genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.158.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   

This is table  158  of  332  ( 39766 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52034157--52034371	40	5.5	40	84	7	264	24	22	27	24	2.00
52042008--52042163	39	4.0	39	79	4	154	26	21	26	26	1.99
52045220--52045257	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
52047218--52047294	39	2.0	39	100	0	154	48	5	12	33	1.64
52047231--52047292	19	3.2	19	70	20	65	43	4	14	37	1.67
52054369--52054444	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
52054391--52054468	25	3.2	25	65	17	74	34	5	29	30	1.79
52054366--52054660	47	6.3	47	92	0	491	33	8	30	27	1.87
52063826--52064010	48	3.9	48	84	0	235	27	23	22	27	2.00
52063826--52064013	96	2.0	96	89	0	286	27	22	22	27	1.99
52068109--52068292	39	4.6	41	82	11	206	24	22	27	25	2.00
52068109--52068292	79	2.3	80	83	8	225	24	22	27	25	2.00
52068162--52068325	78	2.1	79	83	7	201	26	21	27	25	1.99
52076015--52076198	40	4.6	39	83	4	210	25	22	27	25	2.00
52076015--52076198	79	2.3	80	83	6	214	25	22	27	25	2.00
52076067--52076231	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
52082529--52082626	48	2.0	48	82	0	115	27	22	20	29	1.98
52086930--52087070	40	3.5	40	91	1	212	29	27	19	24	1.98
52089547--52089585	20	2.0	20	94	0	69	23	35	30	10	1.88
52114348--52114543	43	4.6	43	88	1	277	30	28	15	25	1.96
52120534--52120576	16	2.7	16	89	7	61	48	16	23	11	1.78
52120788--52120875	29	3.1	29	90	1	142	28	14	26	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52124351--52124567	43	5.0	43	83	4	276	30	28	15	24	1.96
52129662--52129707	15	3.1	15	90	0	74	15	15	17	52	1.76
52129664--52129727	15	4.3	15	76	7	58	14	18	15	51	1.76
52129664--52129728	30	2.2	30	83	10	80	13	18	15	52	1.75
52133206--52133239	6	5.7	6	92	0	59	20	0	14	64	1.28
52135064--52135305	47	5.1	47	94	0	403	27	31	9	31	1.88
52147664--52147724	27	2.3	27	86	8	81	37	18	13	31	1.88
52147676--52147738	27	2.4	27	82	10	69	34	22	12	30	1.91
52147841--52147907	27	2.4	28	87	7	93	16	25	23	34	1.95
52147861--52147926	28	2.5	28	82	7	75	16	24	21	37	1.93
52160879--52160931	24	2.2	25	96	3	99	35	28	0	35	1.58
52161782--52161825	23	1.9	23	95	0	79	45	13	4	36	1.64
52163756--52163828	35	2.1	35	81	0	83	46	21	5	26	1.73
52163983--52164077	42	2.3	42	78	5	106	29	30	18	21	1.97
52167133--52167357	48	4.8	48	73	7	192	27	25	22	24	2.00
52170054--52170118	32	2.0	33	85	5	89	43	29	15	12	1.83
52170912--52171133	27	8.2	26	77	9	142	31	8	20	40	1.82
52170902--52171133	54	4.3	53	72	10	184	30	9	19	40	1.82
52170913--52171123	81	2.6	79	82	4	260	29	8	20	41	1.82
52174887--52174950	22	2.9	22	80	0	74	31	21	26	20	1.98
52175304--52175552	27	9.4	25	77	13	198	31	10	18	38	1.86
52175315--52175553	54	4.5	54	80	5	265	30	10	19	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52175516--52175998	239	2.0	238	91	1	770	31	22	19	26	1.98
52178540--52178580	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
52179804--52179833	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67
52180524--52180618	42	2.3	42	83	0	127	18	27	34	18	1.95
52187655--52187697	5	8.6	5	100	0	86	18	0	0	81	0.69
52188989--52189146	45	3.6	45	85	8	209	28	29	19	22	1.98
52189957--52190099	47	3.0	47	98	0	277	42	14	13	28	1.84
52196634--52196762	45	2.9	45	89	3	199	29	28	20	21	1.98
52197571--52197666	47	2.0	47	93	0	165	43	15	11	29	1.82
52201248--52201330	44	1.9	44	87	2	123	27	18	24	30	1.98
52201250--52201413	43	3.8	42	74	15	120	27	17	25	29	1.97
52204405--52204524	43	2.8	42	73	18	113	31	18	23	26	1.97
52220879--52221089	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
52229051--52229261	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
