genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18122609--18122775	82	2.0	82	93	2	282	32	18	20	28	1.96
18124207--18124240	11	2.9	11	87	12	50	38	8	14	38	1.78
18125130--18125223	47	2.0	47	97	0	179	30	8	14	45	1.75
18127906--18127979	36	2.1	36	97	0	139	32	9	22	35	1.87
18131093--18131149	30	1.9	30	89	7	89	40	7	21	31	1.80
18136557--18136781	47	4.8	47	74	7	181	28	17	30	24	1.97
18136559--18136730	94	1.8	94	91	0	281	28	18	30	23	1.97
18136557--18136781	94	2.4	94	84	2	254	28	17	30	24	1.97
18137740--18137780	22	1.9	21	85	5	55	9	39	29	21	1.86
18140352--18140714	46	7.8	46	73	11	269	22	29	20	27	1.99
18140352--18140711	94	3.9	94	80	8	369	22	29	20	27	1.98
18148068--18148208	27	5.2	27	80	11	146	36	22	21	18	1.95
18148068--18148208	54	2.6	54	88	2	203	36	22	21	18	1.95
18149822--18149929	26	4.2	26	98	0	198	35	25	7	32	1.84
18151043--18151538	41	12.2	41	80	6	216	35	23	18	22	1.96
18151060--18151544	82	5.9	82	83	2	510	35	24	17	22	1.95
18151060--18151556	123	4.1	123	82	3	511	35	24	17	21	1.95
18152424--18152477	21	2.6	21	81	0	81	11	1	33	53	1.47
18152853--18152897	20	2.1	21	88	8	65	44	0	4	51	1.21
18152842--18152943	32	3.3	32	67	19	99	45	0	2	50	1.23
18153911--18153948	9	4.4	9	80	12	53	28	0	7	63	1.23
18154540--18154565	11	2.4	11	100	0	52	7	19	7	65	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18157264--18157667	103	3.9	103	94	1	664	34	5	2	56	1.36
18157943--18158182	9	26.0	9	68	19	106	46	14	2	36	1.58
18157923--18158090	56	3.0	56	91	0	273	47	14	2	35	1.57
18158023--18158202	74	2.4	74	92	1	299	46	15	1	36	1.55
18158123--18158215	27	3.5	27	76	16	79	46	16	1	36	1.54
18163833--18164010	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
18163834--18163989	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
18163830--18164010	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
18182423--18182514	27	3.4	27	76	16	91	32	26	15	26	1.95
18182440--18182599	29	5.8	26	73	15	92	29	25	18	26	1.98
18195299--18195341	23	1.9	22	81	13	52	32	27	2	37	1.70
18195613--18195787	27	6.6	27	81	7	187	30	27	15	26	1.96
18195613--18195787	53	3.3	52	78	9	174	30	27	15	26	1.96
18203571--18203748	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
18203592--18203747	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
18211617--18211794	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
18211638--18211793	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
18222874--18223245	105	3.6	105	94	2	633	18	20	30	30	1.96
18225358--18226014	330	2.0	330	92	0	1089	33	14	23	28	1.93
18242508--18242562	12	5.0	11	77	16	51	41	1	1	54	1.21
18244201--18244244	23	2.0	22	82	13	54	20	4	31	43	1.72
18246243--18246319	41	1.9	41	92	7	131	36	35	16	11	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18253217--18253295	40	2.0	40	89	0	122	34	32	17	15	1.91
18255865--18256069	43	4.8	43	87	2	261	27	17	27	27	1.98
18256143--18256208	31	2.1	31	91	0	105	50	21	10	18	1.77
18259507--18259684	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
18259528--18259683	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
18267624--18267801	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
18267645--18267800	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
18275820--18275990	26	6.4	27	78	7	145	29	28	14	27	1.95
18275820--18275990	53	3.2	54	81	6	181	29	28	14	27	1.95
18278870--18279046	27	6.6	27	80	7	180	27	14	28	29	1.95
18278870--18279046	55	3.3	52	80	7	185	27	14	28	29	1.95
18278867--18279046	82	2.2	80	80	5	202	27	15	27	30	1.96
18286720--18286895	27	6.6	27	82	5	178	27	14	28	29	1.95
18286720--18286895	55	3.3	53	81	5	194	27	14	28	29	1.95
18286724--18286874	82	1.9	80	86	5	214	27	14	28	29	1.95
18286717--18286895	82	2.2	80	81	4	209	27	15	27	29	1.96
