genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36779537--36779656	43	2.8	42	81	7	145	23	17	26	32	1.97
36788672--36788775	42	2.4	43	81	9	124	25	15	24	34	1.94
36796403--36796458	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
36796392--36796458	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
36796509--36796653	25	5.9	25	90	4	199	28	20	23	27	1.99
36796509--36796653	73	2.0	75	85	8	199	28	20	23	27	1.99
36802749--36802809	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
36809031--36809085	23	2.4	23	79	11	60	30	0	14	54	1.41
36809583--36809643	24	2.5	24	84	5	70	19	18	29	32	1.95
36811128--36811183	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
36811117--36811183	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
36811232--36811332	24	4.2	24	93	3	177	30	19	20	28	1.97
36811232--36811332	49	2.1	49	94	3	179	30	19	20	28	1.97
36811546--36811608	31	2.0	31	87	0	90	36	12	25	25	1.91
36813264--36813363	29	3.5	29	80	5	105	28	34	13	25	1.93
36813284--36813366	28	2.9	28	78	8	96	28	33	13	24	1.93
36813436--36813472	19	2.0	19	89	5	58	13	40	18	27	1.88
36813579--36813613	16	2.2	16	89	0	52	8	20	20	51	1.73
36817063--36817330	40	6.7	40	86	0	340	19	20	27	32	1.96
36819183--36819252	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
36819183--36819280	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
36820925--36821139	47	4.6	47	92	0	349	32	8	31	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36821258--36821336	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
36823181--36823330	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
36823205--36823388	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
36830269--36830358	29	3.1	28	85	4	119	31	12	26	30	1.92
36834707--36834745	21	2.0	19	85	14	53	15	30	28	25	1.96
36842734--36842843	29	3.8	29	78	3	98	27	30	10	31	1.91
36848703--36848737	16	2.2	16	94	0	61	11	17	14	57	1.66
36848708--36848745	16	2.4	16	90	0	58	10	21	18	50	1.76
36850458--36850921	27	17.2	27	83	4	533	28	22	8	40	1.84
36850926--36851126	27	7.2	27	76	8	170	36	17	19	25	1.94
36850926--36851128	54	3.6	54	79	7	226	36	18	19	25	1.94
36850977--36851098	60	2.0	60	88	3	183	38	16	19	25	1.92
36851004--36851098	33	3.1	33	75	14	112	37	16	21	24	1.93
36850950--36851125	87	2.0	87	83	0	217	36	17	19	26	1.94
36851326--36851408	27	3.1	26	83	10	96	20	20	21	37	1.95
36851734--36851792	27	2.2	26	82	5	73	16	23	22	37	1.94
36851910--36852066	6	25.8	6	76	14	153	19	17	14	49	1.80
36851910--36852004	25	3.6	25	79	18	120	20	17	14	47	1.83
36851935--36852066	30	4.4	30	93	1	228	18	16	14	50	1.79
36854010--36854554	27	20.2	27	82	4	589	28	21	9	40	1.85
36854558--36854759	27	7.3	27	78	6	179	37	18	18	26	1.93
36854558--36854759	54	3.6	54	77	7	197	37	18	18	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36854636--36854730	33	3.1	33	77	14	121	37	16	20	25	1.93
36854582--36854757	87	2.0	87	82	0	208	38	17	18	26	1.92
36854958--36855040	27	3.1	26	85	10	96	20	21	21	36	1.96
36855128--36855186	22	2.7	22	78	0	55	23	23	20	32	1.98
36855353--36855405	27	2.0	27	85	7	72	18	26	18	35	1.95
36855542--36855659	6	19.5	6	77	14	118	19	15	15	50	1.79
36855546--36855650	30	3.5	30	89	3	140	19	15	16	49	1.80
36858789--36858825	18	2.1	18	89	0	56	32	0	2	64	1.07
36858794--36858864	26	2.6	27	82	14	85	38	1	2	57	1.22
36859774--36859871	27	3.5	28	87	2	126	27	13	27	31	1.94
36859804--36859885	27	2.9	27	87	5	92	29	12	24	34	1.91
36861662--36861693	16	2.0	16	93	0	55	40	6	12	40	1.68
36864797--36865022	113	2.0	113	95	0	407	26	24	11	37	1.90
36867815--36867997	39	4.7	39	91	2	296	30	28	21	20	1.98
36875295--36875468	46	3.7	46	79	6	172	21	28	20	28	1.98
36875295--36875463	94	1.8	91	82	7	214	22	28	19	28	1.98
