genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59400853--59400949	27	3.6	27	95	1	167	28	12	26	31	1.93
59411429--59411577	66	2.3	67	94	2	257	24	26	28	19	1.99
59415661--59415709	25	1.9	26	91	4	82	51	4	0	44	1.20
59415659--59415724	30	2.2	30	81	10	82	51	3	0	45	1.16
59418793--59418834	20	2.1	20	82	8	50	76	2	0	21	0.90
59418869--59418938	8	7.9	8	73	20	50	60	2	0	37	1.12
59418892--59418943	9	5.4	10	80	15	56	61	0	0	38	0.96
59418886--59418943	19	3.1	19	80	11	75	62	0	0	37	0.96
59419007--59419070	32	2.0	32	87	6	94	60	6	3	29	1.36
59419002--59419089	10	8.8	10	69	9	63	61	4	2	31	1.28
59419039--59419099	19	3.2	19	76	2	68	62	4	1	31	1.26
59419619--59419742	9	13.6	9	68	18	69	25	2	4	67	1.22
59419619--59419724	27	3.9	27	73	14	83	25	0	5	67	1.18
59422229--59422570	27	12.6	27	83	4	341	38	20	9	30	1.86
59422262--59422594	109	3.1	108	84	3	382	39	21	9	30	1.84
59422201--59422570	136	2.7	134	82	4	465	38	21	9	30	1.85
59422461--59422605	27	5.3	26	73	11	96	40	21	6	31	1.80
59422590--59422729	27	5.2	27	88	3	201	35	17	18	28	1.93
59422287--59422632	109	3.2	108	82	4	270	38	21	10	30	1.86
59422435--59422687	54	4.7	54	75	12	137	37	20	11	29	1.88
59422950--59423044	25	3.8	25	87	0	127	27	22	22	28	1.99
59422950--59423071	25	5.0	24	76	11	72	28	21	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59425207--59425549	27	12.7	26	81	4	245	39	20	9	30	1.85
59425207--59425549	54	6.3	53	78	4	287	39	20	9	30	1.85
59425233--59425567	81	4.1	81	78	5	338	39	21	9	29	1.85
59425458--59425602	27	5.3	26	79	11	114	37	22	9	30	1.86
59425587--59425729	27	5.3	27	90	3	225	34	16	19	29	1.94
59425946--59426015	25	2.8	25	97	0	131	25	27	22	24	2.00
59425944--59426028	25	3.5	24	88	4	109	28	24	22	24	1.99
59425946--59426040	50	1.9	50	82	8	122	27	25	23	24	2.00
59429860--59430013	43	3.6	43	77	5	150	33	23	12	31	1.91
59434954--59435120	46	3.6	45	77	6	156	23	28	19	28	1.98
59467889--59467949	24	2.6	23	76	2	59	21	21	18	39	1.93
59467939--59467991	24	2.2	24	89	0	79	16	16	18	47	1.83
59467978--59468019	22	2.0	21	85	4	57	16	23	16	42	1.88
59470374--59470433	29	2.0	31	93	6	106	58	16	11	13	1.63
59482064--59482124	24	2.6	23	76	2	59	21	21	18	39	1.93
59482114--59482166	24	2.2	24	89	0	79	16	16	18	47	1.83
59482153--59482196	23	2.0	22	86	4	61	15	22	20	40	1.90
59484578--59484641	31	2.0	32	96	3	121	57	15	10	15	1.64
59499088--59499243	68	2.2	68	78	11	156	21	28	16	34	1.94
59511807--59511840	18	1.9	18	88	5	52	23	17	8	50	1.74
59513309--59513343	18	1.9	18	94	0	61	54	0	40	5	1.24
59513791--59518773	760	6.6	759	91	2	7936	34	15	13	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59518282--59518308	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
59519463--59519575	31	3.7	30	82	5	131	26	23	18	31	1.97
59519781--59519839	25	2.3	26	88	11	88	27	23	18	30	1.98
59520642--59520738	27	3.6	27	83	8	110	19	23	22	34	1.97
59520833--59521106	27	10.1	27	77	11	188	29	8	20	41	1.82
59520872--59521106	81	2.9	81	91	1	357	28	8	21	41	1.82
59520874--59521116	27	9.0	27	82	4	278	29	8	21	40	1.82
59521109--59521228	27	4.4	27	94	0	204	44	10	20	25	1.83
59521153--59521267	27	4.3	27	86	0	68	35	9	20	34	1.85
59521056--59521266	81	2.6	81	75	1	217	36	9	20	33	1.84
59522273--59523867	759	2.1	759	94	0	2776	33	14	13	37	1.86
59525016--59525110	40	2.4	40	76	3	102	22	15	26	35	1.94
59534196--59534242	21	2.2	22	96	3	87	29	12	12	44	1.80
59535097--59535146	23	2.2	22	96	3	91	22	30	0	48	1.51
59537970--59538017	19	2.6	19	93	3	80	35	0	14	50	1.44
59538034--59538122	42	2.1	42	91	0	142	28	6	14	50	1.68
59541861--59541908	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
59541925--59542011	42	2.1	42	86	0	120	29	5	13	50	1.65
