genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7881763--7881923	47	3.5	46	70	10	139	26	16	25	32	1.96
7881711--7881966	93	2.8	93	88	0	386	25	18	25	30	1.98
7890609--7890779	39	4.4	39	73	6	159	31	19	24	23	1.98
7890586--7890755	78	2.2	78	82	3	198	32	18	24	23	1.97
7895582--7895714	39	3.4	39	84	5	189	28	20	26	24	1.99
7895560--7895714	78	2.0	78	91	2	249	30	19	25	23	1.98
7896859--7896964	31	3.4	31	92	0	167	26	25	16	31	1.97
7897185--7897254	25	2.8	25	89	4	106	27	22	25	24	2.00
7898182--7898267	27	3.1	27	77	14	95	34	9	16	39	1.80
7898269--7898395	27	4.7	26	85	5	155	28	7	23	40	1.82
7898269--7898428	81	2.0	81	84	7	209	28	10	21	38	1.87
7898431--7898612	27	6.7	27	87	1	240	37	7	25	29	1.82
7898431--7898624	81	2.4	81	89	3	284	38	7	25	28	1.83
7912575--7912709	56	2.4	56	93	1	227	29	26	16	27	1.97
7913360--7913440	34	2.4	34	87	2	119	22	23	25	28	1.99
7913968--7914007	16	2.5	16	100	0	80	17	45	32	5	1.70
7915627--7915797	46	3.7	46	79	14	208	28	28	21	21	1.98
7915632--7915801	93	1.8	92	94	1	304	28	29	21	21	1.98
7916216--7916275	30	2.0	30	86	0	84	31	25	6	36	1.82
7923650--7923710	30	2.0	30	90	0	95	31	24	8	36	1.85
7927407--7927584	27	6.6	27	83	3	187	29	27	15	27	1.96
7927428--7927583	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7931146--7931458	48	6.5	50	74	7	213	27	27	15	29	1.96
7931163--7931458	94	3.1	94	82	3	288	27	27	15	30	1.96
7931278--7931458	46	3.9	46	76	5	175	25	28	16	29	1.97
7931248--7931458	94	2.2	94	87	1	307	25	28	16	30	1.96
7935819--7936177	46	7.7	46	69	18	215	23	18	28	29	1.98
7935874--7936124	47	5.4	46	69	14	192	23	19	29	27	1.98
7935812--7936169	93	3.8	93	92	0	545	23	19	28	28	1.98
7941359--7941481	47	2.6	47	94	0	210	21	18	31	28	1.97
7954860--7954932	37	2.0	37	91	0	119	38	2	21	36	1.68
7954976--7955081	34	3.1	35	78	8	117	22	21	23	32	1.98
7957647--7957684	15	2.7	14	84	11	51	57	5	0	36	1.21
7968043--7968088	24	1.9	24	82	8	58	73	0	6	19	1.04
7970747--7971072	164	2.0	164	93	0	562	25	20	17	37	1.94
7972424--7972595	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
7972417--7972592	46	3.8	46	78	12	207	29	29	20	20	1.98
7979978--7980149	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
7979971--7980146	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
7990518--7990695	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
7990539--7990694	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
7998516--7998694	27	6.6	27	82	4	189	30	27	15	26	1.96
7998516--7998694	55	3.3	55	81	4	209	30	27	15	26	1.96
7998538--7998693	82	1.9	81	86	3	224	30	27	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8004617--8004676	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
8005097--8005266	46	3.7	46	72	17	154	22	21	27	29	1.99
8005094--8005264	93	1.8	93	88	2	263	22	21	27	29	1.99
8007175--8007396	40	5.6	39	79	9	202	25	20	28	25	1.99
8015778--8015945	45	3.7	45	76	18	179	21	20	28	29	1.98
8015775--8015942	92	1.8	91	91	6	277	21	20	29	28	1.98
8019990--8020148	27	5.9	28	81	15	131	35	22	22	20	1.96
8020032--8020151	54	2.2	54	96	0	222	34	24	24	17	1.96
8026088--8026185	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
8026116--8026198	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
8032626--8032875	51	4.9	51	91	1	376	29	24	14	32	1.94
8032915--8033002	28	3.3	27	79	12	110	21	23	17	37	1.94
8034795--8034819	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
8036842--8036957	28	4.3	27	86	5	162	37	22	21	18	1.94
8036842--8036956	55	2.1	55	88	4	171	38	21	21	18	1.94
