genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.313.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102721989--102722033	18	2.6	18	85	3	56	22	28	35	13	1.92
102722433--102722485	26	2.0	26	96	0	97	28	7	16	47	1.74
102722433--102722493	26	2.3	26	88	5	79	27	8	18	45	1.77
102724179--102724337	43	3.7	42	78	7	124	23	20	25	31	1.98
102724179--102724293	44	2.7	42	77	9	117	22	20	24	32	1.98
102726928--102726971	22	2.0	21	82	4	52	43	2	20	34	1.64
102731465--102731567	51	2.0	51	98	0	197	36	9	18	34	1.84
102734689--102734747	18	3.3	18	72	25	54	37	15	13	33	1.86
102737733--102737897	43	3.9	42	75	10	165	23	20	25	31	1.98
102742321--102742354	17	2.0	17	88	0	50	41	0	11	47	1.40
102743902--102744010	27	4.0	27	82	8	123	15	22	22	38	1.92
102743902--102744010	54	2.0	54	85	3	148	15	22	22	38	1.92
102749098--102749167	27	2.6	27	75	8	79	31	25	18	24	1.98
102755347--102755374	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
102761438--102761613	46	3.8	45	76	15	180	22	19	27	30	1.98
102761434--102761604	93	1.8	93	89	0	270	22	19	28	29	1.98
102766738--102766778	19	2.1	20	86	4	57	24	36	21	17	1.94
102772312--102772371	15	4.0	15	80	8	77	10	8	16	65	1.47
102772312--102772371	30	2.0	30	90	6	95	10	8	16	65	1.47
102774514--102774652	49	2.8	49	85	2	188	25	19	26	28	1.99
102778264--102778288	12	2.1	12	100	0	50	8	0	32	60	1.26
102778260--102778291	15	2.1	16	94	5	57	9	0	31	59	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102783664--102783722	26	2.3	25	85	11	75	37	1	0	61	1.07
102783709--102783767	17	3.4	17	84	9	75	37	3	0	59	1.14
102783677--102783737	25	2.4	24	81	13	61	44	0	0	55	0.99
102789041--102789070	13	2.3	13	94	0	51	76	0	0	23	0.78
102793186--102793224	19	2.1	19	85	9	53	64	2	0	33	1.08
102794709--102794853	45	3.2	45	90	0	209	26	27	17	28	1.98
102794805--102795265	82	5.6	82	89	1	649	26	23	20	29	1.99
102795033--102795345	45	7.2	46	64	22	149	27	21	18	31	1.97
102794669--102795263	246	2.4	250	87	5	812	26	23	20	29	1.99
102794668--102795265	164	3.6	163	85	4	725	26	23	20	29	1.99
102801911--102801955	6	7.3	6	90	5	63	15	11	15	57	1.64
102804534--102804577	23	1.9	23	90	0	70	52	20	13	13	1.74
102805612--102805736	9	13.1	11	94	5	85	32	3	0	64	1.09
102805615--102805717	3	34.3	3	100	0	206	33	0	0	66	0.92
102805980--102806004	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
102807906--102807949	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
102811519--102811561	12	3.5	12	81	12	52	83	0	6	9	0.80
102811516--102811577	22	2.8	22	83	11	74	82	0	9	8	0.85
102811534--102811569	15	2.3	15	90	9	54	86	0	5	8	0.72
102811556--102811590	18	1.9	18	88	0	52	80	0	20	0	0.72
102812438--102813067	44	14.2	44	74	8	429	31	17	20	30	1.96
102812512--102813042	89	5.9	86	76	6	398	30	17	21	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102812508--102812987	178	2.7	177	79	4	493	30	17	21	31	1.96
102814621--102814665	3	15.3	3	81	4	56	31	2	2	64	1.18
102814603--102814659	24	2.6	22	82	17	66	26	3	5	64	1.30
102814647--102814688	11	3.7	11	84	12	50	26	7	0	66	1.17
102814917--102814983	3	22.3	3	100	0	134	32	0	0	67	0.91
102818155--102818214	27	2.4	25	80	8	59	36	6	0	56	1.26
102818250--102818302	25	2.2	24	83	9	65	24	9	1	64	1.34
102820380--102820427	19	2.6	18	80	9	60	25	20	8	45	1.79
102820762--102820787	13	2.0	13	100	0	52	30	23	23	23	1.99
102822334--102822365	10	3.1	10	95	4	55	90	0	9	0	0.45
102822333--102822363	11	2.8	11	100	0	62	93	0	6	0	0.35
102824098--102824222	64	2.0	64	88	0	187	32	19	13	35	1.90
102824289--102825151	132	6.6	132	88	1	1063	28	20	22	27	1.99
102824685--102825151	45	10.6	45	66	13	182	28	20	22	28	1.98
102834855--102834879	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
