genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23281056--23281418	141	2.6	140	77	9	330	22	29	20	27	1.99
23281759--23281816	30	1.9	30	92	0	98	29	25	12	32	1.92
23292410--23292434	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
23292851--23292891	20	2.0	20	90	0	64	48	12	12	26	1.75
23292933--23293018	31	2.9	30	77	13	88	61	3	4	30	1.33
23294034--23294072	17	2.3	17	86	8	53	69	5	2	23	1.21
23298246--23298377	38	3.5	38	89	0	183	36	31	18	12	1.89
23302747--23302907	43	3.8	44	80	8	179	26	15	25	32	1.96
23304305--23304345	22	1.9	22	95	5	75	17	29	43	9	1.80
23305584--23305711	46	2.7	46	82	7	125	24	31	21	23	1.98
23308678--23308726	25	1.9	26	88	12	75	34	10	10	44	1.72
23312417--23312536	51	2.4	51	86	0	177	39	10	21	28	1.87
23315951--23315993	20	2.2	20	83	4	52	48	4	0	46	1.22
23317171--23317197	6	4.5	6	100	0	54	0	48	0	51	1.00
23321125--23321257	46	2.9	47	87	3	171	20	21	26	31	1.98
23349055--23349251	55	3.6	53	80	6	216	22	23	18	35	1.96
23352637--23352776	39	3.6	39	93	0	217	12	25	24	37	1.91
23353739--23353999	45	5.9	44	73	5	168	28	21	17	32	1.96
23353741--23354005	134	2.0	134	83	1	334	29	21	16	32	1.96
23355886--23356194	48	6.6	45	73	14	211	31	19	26	22	1.98
23357265--23357307	21	2.0	21	86	0	59	20	39	18	20	1.93
23357269--23357318	21	2.4	21	79	0	55	18	32	26	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23364351--23364440	47	1.9	47	93	0	153	28	18	21	31	1.97
23366442--23366605	82	2.0	82	92	0	274	17	29	17	35	1.93
23368929--23368978	16	2.7	19	85	14	70	70	10	0	20	1.16
23369760--23369810	26	2.0	26	84	3	68	33	9	3	52	1.53
23373649--23373698	22	2.3	21	80	10	57	48	6	6	40	1.52
23374123--23374181	29	2.0	30	83	6	75	47	16	3	32	1.64
23375207--23375245	3	13.0	3	94	0	60	33	38	0	28	1.57
23379296--23379396	21	4.9	21	67	18	61	32	2	3	60	1.30
23379294--23379385	7	13.0	7	73	10	62	33	3	4	58	1.34
23379344--23379395	21	2.3	23	80	12	63	36	0	3	59	1.16
23379995--23380027	17	1.9	17	93	0	57	15	9	18	57	1.63
23380046--23380148	3	34.3	3	98	0	197	0	33	0	66	0.99
23382772--23382801	14	2.2	13	94	5	51	40	13	6	40	1.71
23384486--23384519	9	3.7	9	84	7	50	2	2	8	85	0.80
23384916--23384961	19	2.3	20	81	11	58	54	4	2	39	1.32
23386536--23386568	12	2.8	12	95	0	57	57	0	18	24	1.40
23386649--23386681	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
23386804--23387001	3	66.3	3	70	16	85	62	3	7	26	1.38
23386820--23386868	11	4.8	10	80	11	55	71	2	4	22	1.13
23387107--23387136	5	5.8	5	96	4	51	80	0	0	20	0.72
23389985--23390155	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
23389980--23390152	46	3.7	46	77	13	201	28	27	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23391516--23391657	44	3.2	44	70	11	146	28	18	25	28	1.98
23391676--23391948	131	2.1	129	79	8	304	27	25	19	27	1.98
23392122--23392442	44	7.3	44	65	12	165	23	22	20	32	1.98
23392016--23392442	88	4.8	88	90	2	590	23	23	19	33	1.97
23392367--23392923	131	4.3	130	86	3	700	26	23	20	28	1.99
23392993--23393120	64	2.0	64	92	3	213	34	16	18	30	1.93
23399736--23399828	3	31.0	3	100	0	186	66	0	0	33	0.92
23399951--23400146	3	65.3	3	71	17	97	63	3	6	26	1.35
23400062--23400146	34	2.5	32	80	17	100	62	1	7	29	1.29
23402808--23402846	21	1.9	20	84	5	51	10	33	30	25	1.89
23410581--23410755	49	3.6	49	80	2	165	28	21	28	22	1.99
23412204--23412251	24	2.0	24	83	4	60	18	8	22	50	1.74
23414789--23414903	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
23414814--23414903	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
23415009--23415101	28	3.3	28	96	0	168	31	7	26	34	1.84
23422721--23422835	55	2.1	55	82	8	135	33	22	24	19	1.97
23422746--23422835	27	3.2	27	82	7	110	31	24	24	20	1.98
