	17	72	38	6	25	28	1.81
81556327--81556351	12	2.1	12	100	0	50	36	8	24	32	1.84
81556312--81556427	16	7.6	16	68	18	59	41	6	21	31	1.77
81556624--81556655	16	2.0	16	100	0	64	62	0	0	37	0.95
81560564--81560604	18	2.3	18	87	4	57	51	2	2	43	1.28
81565307--81565331	13	1.9	13	100	0	50	16	16	8	60	1.58
81570083--81570233	27	5.6	27	84	4	187	29	27	15	27	1.96
81570083--81570232	82	1.8	81	88	4	230	29	28	16	26	1.96
81573090--81573117	12	2.3	12	100	0	56	60	17	14	7	1.55
81580622--81580693	26	2.8	26	85	2	101	43	9	13	33	1.77
81582561--81582686	46	2.8	44	82	11	148	27	30	18	23	1.98
81582561--81582713	46	3.3	46	79	8	125	26	30	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81590189--81590218	15	2.0	15	93	0	51	36	16	13	33	1.88
81593630--81594099	40	11.8	40	89	0	706	22	21	29	26	1.99
81595818--81595996	85	2.1	85	97	0	340	37	8	27	26	1.85
81597934--81598060	47	2.7	47	87	0	182	32	7	32	27	1.85
81598179--81598257	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
81602339--81602363	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
81613542--81613588	22	2.2	22	84	3	60	19	38	17	25	1.92
81624479--81624813	47	7.1	47	90	0	535	32	12	29	25	1.92
81624479--81624813	94	3.6	94	97	0	625	32	12	29	25	1.92
81624491--81624967	141	3.3	140	76	14	383	33	10	28	27	1.90
81624784--81624967	98	1.9	96	93	4	316	35	7	26	30	1.83
81624783--81624967	48	3.8	48	90	5	309	35	7	26	30	1.83
81624778--81625007	98	2.4	98	84	4	279	34	9	26	29	1.87
81625112--81625219	37	2.9	37	94	1	182	23	19	30	26	1.98
81626486--81626863	40	9.4	40	88	1	560	25	20	26	26	1.99
81626486--81626859	80	4.7	80	94	0	631	25	20	26	27	1.99
81630823--81631157	47	7.1	47	90	0	526	32	11	29	26	1.92
81630823--81631157	94	3.6	94	97	0	616	32	11	29	26	1.92
81631128--81631311	98	1.9	96	92	4	307	35	7	26	30	1.83
81631127--81631311	48	3.8	48	89	5	300	35	7	25	31	1.83
81631457--81631565	37	2.9	37	88	0	164	23	17	30	28	1.97
81637281--81637305	12	2.1	12	100	0	50	56	8	0	36	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81638899--81638948	26	2.0	26	88	11	77	56	12	10	22	1.65
81643769--81644081	47	6.7	47	74	11	250	23	30	19	26	1.98
81643769--81644081	93	3.3	92	82	8	364	23	30	19	26	1.98
81650421--81650467	20	2.3	20	96	0	85	19	44	29	6	1.75
81664222--81664385	47	3.5	45	82	8	213	23	29	18	28	1.98
81664222--81664437	47	4.6	47	79	10	212	23	29	18	28	1.98
81664205--81664483	93	3.0	94	86	4	350	24	29	18	27	1.98
81664817--81664873	30	1.9	30	88	0	87	29	24	12	33	1.92
81667796--81667872	26	3.0	26	84	0	100	41	20	18	19	1.90
81670351--81670395	23	2.0	23	100	0	90	24	17	22	35	1.95
81671966--81672028	31	2.0	31	96	0	117	15	25	11	47	1.79
81676639--81676709	28	2.5	28	74	17	67	45	0	8	46	1.33
81692491--81692665	46	3.8	46	78	10	203	28	28	21	21	1.99
81692498--81692669	93	1.8	93	94	0	308	27	28	21	22	1.99
81694150--81694202	27	2.0	27	96	0	97	37	22	9	30	1.86
81694153--81694213	27	2.3	27	85	5	79	40	19	13	26	1.88
81694985--81695041	27	2.2	26	84	9	71	28	15	24	31	1.96
81697841--81697910	35	2.0	35	100	0	140	25	11	20	42	1.85
81698647--81698682	3	12.3	3	94	5	65	69	0	0	30	0.89
81703358--81703467	26	4.2	26	97	0	202	32	4	25	37	1.76
81705088--81705200	27	4.2	27	86	3	138	15	24	23	36	1.94
81705086--81705200	54	2.1	54	90	3	178	15	24	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81709175--81709258	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
