genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.140.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45838956--45839009	27	2.0	27	85	0	72	40	7	12	38	1.72
45839256--45839350	49	1.9	49	89	0	145	27	18	26	27	1.98
45845045--45845104	25	2.4	26	83	10	72	51	8	1	38	1.42
45845467--45845491	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
45846316--45846356	17	2.4	17	95	0	73	39	12	12	36	1.80
45849174--45849238	28	2.3	28	100	0	130	15	46	23	15	1.83
45850212--45850528	47	6.7	47	77	10	287	24	30	18	26	1.98
45850214--45850444	96	2.4	94	85	8	297	25	31	17	25	1.97
45865372--45865410	16	2.4	16	86	4	51	7	7	7	76	1.15
45869564--45869699	51	2.7	51	78	0	164	39	6	13	40	1.70
45872157--45872292	51	2.7	51	78	0	164	39	6	13	40	1.70
45881783--45881960	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
45881783--45881960	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
45890038--45890215	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
45890038--45890215	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
45893921--45893957	17	2.2	17	86	13	51	32	2	18	45	1.64
45902066--45902259	46	4.2	45	72	12	151	29	27	20	23	1.98
45907153--45907354	40	5.1	40	93	2	327	25	27	23	23	2.00
45922240--45922671	50	8.6	51	77	4	346	26	18	25	30	1.98
45922286--45922685	101	4.0	100	80	2	385	26	18	25	29	1.98
45922286--45922679	151	2.6	150	92	3	632	25	19	25	29	1.98
45925586--45925819	55	4.4	54	81	10	261	22	24	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45927542--45927596	28	1.9	29	85	3	76	20	40	23	16	1.91
45936211--45936377	40	4.2	39	80	11	153	29	20	20	29	1.97
45936793--45936890	7	13.4	7	69	19	58	21	2	26	50	1.60
45936849--45936896	15	3.3	15	82	5	62	18	0	35	45	1.50
45936844--45936893	22	2.3	21	82	3	64	22	0	32	46	1.52
45936932--45936988	15	3.8	16	77	11	66	19	0	50	29	1.47
45937156--45937258	7	14.4	7	68	8	55	25	0	23	50	1.55
45937156--45937199	14	3.1	14	86	3	61	22	0	25	52	1.48
45937162--45937240	22	3.6	22	71	20	58	25	0	25	49	1.51
45937212--45937262	15	3.5	15	75	5	50	23	1	27	47	1.63
45937256--45937468	7	29.1	7	63	16	58	23	0	41	33	1.61
45937260--45937320	28	2.2	28	77	19	65	24	1	40	32	1.65
45937295--45937422	30	4.4	29	75	10	118	23	0	41	35	1.55
45937313--45937417	15	7.1	15	69	12	65	20	0	40	39	1.53
45937568--45937615	17	2.8	17	84	9	62	52	6	2	39	1.39
45937735--45937769	16	2.1	17	94	5	63	25	0	5	68	1.11
45937858--45938068	115	1.8	114	82	7	266	27	14	22	35	1.93
45940832--45940932	47	2.1	47	94	0	175	27	30	6	34	1.83
45945086--45945182	43	2.2	43	85	1	122	48	17	1	32	1.54
45945138--45945276	36	3.9	36	98	0	260	42	17	2	36	1.65
45950419--45950447	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
45965618--45965691	26	2.9	26	85	2	105	35	16	6	41	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45973823--45973863	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
45975932--45975990	23	2.5	23	83	2	73	13	20	27	38	1.90
45984718--45985109	47	8.3	47	91	3	549	32	9	30	27	1.89
46000890--46000986	38	2.6	37	85	6	124	34	15	12	38	1.85
46003782--46003871	40	2.2	40	82	3	110	30	21	21	27	1.98
46003888--46003965	36	2.1	36	81	11	88	34	15	11	38	1.83
46008885--46009041	29	5.4	29	77	3	163	37	12	27	22	1.90
46008902--46009099	87	2.3	84	84	8	238	35	13	27	22	1.92
46008945--46009130	58	3.2	57	83	3	212	34	13	29	22	1.92
46008971--46009130	29	5.5	29	81	5	180	36	13	28	21	1.92
46008969--46009153	29	6.3	29	80	6	178	37	14	25	22	1.92
46009724--46009753	11	2.7	11	94	0	51	23	0	0	76	0.78
46010909--46011082	46	3.8	45	75	15	142	25	18	31	24	1.98
46018137--46018194	30	1.9	30	89	0	89	32	10	27	29	1.90
46021679--46021731	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
