genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.309.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101649140--101649167	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
101656387--101656509	64	1.9	64	86	8	178	34	4	5	55	1.43
101657295--101657325	16	1.9	16	93	0	53	32	0	0	67	0.91
101658415--101658451	18	2.1	18	89	0	56	51	5	16	27	1.66
101658694--101658740	21	2.1	24	84	11	64	44	0	6	48	1.28
101658698--101658751	22	2.5	21	79	11	56	44	0	3	51	1.19
101658730--101658779	20	2.5	21	83	9	68	48	2	0	50	1.12
101658745--101658809	30	2.1	29	83	11	76	46	1	3	49	1.27
101666459--101666501	22	1.9	23	85	4	61	4	4	27	62	1.35
101667667--101667722	27	2.2	26	84	12	73	58	3	0	37	1.15
101668710--101668796	11	7.5	11	71	10	57	28	3	4	63	1.31
101669583--101669642	24	2.6	24	87	7	81	43	8	1	46	1.43
101673411--101673456	24	2.0	22	91	8	74	73	0	26	0	0.83
101673422--101673452	16	1.9	16	93	0	53	74	0	25	0	0.82
101675218--101675262	20	2.2	20	92	0	72	24	33	24	17	1.96
101676393--101676452	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
101676430--101676528	25	4.1	23	76	14	83	59	5	4	31	1.37
101676505--101676568	15	4.1	15	71	18	51	59	1	4	34	1.28
101676510--101676647	25	5.8	25	75	11	85	55	2	5	35	1.39
101677136--101677221	30	2.9	30	96	0	154	17	5	50	26	1.69
101677156--101677211	18	3.4	18	68	27	61	19	7	48	25	1.74
101678025--101678435	75	5.5	74	89	4	562	30	19	18	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101690415--101690449	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
101690561--101690667	22	4.9	20	71	17	63	57	5	5	30	1.45
101690600--101690742	24	5.9	24	76	10	121	56	4	6	32	1.46
101690762--101690807	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
101691169--101691215	18	2.6	18	93	0	76	19	48	0	31	1.49
101697164--101697199	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
101698727--101698774	14	3.3	14	85	11	53	64	2	2	31	1.16
101698724--101698778	23	2.4	22	81	9	65	65	1	1	30	1.13
101698724--101698774	8	6.5	8	78	13	52	64	1	1	31	1.15
101698728--101698774	16	3.1	15	84	12	60	63	2	2	31	1.18
101698923--101698987	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
101698976--101699037	30	2.1	29	84	3	79	58	3	4	33	1.36
101699006--101699137	23	5.6	25	67	18	68	57	3	4	34	1.34
101698999--101699131	50	2.8	46	75	21	121	57	3	4	34	1.34
101699092--101699137	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
101699672--101699751	30	2.7	30	90	0	133	25	5	46	23	1.72
101710988--101711019	12	2.6	13	90	9	50	12	6	3	78	1.06
101714602--101714667	25	2.6	25	74	9	71	51	7	10	30	1.64
101719946--101719996	26	2.0	26	88	0	75	52	1	13	31	1.51
101720212--101720290	36	2.1	36	84	9	97	56	2	5	35	1.35
101720275--101720333	21	2.8	20	76	21	57	64	6	0	28	1.19
101720400--101720455	19	2.9	18	76	10	58	60	1	7	30	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101723167--101723192	13	2.0	13	100	0	52	23	0	30	46	1.53
101723803--101723857	27	2.0	27	96	0	101	43	16	18	21	1.88
101726039--101726150	12	9.3	12	67	23	51	33	3	3	58	1.32
101726094--101726152	18	3.2	18	80	17	68	30	3	1	64	1.20
101729492--101729518	13	2.1	13	100	0	54	29	7	22	40	1.81
101735717--101735776	28	2.1	28	81	0	66	61	5	1	31	1.27
101736521--101736589	19	3.3	20	71	21	61	53	2	7	36	1.44
101736594--101736638	24	2.0	23	87	12	67	68	0	0	31	0.89
101740470--101740552	37	2.2	37	86	0	112	51	2	0	45	1.14
101740481--101740522	16	2.6	17	85	7	52	54	0	0	45	0.99
101740477--101740536	21	3.1	20	75	20	56	53	0	0	46	1.00
101741271--101741318	16	3.0	16	81	0	51	62	2	0	35	1.07
101743363--101743402	20	1.9	22	90	10	66	35	0	5	60	1.19
101743348--101743410	22	2.8	23	77	18	69	38	1	7	52	1.40
101755647--101755955	75	4.1	76	90	4	423	29	16	22	31	1.96
101755891--101756148	91	2.9	89	81	4	279	27	17	20	34	1.95
