genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72134599--72134773	96	1.8	97	88	3	273	42	1	14	41	1.56
72134890--72135413	126	4.2	126	90	1	798	34	18	20	26	1.96
72138535--72138822	54	4.9	59	67	23	180	47	9	3	39	1.52
72138443--72138822	116	3.3	116	93	0	643	48	8	2	39	1.48
72138626--72138811	61	3.1	61	69	20	194	49	8	2	39	1.48
72139210--72139252	18	2.4	18	92	0	68	44	11	27	16	1.82
72140989--72141019	15	2.1	15	93	0	53	70	0	6	22	1.09
72141050--72141088	11	3.5	11	92	0	60	48	0	28	23	1.51
72141907--72142001	35	2.7	34	76	12	93	42	1	5	51	1.31
72141929--72142001	35	2.1	35	84	7	94	39	0	6	53	1.28
72142198--72142246	21	2.3	21	92	0	80	32	30	8	28	1.86
72142962--72143016	21	2.6	21	85	0	65	29	36	9	25	1.87
72145169--72145352	91	2.0	91	97	0	350	40	18	7	33	1.79
72145831--72145911	20	4.1	20	77	6	74	48	18	24	8	1.76
72146698--72146779	41	2.0	41	97	0	155	37	12	13	36	1.82
72146702--72146790	41	2.2	41	87	2	126	41	11	11	35	1.77
72148217--72148489	48	5.9	48	71	10	201	26	20	24	28	1.99
72148325--72148434	43	2.6	41	73	18	109	26	22	25	25	2.00
72149521--72149615	41	2.3	41	89	1	138	36	25	23	14	1.93
72149784--72149864	21	3.7	21	78	12	90	29	1	23	45	1.61
72149787--72149880	46	2.0	46	91	0	152	31	2	22	43	1.65
72149924--72149998	7	10.7	7	75	11	55	20	0	42	37	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72149930--72149997	21	3.2	22	76	15	72	20	0	42	36	1.52
72150454--72150516	23	2.7	23	70	18	67	36	1	6	55	1.35
72156256--72156332	31	2.5	31	95	0	136	20	33	29	15	1.94
72159280--72159306	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
72165864--72166031	80	2.1	80	81	5	189	27	27	19	25	1.99
72165904--72166084	80	2.3	80	83	9	210	28	27	20	23	1.99
72165901--72166084	40	4.6	40	81	7	187	28	27	20	23	1.99
72184883--72185069	6	30.8	6	72	16	145	49	13	16	19	1.79
72184862--72185069	30	7.1	29	78	12	194	49	13	16	19	1.79
72184883--72185069	85	2.2	85	93	0	320	49	13	16	19	1.79
72185205--72185260	27	2.1	27	83	6	69	35	23	25	16	1.94
72185425--72185483	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
72185571--72185653	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
72185852--72186046	27	7.3	27	83	3	214	26	20	18	35	1.95
72185854--72186046	80	2.4	82	86	2	257	26	20	17	35	1.95
72185852--72186046	54	3.6	54	84	4	241	26	20	18	35	1.95
72186051--72186405	27	13.2	27	80	9	377	40	10	21	26	1.86
72186055--72186405	54	6.5	54	85	7	480	40	10	22	26	1.86
72186051--72186405	81	4.4	81	84	4	450	40	10	21	26	1.86
72187926--72188108	27	6.8	27	80	8	178	40	18	9	31	1.82
72187926--72188108	80	2.3	81	89	0	269	40	18	9	31	1.82
72188009--72188286	27	10.3	27	83	6	305	39	14	12	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72187956--72188286	81	4.1	82	83	8	351	39	15	12	32	1.85
72187956--72188291	54	6.2	54	79	10	287	38	15	12	32	1.86
72188336--72188428	34	2.7	34	89	0	141	20	10	25	43	1.84
72190223--72190333	27	4.2	25	77	12	105	36	22	23	17	1.94
72190223--72190333	54	2.1	53	84	5	143	36	22	23	17	1.94
72190750--72190779	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
72191744--72191794	24	2.1	24	92	0	84	23	39	1	35	1.66
72198051--72198162	27	4.2	26	85	7	143	38	23	23	15	1.92
72198051--72198162	54	2.1	54	88	6	165	38	23	23	15	1.92
72198936--72199111	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
72198933--72199104	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
72201674--72201724	24	2.1	24	92	0	84	23	39	1	35	1.66
72203164--72203208	22	2.1	21	83	4	54	15	42	20	22	1.89
72203173--72203218	21	2.1	22	88	4	67	10	34	23	30	1.89
72205184--72205343	52	3.1	52	79	8	180	26	15	27	31	1.95
72213494--72213546	20	2.7	20	90	0	88	20	35	32	11	1.88
72214367--72214536	93	1.8	93	92	0	286	22	20	28	29	1.98
