genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13522950--13522975	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
13529395--13529437	21	2.1	20	83	12	52	34	4	2	58	1.32
13538399--13538444	6	7.3	6	85	7	56	39	0	4	56	1.19
13540760--13540889	65	2.0	65	92	0	215	24	11	22	41	1.87
13548351--13548432	40	2.1	40	88	6	123	37	10	21	29	1.88
13558531--13558582	24	2.2	24	82	0	59	51	5	17	25	1.67
13560451--13560476	8	3.2	8	100	0	52	26	0	11	61	1.30
13560486--13560525	20	2.0	20	100	0	80	30	15	0	55	1.41
13561942--13561989	21	2.3	21	89	7	71	25	43	16	14	1.86
13562721--13562748	10	2.8	10	100	0	56	32	21	25	21	1.98
13564493--13564634	46	2.9	47	80	9	124	22	13	30	33	1.92
13579984--13580020	20	1.9	19	89	10	58	35	24	32	8	1.85
13582293--13582353	18	3.4	18	81	4	70	21	4	1	72	1.13
13582292--13582366	12	6.2	12	79	13	57	20	5	2	72	1.17
13589530--13589789	126	2.1	126	81	1	297	26	23	25	25	2.00
13594739--13594821	33	2.4	35	86	13	127	43	0	13	43	1.43
13594903--13595423	126	4.1	126	83	5	637	39	15	15	29	1.89
13594904--13595424	252	2.1	251	85	4	701	39	15	15	29	1.89
13600157--13600404	49	4.8	50	84	5	275	20	29	23	26	1.99
13600156--13600397	99	2.3	104	87	7	343	21	29	23	25	1.99
13600499--13600530	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
13600742--13600799	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13601716--13601759	18	2.4	18	92	0	70	43	9	27	20	1.82
13603310--13603348	18	2.1	19	85	4	53	64	7	5	23	1.40
13621257--13621311	26	2.3	23	85	14	69	29	5	0	65	1.15
13623389--13623493	54	1.9	54	100	0	210	42	3	19	34	1.69
13628003--13628052	24	2.1	24	100	0	100	38	16	20	26	1.92
13630876--13630940	20	3.3	19	82	6	60	26	36	10	26	1.89
13630887--13630940	21	2.7	20	88	2	81	29	37	9	24	1.86
13640922--13640955	16	2.1	16	94	0	59	47	5	0	47	1.26
13644118--13644289	35	5.0	34	87	3	227	27	12	23	35	1.92
13644120--13644289	69	2.4	69	89	0	250	27	12	24	35	1.92
13646914--13646943	11	2.6	11	94	5	51	80	3	0	16	0.85
13655164--13655332	54	3.2	52	79	10	157	21	29	0	48	1.55
13655668--13655705	19	2.0	19	94	0	67	28	10	28	31	1.90
13656942--13657107	89	1.9	88	79	3	190	31	19	26	22	1.98
13660154--13660202	26	2.0	24	88	8	71	63	8	0	28	1.23
13660165--13660231	21	3.2	21	74	14	59	68	10	0	20	1.18
13663689--13663802	37	3.1	37	81	6	135	38	32	10	18	1.85
13665548--13665618	31	2.3	31	95	0	124	35	9	18	36	1.84
13668719--13668788	25	3.0	22	73	15	61	32	22	4	40	1.74
13669824--13669867	21	2.1	21	83	8	54	34	4	4	56	1.40
13672540--13672581	4	9.8	4	90	10	57	50	0	2	47	1.14
13672542--13672578	18	2.1	18	90	10	58	54	0	2	43	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13672505--13672581	27	2.7	29	83	13	90	45	0	3	50	1.20
13672517--13672581	31	2.1	30	86	11	87	47	0	3	49	1.17
13672968--13673022	28	2.0	28	96	3	103	29	14	3	52	1.58
13673726--13673956	125	1.9	119	80	11	270	22	9	17	51	1.74
13688201--13688227	13	2.1	13	100	0	54	25	0	44	29	1.54
13706152--13706191	15	2.5	17	80	12	57	72	2	5	20	1.15
13706188--13706224	16	2.3	17	86	9	51	70	0	8	21	1.13
13709234--13709350	35	3.2	35	67	15	83	29	21	22	26	1.99
13709207--13709349	75	1.9	75	94	0	250	30	22	22	25	1.99
13709207--13709317	35	3.0	36	67	16	100	29	21	21	27	1.99
13712932--13713017	10	8.1	10	67	20	50	73	1	2	23	1.02
13712932--13713016	14	6.1	14	68	15	61	72	1	2	23	1.03
13712935--13713016	18	4.7	19	66	23	63	73	1	2	23	1.03
13712967--13713012	22	2.1	22	84	8	58	73	2	2	21	1.04
13719195--13719246	24	2.2	24	89	0	77	34	3	3	57	1.35
13726283--13726489	53	3.8	53	76	3	189	37	17	23	20	1.94
13733616--13733822	53	3.8	53	78	3	216	37	17	24	20	1.94