59545546--59545635	44	2.0	44	95	0	162	34	17	11	36	1.86
59554445--59554641	50	3.9	50	77	2	198	30	10	17	41	1.83
59554445--59554654	100	2.1	100	82	3	244	31	11	17	40	1.85
59563611--59563834	46	4.8	44	74	11	157	27	16	30	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59564798--59564927	40	3.2	40	93	0	215	22	20	40	16	1.91
59566316--59566370	7	7.7	7	95	4	101	43	43	0	12	1.42
59583157--59583382	48	4.7	50	75	13	183	26	19	28	24	1.99
59587453--59587618	46	3.6	45	75	13	158	28	29	19	21	1.98
59587452--59587623	93	1.8	93	89	0	272	29	29	19	21	1.98
59590006--59590081	13	5.4	15	75	19	74	59	13	17	10	1.61
59592983--59593152	91	1.9	92	93	3	299	27	30	20	21	1.98
59592976--59593147	45	3.8	45	79	11	199	28	30	20	20	1.98
59594940--59595163	40	5.7	40	82	6	242	25	28	21	25	1.99
59594940--59595163	79	2.8	80	82	5	258	25	28	21	25	1.99
59602848--59603071	40	5.7	40	82	7	242	25	27	21	25	1.99
59602848--59603071	79	2.8	77	81	6	252	25	27	21	25	1.99
59603003--59603080	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
59604601--59606806	524	4.2	524	91	2	3633	25	12	25	36	1.91
59606472--59607126	320	2.0	320	96	0	1195	24	15	27	32	1.95
59605948--59607638	844	2.0	841	94	0	2803	25	13	25	35	1.92
59606792--59639332	524	62.5	523	95	1	57907	26	12	26	35	1.91
59645108--59645149	21	1.9	23	85	9	61	38	4	28	28	1.77
59648043--59648102	30	2.0	30	83	0	75	28	23	6	41	1.79
59648830--59649044	107	2.0	107	87	1	306	39	20	13	26	1.89
59648796--59649045	27	9.3	27	80	5	256	38	18	15	27	1.91
59652502--59653149	27	23.9	27	75	13	359	37	20	15	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59652538--59653149	81	7.5	82	73	11	400	36	20	15	27	1.93
59652933--59653149	80	2.7	81	89	2	314	38	22	13	25	1.91
59655433--59655468	16	2.2	16	90	0	54	52	16	19	11	1.73
59657815--59657998	40	4.7	39	84	8	230	26	28	21	23	1.99
59657817--59657996	78	2.3	80	84	6	233	25	28	21	24	1.99
59665811--59665993	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
59665790--59665993	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	1.99
59675955--59676238	40	7.1	37	85	7	237	26	21	26	25	2.00
59675955--59676219	80	3.3	80	88	4	376	25	21	26	25	2.00
59676008--59676242	120	2.0	118	85	6	323	26	20	26	25	1.99
59684049--59684177	49	2.6	49	84	4	154	27	20	29	23	1.99
59691539--59691616	32	2.4	32	91	0	120	28	20	25	25	1.99
59693535--59693603	33	2.1	33	100	0	138	49	17	2	30	1.61
59697546--59697749	27	7.6	27	79	5	121	42	19	10	27	1.84
59697546--59697749	54	3.8	53	84	1	219	42	19	10	27	1.84
59697567--59697749	81	2.3	81	85	1	242	41	19	11	27	1.86
59700893--59700989	42	2.3	42	77	10	99	30	23	19	25	1.98
59707709--59707932	40	5.7	40	87	4	278	26	21	25	26	1.99
59707716--59707966	120	2.1	117	80	10	278	27	20	25	26	1.99
59709932--59709991	20	3.0	20	92	2	104	35	11	20	33	1.88
59710042--59710170	25	5.2	25	85	8	149	31	19	21	27	1.97
59733041--59733082	22	1.9	22	85	9	59	16	7	19	57	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59734473--59734549	27	2.8	26	80	5	73	40	15	11	32	1.84
59734505--59734917	27	15.2	27	76	5	116	36	18	9	35	1.83
59734585--59734708	54	2.3	54	82	0	149	32	19	6	41	1.77
59734611--59734734	54	2.3	54	80	0	131	33	16	8	41	1.78
59734699--59734824	54	2.3	54	90	2	191	41	19	8	30	1.82
59734955--59735032	27	2.9	26	75	3	75	37	21	20	20	1.95
59736186--59736233	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
59736277--59736339	19	3.3	18	87	12	99	33	11	20	34	1.88
59736270--59736335	20	3.3	20	89	4	107	33	12	21	33	1.90
59736385--59736574	24	8.0	24	85	3	233	28	22	23	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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