genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16544189--16544443	40	6.4	40	85	6	317	23	22	26	27	2.00
16544192--16544443	120	2.1	117	88	5	373	23	22	26	27	1.99
16550580--16551022	47	9.1	47	84	8	546	28	30	8	31	1.87
16550814--16550855	17	2.5	17	96	3	77	38	30	0	30	1.58
16550720--16550949	111	2.1	112	94	2	403	30	30	6	32	1.84
16550767--16550902	64	2.1	64	94	1	238	31	30	5	32	1.81
16550673--16550996	158	2.1	158	95	1	580	30	29	7	32	1.85
16550631--16551022	205	1.9	204	96	1	723	29	30	8	31	1.86
16556576--16556832	40	6.4	40	86	5	328	22	22	27	26	1.99
16556576--16556832	120	2.2	120	90	3	403	22	22	27	26	1.99
16557060--16557101	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
16580833--16580989	57	2.7	58	76	7	158	33	15	17	33	1.92
16585094--16585176	32	2.5	33	81	13	91	66	1	12	20	1.31
16586721--16586751	10	3.0	10	95	4	53	67	9	9	12	1.41
16587164--16587294	55	2.4	55	80	0	136	18	26	25	29	1.98
16593369--16593442	37	2.0	37	82	15	91	25	8	24	41	1.82
16593733--16593801	30	2.3	30	94	0	120	27	26	24	21	1.99
16595345--16595407	30	2.1	30	84	0	81	17	17	14	50	1.78
16596843--16596867	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
16599928--16599997	30	2.3	30	97	0	131	17	24	31	27	1.97
16606531--16606560	15	2.0	15	93	0	51	13	13	3	70	1.30
16617018--16617083	25	2.6	25	85	0	87	27	21	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16623012--16623091	23	3.5	23	91	3	126	22	20	23	33	1.97
16630669--16630722	23	2.3	23	87	0	72	24	16	20	38	1.92
16633528--16633568	17	2.4	17	100	0	82	43	7	19	29	1.78
16635770--16635808	19	2.0	20	90	5	62	23	30	0	46	1.53
16636208--16636245	19	2.0	19	94	0	67	28	10	28	31	1.90
16645956--16646135	90	2.0	88	88	4	263	37	18	8	35	1.83
16646172--16646229	27	2.1	27	81	6	64	63	0	0	36	0.94
16646176--16646215	21	2.0	20	85	5	53	60	0	0	40	0.97
16646200--16646233	16	2.1	16	88	5	50	58	0	0	41	0.98
16646498--16646537	8	4.9	8	81	6	53	27	2	2	67	1.16
16646529--16646576	19	2.5	20	80	10	55	35	4	0	60	1.16
16646542--16646581	18	2.2	19	95	4	73	25	5	0	70	1.08
16646498--16646617	9	13.7	9	70	7	61	33	3	0	62	1.17
16647246--16647317	29	2.6	28	76	6	76	66	2	1	29	1.14
16647295--16647351	10	6.1	9	82	10	62	71	1	3	22	1.10
16647295--16647351	18	3.1	18	85	10	71	71	1	3	22	1.10
16647396--16647420	10	2.5	10	100	0	50	56	0	0	44	0.99
16647391--16647450	21	2.9	20	75	7	57	60	1	6	31	1.33
16647622--16647785	89	1.9	88	85	2	231	32	11	20	35	1.88
16647617--16647809	89	2.2	88	81	5	228	31	11	20	36	1.88
16654277--16654389	44	2.6	45	84	9	144	25	19	14	40	1.89
16658573--16658612	16	2.4	17	83	8	55	30	30	17	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16659396--16659676	140	2.0	141	80	8	322	44	15	10	29	1.80
16663702--16663880	46	3.9	46	80	2	182	29	22	18	29	1.97
16664585--16664637	26	2.0	26	96	0	97	54	11	7	26	1.62
16666948--16667129	46	4.0	46	86	4	233	20	24	14	40	1.90
16667295--16667321	13	2.1	13	100	0	54	40	14	22	22	1.90
16667868--16667943	38	2.0	38	97	0	143	32	13	22	31	1.92
16669130--16669274	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
16672248--16672309	11	5.5	11	81	11	72	66	1	0	32	1.02
16680008--16680032	12	2.1	12	100	0	50	60	16	0	24	1.36
16694654--16694698	23	2.0	23	95	0	81	48	13	2	35	1.54
16695549--16695626	39	2.0	39	92	0	129	32	17	12	37	1.88
16704056--16704152	42	2.3	42	78	3	106	38	15	19	26	1.92
16713542--16713584	22	2.0	22	86	9	61	23	13	25	37	1.92
16727174--16727213	20	2.0	20	85	9	55	37	17	12	32	1.87
16754298--16754340	17	2.5	17	92	0	68	44	11	4	39	1.62
16754277--16754340	17	3.7	18	83	4	62	43	14	6	35	1.70
16755267--16755341	33	2.3	33	88	6	109	49	18	4	28	1.65
16755278--16755357	33	2.4	33	82	4	97	47	15	3	33	1.63