46023225--46023275	26	2.0	26	100	0	102	33	27	7	31	1.85
46028066--46028096	12	2.6	12	94	0	53	16	51	22	9	1.73
46031229--46031284	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
46037191--46037247	21	2.7	22	78	10	66	38	1	21	38	1.64
46038412--46038615	38	5.3	38	80	2	201	32	25	20	21	1.97
46042552--46042596	20	2.2	20	92	0	72	28	15	8	46	1.76
46046034--46046064	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46046031--46046070	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
46046308--46046508	55	3.7	53	81	7	228	22	25	17	34	1.96
46046308--46046508	108	1.8	110	89	4	318	22	25	17	34	1.96
46057853--46057907	16	3.5	17	70	27	50	43	14	0	41	1.45
46062217--46062246	5	6.0	5	92	0	51	20	3	0	76	0.92
46062210--46062243	15	2.3	15	89	0	50	20	2	5	70	1.21
46062670--46062695	11	2.4	11	100	0	52	46	7	15	30	1.74
46063329--46063363	15	2.4	15	90	4	54	31	5	5	57	1.46
46064861--46064985	47	2.6	47	78	8	126	37	12	11	38	1.79
46066190--46066220	16	1.9	16	93	0	53	67	6	12	12	1.40
46067038--46067092	21	2.7	19	84	13	74	67	1	21	9	1.28
46067073--46067131	16	3.6	16	80	13	66	66	1	23	8	1.29
46069069--46069167	50	1.9	52	89	4	157	32	13	12	42	1.81
46095666--46095735	28	2.5	28	86	4	88	25	15	30	28	1.96
46097949--46098125	43	4.1	43	96	0	309	11	22	34	31	1.90
46098256--46098393	29	4.8	29	71	10	113	21	18	31	28	1.97
46098315--46098411	28	3.4	28	73	9	90	21	18	32	26	1.97
46098261--46098393	58	2.3	58	94	1	232	21	18	30	29	1.97
46101266--46101335	28	2.5	28	88	4	97	27	15	28	28	1.96
46101608--46101664	25	2.4	23	80	13	62	63	0	3	33	1.12
46105128--46105299	93	1.8	93	93	0	299	26	30	22	20	1.98
46105121--46105301	46	3.9	46	80	4	211	27	30	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46110051--46110266	46	4.6	48	80	5	235	22	27	20	29	1.99
46110051--46110266	94	2.3	93	84	5	292	22	27	20	29	1.99
46111832--46111972	27	5.2	26	78	8	140	36	21	22	18	1.95
46111832--46111975	54	2.7	54	86	4	202	36	22	22	18	1.95
46117351--46117429	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
46117547--46117946	47	8.5	47	94	2	696	29	30	8	32	1.87
46117558--46117946	139	2.8	141	95	1	683	29	30	8	31	1.87
46122664--46122777	27	4.2	28	81	11	148	35	21	24	18	1.96
46122672--46122800	54	2.4	54	90	2	197	35	20	24	19	1.96
46126046--46126084	20	2.1	19	85	9	53	2	28	17	51	1.59
46135938--46135975	20	1.9	20	94	0	67	52	0	5	42	1.24
46142608--46142964	46	7.6	49	76	12	168	24	28	17	29	1.97
46142756--46142969	46	4.6	46	88	2	277	23	29	17	28	1.97
46145724--46145894	45	3.7	45	79	12	186	29	28	21	21	1.98
46145729--46145898	93	1.8	93	91	1	279	28	28	21	20	1.98
46153256--46153425	93	1.8	93	94	0	304	28	30	20	20	1.98
46153250--46153422	46	3.7	46	78	15	203	29	28	20	20	1.98
46161121--46161332	50	4.2	50	80	4	203	30	13	17	38	1.88
46161117--46161332	100	2.2	100	83	4	274	30	13	18	38	1.89
46163770--46163877	43	2.5	43	83	1	137	28	21	17	32	1.96
46165609--46165722	43	2.7	43	81	2	131	26	14	25	33	1.95
46182322--46182492	43	4.0	43	80	6	177	26	15	26	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46182325--46182487	86	1.9	85	82	3	202	26	15	26	30	1.96
46184825--46185092	50	5.3	50	71	5	189	25	18	25	31	1.97
46184821--46185054	50	4.6	51	75	2	204	24	19	25	30	1.98
46184822--46185112	101	2.9	99	80	3	332	25	18	24	31	1.98
46185315--46185346	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
46188886--46188924	15	2.6	15	84	8	53	15	17	12	53	1.72
46191863--46192397	50	10.6	50	75	3	482	26	18	25	29	1.98
46191862--46192404	151	3.6	151	91	0	861	26	18	25	29	1.98
46192608--46192638	16	1.9	16	93	0	53	45	0	19	35	1.51
46193998--46194186	49	3.8	49	81	5	245	27	17	25	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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