18292017--18292194	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
18292018--18292173	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
18292014--18292194	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
18300051--18300228	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
18300052--18300207	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
18300048--18300228	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18308166--18308198	17	2.0	17	88	5	50	30	0	15	54	1.41
18308385--18308423	8	4.8	8	87	6	51	79	0	0	20	0.73
18308385--18308423	17	2.4	17	82	4	53	79	0	0	20	0.73
18314265--18314439	46	3.7	48	79	11	177	25	18	29	25	1.98
18315507--18315546	21	2.0	21	90	5	64	10	32	30	27	1.89
18320081--18320129	4	12.2	4	82	8	64	73	0	2	24	0.94
18321601--18321635	18	1.9	18	88	11	54	31	14	0	54	1.40
18325333--18325559	49	4.6	50	83	3	262	30	27	15	25	1.96
18325333--18325559	100	2.3	97	83	4	267	30	27	15	25	1.96
18328598--18328630	14	2.2	16	89	10	52	63	0	0	36	0.95
18350535--18350588	26	2.1	26	100	0	108	48	14	14	22	1.81
18355838--18355866	13	2.2	13	100	0	58	6	6	20	65	1.40
18358460--18358496	19	1.9	19	88	0	56	62	2	0	35	1.10
18358826--18358855	14	2.1	14	93	0	51	23	0	3	73	0.98
18358860--18358903	19	2.3	19	88	7	63	36	0	2	61	1.09
18359055--18359268	91	2.4	92	82	3	256	35	8	18	36	1.82
18359562--18359596	6	5.8	6	96	0	61	54	17	17	11	1.71
18362817--18362870	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
18365557--18365742	40	4.7	40	85	6	234	23	22	27	26	1.99
18365558--18365775	80	2.7	78	81	8	244	24	22	27	25	2.00
18373596--18373739	39	3.7	40	82	8	179	23	22	27	25	2.00
18375610--18375719	26	4.2	26	95	0	193	38	24	4	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18378176--18378239	32	2.0	32	93	0	110	40	18	6	34	1.76
18381248--18381693	224	2.0	224	94	0	777	26	26	16	30	1.97
18385028--18385071	18	2.4	19	81	14	56	38	9	18	34	1.82
18385287--18385325	15	2.6	15	91	0	60	35	35	12	15	1.86
18387579--18387829	125	2.0	125	99	0	493	43	25	3	27	1.72
18388411--18388508	42	2.3	42	91	3	162	31	19	14	34	1.92
18389685--18389948	85	3.1	85	98	0	510	37	8	27	26	1.85
18391891--18392371	47	10.1	47	88	4	660	30	12	30	25	1.93
18392060--18392134	22	3.3	22	64	29	57	30	14	30	24	1.95
18391891--18392371	194	2.5	191	91	4	767	30	12	30	25	1.93
18392181--18392255	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
18392345--18392435	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
18391891--18392420	147	3.7	140	85	6	505	31	12	30	25	1.93
18392580--18392725	37	3.9	37	95	0	256	21	19	30	28	1.97
18396052--18396084	15	2.2	15	100	0	66	39	24	12	24	1.89
18399189--18399326	42	3.3	42	81	4	152	28	23	17	30	1.97
18404874--18404947	37	2.0	37	97	0	139	16	14	24	44	1.85
18412243--18412375	22	6.0	22	81	0	149	27	15	21	35	1.93
18412245--18412382	66	2.1	66	87	0	195	27	14	22	35	1.93
18412381--18412421	15	2.7	15	96	0	73	39	31	17	12	1.86
18416431--18416469	17	2.3	17	90	0	60	66	2	2	28	1.18
18416503--18416560	26	2.3	25	76	11	64	55	0	3	41	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18416520--18416568	14	3.8	13	76	15	57	53	0	2	44	1.12
18416936--18416990	7	8.1	7	74	22	55	56	0	3	40	1.17
18416895--18416985	33	2.7	33	77	14	89	56	1	7	35	1.35
18416935--18416988	9	5.4	10	72	24	51	57	0	3	38	1.17
18416910--18416993	22	3.5	22	76	15	62	57	0	7	35	1.26
18423224--18423272	14	3.8	13	76	15	57	53	0	2	44	1.12
18423216--18423269	26	2.1	24	83	13	63	53	0	3	42	1.18
18423600--18423690	33	2.7	33	77	14	89	56	1	7	35	1.35
18423615--18423675	22	2.6	22	80	12	61	57	0	8	34	1.29
18424554--18424675	62	2.0	62	100	0	244	38	11	17	32	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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