36880200--36880370	40	4.3	40	83	5	222	27	27	21	23	1.99
36882568--36882643	37	2.0	38	87	7	111	30	26	7	35	1.85
36885107--36885272	44	3.6	45	83	12	173	24	30	17	27	1.97
36905757--36905799	21	2.0	21	100	0	86	41	13	16	27	1.86
36905809--36905975	43	3.9	44	78	7	164	26	15	26	31	1.96
36922114--36922155	21	2.0	21	85	0	57	21	19	38	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36929930--36929969	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
36929935--36929977	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
36930538--36930662	48	2.6	48	80	2	144	21	15	28	35	1.94
36939498--36939627	38	3.4	38	77	3	143	20	18	25	36	1.95
36941679--36941768	32	2.8	32	89	0	135	25	15	27	31	1.96
36947064--36947246	63	2.8	63	75	13	167	28	16	30	23	1.97
36949772--36950114	47	7.2	47	96	1	623	32	8	29	29	1.87
36951824--36951951	40	3.2	40	81	9	154	24	18	28	28	1.98
36953271--36953578	47	6.6	47	94	0	481	32	7	30	29	1.86
36953701--36953845	37	3.9	37	91	0	227	22	20	31	25	1.98
36956843--36956921	37	2.1	37	83	4	97	26	29	17	26	1.98
36957040--36957750	47	15.1	47	94	0	1188	29	28	8	33	1.87
36962749--36962940	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
36962720--36962939	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
36971002--36971189	39	4.8	39	83	9	181	23	20	28	27	1.99
36971002--36971209	77	2.7	76	80	7	188	23	20	27	28	1.99
36973223--36973299	37	2.1	36	86	6	111	27	31	16	24	1.97
36973416--36974014	47	12.7	47	92	5	978	30	28	8	33	1.86
36973416--36974014	96	6.3	94	92	5	978	30	28	8	33	1.86
36975756--36975996	36	6.5	38	81	13	256	24	21	28	26	1.99
36975751--36975996	70	3.3	72	83	11	261	24	20	28	26	1.99
36979883--36980279	49	8.3	49	95	2	677	33	7	28	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36982261--36982443	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
36982262--36982445	40	4.6	39	82	9	203	23	22	28	25	1.99
36982314--36982468	79	2.0	79	83	7	199	25	20	27	26	1.99
36987098--36987149	27	2.0	27	84	3	70	38	19	15	26	1.91
36988295--36988335	21	2.0	21	85	0	55	56	12	21	9	1.65
36992191--36992311	41	2.9	42	80	8	129	25	17	25	31	1.97
36995146--36995204	27	2.2	27	81	6	66	38	20	20	20	1.93
36995184--36995383	27	7.4	27	86	0	229	26	20	17	36	1.94
36995184--36995383	54	3.7	54	84	0	256	26	20	17	36	1.94
36995198--36995383	81	2.3	81	87	1	257	26	19	17	36	1.94
37004011--37004053	19	2.3	19	100	0	86	25	4	9	60	1.47
37004509--37004538	15	2.0	15	93	0	51	30	16	13	40	1.87
37011547--37011728	28	6.5	28	92	1	276	33	27	12	26	1.92
37024842--37025181	27	12.6	27	77	8	237	40	20	8	30	1.82
37024885--37025202	81	3.9	81	76	6	268	40	21	8	30	1.82
37025445--37025563	41	2.9	41	92	0	202	21	21	29	26	1.99
37025650--37025892	50	4.9	50	87	2	337	19	15	24	40	1.90
37025650--37025902	25	10.1	25	72	4	197	19	15	24	40	1.90
37028032--37028258	89	2.6	86	86	5	273	43	10	9	37	1.71
37027907--37028287	88	4.4	88	78	7	347	44	10	11	34	1.75
37031130--37031166	14	2.6	14	91	0	56	32	0	45	21	1.52
37031564--37031606	18	2.5	17	84	3	50	39	11	2	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37032069--37032119	18	2.9	17	85	2	66	45	5	23	25	1.75
37045649--37045689	19	2.1	20	95	4	75	53	7	14	24	1.66
37046138--37046222	41	2.1	41	97	0	161	25	12	17	43	1.85
37057179--37057402	122	1.9	120	85	1	313	41	10	19	29	1.84
37069149--37069180	12	2.7	12	100	0	64	6	50	25	18	1.70
37070381--37070418	20	1.9	20	88	0	58	42	18	5	34	1.73
37076347--37076595	55	4.7	54	75	11	230	37	16	24	21	1.94
37076354--37076554	108	1.8	110	87	6	302	35	16	24	22	1.95
37078031--37078211	40	4.5	40	88	3	267	26	25	22	24	2.00
37078031--37078211	81	2.3	81	89	3	269	26	25	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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