81710871--81710983	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
81710869--81710983	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
81730607--81730871	40	6.7	40	91	2	383	22	22	27	27	1.99
81739711--81739777	26	2.5	26	80	7	73	25	8	11	53	1.66
81740263--81740341	33	2.4	33	79	12	81	22	6	31	39	1.79
81740366--81740428	28	2.2	28	77	5	65	19	4	33	42	1.72
81741381--81741415	13	2.6	14	90	4	54	37	28	5	28	1.80
81741459--81741507	20	2.5	20	86	0	62	20	6	36	36	1.78
81741537--81741574	14	2.7	15	84	12	53	13	5	31	50	1.63
81742926--81742978	26	2.0	27	85	3	72	32	16	20	30	1.95
81748524--81748741	40	5.5	40	86	4	266	25	28	22	22	1.99
81753122--81753432	93	3.3	90	82	10	317	23	28	18	28	1.98
81753122--81753386	47	5.7	46	78	10	236	23	29	18	29	1.98
81754375--81754426	26	2.0	26	92	0	86	19	25	5	50	1.69
81762608--81762703	28	3.4	28	68	16	90	27	32	15	25	1.96
81779875--81780094	47	4.7	48	80	12	201	25	29	18	27	1.98
81779877--81780142	94	2.8	95	80	9	253	25	28	18	27	1.98
81779922--81780126	47	4.3	47	76	12	204	24	29	19	26	1.99
81780475--81780532	30	1.9	30	85	0	80	31	22	10	36	1.88
81783443--81783519	26	3.0	26	78	0	91	40	22	19	18	1.92
81784118--81784148	16	1.9	16	100	0	62	12	12	19	54	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81786358--81786435	34	2.3	35	80	6	88	46	17	7	28	1.76
81787188--81787263	24	2.9	26	83	15	95	42	19	5	32	1.74
81787250--81787283	17	2.0	17	100	0	68	47	11	0	41	1.40
81789610--81789634	7	3.6	7	100	0	50	28	28	0	44	1.55
81792103--81792154	14	3.4	15	77	17	54	30	3	0	65	1.10
81794250--81794274	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
81795276--81795704	44	9.8	44	91	1	682	28	28	14	29	1.95
81807545--81807597	19	2.5	22	76	23	67	69	7	5	16	1.31
81807551--81807590	19	2.1	19	100	0	80	72	10	5	12	1.26
81808637--81808661	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
81809474--81809511	18	2.2	18	90	4	60	18	0	7	73	1.06
81809612--81809682	28	2.5	28	76	17	76	43	0	8	47	1.33
81813053--81813078	12	2.2	12	100	0	52	0	42	0	57	0.98
81814136--81814309	84	2.1	84	100	0	348	29	12	24	33	1.92
81814999--81815024	5	5.2	5	100	0	52	19	0	19	61	1.35
81817945--81817969	9	2.8	9	100	0	50	32	12	12	44	1.78
81819078--81819118	21	1.9	22	85	5	57	60	21	7	9	1.52
81820353--81820492	35	4.2	36	75	23	155	37	10	15	35	1.83
81820383--81820433	26	2.0	26	96	3	95	37	7	15	39	1.77
81820353--81820469	61	1.9	61	98	0	225	37	11	14	36	1.82
81820353--81820485	17	6.9	19	77	20	152	37	11	15	36	1.83
81820353--81820508	17	7.8	22	72	24	93	37	10	15	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81825926--81825972	7	6.9	7	76	13	53	82	0	14	2	0.75
81825923--81825971	12	3.8	12	84	7	53	83	0	14	2	0.73
81826877--81827191	44	7.1	45	70	10	229	33	17	22	26	1.96
81826869--81827195	132	2.5	132	89	3	469	34	17	22	25	1.96
81827143--81827718	175	3.3	175	90	0	841	34	19	19	27	1.96
81828205--81828295	35	2.5	37	86	12	136	37	12	15	35	1.84
81828198--81828288	19	4.9	19	88	8	143	38	12	14	35	1.83
81828198--81828311	19	5.8	22	84	10	78	37	10	14	36	1.81
81834896--81834952	27	2.2	26	81	9	62	26	15	26	31	1.96
81837751--81837820	35	2.0	35	100	0	140	25	11	20	42	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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