13742048--13742314	46	5.8	46	92	0	410	38	13	24	23	1.91
13743335--13743380	6	7.5	6	81	13	58	84	0	15	0	0.62
13743331--13743384	5	10.8	5	79	18	51	83	0	16	0	0.65
13743332--13743386	20	2.9	19	84	10	78	83	0	16	0	0.64
13743331--13743380	15	3.3	14	84	15	64	84	0	16	0	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13746919--13747599	46	14.8	46	93	2	1021	38	14	25	22	1.91
13749258--13749348	29	3.1	29	88	3	146	54	13	3	28	1.54
13749257--13749347	30	3.1	30	88	3	148	56	13	3	27	1.53
13753593--13753682	42	2.1	42	83	0	108	28	27	17	25	1.98
13757103--13757128	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
13762641--13762694	21	2.6	21	90	0	90	25	7	37	29	1.83
13764706--13764833	32	4.0	32	90	0	211	45	10	10	32	1.74
13766423--13766484	23	2.4	27	79	12	78	59	3	1	35	1.23
13769349--13769406	25	2.3	25	100	0	116	50	6	29	13	1.68
13775857--13776831	502	1.9	504	90	1	1535	33	15	9	40	1.81
13780493--13780641	60	2.5	63	80	9	168	26	24	20	28	1.99
13781316--13781346	16	2.0	15	93	6	53	3	19	25	51	1.62
13783590--13783678	44	2.0	44	100	0	178	55	8	4	31	1.51
13783595--13783668	24	3.2	24	64	21	68	54	8	5	32	1.53
13786100--13786124	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
13791282--13791329	19	2.6	18	73	3	51	18	2	27	52	1.57
13796103--13796208	56	1.9	56	98	0	203	32	3	7	56	1.45
13799454--13799536	43	1.9	43	95	0	148	32	4	27	34	1.78
13799774--13799808	12	2.9	12	86	0	52	22	2	11	62	1.41
13800318--13800359	21	2.0	21	95	0	75	30	9	33	26	1.88
13801940--13802106	75	2.2	75	89	3	246	21	7	22	49	1.74
13802168--13802233	28	2.5	25	82	7	78	31	7	13	46	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13802239--13802380	6	24.2	6	80	9	123	1	23	49	26	1.58
13802286--13802389	8	13.8	8	71	18	89	0	26	49	23	1.57
13802255--13802394	14	9.5	14	81	10	147	1	25	49	23	1.59
13802255--13802384	6	20.8	6	82	10	127	0	25	50	23	1.55
13806953--13807231	148	1.9	146	89	2	434	43	5	10	41	1.60
13810050--13810136	39	2.2	39	93	0	147	26	28	21	22	1.99
13812199--13812236	18	2.0	20	85	10	53	26	5	0	68	1.11
13813827--13813853	13	2.1	13	100	0	54	48	7	0	44	1.31
13821972--13822269	42	7.3	42	81	3	349	23	18	21	36	1.95
13821972--13822268	161	1.8	163	89	4	465	23	18	21	36	1.95
13821975--13822269	84	3.6	84	84	7	399	24	18	21	36	1.95
13827810--13827876	35	1.9	35	90	0	107	28	2	25	43	1.69
13827968--13828158	34	6.1	31	69	15	117	33	1	21	43	1.62
13828126--13828179	22	2.5	22	96	0	99	37	0	18	44	1.50
13828064--13828364	110	2.8	108	85	4	417	35	1	19	42	1.63
13828239--13828289	22	2.4	22	80	9	61	41	3	15	39	1.66
13828298--13828365	34	2.0	34	82	5	84	41	1	14	42	1.55
13828326--13828404	28	2.7	29	80	3	97	41	1	20	36	1.60
13828457--13828834	126	3.0	126	88	2	537	38	16	16	27	1.91
13829003--13829037	9	3.9	9	96	0	61	40	0	11	48	1.39
13831716--13831881	27	6.1	28	83	8	143	34	21	24	18	1.96
13831716--13831881	54	3.1	54	86	1	217	34	21	24	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13833500--13833628	26	5.0	26	94	0	204	35	24	6	33	1.82
13833612--13833645	17	2.0	17	100	0	68	35	29	5	29	1.81
13844213--13844266	23	2.5	22	80	19	60	44	0	5	50	1.25
13846809--13846881	38	1.9	38	100	0	146	30	10	12	46	1.76
13848875--13848922	15	3.1	15	77	17	53	25	0	2	72	0.95
13849805--13849844	18	2.2	19	86	13	57	20	10	0	70	1.16
13851309--13851363	27	2.0	27	100	0	110	21	7	23	47	1.76
13857732--13857766	18	1.9	18	88	0	52	57	20	0	22	1.41
13857785--13857863	11	7.2	11	72	13	56	67	1	5	26	1.19
13865131--13865354	62	3.6	62	78	1	225	25	27	27	19	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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