102835731--102835947	101	2.1	101	84	1	283	34	15	22	27	1.94
102835866--102835980	33	3.5	33	74	10	92	33	13	24	27	1.93
102835866--102835989	66	1.9	66	80	12	148	33	14	24	28	1.94
102839984--102840020	19	1.9	19	88	0	56	29	5	8	56	1.51
102841068--102841092	5	5.0	5	100	0	50	20	0	40	40	1.52
102852599--102852637	19	2.1	19	90	0	60	30	10	17	41	1.83
102854906--102854934	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102858790--102858829	21	1.9	21	84	0	53	17	10	2	70	1.27
102859020--102859074	25	2.2	25	87	3	85	34	25	23	16	1.95
102859711--102859845	47	2.9	47	80	4	139	31	27	16	24	1.96
102859761--102859852	47	2.0	46	91	2	148	32	25	16	26	1.96
102859753--102859907	53	3.0	53	82	9	171	30	23	16	28	1.96
102861596--102861659	18	3.6	18	70	19	62	65	6	20	7	1.40
102861605--102861678	35	2.1	35	100	0	148	66	5	17	10	1.41
102864421--102864637	46	4.7	46	91	0	308	39	15	23	21	1.91
102864372--102864637	138	2.0	130	86	5	361	38	15	24	21	1.92
102864898--102864944	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
102867557--102867744	40	4.7	40	96	0	331	23	20	28	27	1.99
102867557--102867784	80	2.8	80	89	0	249	24	20	27	28	1.99
102867557--102867780	120	1.9	120	84	0	304	24	20	28	27	1.99
102876029--102876073	22	2.1	22	88	12	67	60	13	2	24	1.45
102884274--102884302	7	4.1	7	100	0	58	68	0	0	31	0.89
102886262--102886369	55	2.0	55	87	7	157	48	3	8	39	1.51
102888574--102888615	21	2.0	21	86	13	61	54	9	14	21	1.68
102901211--102901256	21	2.2	21	84	0	56	50	4	0	45	1.21
102901204--102901257	13	4.2	13	75	17	51	50	3	0	46	1.19
102901247--102901279	17	1.9	17	93	0	57	39	12	0	48	1.40
102903711--102903746	15	2.4	15	95	0	63	47	30	0	22	1.52
102904920--102904964	21	2.2	20	96	4	81	35	15	8	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102906782--102906921	70	2.0	70	100	0	280	38	11	12	37	1.80
102912059--102912230	43	4.0	44	80	10	203	24	16	25	33	1.96
102916532--102916560	12	2.3	13	94	5	51	41	10	24	24	1.86
102916805--102916843	14	2.8	14	81	14	53	69	0	30	0	0.89
102917012--102917250	80	3.2	75	84	8	238	26	0	15	57	1.39
102917065--102917182	40	3.1	39	67	19	104	27	0	15	56	1.39
102917170--102917194	12	2.1	12	100	0	50	28	0	8	64	1.22
102917073--102917281	71	2.9	70	77	13	176	27	0	14	58	1.37
102917210--102917454	103	2.4	100	84	8	312	28	0	14	56	1.42
102919292--102919363	33	2.2	33	87	5	101	16	47	15	20	1.83
102919561--102919880	78	4.1	77	85	2	408	26	8	10	54	1.64
102927292--102927328	18	2.1	18	100	0	74	37	0	10	51	1.37
102928537--102928578	17	2.5	17	81	14	52	2	11	16	69	1.29
102929236--102929277	21	2.0	21	90	0	66	30	35	11	21	1.90
102929238--102929277	7	5.7	7	81	0	53	32	32	12	22	1.91
102929347--102929408	20	3.0	20	75	11	54	19	3	35	41	1.67
102932325--102932380	28	2.0	29	85	3	78	46	0	1	51	1.11
102932326--102932390	28	2.2	28	81	5	67	44	0	1	53	1.09
102932829--102932884	17	3.2	16	69	26	51	53	8	1	35	1.43
102932825--102932895	36	1.9	37	91	2	117	49	8	2	39	1.48
102932827--102932909	36	2.3	35	83	6	103	49	7	4	38	1.52
102933429--102933567	67	2.1	67	82	2	163	40	15	4	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102934518--102934595	9	9.3	9	74	13	51	58	0	38	2	1.12
102935056--102935137	17	5.0	17	73	5	53	69	3	7	19	1.28
102935514--102935550	13	2.9	13	92	4	58	67	0	2	29	1.04
102935145--102936161	296	3.5	298	90	4	1579	56	6	7	30	1.52
102935807--102935868	13	4.5	13	73	11	52	67	3	3	25	1.20
102938034--102938178	72	2.0	72	87	2	211	22	26	16	33	1.95
102943429--102943486	26	2.3	25	85	11	75	39	10	12	37	1.77
102943571--102943613	17	2.6	17	85	3	61	0	27	0	72	0.85
102943571--102943618	16	3.0	16	82	8	62	0	29	0	70	0.87
102943600--102943641	20	2.1	20	82	8	50	4	30	0	64	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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