101756140--101756712	177	3.3	175	89	1	792	27	16	20	36	1.94
101756140--101756799	89	7.5	87	83	4	718	26	16	19	37	1.93
101759113--101759170	24	2.5	22	75	10	62	39	0	6	53	1.28
101759113--101759177	22	2.8	23	72	25	64	40	1	7	50	1.40
101761999--101762031	16	1.9	18	88	11	52	51	3	6	39	1.42
101769948--101769989	16	2.5	17	88	7	59	76	2	0	21	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101771518--101771543	12	2.2	12	100	0	52	92	7	0	0	0.39
101772938--101773050	44	2.6	43	78	2	120	25	18	23	32	1.97
101773015--101773210	88	2.2	88	87	1	277	20	23	20	35	1.96
101773197--101773671	131	3.6	131	87	5	688	27	22	20	28	1.99
101773188--101773671	264	1.8	262	87	3	722	27	22	20	28	1.99
101776213--101776293	40	2.0	40	100	0	162	32	23	14	29	1.95
101777662--101778128	254	1.8	254	86	1	668	38	19	13	28	1.89
101778347--101778394	21	2.2	22	88	3	71	58	10	8	22	1.58
101779906--101779959	18	2.9	18	76	15	56	0	12	16	70	1.17
101780777--101780825	19	2.6	18	87	9	71	44	12	22	20	1.84
101782203--101782246	14	3.1	14	83	9	54	81	2	2	13	0.88
101787202--101787281	31	2.5	31	83	2	97	32	12	3	51	1.57
101787352--101787422	31	2.3	31	85	4	90	45	9	11	33	1.73
101787564--101787631	31	2.1	32	83	5	84	54	7	10	27	1.61
101789907--101789979	30	2.5	30	82	6	78	53	4	6	35	1.47
101795192--101795235	22	2.0	22	86	4	63	29	29	11	29	1.92
101796764--101796809	21	2.2	21	92	0	74	8	26	36	28	1.86
101801516--101801567	23	2.2	24	93	6	97	30	7	11	50	1.67
101808199--101808228	12	2.4	13	94	5	53	13	0	0	86	0.57
101809238--101809292	13	4.3	13	75	13	60	20	18	27	34	1.95
101813422--101813735	171	1.8	173	83	4	420	32	14	8	45	1.74
101813433--101814096	359	1.8	359	82	5	847	31	13	9	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101814235--101814269	14	2.6	14	90	4	54	40	0	0	60	0.97
101814235--101814274	13	3.0	13	85	7	53	40	0	2	57	1.12
101822516--101822561	23	2.0	24	83	12	60	26	4	2	67	1.21
101823381--101823441	27	2.3	26	83	8	77	29	3	4	62	1.32
101829091--101829123	15	2.3	14	94	5	57	36	6	24	33	1.80
101829668--101829706	18	2.2	18	86	9	53	51	0	0	48	1.00
101830215--101830594	122	3.0	121	65	16	304	40	19	12	27	1.88
101830154--101830848	253	2.8	251	93	0	1178	39	19	12	28	1.88
101832048--101832101	23	2.3	23	84	12	67	9	11	0	79	0.93
101832721--101832769	15	3.3	15	94	2	82	30	6	0	63	1.19
101833876--101833937	23	2.9	22	77	13	58	51	4	3	40	1.39
101833906--101833996	22	4.3	21	67	20	55	52	4	6	36	1.47
101833954--101834029	30	2.5	32	77	16	81	53	5	5	35	1.46
101834161--101834200	18	2.2	19	86	4	55	57	7	0	35	1.27
101834353--101834406	3	18.3	3	76	3	56	61	1	5	31	1.30
101838003--101838049	18	2.5	19	83	10	53	2	21	10	65	1.33
101845919--101845956	1	38.0	1	89	0	58	0	5	0	94	0.30
101846080--101846310	118	2.0	118	92	0	381	28	30	17	22	1.97
101847099--101847205	42	2.5	42	89	3	153	26	11	31	30	1.91
101847310--101847383	5	13.8	5	83	10	69	77	0	2	20	0.90
101847310--101847378	28	2.6	26	88	9	95	76	0	2	20	0.91
101847310--101847372	13	4.8	13	76	16	67	76	0	3	20	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101847318--101847367	8	5.8	8	82	13	55	76	0	4	20	0.95
101847312--101847383	13	5.5	13	76	12	60	77	0	2	19	0.88
101855518--101855576	28	2.0	30	90	9	95	30	13	25	30	1.94
101858033--101858086	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
101859571--101859680	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
101860780--101860814	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
101864002--101864055	25	2.2	24	84	12	67	50	0	1	48	1.11
101865606--101865631	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
101867665--101867703	17	2.4	16	87	8	60	23	0	5	71	1.05
101867854--101867902	25	2.0	25	83	0	62	34	2	2	61	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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