genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83551053--83551078	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
83567874--83567939	30	2.2	30	86	0	96	21	21	36	21	1.95
83573282--83573361	39	2.0	41	85	4	110	31	17	21	30	1.96
83580607--83580734	50	2.6	50	82	8	154	25	31	17	25	1.97
83580553--83580734	96	1.9	96	85	7	251	24	29	19	26	1.98
83590257--83590295	21	1.9	20	89	5	60	28	0	23	48	1.51
83590259--83590309	21	2.5	21	76	20	54	29	1	19	49	1.60
83603164--83603234	35	2.0	35	100	0	142	49	8	0	42	1.33
83604435--83604493	29	2.0	30	83	9	77	20	23	33	22	1.97
83607508--83607649	47	3.1	45	74	16	148	26	24	16	31	1.97
83607463--83607669	90	2.3	87	86	8	272	27	24	15	32	1.96
83607528--83607669	45	3.1	46	71	13	132	27	25	16	30	1.96
83609142--83609175	17	2.0	17	100	0	68	29	29	5	35	1.81
83619817--83619875	31	1.9	31	92	0	100	37	5	20	37	1.75
83620339--83620373	16	2.2	16	90	5	54	28	2	2	65	1.21
83625467--83625570	45	2.3	44	91	1	163	30	16	9	43	1.80
83628385--83628492	32	3.2	34	73	17	98	35	27	0	37	1.57
83628485--83628559	32	2.3	32	81	2	87	37	21	0	41	1.53
83628580--83628622	21	2.0	22	86	4	61	9	27	0	62	1.25
83628586--83628635	21	2.3	21	82	6	55	12	26	2	60	1.43
83630967--83631009	20	2.2	20	86	0	59	58	0	0	41	0.98
83631249--83631287	17	2.2	18	90	4	62	23	0	2	74	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83631317--83631353	11	3.2	12	81	11	51	51	0	0	48	1.00
83632077--83632149	3	24.3	3	100	0	146	32	0	34	32	1.58
83637758--83637879	65	1.9	63	85	9	167	52	16	4	26	1.64
83652712--83652826	42	2.8	40	77	7	113	28	13	27	30	1.94
83654344--83655189	282	3.0	282	99	0	1647	32	16	19	30	1.94
83655124--83655219	17	5.7	17	70	24	62	43	3	2	51	1.29
83658020--83658076	29	2.0	29	89	0	87	49	7	0	43	1.29
83663284--83663348	32	2.1	30	85	5	85	52	4	23	20	1.65
83663311--83663429	57	2.1	57	88	3	177	47	6	18	26	1.73
83671658--83672620	477	2.0	480	92	1	1599	35	18	16	29	1.93
83675883--83675965	22	3.7	22	81	12	89	24	27	15	32	1.95
83681303--83681373	28	2.5	28	90	0	115	32	11	25	30	1.91
83686740--83686822	22	3.7	22	88	6	105	22	26	18	32	1.97
83692852--83692928	14	5.1	14	71	20	57	50	6	3	38	1.47
83692835--83692926	46	2.0	46	100	0	184	52	6	4	36	1.47
83697317--83697680	48	7.6	48	93	0	611	34	6	28	30	1.83
83697725--83697864	37	3.8	37	97	0	262	22	20	32	25	1.98
83702899--83703117	61	3.6	61	86	4	266	48	14	17	19	1.81
83702876--83703092	6	35.8	6	76	15	207	49	13	17	19	1.80
83703249--83703350	27	3.8	27	87	5	134	37	21	22	18	1.94
83703508--83703572	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
83703998--83704560	27	21.3	27	85	4	700	25	21	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83704242--83704281	19	2.1	19	100	0	80	27	25	20	27	1.99
83704757--83704925	27	6.3	27	90	1	259	37	5	26	30	1.78
83704545--83704944	27	14.9	26	79	6	196	33	7	23	36	1.83
83704790--83704970	81	2.2	81	81	0	182	38	6	22	33	1.79
83707274--83707347	37	2.0	37	91	0	121	27	17	12	43	1.84
83711550--83711599	21	2.4	22	75	21	61	42	2	4	52	1.31
83712231--83712273	8	5.2	8	77	5	50	69	4	2	23	1.18
83712231--83712273	17	2.7	15	80	16	50	69	4	2	23	1.18
83718149--83718395	83	3.0	83	95	0	458	40	14	17	27	1.88
83738848--83738878	16	1.9	16	93	0	53	19	6	29	45	1.75
83754650--83754680	16	1.9	16	93	0	53	19	6	29	45	1.75
83755418--83755492	21	3.7	21	73	18	70	20	17	30	32	1.95
83756165--83756232	28	2.5	28	83	4	86	48	14	7	29	1.71
83758300--83758438	62	2.3	62	91	1	226	48	20	7	23	1.75
83758705--83758818	6	19.0	6	96	0	210	65	15	0	17	1.32
83759125--83759155	16	1.9	16	100	0	62	25	25	3	45	1.69
83765079--83765135	23	2.5	23	86	8	73	14	7	40	38	1.73