52241461--52241617	43	3.7	43	76	7	158	24	17	26	31	1.97
52248009--52248212	27	7.6	27	84	6	234	27	14	27	29	1.95
52251108--52251164	23	2.4	25	80	14	66	63	3	22	10	1.42
52264235--52264273	7	5.6	7	93	0	69	28	28	2	41	1.69
52267424--52267487	29	2.2	29	86	5	94	31	48	1	18	1.58
52267453--52267524	37	1.9	37	97	0	135	29	52	0	18	1.45
52267928--52267961	11	3.0	11	91	4	50	32	0	0	67	0.91
52267928--52267959	15	2.1	15	94	5	55	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52270516--52270561	21	2.1	23	88	8	69	41	0	0	58	0.98
52270516--52270631	34	3.6	34	75	19	122	40	0	1	57	1.09
52270553--52270600	21	2.3	21	92	3	80	41	0	0	58	0.98
52270539--52270634	13	7.7	14	69	21	63	39	0	2	58	1.10
52270565--52270607	7	6.1	7	77	0	50	41	0	0	58	0.98
52270565--52270622	28	2.1	28	87	6	82	39	0	3	56	1.16
52270516--52270637	14	10.1	12	68	26	64	40	0	1	58	1.08
52270789--52270859	36	2.0	36	97	0	133	26	23	14	35	1.93
52273561--52273605	18	2.4	19	82	13	58	37	4	0	57	1.19
52273872--52273920	6	8.2	6	84	8	64	79	0	4	16	0.88
52273925--52273974	23	2.3	21	86	6	64	68	0	0	32	0.90
52273997--52274054	15	3.9	15	84	4	73	48	0	1	50	1.11
52274032--52274101	22	3.1	23	80	10	65	54	1	0	44	1.09
52274047--52274072	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
52274042--52274089	22	2.1	24	88	7	73	47	2	0	50	1.12
52274181--52274266	22	3.9	21	78	14	84	56	1	0	41	1.06
52274263--52274311	11	4.4	11	76	5	53	73	10	6	10	1.25
52274272--52274348	32	2.3	34	82	10	88	74	6	7	11	1.23
52274302--52274342	22	1.9	22	85	14	59	73	4	7	14	1.22
52277074--52277425	101	3.5	101	82	5	395	32	16	25	26	1.96
52283990--52284014	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
52286300--52286349	24	2.1	24	96	0	91	44	8	14	34	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52291724--52291766	22	2.0	23	86	9	63	62	6	13	16	1.51
52294578--52294632	22	2.5	21	80	16	58	76	3	9	10	1.13
52296750--52296925	46	3.8	46	74	12	171	21	19	28	30	1.98
52296746--52296916	93	1.8	93	91	0	279	21	19	29	29	1.98
52298300--52298577	126	2.2	125	83	8	352	39	12	16	31	1.86
52301685--52301851	59	2.8	59	81	0	172	48	8	7	35	1.61
52302099--52302151	21	2.5	21	84	6	63	22	28	32	16	1.96
52302960--52303021	27	2.3	26	91	5	106	53	16	0	30	1.43
52302961--52303014	27	2.0	27	100	0	108	55	14	0	29	1.40
52307200--52307307	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
52311900--52311932	17	1.9	17	100	0	66	36	12	30	21	1.90
52320311--52320351	20	2.0	20	85	0	55	51	9	0	39	1.35
52322318--52322366	3	16.3	3	86	0	71	63	2	4	30	1.24
52322529--52322630	3	34.3	3	80	5	100	58	0	7	33	1.27
52324037--52324142	52	2.0	52	83	0	131	26	16	18	37	1.93
52324140--52324367	94	2.4	94	79	4	237	32	20	14	32	1.93
52324347--52324590	133	1.8	133	83	0	326	28	19	17	34	1.95
52324338--52324591	89	2.9	89	77	7	228	28	21	16	33	1.95
52324538--52324737	94	2.1	94	83	1	249	27	20	19	32	1.97
52324296--52324684	44	8.7	44	73	7	264	27	21	18	32	1.96
52327585--52328078	247	2.0	246	93	0	835	21	23	16	38	1.93
52329126--52329179	19	2.8	20	83	5	67	44	9	18	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52331147--52331192	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
52331319--52331505	3	62.0	3	77	7	146	58	2	9	30	1.41
52334512--52334586	30	2.5	30	84	0	105	33	9	25	32	1.88
52339429--52339456	6	4.7	6	100	0	56	35	0	14	50	1.43
52341223--52341297	26	2.9	26	82	4	89	36	20	24	20	1.95
52346287--52346345	29	2.0	29	100	0	118	16	11	16	54	1.71
52358209--52358257	23	2.1	23	92	0	80	51	24	4	20	1.65
52358587--52358632	23	2.0	23	100	0	92	21	17	21	39	1.93
52363328--52363403	29	2.6	29	78	4	80	27	9	1	61	1.34
52368328--52368386	3	19.7	3	100	0	118	32	0	0	67	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332