72214371--72214542	46	3.7	45	75	16	172	22	20	27	29	1.98
72223271--72223492	40	5.7	40	85	7	260	26	27	21	24	1.99
72233771--72233992	38	5.7	40	80	10	219	24	21	26	27	1.99
72242701--72242872	94	1.8	94	88	5	267	29	27	20	22	1.98
72242695--72242869	47	3.8	44	74	16	149	30	26	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72243703--72243757	21	2.6	21	85	5	76	10	30	34	23	1.89
72258232--72258415	79	2.3	81	83	8	227	25	27	22	24	2.00
72258213--72258415	39	5.1	40	81	9	229	24	27	22	25	2.00
72264735--72264777	20	2.2	19	87	4	59	11	2	6	79	1.02
72269281--72269331	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
72269147--72269409	102	2.6	102	91	4	415	30	30	20	18	1.96
72269735--72269798	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
72269742--72269798	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
72276622--72276885	101	2.6	103	92	3	426	30	30	20	18	1.96
72277212--72277275	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
72277219--72277275	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
72278513--72278574	32	1.9	32	93	0	106	45	19	3	32	1.66
72278855--72278885	12	2.6	12	94	0	53	6	29	41	22	1.78
72279425--72279485	30	2.0	30	96	0	113	36	13	4	45	1.64
72289819--72289963	41	3.5	41	82	8	184	31	26	15	26	1.96
72295107--72295385	46	6.0	46	89	2	362	21	22	14	40	1.90
72297378--72297412	18	1.9	18	88	0	52	0	22	2	74	0.95
72300859--72300906	25	1.9	25	86	0	69	31	22	16	29	1.96
72300959--72300996	20	2.0	19	85	10	51	36	10	18	34	1.85
72301039--72301122	24	3.4	25	83	4	107	28	23	22	25	1.99
72301039--72301134	26	3.8	26	84	2	108	26	25	21	27	2.00
72305298--72305473	46	3.8	46	80	15	209	22	21	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72305295--72305466	93	1.8	93	93	0	299	22	21	28	27	1.99
72311649--72311696	20	2.3	21	85	3	62	35	8	18	37	1.81
72311743--72311863	51	2.4	50	90	4	181	25	21	23	29	1.99
72311743--72311863	25	4.8	25	93	2	181	25	21	23	29	1.99
72313684--72313901	40	5.5	40	84	4	257	23	23	27	25	2.00
72315415--72315498	31	2.7	31	90	1	134	32	17	26	23	1.97
72321508--72321609	29	3.6	29	79	1	116	29	15	26	28	1.96
72325374--72325509	49	2.7	50	78	5	141	27	20	23	28	1.99
72330280--72330307	13	2.2	13	100	0	56	35	7	32	25	1.83
72332168--72332282	29	4.0	28	84	2	131	28	15	26	28	1.96
72332183--72332291	57	1.9	58	84	1	148	27	15	28	28	1.96
72332565--72332618	27	2.1	26	86	6	74	48	22	12	16	1.80
72335085--72335780	47	14.6	47	90	4	904	27	29	9	32	1.89
72338446--72338491	24	1.9	24	95	0	83	43	6	10	39	1.66
72339569--72339626	28	2.1	28	83	3	73	31	22	22	24	1.99
72339776--72339870	27	3.6	26	73	8	75	35	20	22	22	1.96
72340011--72340182	27	6.4	27	88	0	245	25	21	18	34	1.96
72340176--72340406	27	8.6	27	72	10	177	33	12	16	37	1.86
72340220--72340406	54	3.5	54	84	2	216	34	13	15	36	1.87
72340614--72340648	18	1.9	18	88	11	54	20	45	22	11	1.82
72341124--72341224	51	2.0	51	94	3	177	16	25	20	36	1.94
72344288--72344353	33	2.0	33	90	0	105	30	30	22	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72346949--72346991	10	4.1	10	80	11	50	53	27	2	16	1.55
72348830--72348997	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
72348853--72348997	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
72350182--72350252	33	2.0	34	86	13	99	30	25	14	29	1.94
72362704--72362728	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
72364551--72364790	97	2.4	97	83	8	268	41	2	17	39	1.61
72364901--72365104	103	2.0	103	93	0	345	35	18	19	25	1.95
72365004--72365335	126	2.6	126	88	1	513	34	18	20	27	1.96
72369701--72369883	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
72369702--72369885	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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