83765618--83766424	44	18.4	44	78	5	758	30	25	15	28	1.96
83765618--83766424	132	6.1	132	83	4	957	30	25	15	28	1.96
83780103--83780159	23	2.5	23	86	8	73	14	7	40	38	1.73
83780876--83780920	22	2.0	22	87	8	65	53	20	0	26	1.46
83783692--83783770	28	2.8	28	82	0	95	30	25	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83785637--83785666	12	2.6	12	94	5	53	70	0	16	13	1.18
83787349--83787389	17	2.3	19	83	8	50	53	7	4	34	1.50
83794819--83795044	48	4.7	50	72	12	134	27	26	19	27	1.99
83802092--83802221	47	2.7	48	86	1	190	32	26	16	23	1.96
83802767--83802825	29	2.2	26	82	14	66	30	25	3	40	1.72
83809278--83809310	15	2.1	16	88	5	50	0	12	0	87	0.53
83809804--83809948	77	1.9	78	86	1	211	59	9	4	26	1.47
83809794--83809967	77	2.2	78	80	9	201	56	8	4	30	1.48
83810142--83810268	33	3.9	32	81	5	139	25	11	48	15	1.78
83813818--83813887	31	2.3	31	79	0	77	37	11	5	45	1.64
83814712--83814763	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
83816683--83816734	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
83822502--83822535	11	3.1	11	95	0	59	41	52	5	0	1.25
83825845--83825891	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
83827301--83827330	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
83827905--83827949	23	2.0	22	83	12	56	37	11	22	28	1.88
83828681--83828724	20	2.2	20	87	0	61	36	6	0	56	1.26
83829468--83829502	18	1.9	18	88	0	52	11	28	28	31	1.92
83830975--83831127	49	3.1	49	78	7	157	20	28	24	27	1.99
83833478--83833662	48	3.9	48	74	14	177	27	25	20	27	1.99
83837035--83837097	31	2.0	31	96	0	117	36	3	14	46	1.61
83849234--83849317	29	3.0	28	85	3	105	27	28	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83856918--83856987	29	2.4	29	83	2	88	30	28	14	27	1.95
83856918--83857003	28	3.0	28	79	3	91	29	27	13	29	1.95
83857226--83857252	8	3.4	8	100	0	54	11	25	29	33	1.91
83859409--83859783	191	2.0	191	94	0	660	34	9	17	38	1.83
83865652--83865800	57	2.6	57	82	7	176	31	18	18	32	1.94
83868709--83868747	18	2.2	18	90	0	60	30	2	10	56	1.46
83875936--83875975	19	2.2	18	86	13	55	25	5	0	70	1.08
83875928--83875976	25	2.0	25	83	0	62	24	4	0	71	1.03
83881643--83881756	3	37.7	3	69	15	65	28	5	0	64	1.21
83881628--83881760	57	2.3	58	80	5	137	26	6	0	66	1.22
83890247--83890271	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
83894525--83894549	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
83902711--83902956	43	5.8	43	90	5	378	10	23	34	30	1.89
83902711--83902956	84	2.9	85	90	4	392	10	23	34	30	1.89
83902711--83902956	127	1.9	126	90	4	397	10	23	34	30	1.89
83916663--83916873	42	5.0	42	76	13	184	33	31	23	12	1.91
83916676--83916880	41	4.8	42	75	18	149	33	31	22	12	1.91
83968229--83968420	39	4.9	39	80	9	239	26	29	20	23	1.99
83968210--83968420	79	2.7	79	91	2	338	27	28	20	23	1.99
83976251--83976460	39	5.3	40	83	6	268	27	28	20	23	1.99
83976251--83976459	40	5.3	40	82	7	266	27	28	20	23	1.99
83976251--83976460	79	2.7	80	92	3	345	27	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83978508--83978571	32	2.0	32	96	0	119	31	26	15	26	1.96
83979527--83979561	14	2.5	14	86	13	54	34	25	0	40	1.56
83980662--83980687	12	2.2	12	100	0	52	50	15	0	34	1.45
83986674--83986891	39	5.5	39	91	1	303	19	21	28	30	1.97
83992744--83992885	39	3.6	39	95	0	239	20	24	29	25	1.99
84002476--84002518	21	2.0	21	100	0	86	32	23	9	34	1.87
84004361--84004420	29	2.1	29	100	0	120	31	26	13	28	1.94
84008131--84008205	38	2.0	38	100	0	150	37	21	8	33	1.83
84008387--84008426	20	2.0	20	100	0	80	20	40	10	30	1.85
84011682--84011729	8	5.9	8	83	11	53	72	0	4	22	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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