8038032--8038064	17	1.9	17	93	0	57	72	0	21	6	1.05
8044769--8044849	28	2.9	28	83	1	101	37	18	23	20	1.94
8045929--8045961	17	1.9	17	100	0	66	66	0	24	9	1.20
8050861--8050950	26	3.3	26	81	17	96	16	6	1	75	1.07
8050855--8050934	16	4.8	17	74	9	76	15	7	1	76	1.07
8050855--8050934	6	14.3	6	75	12	55	15	7	1	76	1.07
8052837--8052861	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8068783--8068948	42	4.0	42	84	3	201	32	28	16	22	1.96
8069122--8069154	13	2.5	13	95	0	57	42	9	0	48	1.35
8073136--8073218	42	2.0	41	83	2	103	31	30	14	24	1.94
8073147--8073238	41	2.2	42	80	1	105	32	26	15	26	1.95
8073228--8073348	37	3.3	37	88	3	174	27	26	17	28	1.97
8073228--8073387	74	2.1	73	82	7	187	26	26	17	29	1.98
8075350--8075416	32	2.1	32	88	0	98	26	23	8	40	1.84
8075485--8075648	42	3.9	42	80	0	175	31	28	17	22	1.96
8079629--8079691	32	1.9	33	83	3	83	22	26	26	23	2.00
8079829--8079897	27	2.6	27	85	0	84	36	23	24	15	1.94
8080324--8080365	17	2.3	19	88	8	61	19	45	21	14	1.85
8087531--8087612	41	2.0	41	92	0	137	31	25	12	30	1.92
8088928--8088974	21	2.2	21	88	0	67	10	42	10	36	1.74
8092402--8092474	36	2.0	36	94	0	128	23	27	16	32	1.96
8094368--8094550	79	2.3	81	82	7	214	24	27	24	23	2.00
8094347--8094550	40	5.1	40	78	8	211	24	27	23	24	2.00
8107224--8107263	19	2.0	20	90	4	64	15	2	12	70	1.28
8109086--8109161	40	1.9	40	94	0	134	39	0	22	38	1.54
8111440--8111590	40	3.8	40	95	0	257	33	22	18	25	1.96
8112089--8112128	21	2.0	20	85	5	53	50	22	2	25	1.62
8118579--8118673	40	2.4	40	85	0	127	34	23	18	23	1.96
8120012--8120051	20	2.0	20	95	0	71	42	20	5	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8120225--8120303	24	3.3	23	73	5	77	36	20	22	20	1.95
8120192--8120268	23	3.3	23	70	13	68	29	18	27	24	1.98
8120225--8120292	23	2.9	24	77	4	66	36	20	23	19	1.95
8120225--8120318	47	1.9	50	82	6	122	35	20	22	22	1.96
8123154--8123329	27	6.5	27	84	3	201	30	27	14	27	1.95
8123173--8123328	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
8134486--8134602	42	2.8	42	78	7	130	33	25	17	23	1.96
8137465--8137631	27	6.2	27	84	6	178	38	21	10	29	1.86
8137481--8137675	54	3.6	53	84	4	221	39	21	9	29	1.84
8137480--8137631	81	1.9	80	86	4	216	39	21	9	28	1.86
8137481--8137675	27	7.3	26	81	3	167	39	21	9	29	1.84
8137476--8137704	107	2.1	108	80	5	259	37	22	8	31	1.85
8137698--8137876	27	6.6	27	79	2	180	36	20	18	25	1.95
8137698--8137876	54	3.3	53	83	6	225	36	20	18	25	1.95
8153702--8153732	12	2.6	12	94	0	53	0	12	3	83	0.75
8159422--8159474	26	2.1	26	82	6	65	28	20	18	32	1.97
8159437--8159578	24	5.9	24	75	9	94	35	16	21	26	1.94
8159480--8159595	47	2.4	47	78	7	117	37	17	21	24	1.94
8162813--8162872	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
8163550--8163603	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
8163603--8163749	27	5.4	27	79	3	161	27	19	18	34	1.95
8169151--8169210	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8169949--8170094	27	5.4	27	84	0	184	26	18	18	36	1.94
8173833--8173904	27	2.7	26	80	6	81	33	18	15	33	1.92
8173897--8173979	27	3.1	27	94	1	150	18	19	21	40	1.91
8178421--8178631	29	7.2	29	85	6	284	37	17	24	20	1.94
8178421--8178631	88	2.4	85	83	10	273	37	17	24	20	1.94
8178421--8178650	117	2.0	117	91	0	370	37	15	25	21	1.93
8183813--8183869	27	2.1	27	100	0	114	22	21	3	52	1.62
8208272--8208340	33	2.1	33	97	0	129	37	31	7	23	1.82
8210542--8210601	25	2.5	24	78	5	68	58	6	13	21	1.58
8218107--8218287	40	4.4	41	82	1	195	29	27	16	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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