16762265--16762312	21	2.3	21	85	7	62	54	6	12	27	1.61
16762729--16762771	17	2.6	16	82	17	52	25	4	0	69	1.07
16766458--16766488	3	10.3	3	100	0	62	32	0	35	32	1.58
16767419--16767444	8	3.2	8	100	0	52	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16773053--16773256	27	7.6	27	87	4	259	30	27	14	26	1.95
16781121--16781325	27	7.6	27	86	3	259	30	27	15	26	1.96
16789160--16789361	27	7.6	27	87	3	248	29	28	14	27	1.95
16792006--16792307	45	6.5	44	78	13	236	27	18	30	23	1.98
16797130--16797186	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
16797128--16797193	20	3.3	20	95	0	123	36	12	19	31	1.89
16797139--16797193	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
16804658--16804705	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
16804744--16804800	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
16804742--16804812	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
16804753--16804807	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
16804857--16804986	24	5.4	24	88	1	190	29	20	20	30	1.97
16805193--16805256	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
16808737--16808814	24	3.5	22	75	13	79	10	19	23	47	1.79
16808737--16808834	44	2.2	44	85	3	135	11	17	23	47	1.79
16810042--16810077	14	2.5	15	86	4	56	58	8	13	19	1.61
16813146--16813206	25	2.4	25	88	0	104	32	13	18	36	1.89
16815705--16815809	26	4.0	26	94	0	192	31	6	25	36	1.82
16822801--16822908	26	4.2	26	96	0	198	31	6	25	36	1.82
16832838--16832876	20	2.0	20	89	0	60	76	2	5	15	1.06
16839150--16839190	13	3.2	13	89	0	55	19	29	31	19	1.96
16854786--16855008	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16854784--16855008	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	2.00
16862608--16862832	119	1.9	120	84	6	305	25	27	22	24	2.00
16862608--16862832	40	5.7	40	86	6	296	25	27	22	24	2.00
16870511--16870735	119	1.9	120	84	6	305	25	27	22	24	2.00
16870511--16870735	40	5.7	40	86	6	296	25	27	22	24	2.00
16876757--16877051	55	5.5	53	80	6	292	34	17	24	23	1.96
16876757--16877051	108	2.7	108	91	1	450	34	17	24	23	1.96
16882772--16883032	55	4.8	52	72	13	181	34	16	26	22	1.95
16882877--16883045	53	3.2	52	82	9	232	34	18	26	20	1.96
16882772--16883045	108	2.5	108	85	2	343	35	16	25	22	1.95
16898954--16898988	18	1.9	19	88	11	56	37	17	8	37	1.80
16903319--16903747	47	9.1	47	92	0	635	35	10	28	26	1.89
16903532--16903607	22	3.3	22	67	22	66	32	13	28	25	1.93
16903718--16903900	46	4.0	46	94	0	303	34	7	31	26	1.85
16905388--16905702	40	7.9	40	92	0	506	23	23	26	26	2.00
16905712--16905867	57	2.7	57	89	2	215	22	17	28	31	1.97
16905771--16905870	28	3.6	27	81	8	128	22	16	29	33	1.95
16909966--16910270	47	6.2	47	81	12	272	34	11	28	25	1.91
16910039--16910159	61	2.0	61	95	0	215	33	14	29	23	1.93
16909992--16910206	108	2.0	108	94	0	376	33	13	29	23	1.92
16910103--16910305	47	4.3	47	91	2	311	33	11	29	25	1.91
16910103--16910305	93	2.2	94	90	2	302	33	11	29	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16910144--16910451	93	3.3	92	78	6	243	33	10	30	25	1.90
16910284--16910466	46	4.0	46	91	0	267	33	9	31	25	1.88
16910460--16910664	102	2.0	101	95	1	367	34	7	24	33	1.83
16912350--16912608	45	5.9	44	78	9	219	32	25	17	25	1.97
16913461--16913515	25	2.2	26	78	15	62	41	9	0	49	1.34
16916022--16916198	40	4.4	40	88	0	219	22	27	17	32	1.96
16917671--16917712	22	1.9	22	85	9	59	33	21	2	42	1.66
16923306--16923516	56	3.8	56	92	0	332	31	22	16	28	1.96
16924451--16924477	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
16930260--16930349	45	2.0	45	100	0	180	26	17	17	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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