23422941--23423033	28	3.3	28	96	0	168	31	7	26	34	1.84
23424924--23425032	41	2.7	40	80	7	103	29	16	23	30	1.96
23428832--23428856	10	2.5	10	100	0	50	12	24	32	32	1.91
23429116--23429182	26	2.5	27	87	2	91	26	14	19	38	1.91
23429140--23429228	43	2.0	45	86	4	128	25	13	24	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23429184--23429387	27	7.6	27	83	6	254	26	12	21	39	1.89
23429184--23429387	79	2.5	81	88	4	290	26	12	21	39	1.89
23429183--23429423	54	4.5	54	84	4	281	26	13	20	39	1.90
23429184--23429414	27	8.6	27	77	11	190	26	12	20	40	1.88
23442022--23442151	27	4.8	25	82	11	118	20	23	20	34	1.96
23442022--23442133	27	4.1	28	83	12	128	19	23	22	34	1.96
23442022--23442133	54	2.1	55	91	5	183	19	23	22	34	1.96
23449164--23449332	6	27.8	6	76	15	161	49	14	17	19	1.80
23449164--23449332	61	2.8	60	90	2	241	49	14	17	19	1.80
23449450--23449508	27	2.2	26	82	5	73	37	22	25	15	1.93
23449834--23449917	27	3.2	26	88	5	96	38	21	21	19	1.94
23450115--23450310	27	7.3	27	85	0	212	25	19	18	36	1.95
23450115--23450310	54	3.6	54	84	2	250	25	19	18	36	1.95
23450315--23450724	27	15.2	27	80	8	417	41	9	21	27	1.84
23450315--23450755	81	5.4	80	85	6	480	40	9	21	27	1.85
23450315--23450724	108	3.8	108	88	3	522	41	9	21	27	1.84
23452738--23452936	6	32.8	6	77	13	203	49	14	17	19	1.80
23452749--23452936	85	2.2	85	87	5	274	48	14	17	19	1.81
23453053--23453117	26	2.5	25	82	9	76	36	23	23	16	1.94
23453436--23453518	27	3.1	26	84	5	103	37	20	21	20	1.95
23453717--23453912	27	7.3	27	86	0	230	26	20	18	35	1.95
23453917--23454325	27	15.2	27	81	3	457	42	9	20	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23456331--23456529	6	32.8	6	76	17	189	49	14	16	20	1.80
23456331--23456529	30	6.6	30	81	9	226	49	14	16	20	1.80
23456342--23456529	85	2.2	85	90	3	299	48	14	16	20	1.80
23456646--23456711	27	2.5	26	82	7	78	36	22	24	16	1.94
23456670--23456727	27	2.1	27	81	6	64	34	27	22	15	1.94
23457308--23457503	27	7.3	27	86	0	230	26	20	18	35	1.95
23457508--23457944	27	16.2	27	82	3	459	41	9	21	27	1.84
23457508--23457944	81	5.4	81	84	3	506	41	9	21	27	1.84
23457498--23457944	108	4.1	108	89	0	655	41	9	20	28	1.84
23457928--23457980	27	2.0	27	81	7	63	28	7	24	39	1.82
23460408--23460549	54	2.6	54	91	3	223	18	23	22	35	1.96
23460407--23460549	27	5.3	27	81	12	168	18	23	22	35	1.95
23461991--23462061	16	4.4	16	73	8	54	49	1	1	47	1.18
23461931--23462048	62	2.0	62	89	5	188	44	2	3	50	1.32
23461932--23462068	59	2.3	62	84	6	174	45	2	3	48	1.32
23468210--23468325	48	2.4	48	89	2	171	29	17	31	22	1.96
23468210--23468390	48	3.8	48	84	2	168	28	17	28	25	1.97
23468350--23468479	42	3.1	42	86	0	143	26	15	26	30	1.96
23471163--23471195	12	2.8	12	86	4	50	33	0	12	54	1.37
23471663--23471719	27	2.1	27	96	0	105	36	8	19	35	1.83
23472424--23472556	59	2.1	59	85	13	169	42	2	4	50	1.35
23474320--23474646	50	6.6	50	74	9	305	26	18	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23474319--23474583	145	1.8	144	93	0	458	27	18	24	30	1.98
23474465--23474652	101	1.9	101	95	0	340	26	18	25	30	1.98
23479113--23479188	20	3.9	20	85	8	95	39	9	17	34	1.81
23479114--23479151	18	2.2	18	86	9	53	39	7	15	36	1.77
23479238--23479389	55	2.9	51	87	6	198	25	20	24	30	1.99
23479238--23479389	26	5.8	26	84	6	182	25	20	24	30	1.99
23479607--23479685	31	2.5	31	93	0	131	27	17	25	29	1.98
23481033--23481067	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
23481702--23481913	45	4.7	45	87	2	293	39	16	17	26	1.91
23481704--23481957	135	1.9	135	82	4	325	39	16	18	25	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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